高祖退禪
武德九年（626年）7月14日，高祖將親筆詔書賜給裴寂等人說：“朕應當加上太上皇的尊號。”表達了自己要退位和內禪的想法。
武德九年（626年）7月27日，撤銷了太子李世民兼任的天策上將府邸， 爲李世民登基做準備。
武德九年（626年）9月3日，高祖頒佈制書，將皇帝位傳給太子李世民，自爲太上皇，仍居於大內皇宮正殿——太極殿。李世民堅決推辭，高祖不許。
高祖頒佈傳位制書的第二天，即武德九年八月初九甲子日（626年9月4日），太子李世民在東宮顯德殿即皇帝位，是爲唐太宗，並大赦天下，從此開始了他輝煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日（627年1月23日）改元貞觀。太宗在位期間文治昭昭，武功赫赫，史稱“貞觀之治”。
追諡過繼
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太宗即位後，於武德九年十月初一丙辰日（626年10月26日）下達詔書，追封已故太子皇兄李建成爲息王，諡號爲隱，是爲息隱王；皇弟齊王李元吉爲海陵郡王，諡號爲剌，是爲海陵剌王，以皇家喪禮重新安葬。安葬那一天，太宗在宜秋門大哭一場，顯得十分哀痛。
諫議大夫魏徵、王圭兩人上表請求陪送靈車到安葬地，太宗答應了他們的請求，並命令原東宮和齊王府的幕僚屬官都去送葬。
從太宗給兩位兄弟的封號和諡號來看，無疑是降低了他們的地位身份：李建成原爲皇太子，降爲息王（親王級別），諡號爲隱，是中下等諡號（按諡法：“隱拂不成曰隱。不顯屍國曰隱。見美堅長曰隱。”指本性難改，言過其實。又：“隱，哀也。”指柔弱短壽）；李元吉原爲齊王（親王級別），降爲海陵郡王（郡王級別），諡號爲剌，是下等諡號（按諡法：“愎很遂過曰剌。不思忘愛曰剌。”指剛愎自用，忘恩負義。）。
貞觀十三年（公元640年1月5日），太宗封庶出皇子李福爲趙王，過繼給已故皇兄李建成爲嗣。
貞觀十六年（公元642年7月8日），太宗再次下詔恢復息隱王李建成皇太子的封號，改封海陵剌王李元吉爲巢王（恢復爲親王級別），諡號不變，故後世稱兩人爲“隱太子”、“巢剌王”。兩人生前的身份地位恢復了，但惡諡依然伴隨着他們。
太宗去世後，其子李治繼位，是爲唐高宗。高宗於顯慶年間下達詔書，令太宗的小兒子、自己最小的弟弟曹王李明，過繼給已故皇叔李元吉爲嗣。
從古至今 ，大部分歷史學家對李世民發動玄武門之變持理解、同情甚至讚賞的態度。
《舊唐書‧太宗本紀》史臣曰：“或曰：以太宗之賢，失愛於昆弟，失教於諸子，何也？曰：然，舜不能仁四罪，堯不能訓丹朱，斯前志也。當神堯任讒之年，建成忌功之日，苟除畏逼，孰顧分崩，變故之興，間不容髮，方懼“毀巢”之禍，寧虞“尺布”之謠？……”
《舊唐書‧太宗本紀‧贊》曰：“昌、發啓國，一門三聖。文定高位，友于不令。管、蔡既誅，成、康道正。貞觀之風，到今歌詠。”
《舊唐書‧高祖二十二子傳》史臣曰：“建成殘忍，豈主鬯之才；元吉凶狂，有覆巢之跡。若非太宗逆取順守，積德累功，何以致三百年之延洪、二十帝之纂嗣？或堅持小節，必虧大猷，欲比秦二世、隋煬帝，亦不及矣。”
《舊唐書‧高祖二十二子傳‧贊》曰：“建成、元吉，實爲二兇。中外交構，人神不容。用晦而明，殷憂啓聖。運屬文皇，功成守正。善惡既分，社稷乃定。”
司馬光《資治通鑑‧卷第一百九十一‧唐紀七‧高祖神堯大聖光孝皇帝武德九年》：“立嫡以長，禮之正也。然高祖所以有天下，皆太宗之功；隱太子以庸劣居其右，地嫌勢逼，必不相容。使高祖有文王之明，隱太子有太伯之賢，太宗有子臧之節，則亂何自而生矣！既不能然，太宗始欲俟其先發，然後應之，如此，則事非獲已，猶爲愈也。既而爲羣下所迫，遂至蹀血禁門，推刃同氣，貽譏千古，惜哉！夫創業垂統之君，子孫之所儀刑也，彼中、明、肅、代之傳繼，得非有所指擬以爲口實乎！”
蘇轍：唐高祖起太原，其謀發於太宗，諸子不與也。及克長安，誅鋤羣盜，天下爲一，其功亦出於太宗。蓋天心之所副予，人心之所歸向，其在太宗者審矣。至立太子，高祖以長立建成，建成當之不辭。於是兄弟疑間，卒至大亂。夫建成不足言也，其咎在高祖。
李贄：建成、元吉自家討死。太宗殺之。不爲過也。但待鞠問明白。以廢立之柄歸之太祖。更爲無議。然勢不並立。先著勝人。亦不可懸度也。
蓋此天下乃太宗上獻之太祖。非太祖下傳之太宗者也。豈與世及之常例乎。何俗儒不曉。尚有以長之說。
胡戟、胡樂《試析玄武門事變的背景內幕》：“玄武門那場唐太宗一生中最艱危的苦鬥，對他本人來說，絕不是可以誇耀後世的愉快記憶……李世民和他父親這一段不愉快的往事……怎能在李世民受傷的心上摘脫乾淨！”
柏楊：“然而，中國人應該慶幸李世民先生奪嫡成功，李世民爲中國帶來名垂千古的‘貞觀之治’，成爲治世的典範。”