四月，朝廷決定由刑部尚書王紀、左都御史鄒元標、大理寺卿周應秋組成三法司，會審熊廷弼和王化貞案。初審這天晚上，魏忠賢將審案過程記錄呈給了朱由校，這是東廠聽審的監察員記錄的。
首先提審的是熊廷弼，熊廷弼先跪了三法司，然後就立刻站起來：“我起自田間，復任經略，原議是讓我駐山海關，並無駐廣寧的片字決定。廣寧失守，罪在王化貞！”
左都御史鄒元標厲聲駁斥：“早就說過，失地喪城，功罪一體，你還想要推卸責任嗎？”因這是皇帝所說，所以熊廷弼沒辦法反駁。
接着熊廷弼又對“提審”他提出異議。鄒元標接着說：“本職屢奉明旨，內雲‘提審’，又有‘確審’字樣，你竟然不理！今日必須進刑部下獄，是非自明，你不可抗旨。”
熊廷弼不服，辯解說：“我奉明旨‘聽問’，不是‘送問’，寫得明明白白，怎能將我下獄？”
兩人爭論多時，刑部尚書王紀接過來說：“你不肯進刑部，就叫錦衣衛旗尉陪你暫到天仙庵住一日，我們上奏皇上，請旨裁決。”
熊廷弼無法，於是只好自請皇帝下詔逮捕他。
審完熊廷弼，鄒元標、王紀都帶着客氣的口吻說：“請王巡撫過來。”
王化貞一進大堂，就長跪痛哭，說道：“我的苦唯有自己知道，一言難盡！”說着，從袖裡取出一封信送上。
鄒元標、王紀都說：“你必須承認自己的罪過，將來一定還有重回朝班之日！”安慰了一陣，也沒細審，就都站了起來，與王化貞“一躬而散”。
朱由校問道：“這個鄒元標、王紀對兩人態度爲什麼大不相同，周應秋爲什麼沒有說話。”
魏忠賢小心回答：“回皇上話，鄒元標、王紀都是東林黨人，熊廷弼是楚黨，王化貞也是東林黨人，還是葉學士的弟子。周應秋不是東林黨人，說話也不管用呀。”
朱由校笑了起來，原來如此。看來自己上世的信息有誤呀，這東林黨人並不都是忠心耿耿的，明顯的黨同伐異，於是說道：“東林黨人竟然敢如此肆無忌憚偏袒自己人，打擊別黨的人士嗎？”
“小的曾聽人說，東林黨的左光斗曾經說過一句話：若非同道，即爲仇敵。”
“呵呵，有意思，若非同道，即爲仇敵。看來東林黨是想一家獨大，任何時候，一黨獨裁都是要不得的。你給我仔細查一下，朝中每個大臣是屬於哪一個黨的，我要搞多黨合作，絕對不能讓你一黨獨裁。”
魏忠賢雖然聽不懂皇上在說些什麼，但至少自己要幹什麼還是聽明白了的，所以行禮退出後，立即讓人清理朝中大臣的黨派歸屬，以便報於皇上。
朱由校聽了左光斗這句名言後，心裡又犯了些思量，於是他召來王體乾，問道：”你查一下徐光啓和孫承宗誰先中的進士。“
王體乾躬身道：”聖上，奴婢記得兩人都是萬曆三十二年中的進士。“
朱由校奇道：”你每個人中進士的時間都記得清楚？這麼厲害？“
王體乾連連搖頭：”奴婢只是對四品以上官員的資料做了一個統計，以備皇上隨時查詢。“
朱由校道：”兩人是同一年中進士，朕記得徐光啓比孫承宗的官階一直都高，爲什麼我要升徐光啓當尚書內閣和大臣們都要反對，而孫承宗入閣反而沒人反對呢？“
王體乾低着頭道：”奴婢不敢說。“
”恕你無罪，你說吧。“
”奴婢認爲，內閣中大多是東林中人，朝中大臣特別是言官也是東林居多，而徐先生並不是東林人。“
朱由校想來也應該是這樣，他笑了笑道：”王體乾，你家裡還有些什麼人呀？“
王體乾跪倒在地：”奴婢父母早亡，如今家中尚有一兄一弟，並侄子侄女等人。“
”有沒有想過從侄子裡選一個過繼你的香火呀？“
王體乾連連叩頭：”皇上，奴婢做夢都想呀。“太監因爲不能生育，所以很多大監都會過繼一個兒子繼承自己的香火，而明代太監想要收繼子，必須要皇帝賜才行，當然偷偷摸摸的有，但那是得不到別人承認的。
”好吧，你辦事確實不錯，朕賜你選一個侄子過繼到你名下，承了你的香火。“
王體乾激動得全身顫抖，爲免君前失儀，他一直等到走出御書房很遠以後，纔開始放聲大哭，那哭聲中卻偏偏有着那壓抑不住的歡喜之意。