王在晉出任遼東經略後，先帶人視察了關外形勢，然後給朱由校寫了一封奏摺，要求在山海關外八里的位置重新修一座城，也叫重城，用來抵禦後金。
而這時隨王在晉出關的幕僚袁崇煥則直接向首輔方從哲上書，認爲王在晉的築城策略有問題，應該在寧遠築城，在奏摺中他放出豪言：“給我兵馬錢糧，一人獨守此！”方從哲將兩人奏摺呈上，請皇帝定奪。
朱由校先看了兩人奏摺，王在晉認爲遼東耗費太多，這樣下去會將國家財政拖垮，所以最好是將遼民遷入內地，這樣會大大減少消耗。袁崇煥則認爲在寧遠築城，佈置從山海關到寧遠的防線，再可以從寧遠一直築城到後金所佔的遼東，用城將後金困死。
不過朱由校對袁崇煥的那句豪言倒是有些看法，給你兵馬錢糧，那算什麼獨守？意思是功勞歸你一個人嗎？然後就是用城將後金困死，那要多少錢呀，親你知道嗎？
他先將徐光啓找來，問了一下遼東歷年所用經費，結果發現，從萬曆四十六年閏四月起至泰昌元年九月止共發過一千五十一萬五千七百二十三兩（明實錄）。
兩年多時間花了這麼多錢，而據徐光啓所說，朝廷今年的財政收入還不到五百萬兩。
朱由校詢問徐光啓的看法，徐光啓遲疑一會道：”王經略之前任職爲總理遼東戶、兵、工三部侍郎，專門管理遼餉事宜。“
朱由校心裡有了底，徐光啓也認可王在晉的策略。第二天朝會上，他將兩人奏摺交給大臣們討論，不料大臣們大多以不瞭解情況爲由，不發表自己的意見，倒是讓朱由校高看了一眼，不過他仔細想了一想，也明白了，上次熊王之爭讓大家都有些害怕了，生怕自己支持的人最後出問題，即使不牽連到自己，也會影響到皇帝對自己的看法，好一羣明哲保身的君子。
這時，孫承宗出列，表示願意去遼東親自視察，看誰的方案更符合實際。朱由校本來已經決定要用王在晉的方案，但既然孫閣老自己要去，當然不好打擊他的積極性。
今天還有更重要的事，就是西南策略問題。在解圍CD後，秦良玉和魯欽攻克二郎關、佛圖關後，會合了南坪關的白桿兵，收復了重慶，殺死賊將張彤。然後又收復紅崖墩、觀音寺、青山墩等賊軍重要據點，一直攻到永寧，奢崇明兵敗逃往水西，天啓元年十二月，秦良玉徹底平定奢崇明四川之亂。
平亂後，朱燮元秦良玉魯欽等人都上了奏摺，從奢崇明叛亂的起因，過程到最後的處理方案，都提出了自己的看法。三人一致認爲，奢崇明叛亂，固然有其野心膨脹的原因，但當地官員對土司盤剝過甚，卻是引起叛亂的最重要的原因。
至於事後的處理，三人倒都認爲應該改土歸流，只是具體作法有些分歧。朱燮元和秦良玉認爲應該以安撫爲主，保留土司的部分權力然後設置流官。而魯欽則認爲應該將參與叛亂的土司全部殺死，然後設置流官，這樣才能長治久安。
朱由校將三人奏摺先交給內閣討論，大家都對魯欽的方案嗤之以鼻，認爲大明一直以仁義待邊民，講究仁恕之道，怎麼能夠殺光土司呢？
朱由校其實很支持魯欽的看法，因爲他想到了後世的民族政策，如果摧毀了土人的上層建築，那下層土民就會好管得多，一味的仁義，只會助力那些人的囂張氣焰。
於是他將奏摺在早朝上讓衆大臣一起討論，結果大多數人都認爲朝廷應該行仁義之舉，只有幾個大臣認爲應該對參與叛亂的土司們給些懲罰，以儆效尤。
這時卻有個刑部郎中的看法與衆不同，他站出來說道：“陛下，微臣覺得，如果寬恕了那些土司，不啻與鼓勵別的土司造反，所以絕對不可以如此。臣認爲所有參與了叛亂的土司都應該殺死，並將其抄家滅族，將其家產收歸朝廷，對沒有參與叛亂的土司給予一定的嘉獎，這樣纔會讓他們明白以後應該如何作纔對。”
朱由校大喜，就將這個叫洪承疇的刑部郎中提升爲刑部員處郎，任命其爲欽差大臣，賜他尚方劍，前往永寧處理改土歸流事宜。並命周遇吉帶一個炮兵營和一個輜重營隨洪承疇前住，因爲奢崇明雖然基本打殘了，但安邦彥可還跳得很歡呢。
洪承疇動身之前，朱由校召見了他。兩人就官吏盤剝和降而復叛這兩件事進行了深入探討，朱由校認爲，只有死了的叛亂者纔是好的叛亂者，當然殺完他們後也要殺幾個貪官來取信於當地土人，讓以後的流官知道土人也不是能隨便剝削的。並讓洪承疇帶口諭給四川巡撫，要他準備好流官，等洪承疇清理完後迅速安排下去，將永寧安撫好。