天啓三十一年三月初，九州再次討伐幕府，八萬大軍在綾部藩的九鬼隆常和山家藩的谷衛政的協助下一路勢如破竹，到三月十一日，九州大軍便兵不血刃地拿下了京都。拿下京都之後，鄭芝龍的軍隊並沒有對天皇一族動手，甚至還依然將天皇一族留在了京都。
天皇在這個時候只是一個象徵，無兵無權，不管是對鄭芝龍還是對幕府都構不成威脅，反而如果動了天皇一族的話，會使得整個東瀛的民心向背發生根本性的變化。鄭芝龍不會去做這種費力不討好的事情。
不過如此平穩地拿下京都不但出乎鄭芝龍等人的意料，更是讓王賽兒的計劃全部落空。
“京都必須亂，還必須大亂，此事關乎皇上的計劃。”王賽兒冷靜道。
“娘娘，既然京都沒有如期地出現混亂，那我們可在京都製造混亂，到時候娘娘的計劃便可實施了。”說話的是東瀛東廠這邊的掌班。
“王掌班，東廠新派了一批人手過來，這批人大多都潛伏在近畿，他們此行的目的就是爲了協助我完成計劃的，你速速聯繫上他們，負責在京都製造混亂，趁亂將天皇一家斬盡殺絕。”
“娘娘，九州的大軍現在正在前往紀州藩的路上，留守京都的軍隊，雖有三名軍官是我們的人，但職位都不高，其中官職最高的是一名千總。”王掌班道。
“那也必須實施我們的計劃，一旦九州完全平定近畿，到時候我們的計劃實施起來會艱難百倍，不除盡天皇一族，良仁如何能夠登基？”王賽兒果斷地說。
“娘娘，如果不惜一切代價的話，此事一定能成，只是有可能會暴露我們在軍隊中的人手安排，甚至會導致九州王對軍隊進行清洗。”王掌班擔心地說。
“現在顧不得這麼多了，而且就算我們這麼做了，我也相信鄭芝龍一定不敢清洗軍隊，第一，鄭芝龍雖然稱霸東瀛，但他面對大明，猶如蚍蜉撼樹，必定不敢做得太過分；第二，鄭芝龍一定不敢大規模的清洗軍隊，如果他敢清洗軍隊，勢必會給幕府以機會，說不定會痛失大好局面。”王賽兒分析道。
“那臣立刻去安排此事，一定在近畿決戰結束之前，解決京都的事情。”王掌班也明白現在的局面是箭在弦上不得不發。
“此事不能有任何閃失，不惜一切代價做好。”王賽兒叮囑道。
“諾。”
……
三月十三日，京都城內突然出現九州軍要屠城的流言，而且這個流言像病毒一樣迅速傳遍了整個京都城。剛開始這個流言還非常簡單，只是有九州軍有屠城的可能，但經過數天的發酵，這個流言開始傳得有鼻子有眼，甚至連屠城的具體時間都出來了。
對於屠城這樣的事情，九州軍做了不是一次兩次，而是經常在做。京都的百姓對於九州軍會屠城的這個流言剛開始還半信半疑，但漸漸地相信的人越來越多，這使得整個京都都陷入恐慌之中，甚至有人開始逃離京都。
京都迅速陷入了混亂之中。駐紮在京都的五千九州軍面對逐漸陷入混亂的京都，也進入了高度緊張之中。
三月十七日深夜，外京突然發生大火，火勢極其兇猛，逐漸蔓延到了左京。
“九州軍要屠城了！”城內隱隱約約有人喊道。
“九州軍要屠城了！”這個聲音逐漸在城內開始清晰起來。
兇猛的火勢，將整個京都城都有些亂，而不明真相的人根本不知道發生了什麼，聽到從外京傳來的聲音，他們以爲這是九州軍已經在屠城了。
“九州軍在屠城！”
“九州軍在屠城！”
……
左京首先混亂起來，緊接着右京也陷入了混亂之中。而此刻負責京都的防衛九州軍也不知道發生了什麼事情。
“京都騷亂，傳令全軍進入京都。”千總劉大用下令道。劉大用就是東廠在九州軍的番子。
“大人，沒有參將的軍令，全軍進入京都的話，恐怕會受到軍法處置。”
“難道你沒有看到京都城內火光沖天嗎？參將大人此刻就在城內，城內只有一千守軍，而城內的情況我們又不知道，我軍如果再不進城，貽誤戰機這個責任誰來負責？何況我軍本就是駐防京都的軍隊，到時京都失守，你我皆有責任。”劉大用呵斥道。
“大人，這……”
“如果參將怪罪，我一力承當。全軍立刻進城。”劉大用不耐煩地說。
見劉大用如此說了，他人也就不好阻攔了。
城內的一千的守軍只是負責京都城內的防衛工作，駐紮在城牆周圍，而當劉大用的軍隊進入京都之後，使得京都的騷亂迅速惡化。
看到全副武裝的九州軍進入城內，京都城內間諜高喊道：“九州軍殺來了，大家和他們拼了。”
而此刻城內的浪人在間諜們的鼓動下，居然率先對九州軍發起了攻擊。浪人的攻擊雖對九州軍造成的傷害有限，但卻給了劉大用以藉口。
“凡是攻擊我軍者，殺無赦！”劉大用下令道。
進城的九州軍進入了殺戮模式，不是屠城也變成了屠城，整個京都的騷亂達到了頂峰，在這樣的形勢之下，城內的九州軍此刻也被捲入其中。很快城外的九州軍也進入了城內。整個京都頃刻間變成了人間地獄。
一將功成萬骨枯！王賽兒爲了讓良仁登基，她將整個京都都獻祭出來了。
趁着夜色和京都的混亂，東廠的三百餘人也殺向京都御所。此刻京都御所已經是大門緊閉，處於高度戒嚴之中。
“速戰速決，使用火藥炸掉朱雀門。”王掌班一邊組織人進攻御所，一邊用日語下令道。
“轟”地一聲巨響，京都御所的朱雀門被東廠番子炸塌。東廠的番子從朱雀門衝入了御所。
“一個不留，全部殺掉！”王掌班用日語下令道。
有着上千年曆史的東瀛天皇一族遭到了有史以來最沉重的打擊，整個御所之內被殺得血流成河。東廠的番子見人就殺，絕不留一個活口。