總督漕運兼提督軍務巡撫鳳陽等處兼管河道，這一長串頭銜的背後隱含着巨大權利，雖然比起原先的正一品的五省總督來講，現在的品級僅爲正二品，但陳奇瑜已經非常知足了。
提督五省軍務聽上去很威風，但那可是個累死人的差事。
每日都要接到雪片般的各地匪情塘報，然後還要從這些情報中分析出何處的流賊爲禍最深，其下一步的流竄方向是哪裡，應該在哪裡調兵堵截，調多少兵力才能打贏，何地能籌措到糧餉等等等等諸多問題。
五省總督沒有固定辦公場所，哪裡大兵聚集，總督就要趕往該地親自指揮，其實主要是督陣，防止某些總兵大將出工不出力。更要防止殺良冒功，坐視友軍被困不去援助，私縱賊寇等黑暗事情的發生。
當然了，就算總督親臨，很多事還是會照樣發生，但某些大將不敢明目張膽去做。
五省總督最大的風險還在於剿賊不利，陳奇瑜恰恰是犯了這條大忌才身陷囹圄。
說起來真是冤枉他，老陳剿賊那真是有兩把刷子。在任上總共不到一年，把高迎祥、張獻忠、李自成等一衆匪首攆的到處亂竄，要是車廂峽之事自己上點心就好了。
陳奇瑜暗自嘆了口氣，自己當時太膨脹了。以爲已經畢其功於一役，剩下的就是回到京師後，在朝廷重臣們羨慕嫉妒恨的目光中接受皇帝的封賞了，按照如此大功，至少是個兵部尚書，要是皇帝一高興，入閣也不是不可能，位極人臣可是一輩子的榮耀。
世上沒有後悔藥，在詔獄中待了數月，陳奇瑜對現在的一切感到分外的珍惜。
他有時覺得挺佩服自己的。
雖然蒙皇帝特簡出獄成爲鳳陽巡撫，可要不是自己敏銳的察覺到壽州之戰的重要性，要不是自己未雨綢繆，將徐州兵事先攬到麾下，要不是自己當機立斷，親率大兵赴援壽州，與盧建鬥合力取下這場大勝，那自己無論在鳳陽如何折騰，都不會引起皇上的注意，只要被皇上遺忘，那再想升遷就幾乎不可能了。
現在終於如願以償了，皇上真是慧眼識人啊，哈哈！只要自己在這個重要位置上幹出一番業績來，那重返京師位列殿堂之上也是順理成章的事了。
淮安是大運河的中段，是黃淮交匯的地方，也是整個漕運的關鍵，宣德二年朝廷遂在淮安府開府建牙設立了督管運河的總兵府。
後因漕運事務逐漸繁忙，而漕運又廣泛牽涉到各省行政、軍務，需要做大量的協調工作，不是一個武臣所能辦得了的，所以朝廷經常臨時派遣侍郎、都御史、少卿等文職官員參與督運。至景泰二年（1451），朝廷認爲文官的參與必須常態化，所以奏請皇帝設立了漕運總督，並將原先的漕運總兵府改爲總督府。
漕運總督長長的頭銜中，提督軍務這一條可是相當厲害。這就是說可以和其他各省的總督一樣，擁有一定的兵權，並且漕運總督麾下兵馬真是不少，名義上總督麾下足有兩萬餘戰兵，還有人數多達十二萬的運軍，就是跑船的這幫漕軍。
漕運總督統領潁州兵備道、徐州兵備道、淮揚海防道，中都留守司之鳳陽等7個衛，洪塘守禦所，南直隸之廬州衛、揚州衛、高郵衛、儀真衛、滁州衛、徐州衛、淮安衛、大河衛、邳州衛、沂州衛、泗州衛、壽州衛、宿州衛，海州中守禦所。所以漕運總督人稱爲帥、大帥、漕帥，他設有軍門，有中軍，左營、右營、城守營。他所在的淮安城的守衛，不須地方政府如山陽縣、淮安府的來管，而是由漕運總督署城守營負責，地方官府只是協助而已。有戰事還可調動所轄範圍內的軍隊，如揚州營、徐州營等。
總督的權限包括督理錢糧、操練兵馬、修理城池、撫安軍民、禁革奸弊等事項。如有戰事發生，可以選將調兵，組織備戰。對於才能不濟或是不聽命令的官員，文職五品以下，武職四品以下，都可以參究、拿問乃至以軍法從事。至於上書彈劾，致某一下級官員被貶被殺，更是小菜一碟了。
到任總督已經月餘，跟隨自己參加壽州大戰的鳳陽衛都已迴歸原位，郭太的徐州兵在把俘虜押送到淮安後，也回了徐州駐地。郭太此次敘功被朝廷擢升爲徐州副總兵，因而對陳奇瑜更是俯首帖耳，兩次跟隨陳大人都能升官，這樣的好事上哪找去。
盧象升帶着天雄軍和遼東騎兵以及黃得功部向湖廣一帶挺進，繼續追繳張獻忠等巨寇。
壽州之戰俘獲的五萬餘人已經在總督衙門兵丁的監護下，由工部都水司的郎中劃分區域，開始對堵塞嚴重的運河中段進行清淤工作。
五萬餘人被分爲二十隊，每隊不到三千人，由一百兵丁看守，在工部吏目的指揮下展開作業。
陳奇瑜自知不懂此間事物，所以將此事全權交於了工部郎中董藩。在吩咐下陳奇之督辦清淤所需糧食之後，他便帶人開始四處巡查走訪，力求短時間內對漕運一事有所瞭解，到時好給皇帝上本，陳說其中利弊，以便使自己在皇帝眼中的良好形象再加幾分。
這些俘虜絕大部分是農戶出身，都是因田畝絕收才加入流賊隊伍，所求無非是能吃頓飽飯，甚至吃不飽也行，總比等在家中餓死要強。但其中也有不少本性兇殘之輩，姦淫擄掠的惡事沒少幹。
陳奇瑜在率部押送俘虜前往淮安的途中，對六萬餘人進行了一次甄別行動，目的就是爲了震懾住他們。
其實按他的本意，這夥流賊直接殺了埋掉肥田就成，活着也是浪費糧食。但崇禎在給他的諭旨中告誡他，此舉是爲了攻心，給別處流賊留下投誠的想頭，陳奇瑜雖然頗不以爲然，但還是遵照執行。
他下令把這羣俘虜分成數十營，紮好營柵隔離開餓上三天。之後令官軍將白麪蒸餅擺在營門處，對俘虜們宣告：凡有檢舉揭發他人罪行者便可以出營領取飯食，朝廷會給他們安排活路，每日還管兩頓飯。罪行包括破城之後搶奪百姓家產、殺傷人命、奸**女、殺傷官員、官軍，對朝廷有憤恨之言者等等，這些人將會被帶往礦山挖礦。
大部分餓了三天的流賊們心中早已絕望，以爲不知道何時就會被官軍屠殺，突然聽說可以吃上白生生的麪餅，並且還能有活幹有飯吃後，幾乎所有人都躁動起來。不就是檢舉或者被檢舉嗎，又不會死人，只不過是乾的活不一樣而已。
在持刀拿槍的官軍嚴密看管下，流賊們每十人一組出營，來到書吏的桌前，將被檢舉者的姓名年齡籍貫外號，以及所犯罪行講清，官軍將被檢舉者喊出後帶到一邊的營盤看押，檢舉者則會去另外營盤就食。
經過在數個時辰的忙碌，被檢舉出來者多達五千餘人，其中不乏鄉黨親戚之間的相互揭發。
眼睛都已餓綠了的人看到飯食之後，世代相傳的親親之情都拋在腦後，所有的一切都不如吃上一頓飽飯重要。何況朝廷已經說了，送去挖礦，以贖其罪，既然你確實幹過傷天害理的事，就別怪俺把你招出來了。
陳奇瑜揹負雙手冷冷的看着眼前的一切。這些愚民給朝廷造成了如此大的麻煩，給大明帶來了巨大的傷害，多少無辜百姓直接或間接死於他們的手中。車廂峽之役自己的婦人之仁，帶來的是丟官去職，身陷囹圄，那種恥辱都是拜眼前這些刁民所賜！
當所謂的惡人和好人分別歸營後，陳奇瑜轉身回了大帳。
五千多被檢舉出來的流賊，在營柵內或蹲或躺，或幾個相熟之人湊在一起閒話，小聲議論着要被帶往何處。
突然一陣隆隆的腳步聲傳來，五百名官軍弓手列隊而來，在流賊們或驚詫或絕望的目光注視下，迅速分開後在營柵外站好，彎弓搭箭後透過柵欄之間的空隙對準營內的流賊。隨着一聲威嚴的喝令，弓手們將手中箭只射了出去。
在每人射了七八輪後，弓手們力竭後停止射擊，流賊的營內已是遍地的屍體和傷者，五千餘人的完好無損的只剩千人左右，這些人邊大聲嚎叫着邊四處躲避，有的想爬上營柵翻出，被一些尚有餘力弓手們射翻下去。整個營地內血流成河，哀呼慘號聲不絕於耳，其他附近營內的流賊們俱是臉色青白不已，很多人嚇得失聲痛哭。
緊接着營門被打開，五百名全身甲具的刀盾手和五百名長槍手列隊入場，一刻鐘之後，場內再無站着的流賊，刀盾手開始翻檢躺倒的流賊，挨個進行補刀，最後弓手進場，將射出去的箭只收回。
陳奇瑜命當地縣府送來鋤頭鐵鍬，在官軍的監看下，被挑選出來的流賊們在一片荒地挖了數十個大坑，將死掉的賊人們填埋掉。
多少年過去了，當地人很少敢獨自從這片地方走，據說夜裡時常有慘叫聲發出。
事發當天，一封流賊戰俘聚衆，妄圖搶奪官軍兵器暴亂，結果被官軍奮力彈壓，最後殺死流賊數千人，官軍無人傷亡的捷報被送往了京城而去。