對於海漢執委會和國防部來說，當然巴不得像特戰營這樣的精銳部隊越多越好，畢竟武力纔是海漢國不斷開疆拓土的真正有效手段。但這中間又有一個所有人都不得不正視的悖論，那就是精銳部隊必然都是由高級將領們親自組建並長期操訓，這樣兵員的素質和部隊的戰鬥力才能得到最大程度的保障。可如此一來，這些部隊往往長期聽命於將領一人，直接效忠的對象並非遠在三亞的執委會，很容易演變成事實上的軍閥，甚至會割據一方自成派系。原本是爲了鞏固統治的目的才花費重金去組建和維持這些精銳部隊，但當這些部隊的實力壯大到一定的階段，執委會的統治反倒會因此而存在更多的隱患。
要預防某些極端狀況的出現，除了加強軍隊的政工工作之外，還有一個極爲重要的手段就是定期更換這些部隊的駐紮地。雖然這種措施需要額外消耗大量的軍費，以及安排極爲複雜的部隊跨地區調動的行動計劃，但所能取得的效果倒是毋庸置疑。
像特戰營的駐地，幾乎是每過一兩年就會進行更換，而且往往是去到海漢地圖的邊陲地帶執行作戰任務。特戰營在地方上基本沒有根基可言，其後勤供應和新兵招募都十分依賴於國防部的支持，也就沒了演變爲軍閥勢力的大部分客觀條件。
海軍所屬的陸戰隊也是類似的情況，由王湯姆親自打造的這支兩棲部隊在海南島之外並無固定的駐紮地，基本就是看哪裡有作戰任務就隨海軍往哪裡去，在需要通過海路進行遠程投送的任務中比陸軍多了一分效率。特別是在兩棲作戰的環境下，這支部隊的戰鬥力甚至毫不遜色於號稱海漢第一軍的特戰營。
騎兵營的狀況則有些特殊，在駐地必須要爲戰馬修建馬場，否則數百匹戰馬的長期安頓會是一個極爲麻煩的問題。所以騎兵營的每一處駐地都得花費大量經費在馬場上，爲了能夠儘量節約軍費，駐地會相對比較固定，而且在海漢國的統治區內，除海南島上的戰馬牧場之外，也就那麼有限的幾處而已。對騎兵營的調動，大致都是圍繞着這幾處有馬場的地方來進行安排。
目前駐地比較固定的精銳部隊，也就只有羅傑的南海特戰大隊了，這支部隊早在他主政安不納島期間就已經開始組建成型。自海漢在1633年底進駐星島之後，羅傑就一直在當地擔任軍事主官，並於1634年開始打造自己的班底。他手下這支部隊在來馬尼拉之前，主要的活動範圍也是集中在馬六甲海峽，實戰經驗比起另外幾支隊伍都要少得多，可以說是精銳部隊中的小鮮肉了。
鑑於這支部隊及星島地區的現狀，國防部暫時不會將其調動到其他地方駐紮，所以馬尼拉戰事終結之後，羅傑依然會率領這支部隊回到原來的駐地，繼續爲海漢守護住南海的西邊門戶。
而這幾支精銳部隊離開馬尼拉之後，將留在本地接管治安防務的是從海口調過來的陸軍營。營長於鐵柱從1627年開始就一直在軍中服役，也算是海漢的開國功臣之一，他所指揮的這個營在早年還一度擔任過勝利堡的衛戍部隊，戰鬥力雖然尚不及那幾支精銳部隊，但在陸軍中也已經算是第一等的存在了。
在馬尼拉戰役中，於鐵柱和他的部隊幾乎全是在幹苦活累活，給另外幾支精銳部隊充當候補和負責輜重運輸，並沒有得到什麼出風頭的機會。不過這本來也是情理之中的事，國防部好不容易纔從天南海北將麾下的精銳部隊全部集中到馬尼拉，目的就是要畢其功於一役而不能出現任何意外，自然是要將這幾支王牌軍全部堆在戰場第一線。而以普通部隊參戰的這個陸軍營，自然就只能受點委屈噹噹綠葉了。
不過於鐵柱對這樣的安排倒是不會介意，因爲出發之前國防部長顏楚傑便與他有過一次面談，問過他是否願意率領部隊到海外駐紮。於鐵柱很清楚如果想要軍功，駐外肯定比待在海南島的機會更多，雖說馬尼拉是一個相對比較陌生的地方，但也不是什麼不毛之地，到當地之後不用擔心基本的生活設施和物資補給問題，軍餉也要比待在海南島高出一截，說不定還有機會跟周邊的土著武裝打上幾場積累軍功，那又何樂而不爲呢。
邱元和蕭良抵達馬尼拉之後，便立刻開始接手本地的軍政事務。相對而言，軍方的防務和指揮權轉交工作還比較簡單，因爲此時顏楚傑等將領都還尚未離開馬尼拉，蕭良可以通過他們獲得更爲詳細的本地信息，不至於會在接手後毫無頭緒。而於鐵柱在海口城駐紮期間，邱元正好便是他的頂頭上司，軍政雙方的很多工作就更容易溝通了。
當然執委會和國防部作出這樣的人事安排，未嘗不是考慮到了這樣更便於快速接手馬尼拉的軍政事務，而且蕭良在廣東期間也算是帶過兵，不至於因爲業務不夠熟悉會被下面的人給架空。
關於防務的交接，其實臨管會在此之前就已經有了安排，不過因爲海漢軍在巴石河以北地區的清剿行動仍在進行之中，所以相關的交接工作就繼續順延，蕭良也因此得以有更多時間來熟悉本地的狀況。
海漢軍在巴石河北岸的行動也並不是一帆風順，逃往這一區域的西班牙人往往都是非富即貴，不少人都擁有小規模私人武裝，對於海漢軍的追擊，他們理解爲這是要趕盡殺絕的意圖，自然不會輕易放下武器就範。而海漢軍所得到的指令，便是對所有的抵抗行爲實施打擊，這樣一來不可避免地就發生了多起武裝衝突，雙方也都各有死傷。
當然了，戰鬥力擁有絕對優勢的海漢軍傷亡數字並不大，倒是逃亡中的西班牙人因武力抵抗，被海漢軍很是果斷地屠戮了不少。按照回報至臨管會的數字，光是在近幾日巴石河以北抓捕行動中被殺的西班牙人就超過了三百人。而被抓捕押回馬尼拉城的俘虜，則是這個數字的好幾倍之多。
不過這都並非海漢將領們所關心的重點，畢竟亂世人命賤如草，何況是敵對陣營的人命，死幾百人也僅僅就是一個數字罷了。將領們最爲關切的，當然還是抓捕行動到底從這些西班牙人手中搜出了多少錢財。
而參戰部隊也的確沒有讓翹首以待的將領們失望，在抓捕行動的第二天，繳獲財物的總價值就已經突破百萬大關。第三天一馬當先的騎兵部隊在聖米格爾鎮一口氣連破三個西班牙富商家族，繳獲的財物足足用了十餘輛馬車才運回馬尼拉城。在經過連夜清點之後，臨管會宣佈騎兵營率先達成了行動之前定下的目標，得到了顏楚傑懸賞的十萬元獎金。當然了，羊毛出在羊身上，這筆獎金肯定也不會是顏楚傑私人掏腰包，而是從這次繳獲的財物裡折價出來，由國防部先行墊付而已。
顏楚傑在對騎兵營作出嘉獎的同時，也宣佈將從各部隊繳獲的錢財中按照比例給予獎勵，繳獲越多，提成的比例越大。金錢刺激的作用無疑是巨大的，幾支參與抓捕的部隊都是幹勁十足，恨不得將巴石河以北的百里平原全都翻個底朝天，把所有活人都抓回馬尼拉城。
將領們自然是樂見其成，權當是讓麾下部隊多一個自己賺獎金的機會。不過西班牙人可就倒黴了，特別是那些爲了躲避戰亂而早早逃出城去的權貴，稍加抵抗就成了槍下亡魂，反倒不如留在城中，只要不冒然出頭，頂多也就是被海漢軍抄家失了錢財，至少還能保個性命無虞。
而隨着西班牙人的失勢，本地的漢人勢力開始重新擡頭。原本生活在這裡的漢人只是屬於外來移民，由於人口有限，地位甚至比本地土著還低一等。不過海漢軍拿下馬尼拉之後，很多本地漢人的心思也開始活泛起來，他們大多沒有國籍的牽絆，也談不上對西班牙殖民政府或是千里外的大明有多少效忠之心，但既然接管馬尼拉的新主人是一個漢人背景的國家，那今後這地方由漢人翻身做主人也就成了板上釘釘的事。
很多人都將城南的潮升商棧當作了這類操作的典範，一個由明人經營的商業機構，能夠先後在西班牙和海漢之間左右逢源，混得風生水起，這不免就會讓人生出了“我上我也行”的念頭。基於這樣的認識，有些人便主動與海漢軍搭上了線，表示願意配合官府做一點力所能及的事情。
而臨管會對於這種主動求合作的本地人也保持歡迎態度，這些人在本地多少都有些產業和人脈，發動他們去做一些具體細微的事情，要遠比官方自己動手更有效率。比如類似治安維持、政策宣傳這類事務，由本地人出面處理就更易於被接受，也無需軍方再牛刀殺雞，去動用一些強制性的措施來對付普通民衆。
當然了，也並不是每一個主動出頭的人都能得到海漢的青睞。有冉天祿這個地頭蛇作爲參謀，臨管會在挑選合作對象的時候便可以少走很多彎路。哪些人靠得住，哪些人是破落戶，哪些人背景不可靠，冉天祿幾乎都能或多或少地給出一些參考資料。
二月十七日，在馬尼拉完成短暫休整的南海特戰大隊第一個踏上了歸途。雖說星島那邊有可靠的搭檔譚舉任主事，還有從安南國借來的一支千人軍隊看家，羅傑依然歸心似箭，想要早些回到自己的地頭。事實上如果不是在巴石河北岸的抓捕行動有豐厚的獎勵可拿，他早就已經率部離開了。在他看來，與其讓部隊無所事事地駐紮在馬尼拉，倒不如早些回星島，早些開始恢復正常的訓練。
羅傑對當前的南海形勢有自己的看法，西班牙人在馬尼拉戰敗之後，就基本失去了在遠東地區的地位，雖說還有一些殖民地分佈在南海，但全都是零星的小規模聚居點，短期內已經不太可能再給海漢製造出大的麻煩了。倒是位於馬六甲東端的星島，由於地理位置十分緊要，已經有越來越多的國家在盯着這個地方。就連葡萄牙、荷蘭這些所謂的合作伙伴，同樣也會覬覦海漢的這處據點，難保不會在有機會的時候陰海漢一把。
海漢要掌控馬六甲海峽，星島就是關鍵點，羅傑認爲目前的南海地區，也只有自己這支部隊才最適合部署在星島獨當一面。之前擊敗英國和柔佛國的聯軍，也充分證明了特戰大隊的戰鬥力。不過他這支部隊的編制還略顯尷尬，海漢軍的正式編制中並沒有大隊這個級別，而當初之所以會使用這個名稱，主要還是因爲當時這支部隊中有許多人並非通過正規的兵員招募而來，相當一部分士兵都是羅傑親自從人販子運至安不納島的一船船奴隸中挑出來。由這些沒有取得海漢國籍的人員所組成的軍隊，國防部自然不會授予正式的編制。
不過今非昔比，這次任務結束之後，顏楚傑已經向羅傑口頭承諾，等回到三亞之後立刻就簽署命令，授予南海特戰大隊正式編制，不出意外的話應該是加強營。今後的武器供應、軍費開支、人員待遇、軍銜職位，也都會按照正規軍的標準執行。至於一部分非海漢籍兵員的入籍問題，到時候也會一併得到解決。
其實在羅傑看來，武器、軍費、待遇、職位之類的問題還好，以前國防部給的條件本來也不差，最主要的就是解決士兵們的國籍問題，這樣才能讓這些脫離奴籍的士兵更有歸屬感，更明確自己所效忠的對象是誰。