吳茂昆被柯志恩打趴！賴清德認了請辭原因是違法赴陸
教育部長吳茂昆請辭獲准，行政院長賴清德29日受訪時證實原因就是因爲2005年的時候，吳茂昆當時任國科會主委到大陸參加兩場國際會議，第一場結束後轉赴浙江參加香港科技大學、浙江大學的的國際學術高峰會議，但這場行政院並沒有準，賴清德說，吳茂昆「一直到最近才知道」，還說吳茂昆希望以同一標準檢驗自己，所以今早他準辭吳茂昆；這同時也印證了國民黨立委柯志恩上週對吳茂昆的質疑。賴清德說，吳茂昆身爲教育部長，希望標準一致，因此表達希望辭去職務，止住紛爭；至於教育部長人選，賴清德說先由次長代理，繼任人選，將擇日報告。
時間往回推，柯志恩24日在立法院踢爆，吳茂昆2005年擔任國科會主委時，經申請後赴中國蘇州演講，但之後卻未經申請私下前往參加杭州的會議，已經違法該下臺，當時就逼得吳茂昆不大高興，只說「依法辦理，就看行政院長要不要我下臺」，如今此爆料也成爲吳茂昆的下臺原因。
事實上，吳茂昆今日聲明也有提及此事，他指出，當時他是前往中國參加了兩場國際性會議，當年這兩場國際會議的行程，事先都已向行政院提出申請，並循程序籤辦，而但行政院回函給國科會的公文中，對於香港科大在杭州所舉行的國際會議並未準駁。
吳茂昆聲明解釋，由於該場會議在週六、週日舉行，且出席者都是各國科技政策的負責人，因此，當時在朱經武校長當面力邀下，且考量出席會議可大幅增加臺灣在科技領域發展的國際曝光度，他才決定轉往杭州與會。