這時的浩罕遇到了最大的麻煩。國內分裂成敵對的派別爭奪王位，國外有正在銳意進軍中亞的俄國人對浩罕人施加無情的壓力。當時的最高首腦是阿力木庫爾，他在塔什干準備繼續抵抗俄國人，就在此時接到了伯克司迪爾的請求。他沒有能力爲布素魯克汗提供很多援助，但他給予了祝福和一些金錢，而最重要的是，他把自己的軍官穆罕默德·雅霍甫借給了布素魯克汗。
穆罕默德·雅霍甫大約於1825年出生於浩罕的彼什幹，是一位小官員的兒子，他的父親在這個多災多難的國度裡經歷過兇險的政治風浪。［1］後來穆罕默德·雅霍甫宣稱他的母系遺傳是鐵木耳的後裔。他娶了塔什干總督的一個妹妹，通過這個關係直接捲入了浩罕的政治。他參了軍，於1853年在阿克麥吉特抗擊俄國人，雖然失敗了，但因作戰英勇而引人注目。此後他捲入了幾名首腦爭奪浩罕王位的陰謀，這其中他的表現可謂趨炎附勢，首鼠兩端。於是人們承認他有相當的才幹，特別是他的軍事才能，得到了浩罕高層的普遍信任。
在遭到俄國人的痛擊以後，他在塔什干恢復受傷的自信，正在這時，阿力木庫爾接到了伯克司迪爾的請求。很明顯，俄國人暫時的撤退並不意味着他們放棄了對浩罕的企圖，而是爲了很快捲土重來。他們的確在下一年回來了，佔領了塔什干。然而儘管如此，阿力木庫爾還是很樂意擺脫最能幹的軍人伯克雅霍甫，或稱阿古柏，把他借給布素魯克汗，同往喀什冒險。
不久之後，阿力木庫爾在與俄國人和庫達牙爾汗的一次戰鬥中陣亡，這時曾被阿古柏兩次背棄的庫達牙爾汗，登上了浩罕的汗位。阿古柏成爲布素魯克汗的助手無疑是值得慶幸的，如果他留在浩罕，庫達牙爾汗很可能會讓他吃些苦頭。庫達牙爾汗在浩罕執掌大權的時候，布素魯克與阿古柏已經在前往喀什的路上了。
這兩人於1864年晚夏離開塔什干。他們在浩罕城會合了62名剽悍的亡命之徒，於1865年1月上旬通過特列克關口，進入喀什噶爾。他們沒有遇到抵抗，在喀什附近會合了伯克司迪爾，此人現在勸說布素魯爾汗取消計劃。局勢已經發生了對伯克司迪爾有利的變化，他後悔不該把和卓僞王召來。伯克司迪爾說，中隊很快就會回來，把侵略者趕出去，但是布素魯爾汗充耳不聞。他進入喀什，宣稱自己是祖先王國的統治者。
該地區已經亂成一團。回民控制了阿克蘇以東的整個南路，各派別在爭奪喀什噶爾西部所有城市的地方控制權，中國駐軍仍然留在喀什和英吉沙爾。伯克司迪爾立刻跟浩罕人翻臉，而浩罕人的首要任務就是消滅他。阿古柏很快就擊敗了伯克司迪爾，把他趕入喀什噶爾與伊犁河谷之間的山區。布素魯爾汗這時被勸留在喀什，把軍事行動的指揮權交給了他的將軍阿古柏。
在這一階段的作戰中，似乎沒人注意中國的駐軍。他們躲在城堡內，以他們特有的宿命論的態度靜觀其變。阿古柏收拾了伯克司迪爾以後，第一個行動就是進軍葉爾羌，就從英吉沙爾的中國駐軍眼皮子底下通過。
阿古柏起初打了幾個勝仗，但葉爾羌地區的葉爾羌人起來反抗，將他擊敗。他設法率主力脫險，退回英吉沙爾。在這裡，又有一些來自巴達赫尚的亡命徒加入他的隊伍，他決定攻擊中國駐軍。在圍攻了40天之後，中隊同意投降，條件是要能活命。阿古柏不講信義，將駐軍2000人全部殺死。這次勝利使許多零散的小股武裝歸於阿古柏旗下。
當地回民現在對阿古柏擺出了威脅的態勢，在瑪納爾巴什集結了大部隊。阿古柏決定讓他們來進攻，他在英吉沙爾綠洲等待對方的攻擊。與此同時，布素魯爾汗帶着一些部隊來增援，他們在英吉沙爾附近與當地回民軍交戰。戰鬥一開始非常不利於阿古柏，布素魯爾汗認爲必敗無疑，帶着侍從逃離了戰場。阿古柏集合部隊鼓動宣傳，呼籲他們作爲先知的信徒要捍衛正教，一大批當地回民在關鍵時刻倒向了他這一邊，於是他反敗爲勝，擊潰了當地回民軍。對於喀什噶爾和阿古柏而言，這是一場決定性的戰鬥。布素魯爾汗爲自己突然逃跑感到慚愧，也爲他的將軍突然獲得聲望而感到羞恥，所以對他那天的救助並未心存感激。國王與將軍之間產生了隔閡，不久就給國王帶來了災難。
他們回到喀什。喀什噶爾西部的城鎮，包括葉爾羌在內，急忙向他們投降。喀什的中國駐軍也被他們掌握。通過籠絡手段，阿古柏招降了幾乎所有的3000名駐軍，他們的指揮官是一個波爾格稱爲“何大雷”（音譯。——譯註）的將領，很可能跟中國人所說的“叛賊何步雲”是同一個人。他們宣佈皈依伊斯蘭教，加入了阿古柏的軍隊。中國將領張達（原文爲“ChangTa”，不知所指，這裡是音譯。——譯註）看到衆叛親離，帶着家人和留下的幾名死士，躲進了堡壘的軍火庫。當阿古柏的部隊進入堡壘時，張達引爆了軍火庫。之後按照中國官僚的傳統他得到了獎賞。就這樣，中國政府在喀什噶爾的最後象徵於1865年9月消亡了。
隨着阿古柏的權勢增長，布素魯爾汗和所有已經依附於他的小頭目已經完全失去了對他的信任。他們陰謀對付他。他們要對付的這個人，本身就是中亞玩弄陰謀的大師。事情很快就有了結果，阿古柏逮捕了喀什的國王。不久，布素魯爾汗被流放到西藏，和卓家族不再是喀什噶爾政治中的因素。到1865年底，阿古柏成了喀什噶爾西部的主人。在不到一年的時間裡，他就爲一個王國打好了基礎，不是爲別人，而是爲他自己。
波爾格說，有2000名漢人，也許不全是軍人，在英吉沙爾遭到屠殺，還有3000人在喀什倒向了阿古柏。其他駐軍在造反運動中早已叛變或被屠殺。不過，有5000多人的忠誠在1年多的時間裡經受住了壓力。儘管我們不可能詳細瞭解喀什噶爾在這個混亂時期發生的所有事件，但根據已知的少量資料，我們可以設想，如果有一位智勇雙全的將領，那麼只要他把那5000人召集起來帶上戰場，只要他勇敢地面對事情的進程，而不是把自己關在堡壘之中靜觀事態的變化，也不是在看到災難性的結果以後爲了博取流芳百世的美名而以身殉國，那麼他是能夠有一番作爲的。既然阿古柏和60幾個亡命徒能夠在喀什噶爾建立一個王國，我們就能毫不誇張地假設，那幾千人只要有一名合適的首領，就能爲中華帝國守住喀什噶爾。然而才幹和品格未必總是捆綁於一身，喀什的辦事大臣張達將軍（喀什噶爾辦事大臣應爲奎英，自殺的也是他。——譯註）至少具有勇氣，敢於以生命來補償能力和技巧的不足。
阿古柏在這塊土地上已有政權在手，他着手鞏固這個政權。他以“勇士之父”而著稱，這是他的朋友博卡拉的統治者送給他的美號。他暗殺了和闐的地方首領哈比杜拉，輕鬆地得到了和闐的臣服。然後他把注意力轉向阿克蘇的當地回民。他召集一支勁旅攻打阿克蘇，把當地回民趕了出去。他向東進，通過激戰佔領了庫車，到1867年底，完全控制了那個地區。喀喇沙爾城、庫爾勒城和吐魯番城都向阿古柏投降，然後短暫地逃出了他的控制。由於這一地區發生了麻煩，阿古柏於1871年率軍前進，把這些地方明確地納入了他的王國。他向吐魯番以東推進到闢展，到1873年，他成了從帕米爾到羅布泊整個塔里木盆地的主人。他組織了一個政府，令1873年英國爲了和平與安全而派到喀什的使節團大爲讚賞。他的政府在這片土地上到處施行強權統治。
喀什噶爾的新統治者不是一個喜歡藏藏掖掖的人。他讓自己蜚聲中亞以及中亞以外，把自己打扮成這一地區所有伊斯蘭教徒的領袖，立刻在印度、倫敦、聖彼得堡和康斯坦丁堡吸引了眼球。土耳其蘇丹鑑於穆斯林的強大影響，於1873年授予阿古柏“喀什噶爾統治者”的稱號。在那一年，英國人注意到俄國人覬覦新疆，派遣佛西斯使節團到喀什，評估中亞那一地區的形勢。這對阿古柏是一大鼓舞，但沒給他任何承諾。英國人將阿古柏作爲中亞未來的勢力做了不小的宣傳。不過，就官方而言，他們清楚地看出阿古柏的政權是短命的，但是顯然他們沒有算準阿古柏的滅亡從何而來。英國人和俄國人，甚至阿古柏自己，都沒有把中國人這個因素考慮在內。佛西斯使節團的主要目的是考察從喀什噶爾地區到印度的通道，並且看一看俄國人的滲透究竟會不會給印度邊境的防禦帶來更多的麻煩。他們報告說，從喀什到印度的路非常難走，不論誰主宰喀什，英國人都不用擔心。於是印度政府對“勇士之父”的命運只剩下了理論上的關心。
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阿古柏顯然做了一些努力來討好烏魯木齊和哈密的回民，但是沒有成功。他在阿克蘇和庫車對當地回民過於粗暴，令他們不能忘懷。至於漢人，阿古柏認爲他們不大可能給自己帶來任何麻煩。他在扮演中亞伊斯蘭教領袖的角色，但這個角色沒有得到那一地區各國的一致認同。他西邊的近鄰是浩罕，該國的統治者是庫達牙爾汗。此人跟阿古柏沒有交情，喀什噶爾與浩罕之間的關係絕不是特別親善，儘管他們在面對俄國人的無情推進時在利益上是一致的。