回到北海後，對楊奉的能力十分佩服的孔融也趁此時機把北海軍權交給了楊奉，就這樣，在平定張角之亂後，年僅二十二歲的楊奉開始了在北方的立足。孔融放下了軍權之後，每日卻也只是處理一些政務，閒時則在家看看書，有時也外出體察一下民情。
楊奉則是每日和太史慈、趙雲、武安國等將切磋武藝，操練軍隊，同郭嘉、田豐探討天下大勢，等待時機，逐鹿中原。並且楊奉又將自己在這裡的情況寫了封信讓人送到漢中，囑咐閻圃等人暫時全力發展漢中、武都兩郡的經濟，自己短期之內不會回去，會在北方繼續發展。
楊奉還另外給王綿、褚蘭也寫了一封情意綿綿的長信，大意是說現在各地盜賊紛起、黃巾再現，甚是不大太平，而且自己在青州還沒有真正立足，一旦等黃巾之亂完全平定，自己也在青州有了立足之地，自會接二人前來，要二人不必太過牽掛。
張角之後的各地叛亂雖然分佈較廣，但是基本上都是各自爲戰，沒有一個統一的領導，並沒有形成太大的氣候，雖然如此，這次的叛亂也持續到了中平五年。但是，這次的各地叛亂雖然最終也是被□□了下去，然而足足持續了四年的黃巾之亂對漢室的衝擊卻是致命的，使得本就被張角之亂抨擊的已經不太穩當的大漢的基石變得更加脆弱，再也經受不住任何輕微的碰撞了。
同時，許多地主豪強以黃巾之亂爲由，紛紛擴充自己的私人武裝，到中平三年的時候，最多的私人武裝已經超過了萬人，已成尾大不掉之勢，並且還有的冒充黃巾餘孽不斷侵擾百姓，奪取財物，令各地百姓苦不堪言。
而且，在黃巾之亂基本被平息的時候，朝廷之中發生了一件事情，也就是這件事情的出現徹底瓦解了大漢的□□統治。
事情是幽州刺史劉焉引發的，中平五年，也就是公元一八八年，此時任太常的劉焉見這些年大漢朝的變故較多，便上疏靈帝：“四方之所以出現這些叛亂，是由於各州刺史的權利太小，而且所用非人，以致於離叛。建議朝廷將刺史改成州牧，並選清名重臣以居其任。”
劉焉本爲太常，也想謀一個州牧之位，便選擇了大漢新開闢的交州。但是，侍中廣漢人董扶私下對劉焉道：“京師即將大亂，益州之地卻有天子之氣，君可去之。”於是，劉焉便改成求益州牧一職。
原本的益州刺史是張喬，但是張喬卻在中平三年平定馬相之亂之後便得重病死了，之後的益州刺史S儉卻是向靈帝花錢買的官，但是S儉此人無任何能力，賦斂煩擾，謠言遠聞，於是朝廷聽從了劉焉的建議，從選列卿、尚書爲州牧，各以本秩居任，並且罷免了S儉，以劉焉爲益州牧。
這樣，州牧不僅掌管監察，還集各州行政、軍事、財政大權於一身，地方的監察官演變爲行政長官。剛剛開始的時候確實收到了一定的成效，許多真假黃巾餘孽被各地有了軍權的州牧剿滅了，片片捷報飛到洛陽，靈帝感到十分滿意。
黃巾起義短短几年之中，不但對漢朝是個致命的打擊，同時也就了一批英雄人物，除了楊奉之外，曹操、劉備、孫堅、公孫瓚等一些英雄在黃巾之亂中也逐一地嶄露頭角，展示了非凡的軍事才能。
黃巾之後，一些在黃巾之亂中卓有戰功的，都被封了官，例如曹操被封爲都校尉，領東郡太守，但，一個月後曹操棄官歸隱，兩個月後，曹操又被朝廷徵召爲議郎。劉備則是平原縣令，孫堅也被封爲封爲都校尉，領長沙太守，其餘各有封賜，楊奉的姨父丁原也因平定幷州黃巾有功，被靈帝封爲騎都尉領幷州牧。
三國曆史上的幷州牧應該是董卓，但是歷史卻發生了一些變化，使得丁原終於徹底佔據了幷州，而董卓卻被封爲了涼州牧，其他的各州的州牧分別是冀州牧王芬、青州牧龔景、益州牧劉焉、荊州牧王荊、揚州牧劉繇、豫州牧黃琬、徐州牧陶謙、袞州牧劉岱、雍州牧楊彪（楊賜之子）、幽州牧劉虞。
八月的時候，靈帝爲了增加京師的力量，又在洛陽設了西園八校尉，以小黃門蹇碩爲上軍校尉，新任的虎賁中郎將袁紹爲中軍校尉，屯騎校尉鮑鴻爲下軍校尉，議郎曹操爲典軍校尉，趙融爲助軍左校尉，馮芳爲助軍右校尉，諫議大夫夏牟爲左校尉，淳于瓊爲右校尉，各校尉皆統歸於蹇碩。
靈帝自黃巾之起，便可是不得不留心戎事；蹇碩此人頗爲壯健，而且武藝高強，靈帝親自任命此人，即便是大將軍何進也不能直接命令蹇碩，自此禁衛軍的大半都歸蹇碩統領，已隱隱能與何進分庭抗禮了，何進受此之挫後也學會了韜光養晦，暗中卻在積聚力量，準備在適當的時候奮力一擊。
就在這些事情逐一發生的時候，遠在北海的楊奉也開始暗中思量，現在距離何進被殺，董卓進京的日子應該不遠了，天下即將大亂，青州糧草雖多，然地處偏僻，人口稀少，兵員不足。再說，現在的歷史已經發生了重大變化，本不該成爲幷州牧的丁原搶了應該是董卓的幷州牧，幷州看來不會脫離丁原的掌控了。
倘如兩州相連，實力將會大增，但事實並非如此，青並兩州中間隔了一個偌大的冀州。冀州牧雖然現在是王芬，董卓進京之後就會落到韓馥手中，最終還會落到頗有雄才的袁紹手中，到時兩州首尾不得相連，彼此無法救應，如何能與曹操、劉備、孫堅等人爭雄天下。
而且，如按果按照原來的歷史進展，丁原將會在和董卓的爭鬥中被呂布殺害，雖說自己早已經寫信告訴過丁原千萬不要進京任執金吾一職，同時要防備呂布，只是不知道丁原會不會聽從自己這在他看來只是毫無根據的猜測。
正在頭痛之時，楊奉又想到公元一九三年六月，黃巾大將管亥將會兵困北海城，那時的管亥已是無處可去，以自己目前的實力，加上上次的恩惠，應該可以招降管亥，便可坐領精兵十萬，這樣就可與天下羣雄一較高下。楊奉想到此處，更是信心百倍。
這一天，孔融忽然得了一場重病，來得極爲迅速，眼看就不行了，以楊奉如此高超的醫術也無法完全治好孔融的病（其實就是現代醫學上的癌症中晚期），只能暫時將病情壓抑住。一旦過於勞累，病情再次復發後，就連楊奉也沒什麼辦法。孔融也知道自己的病情不再適合擔任北海相這樣過度操勞的職位，於是，孔融便向朝廷上表請辭，並推舉楊奉繼任北海相。
奏摺到了洛陽之後，幾乎沒有費任何周折，靈帝便欣然同意了。
當然，在孔融的奏章到達洛陽之前，楊奉先行給何進去了一封信，在信中楊奉推薦徐榮爲漢中太守。因爲楊奉已經是漢中太守，所以不可能再成爲北海相，唯一的辦法就是辭去漢中太守的職務，接替的人自然必須是楊奉的心腹了。
楊奉曾是靈帝金口所舉的方正，並且在黃巾之亂中以弱勝強打退了進攻北海的黃巾軍，從而保全了整個青州。而且何皇后、大將軍何進以及太尉袁槐都是一力贊成，靈帝便下令讓徐榮接替楊奉的漢中太守，而楊奉則成爲了北海相。
現在由於楊賜的去世，“清流”一派的勢力大不如以前，現在何進和張讓集團的鬥爭卻是日趨激烈，再加上蹇碩新一派的異軍突起，何進兩面受敵，形勢大不如以前。所以現在何進自然要大力扶植自己的勢力，尤其是現在各地權利加大，他日一旦何進一聲令下，命令他們率領大軍進京勤王，張讓、蹇碩豈可擋其鋒銳。
所以楊奉是漢中太守還是北海相，對於何進來說都是無所謂，何進要的是楊奉的忠心。而楊奉當然很會在何進面前表明自己的忠心了，這也就是爲何何皇后、大將軍何進以及太尉袁槐極力贊同徐榮和楊奉分任漢中和北海相的原因了。並且，爲了表示自己對楊奉的“信任”，何進還“故作大方”，將楊奉當初留在洛陽的一萬精兵全部還給楊奉，但楊奉並未讓龐德和成廉到北海，而是將他們派去了漢中。
就在朝廷下令的幾天後，北海城內百姓齊聚北海相府，要爲孔融送行。楊奉深知對於癌症患者，在後世便是無藥可醫，在這個三國時代，更是不可治癒。但是，心情的好壞對病情的惡化還是緩解會起到很重要的作用，是以楊奉建議孔融選擇一塊自己喜歡的地方，做一些自己喜歡的事情，或許對他的病情會有很大幫助。孔融也得知楊奉曾師從左慈，加之其來到北海之後的所作所爲皆是出人意表，是以便接受了楊奉的建議。
孔融在任期間，愛民如子，深受北海國百姓的愛戴，所以在孔融歸隱的當天，幾乎整個北海的百姓，無論男女老幼都來相扶相送，場面極爲壯觀，十分感人。更令楊奉深深感到，如果要想得到百姓的愛戴，首先自己要對老百姓有所付出，要想百姓之所想，知百姓之所需，勤政愛民，方能得到民心。
楊奉接任北海相後，十分注重農業的發展，推出了一系列的政策，鼓勵百姓開墾荒地，並且親自下地帶頭耕作，還下令減少租稅，很快就贏得了百姓的愛戴。楊奉還貼出告示，招募流民，凡是來到北海逃荒的難民，都可獲得一份土地，並且由政府無條件租牛給這些難民，收成之後，其所收穫的糧食只需上繳四成，六成留給自己。這個條件比歷史上曹操的屯田制更有利於難民的生活，因爲曹操的屯田制規定，若是租用政府的耕牛則需要上繳六成的收成。
告示一經貼出，青州其他郡縣的流民頓時紛紛都來北海。流民的大量涌入，使得楊奉發現自己犯了一個很大的錯誤，因爲要對這些流民進行安置，並且要先借給他們糧食，將生活暫時安頓下來，不然一旦鬧起事來，後果太可怕了，好在孔融爲官清正，囤積了大量的糧食和錢財，才解了楊奉的這次圍。
也就是因爲這次的事情，使得周圍殘餘的黃巾軍大是眼紅，這便有了管亥率軍進行北海取糧的事情。
雖然明知北海的太守是赫赫有名的楊奉，並且對自己有恩，但是迫於生計，加上自己手下有二十萬之衆，青州的守軍畢竟只有兩萬人，管亥才決定兵指青州，一來爲張角報黃巾覆滅之仇，教訓楊奉一頓，二來借糧，爲何是借，因爲楊奉於管亥有恩，即使真的攻破北海，管亥也會約束手下，不得妄殺，更不能加害楊奉，取了糧食便立即退兵，這是後話，暫且不提。