呂布兼領兵部尚書，不過他這個兵部尚書並不是一帆風順就得到手的。
自從呂布倡導的全民皆兵制度開始實施以來，兵部開始兼管各地郡兵、縣兵、鄉兵，這些郡縣兵雖然沒有呂布的中央軍精銳，戰力跟其他諸侯的戰兵卻也不相上下，有許多世家人物爲了壯大自家的勢力，動用各種關係，想坐上兵部尚書的寶座。
當然那些世家人物知道呂布是首倡全民皆兵，呂布所掌握的中央軍是各地郡縣兵的教導軍，呂布做兵部尚書應該是當仁不讓，他們就讓家族在朝廷的官吏在其他內閣輔臣面前詆譭呂布，說呂布既掌中央軍，又掌兵部，鄴城朝廷的兵權全歸呂布所有，呂布勢力大了，原沒有野心也會變得有野心，沒準就會成爲董卓第二，一時之間，那股讒言使得“董卓第二”成了呂布的代名詞。
當時呂布還身在河東，盧植等內閣輔臣被那些讒言所動，重新對呂布產生了質疑，他們便乘着呂布不在鄴城的機會，想委任尚書令黃琬的族弟黃祖爲兵部尚書。
黃祖雖然在演義上出場不多，形象很猥瑣，但他在這個歷史上，因爲是江夏安陸世家大族黃家的子弟，是一代名臣黃香之後，雖然他能力一般，但經過家族的刻意宣傳，三十多歲的黃祖“深通武略”的虛名已經名揚荊州乃至冀州，黃祖從江夏投奔成爲尚書令、內閣輔臣的族兄黃琬，黃琬顧及家族利益，便刻意扶持黃祖上位，卻不管黃祖的實際能力跟呂布比起來有天地差距。
內閣的任命書呈遞給太后審閱蓋上璽印的時候，太后何蓮鳳顏大怒，怒斥黃琬：“你身爲尚書令，想委任你族弟黃祖爲兵部尚書，難道內閣是你黃家所開？！你們江夏安陸黃家莫非想做皇家不成？！”
何太后這樣怒斥，黃琬連忙趴伏在地，一個勁地叩頭謝罪。
何太后之所以鳳顏大怒，是因爲呂布只是提議改組尚書檯，真正參與改組的正是尚書令黃琬，黃琬等人把尚書檯改組成內閣，架空了皇室的部分決策權，何太后並不甘心失去手中的權力，便藉機發飆。
太傅盧植也一直覺得黃祖是徒有虛名，將略尋常，無法執掌兵部，只是礙於老友面上，沒有反駁，現在看何太后不同意，他便問道：“太后屬意何人執掌兵部？”
何太后冷冷一笑道：“首倡全民皆兵的是呂布，首倡改組內閣建立兵部的是呂布，最有能力統帥天下兵馬的是呂布，本宮最信得過的武將是呂布，他現在在河東郡與董卓麾下大將楊定、南匈奴於夫羅鏖戰，爲了朝廷安危拋頭顱灑熱血，你們卻把他刻意忽略，你們捫心自問，是否有愧？！”
楊彪顫聲道：“太后，呂布已經執掌了朝廷最精銳的中央軍，若是再通過執掌兵部進而執掌天下郡縣兵，那朝廷的兵權可全歸呂布所有了，呂布原本可能沒有野心，可當他勢力大了，有能力問鼎至尊寶座了，野心自然也會萌生出來，沒準他就會成爲第二個王莽，第二個董卓，請太后熟思之！”
何太后一拍鳳椅：“楊彪，你們弘農楊家還有許多子弟身在弘農，爲董賊賣命，你們楊家爲了保證家族利益，首鼠兩端，有何資格來說赤膽忠心的呂布！若非呂布，我與天子皆死於董卓之手，呂布有再造社稷之功，你們對朝廷立下的功勞敢跟呂布相提並論嗎？！呂布得到今時今日的權力地位，全是他一戟一戟打出來的，而不是像你們這些多半靠着父輩廕庇而來的！本宮把話說在這裡，便是你們這些世家大臣們都背叛本宮，呂布也不會背叛本宮！”
在宮中當值的王越、吳崇等人皆抽出兵器，對楊彪等人怒目相向，楊彪這才意識到，他們身在鄴城，在這裡不論是皇宮還是鄴城外圍，守備兵馬全是呂布的嫡系，他們若再強行把原本該屬於呂布的兵部尚書奪走，他們這些世家大臣怕是立刻會被忠於呂布的將士襲殺。
這些世家大臣膽小如鼠，他們迫於太后和中央軍將士的壓力，任命呂布爲兵部尚書，但他們爲了限制呂布的兵力，在兵部的職責裡特別強調，兵部對郡縣兵只有管轄權，並無指揮權，能夠指揮郡縣兵的只有各級郡尉、縣尉。
呂布對那些世家大臣如此用心良苦的畫蛇添足一笑置之，郡縣兵在戰爭中大部分時候都屬於從屬地位，一旦戰爭爆發，中央軍軍務院和兵部就有臨戰的指揮權，拒絕被指揮的郡尉、縣尉只會落得身首異處的下場，更何況這些郡縣兵的教官幾乎全是中央軍將士，這些郡縣兵根本無法脫離呂布的掌控。
呂布想到自己這個兵部尚書得來的緣由，眼神裡泛出一陣冷厲，掃視了黃琬和楊彪一眼，這些世家大臣在對付董卓的時候跟自己一心是自己的盟友，但在爭取內部權力的時候他們卻是自己的敵人，等到天下初定之際，這些世家大臣值得留下來的恐怕不多，不肯爲了國家利益而放棄家族利益的世家大臣都不值得留在朝廷留在世上。
黃琬回顧完內閣六部改組的過程，並未留意到呂布眼神裡轉瞬即逝的寒光，笑問道：“奉先公，不知您爲何舊事重提，讓我回顧尚書檯改組爲內閣六部的過程？”
呂布努力把自己心裡對這些世家大臣的反感壓制下去，畢竟他還要利用這些德高望重的世家大臣的影響力去吸引天下士人，去打擊那些敵對諸侯，在這些世家大臣可被利用的價值沒有榨光之前，呂布不準備跟他們交惡，除非他們主動交惡。
呂布微微一笑道：“尚書檯經過這麼一改組，每個部都增加了不少職責，也增加了不少有司，增加了不少官吏，分佈在各個部司的官吏都需要有一個確定的官秩，自然還是按照俸祿來確定官秩，但每個部司的官吏跟下面州、郡、縣官吏協作的時候，如何區分他們的官職大小，如何確立地位尊卑？”
黃琬一愣，跟其他輔臣面面相覷：“用官秩不就可以區分官職大小，確立地位尊卑了嗎？”
呂布朗聲笑道：“內閣六部位高權重，可按照朝廷舊制，尚書令秩千石，尚書僕射秩六百石，六部尚書秩各六百石，以秩來論尚不如一郡太守，可以官職大小、地位尊卑而論，遠勝之。”
聽呂布這麼一說，內閣輔臣以及六部尚書侍郎們都陷入了沉思，以前的天子那麼設置尚書的低秩，是凸顯尚書的位卑權重，便於控制，而現在內閣已經改組了，尚書位高權重，再沿用原來的秩很不合時宜。
黃琬輕輕一笑道：“建議朝廷把尚書令、尚書僕射、六部尚書的秩做一番修改，不就可以了嗎？”
呂布猛地搖搖頭道：“尚書令，您難道覺得，一個官位的尊卑大小僅僅靠俸祿就能確定的嗎？有些官位是清貴顯官，比如宗正，只是身份的象徵，對朝廷並未做出多大貢獻，朝廷卻需要養着他們，你覺得應該給他們豐厚的俸祿嗎？有些官位對朝廷貢獻很大，比如戶部郎中，但因爲各種原因，那個官位就無法清貴顯要，難道不應該給他們豐厚的俸祿嗎？我覺得，我們應該出臺一個標準來衡量官職地位，把官職高低與薪俸多寡分開。”
黃琬等內閣輔臣都領悟到呂布的意思，便笑問道：“奉先公，請細述端詳。”
呂布便把後世一千多年通行的九品官制說了一遍，不過爲了跟軍中將軍、校尉、都尉、武士二十級軍銜相對應，又因爲呂布甚爲討厭那個九品中正制，所以他提出了十品官制，每一品分爲正、從二級。
正一品，有太傅、太師、太保、大將軍、州王爵；次一品有太尉、司徒、司空、車騎將軍、驃騎將軍、諸四徵鎮大將軍、尚書令、郡王爵。
正二品，有諸四安平大將軍、四方將軍、左右僕射、太子少傅、太子少保、郡公爵；次二品有尚書、侍中、光祿大夫、諸徵鎮安平將軍、九卿、司隸校尉、御史中丞、持金吾、將作大匠、大長秋。
正三品，有各部侍郎、州牧、龍驤將軍、虎賁將軍、輔國將軍、度遼將軍、城門校尉、縣公爵等；從三品有大州刺史、州將軍、建威、建武等建振奮揚將軍等。
正四品有州刺史、四方中郎將、羽林中郎將、虎賁中郎將、諸護夷中郎將、縣侯爵等，從四品有州丞、典農中郎將等。
正五品有鷹揚、折衝等雜號將軍、大郡國太守相、大郡國校尉、鄉侯爵等，從五品有郡國太守相、郡國校尉、給事中、太學博士、國子祭酒、典農校尉。
正六品有尚書左右丞、尚書郎中、秘書郎、侍御史、奉車都尉、駙馬都尉、諸博士、公府長史司馬、驃騎車騎長史司馬、廷尉正監評、諸護軍、司鹽都尉、亭侯爵；從六品包括驃騎、車騎、衛將軍府從事中郎、四徵鎮公府從事中郎、公車令、大縣縣令、大縣縣尉。
正七品有縣令、縣尉、諸軍長史司馬、護羌戎蠻夷越烏丸中郎將長史司馬、諸軍諸大將軍正行參軍、門下督、典農都尉等，從七品有部曲督、大縣縣丞、議郎、諸公府掾屬、門下郎等。
正八品有四平四安將軍長史司馬、三品四品將軍正行參軍、郡國太守相中丞長史、縣丞、州郡國校尉司馬，從八品包括五品將軍長史司馬、縣主薄、縣功曹、鄉令、鄉尉、鄉傅等。
正九品，有鄉丞，從九品有鄉佐、鄉主薄等。
正十品，有亭長、亭尉等；次十品，有亭丞、里長等。