陳永華的話讓鄭經大驚失色，連忙問道：“先生爲何如此憂心？”
“施琅他的目標是廈門城外的三十艘戰船啊！”陳永華知道這個時候纔看穿施琅的想法可能已經於事無補，但是還是一臉急切的催促鄭經道：“王爺，趕快調動水軍前去支援廈門水軍，施琅的目的就是要在我們反應過來之前對我們實施逐個擊破。”
鄭經哪敢怠慢，連忙下令讓黃庭率領金門附近海域的明軍艦船趕去廈門外海支援。他和陳永華連忙往金門東南邊的碼頭上趕去。
廈門外海的海面上這個時候已經是一片火海了，巨大而猛烈的爆炸聲讓東面城牆上的數千名明軍士兵呆若木雞，絕望和恐懼的情緒很快便在士兵中間蔓延開來。
廈門城外的水軍力量並不是很強大，只擁有大船二十四艘，另有三十多艘大型商船，這些商船都是福船，用來運送兵員和物資，和金門的明軍水軍一樣，廈門城的水軍也建有堅固的水寨，水寨的入口處有一面巨大的鐵扎門，向前還有兩道長長的鐵索，水寨面積不大，水軍的規模也很小，但是卻是廈門城守軍心中唯一的一條後路。
這個時候海面上還有清軍艨艟和鬥艦在水面上迅遊，將落在水中尚在掙扎的明軍撈上船，遠處是一排排體型巨大的清軍戰船。
這一戰清軍幾乎沒有損失，僅僅憑藉着幾十艘裝滿引火燃料的小船，就點爆了從金門方向來的十幾艘滿載火藥的運輸戰船，爆炸起火的明軍大船和衆多清軍的小船順着東風直灌明軍的水寨，烈火燒燬了大鐵扎門的糧草的鐵鏈，在強勁的東風之下衝進了明軍的水寨，水寨之內的明軍戰船幾無可躲，全部都被付之一炬。
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等到黃庭的水軍感到戰場的時候，清軍已經不知去向，水面上這個時候是一片狼藉，到處都是燒剩下的殘存木板和雜物，廈門城的明軍紛紛從東面城門聚攏過來，請求海上的水軍戰船將他們帶走，黃庭自然不敢這樣做，很快的明軍的戰船便又從廈門外的海面上消失了。
就在黃庭的水軍離開金門後不久，一隻白色的信鴿便從島上振翅高飛向北方飛去。
陳永華和鄭經等人來到水軍碼頭後並沒有隨軍出擊，陳永華擔心施琅會使連環計，趁明軍去救廈門之際趁機發軍來進攻金門，要是沒有水軍的保護，那麼明軍很難阻止清軍的戰船登陸，而且這個時候廈門方面的水軍很有可能已經全軍覆滅了，於是留下了一部分水軍，連同大軍都調到北面防止清軍登陸。
馬港水軍的碼頭內停靠着大批水軍軍船，船上這時候都滿載着殺氣騰騰的清軍將士，水港內傳來一陣陣嘹亮的軍號聲，在三十多艘戰船的附送之下，清軍艦隊向南方北方駛去。
明軍在金門島上的陸軍總數在一萬五千人左右，這時候在鄭經的調配之下有一萬餘人都聚集在獅山一帶，這裡地勢稍高，可以查看到東北面的海面上的動向，鄭經安排了大量的巡哨馬山，天馬山和五龍山一帶，衆人已經等待多時，但是料想中清軍的登陸戰船卻遲遲沒有出現。
這個時候天色已經暗了下來，明軍可謂是主動全失，完全落入了清軍的節奏之中，整個事情的經過像是清軍早早的安排好的一樣。
金門島距離廈門城最近的地方只有五里多，這個時候廈門城內火光沖天，在漸漸降臨的夜幕下顯得十分醒目，小金門的明軍守軍情知不妙，連忙將這一消息向金門方向的明軍報告，消息傳到鄭經這裡時，兩人這才發覺又一次上當。
清軍的部隊的目標自然不是水軍力量強大的金門，而是對準了三面被圍的廈門城，此時廈門城外的清軍已經做好了合圍前的最後的準備，清軍水軍在濛濛夜色的掩護之下，趁黑登陸在廈門城外東面的空地上，隨軍的三十餘艘戰船則向前駛進，將炮口對準了廈門城的城牆，猛烈的炮火就是小金門島上明軍看見的火光，清軍的炮火十分猛烈，這就像是清軍約定好的進攻信號一般，清軍從西南北三面同時發起了猛烈的進攻。
廈門的城牆是明朝時候修建的，城牆比較高大，東西城牆寬爲八里，南北城牆長爲十里，明軍在城內的守城士兵人數只有不到一萬人，根本就守不住四面城牆，儘管明軍將士浴血奮戰，猛烈的火炮和居高臨下的巨石給進攻的清軍造成了慘重的傷亡，但是苦戰半夜的明軍最終還是沒有守住廈門城，清軍進攻最猛烈的東門最先告破，守衛東門的明軍士兵人數最少，卻要單獨面對戰力最強同時也是人數最多的八旗清軍的進攻，只守了三個多時辰便因爲傷亡慘重而無力再戰。
清軍軍中有數量在五百人左右的白甲軍，這些人戰力強橫，最先登上了廈門城的城牆，他們手中持有九尺長的橫刀，橫刀是精鐵打造而成，他們右手頂着一面蒙着三層熟牛皮的圓盾，一手託着橫刀，動作十分敏捷，這些人率先衝上城牆，手中的橫刀帶起陣陣白練，混合着明軍士兵的殘肢斷臂，城牆上很快便被這些人打開了一塊塊空缺，後續的清軍在這些人的保護之下得以順利登上城牆，清軍訓練有素的結成陣勢，明軍抵擋不住，被殺的紛紛敗退，城牆上的空缺越拉越大，漸漸地整個東城牆上的清軍的數量已經超過了守城的明軍了，清軍先鋒攻上了城牆，明軍士兵便無法繼續朝城下的清軍開炮還擊了，數百名清軍將一根粗大的沉木抱起，吶喊着向廈門城東面的城門撞去，這面高大的城門之前已經被清軍的炮火轟擊過數十輪，城門外面的鐵皮被燒得通紅，裡面的實木也發出濃濃的黑煙，在清軍的攻城錐一撞之下便破了一個大洞，城門後面守着上百名明軍士兵，由於城門內外都附有鐵皮，這個時候表面上的溫度很高，明軍士兵無法貼上去防守，之後在城門後面結成陣勢，他們無法顧忌城牆上慘烈的廝殺，他們堅守在自己的陣地上，他們的任務只有一個，就是保護住城門的安全。
“咚”的一聲，城門上的鐵皮被砸出了一個更大的破洞，明軍士兵緊張的握住手裡的武器，從城門的洞中就可以看見城外密密麻麻的清軍士兵，和他們眼中兇狠的神情。
明軍一名低級將領正在聲嘶力竭的鼓勵士兵，他大聲喊着一些試圖鼓舞士氣的話，明軍陣中一片安靜，除了這名軍官的話外，只聽見一聲又一聲撞門聲，“咚！”