而這個時候在晉江一帶，張三亮的第二師已經成功的拿下了晉江城，接着又在海軍的配合之下拿下了泉州，兩萬清軍被殲滅或者被俘，第二師的戰果比第一師還要豐碩。
在拿下了漳州府和泉州府這兩個地方之後，中華軍就在廈門城的外圍建立了一道屏障，而這也是之前鄭家軍隊一直控制着的範圍，而這個時候，第一師和第二師繼續在泉州和漳州府內掃清其他的清軍，以徹底的將這些地區納爲自己統制。
就在陸軍這邊取得了重大的進展的時候，海軍這邊也爆發了激烈的戰鬥。
太湖的水師在經過集結之後，沿着大運河從杭州灣一帶出海，不過他們的去路早已被中華軍的艦隊擋住了，雙方很快就在杭州灣內爆發了激烈的海戰。
清軍這邊的戰船無論是體積還是噸位都處於劣勢，因此這一場海戰的結果幾乎從一開始就沒有懸念，清軍的太湖水師的三百多艘戰船一共被擊沉了兩百五十多艘，剩餘的五十多艘戰船都逃回了杭州城去，而中華軍這邊沒有損失一條船，甚至連一名士兵都沒有損失，這一戰在一開戰的時候中華軍這邊就大量的使用了火油進行火攻，整個杭州灣內大火沖天、濃煙滾滾，而這個時候海面上剛剛轉了風向，冬天的西北風變成了夏天的東南風，這使得大火迅速的向着海灣內部蔓延，整個清軍的艦隊一駛出來就幾乎被大火包圍，因此絕大部分的戰船都是葬身火海的。
在解決了清軍的太湖水師之後，海州灣這邊的艦隊則分爲了兩個部分，一部分艦船繼續留在這裡以防止清軍還有其他艦隊從運河出海，另外的一支艦隊則南下去支援陸軍的戰鬥，爲陸軍提供火力支援。
而哎崇明島這邊，清軍則一支沒有動作，聚集在南京城下的清軍戰船幾乎已經達到了阻塞了航道的程度，上千條大小戰船都聚集在南京城的長江附近。而他們的對手則還在長江的下游崇明島這邊等待着。
而清軍在等待一個時機，那就是春汛。長江和其他河流一樣，在冬天的時候會進入一段時間的枯水期，雖然不會像黃河那樣結冰凍河。但是江水的流速也會有一定程度的減緩，這樣的話對於清軍的戰術來說顯然是不利的。
而在三月中下旬一直持續到八月份，都是長江的汛期，在春天到來之後，各地的冰雪開始解凍。長江的水位和流速都會得到一定程度的提高，這使得佔據了上游位置的清軍可以實施他們的戰術，那就是火攻。
歷史上在長江上爆發的水戰最有名的的一次恐怕就是赤壁之戰了，而赤壁之戰中，孫劉聯軍是從東南沿岸朝着西北方向進攻的，也就是從下游往上游進攻，這樣一來實際上是處於逆流的狀態，這對於聯軍的作戰顯然是不利的，可是正是因爲一場東風使得聯軍的不利變爲了有利，聯軍的火攻船接着大風衝進了曹操的艦隊中間。這纔將曹操的八十萬大軍付之一炬。
而這個時候風勢還尚未穩定，但是越往後推，出現東南風的概率就越高，不過這個時候的風力一般都不大，對艦船的影響不是那麼的大，尤其是對於長江這裡彎彎曲曲的水道而言更是如此。
清軍這個時候在大量的艦船中間準備了很多的火船，這些貨船被鐵索練成了一串，在進攻的時候將他們排成一排，接着水勢能夠迅速的衝進敵方的陣型當中，然後會對敵軍艦隊造成重大的殺傷。
爲了保證殺傷的效果。清軍在火船的船艙內還放置了大量的火藥，等到艦上的火勢燒到艙底的時候就會引爆這些火藥，從而能夠給敵方的戰船以巨大的破壞。
不過，中華軍這個時候佔據了長江出海口的崇明島。而一旦清軍的戰艦釋放貨船的時候，中華軍的艦隊可可以沿着崇明島的岸邊進行撤退，清軍的火船極有可能會被島嶼所攔截，而且水勢越是靠近岸邊，就會越緩慢，因此這些火船很有可能還未能抵達中華軍的艦隊中間。就被湍急的江水捲進中間去了。
爲此，清軍制定了一個戰術，那就是誘敵出擊。
在這之前，南京城的水師艦隊曾經抵達過江陰一帶，但是很快就被中華軍派遣的鐵甲艦擊沉，甚至連岸上的炮臺也慘遭橫掃，中華軍的士兵甚至還一度佔據了江陰炮臺，雖然最後因爲兵力不足的緣故放棄了江陰要塞，但是中華軍的幾艘鐵甲艦表現出來的碾壓一切的實力還是讓清軍十分震驚。
清軍的火攻策略對中華軍的普通戰船的殺傷力很強，但是對這些鐵甲艦是否奏效他們根本就心裡沒底。
不過隨着春汛的來臨，以及時間的推移，清軍也不得不從南京城出發，上千艘戰船浩浩蕩蕩的沿着長江順流而下，而中華軍這邊早已嚴陣以待。
清軍的戰艦在駛過了江陰之後，中華軍這邊馬上就派出了大批戰艦前去迎敵，雙方在江陰一帶海域爆發了接觸戰，清軍的戰船噸位都比較小，在中華軍的堅船利炮面前表現的十分脆弱，這使得清軍不得不提前釋放出他們的火船，而中華軍這邊顯然對此早有防備，一見到清軍使出火攻的策略，而立即向後撤退，由五艘鐵甲艦斷後，而這個時候，鐵甲艦上面的88毫米的速射炮就發揮出了它的最大功效了。
中華軍裝備的八十八毫米口徑的速射炮的發射速度非常快，而且在對付這種體積和噸位比較小的船隻的時候威力也是足夠的，因此五艘軍艦一起開火，很快就將清軍放出來的火船一個個的打掉了，清軍在船上裝備的火藥這個時候也紛紛爆炸，因爲船隻都是連在一起的，所以一艘貨船傾覆沉沒之後會形成很大的阻力，使得其他火船的速度也跟着下降，以至於後來大部分的火船都被打掉的時候，火船幾乎就停了下來，再難威脅到中華軍的艦船了。。