在中華帝國的使臣前往日本的時候，帝國的軍隊這個時候已經在加緊進行叢林戰訓練，臺灣地區的熱帶雨林分佈的也比較廣泛，士兵們在換裝了新式步槍之後就會被分爲班排爲單位進行對抗演練，演練的地點主要在臺東和臺南的熱帶叢林之中。
這個時候主要是先進行小規模的對抗演練，然後在進行營級規模的對抗，最後會進行各個團之間的大比拼，因爲目前在棉蘭老島的土著人的裝備比較落後，因此帝國軍隊的這種對抗水平並不是真正的戰爭之中的時機對抗水平，因此項玉將軍隊調到臺南之後，讓鄧明給當地的高山族的族長們寫了一封信，邀請他們來當中華帝國軍隊的叢林戰的對手。
高山族在荷蘭人被驅趕走了之後，島上變成了漢人的天下，加上之前馮信建立樑國的時候曾經發動軍隊進山大舉圍剿，打死打傷高山族人不計其數，他們因此舉家遷往更加深處的密林之中，後來在明軍收復了臺南之後，新政權並不像之前那樣排斥和打擊他們，因此他們又陸續返回了原來的居住點。
本着安定穩固的長遠着想，鄧明允許高山族人蔘軍入伍，而且還派人進山向他們傳授先進的耕種技術和優質的種子，高山族人進山躲避的時間很長，食鹽和其他必須的生活物資都是十分的稀缺，因此既然明軍這邊表現出了善意，他們也就借梯下坡將族中的一批優秀的戰士送到城中去參軍，並且也不再仇視和對抗漢人了，鄧明又在項玉的授意之下，在高山族中展開文化教育和普及，通過文字和傳承來消除兩族之間的矛盾，時間一久，高山族勢必就會丟掉自己沒有文字傳承的文化，完全漢化成爲漢人的一員。
高山族的這些戰士過來之後，他們都是叢林和山地戰的好手，這個時候正好是帝國軍隊的最好陪練，項玉本着要最大限度的鍛鍊士兵，以減少士兵們在戰場上的傷亡，所以在正式的出兵之前，要求每一名士兵都必須通過叢林作戰的要求，不過在後來回過頭來看，項玉的這一步顯然是要求過苛刻了，菲律賓的那些個土著猴子實在是不經打。
軍隊的大規模的訓練一直持續了兩個多月，知道1663年的3月份才正式結束，這個時候中華帝國已經完全做好了戰爭的準備工作了。
經過五個月的搶工，軍工廠的工人們加班加點，終於在戰爭來臨之前生產出來了一萬兩千條中華式步槍，這種槍就是之前研究院進行試驗的那種步槍，在定產之後被名中華一式步槍，槍身長度一點一米，重3.9公斤，口徑7.62毫米，彈倉的容量是五發，使用的是彈一式子彈，作爲中華帝國建國以後的第一種制式後膛步槍，中華一式的有效射程爲400米，子彈在450米的距離上面仍然具備一定的殺傷力。
士兵們在中華一式步槍列裝之前就進行過相關的培訓工作，只不過這個時候在槍械全部下發之後，士兵們又要進行一定的熟悉和適應的工作，至於軍隊換下來的燧發槍，帝國軍隊將它封藏一部分，剩下的就全部交給基隆、臺南、臺東這三地的民兵們使用了。
中華帝國爲了這一戰已經準備了將近五個月的時間了，而且在這個時候，海軍方面已經擴軍到了六千多人的規模，擁有各種戰艦接近一百八十餘艘，其中有最近才裝備部隊的五艘鐵甲艦，鐵甲艦使用的是蒸汽動力和風帆動力混合推進，因此船身上面還有三根巨大的桅杆，可以懸掛巨大的船帆，在平時不需要作戰的情況之下，鐵甲艦使用風帆動力，以節省燃煤，當進入戰鬥狀態之後，爲了減少船體上的着彈面積，減少受打擊面，和提高機動性能，則降下風帆使用蒸汽動力驅動，這樣船速會得到極大的提高，使得戰艦更容易接近和躲避敵艦以完成攻擊和撤退。
爲了提高載煤量，海軍的這型鐵甲艦的排水量比預期的要增大不少，標準排水量達到了三千五百噸，滿載排水量超過了四千五百噸，艦船長123.5米，寬15.3米，吃水5.4米，船體採用長艦首加外飄的設計，長艦首可以提高航速和機動性，外飄的設計能夠增加船體的穩定性和提高內部的空間，整個戰艦內部的有效載荷超過了一千噸，其中儲煤室可以儲存六百噸的燃煤，足夠戰艦十天的續航，加上風帆在閒事提供的動力，因此整個戰艦的續航力達到了兩個月左右。
這型鐵甲艦若是按照後世鐵甲艦的範疇來說，只能算是一型驅逐艦，因此被名爲臺灣級驅逐艦，艦名照地名來命名，分別名爲：基隆艦（首艦）、臺南艦、臺中艦、臺東艦和安平艦（安平是由臺灣城改名之後的軍城）。
其中首艦基隆艦的排水量最大，達到了3760噸，因爲設計之初安裝的蒸汽機的功率比較大，因此船體顯得比較長，後續的戰艦都更換了蒸汽機，所以長度方面略有減少。
這五艘戰艦儘管目前還有很多的問題，比如說船體比較小，燃煤攜帶量比較少，所以續航力比較差，加上船身上的火炮配備的還是前膛炮，所以不能建立鐵甲艦的封閉炮塔，在戰時甲板上的士兵會顯得比較密集，一旦遭到敵方的火炮命中容易遭到巨大的人員傷亡。
但是相比於其他的木質戰艦，這五艘鐵甲艦可謂是皮厚耐揍，船大炮多火力驚人，考慮到風帆動力的侷限性，因此這個時代的海軍戰艦的最大噸位也不超過一千八百噸，英王查理一世時，由造船大師彼得.佩特於1637年主持建造的“海上君王”號數據：排水量：1500噸。尺度：長70.7米（全長，包括艦艏斜桅），吃水：5－6米。航速：10節。武備：104門火炮。20門60磅炮，8門30磅炮，32門18磅炮，44門9磅炮艦員：約800。這種戰艦就已經是超時代的跨入了戰列艦的行列之中，只到多年之後才被西班牙人打破。
但是中華帝國的這五艘鐵甲艦直接就跨入了三千噸以上的行列了，相對於這個時候的主流戰艦來說，這種船簡直就是巨無霸一樣的存在，儘管在後來隨着硬帆技術的進步，英國人造出了5000多噸的超大戰艦，但是也只是一種皮薄餡大的餃子而已，在後來的鐵甲艦面前簡直就是不堪一擊。
正是因爲這五艘戰艦帶給了項玉極大的信心，即使是面對呂宋的西班牙的海軍，中華帝國的海軍也擁有碾壓的實力來射他們一臉了，如果他們真的不知好歹的前來挑釁的話，短時間之內項玉還是不打算去招惹西班牙人和巴達維亞的荷蘭人的，不是因爲害怕他們的軍事實力，而是中華帝國在佔領了棉蘭老島之後要花時間來經營和建設，在這個時候顯然不是節外生枝的好時間。
出征的時間定在了三月中下旬，中華帝國初步準備調派一團、三團、炮兵團和海軍的大部分兵力前往出征，因爲棉蘭老島距離臺南並不是很遠，所以這一次的軍隊先在臺南集中之後，等待海軍將所有的作戰物資運抵臺南之後在一起乘船出發，因爲這個時候一團和三團已經在臺南這一帶進行叢林戰的訓練，所以集中起來也比較方便，至於炮兵團則跟隨海軍從基隆乘船出發，走東部的海域，避開臺灣海峽，感到臺南來集中。
這一戰中華帝國的全部軍隊加起來差不多將近一萬一千人，陸軍差不多六千五百人，海軍接近五千人，一共有兩百五十六艘船支的巨大規模。
船隊在三月十五號這一天啓程出發，項玉作爲三軍主將，自然也要隨軍出發，他選中了基隆艦作爲旗艦，自己也在基隆艦上面坐鎮指揮，船隊在海上航行了三天的時間之後終於遇到了一個小島，這一帶區域島礁密佈，不過像這樣的比較成型的小島倒是不多，項玉這個時候手上又沒有經緯儀，無法測算自己的具體方位，船隊在這個島上稍稍停留了一天的時間，以補充必須的淡水，小島不大，長款都只有幾公里的樣子，看起來面積不會超過五十平方公里，這麼大的島應該只有一個吧？難道就是後世的太平島？項玉有些疑惑。
其實按照正常的航向，中華帝國的船隊是不可能抵達太平島的，因此這個地方被項玉稱爲了“太平島”顯然是不對的，這個地方是後世的巴布延羣島，屬於菲律賓的領土範圍，不過這個時候根本就還沒有菲律賓這個國家呢，再加上項玉認定了這就是太平島，於是派人在上面立下了一個巨大的石碑，用漢字刻上了巨大“太平島”三個字，完事了之後又用漢語拼音刻了一遍，算是宣示了主權了，之後又刻下了同樣的石碑之後在島上找了一個地方埋了起來，算是留下了歷史的證據了。這下子就算是後世子孫們不爭氣，將這些島嶼們都弄丟了，打官司起來還有證據嘛。
其實在船隊抵達巴布延羣島之後，他們的路程已經抵達一般了，只不過在這裡，項玉的坑爹的地理知識又坑了衆人一把，項玉在原先的設想之中，是想先佔據棉蘭老島在緩緩的圖謀呂宋，他一直以爲棉蘭老島是在菲律賓的北部，因此船隊的目標也是這個方向，只是他們的目標根本就不是棉蘭老島，而正是西班牙人盤踞的呂宋。
一場中西之間的大戰，因爲項玉記錯了菲律賓的島嶼地理位置而提前拉開！