趙禹南洋富豪的身份，令得元廷各方勢力垂涎，爭相結交獻媚。而趙禹便在各方之間遊走斡旋，激化了原本就存在的矛盾，同時埋下許多隱患。
在趙禹等人的精心策劃下，薩平利用自己的身份以及家族的影響力，令得一干蒙古貴人對於明年糧價大跌之事深信不疑，紛紛拋售自家囤積的糧食，一時間，大都糧價狂跌。與此同時，顏垣利用爲樸大寶翻新宅邸的機會，查探到樸大寶多年積攢的財貨，將之盡數盜出，加上趙禹北上大都所攜帶的錢財，在大都糧價狂跌的時候，收購了大批的糧食，藉助樸大寶的力量，由海津鎮用海船秘密運往山東。藉助這一批糧食，已經加入殿前衛的嶗山派佟百濤在山東爲殿前衛經營起龐大勢力。
在藍教主的幫助下，趙禹查探到六派人士被關押的地點，並將消息轉告張三丰等人。
一直潛伏在趙敏身邊保護，扮作苦頭陀的光明右使範遙找到了趙禹，告知原來趙敏在揚州時有了趙禹的骨肉，秘密前往上都待產，如今才返回來。
王保保驚聞妹妹竟然有了江南反王的骨肉，與趙敏大吵一通，兄妹決裂。他更指示麾下高手將妹妹與外甥軟禁在一個隱秘的地方，萬念俱灰下，爲了汝陽王府的前程，終於決定投靠太子，卻不料此舉恰恰堅定了太子除掉汝陽王的決心。
藍教主以身犯險，幫助趙禹尋找到了趙敏被囚禁之處。就在趙禹成功解救出趙敏之時，驚聞汝陽王被刺殺得手！趙敏悲痛欲絕，與元廷勢不兩立。與此同時，趙禹的身份也被識破，而與他過往甚密的藍教主也被太子關押起來。
爲了營救藍教主，趙禹策劃一干武林人士營救被關押的六派人士，夜闖宮闕，擊殺大內侍衛總管番僧赤都，以此聲東擊西之計成功救出藍教主，並且讓太子誤以爲皇帝將要除掉他，從而悍然率領麾下護衛攻擊皇宮。一時間，整個大都陷入混亂當中。而張三丰等人在付出慘重傷亡後，也終於將被關押的六派人士解救出來。
太子兵敗，被王保保護送一路逃到陝西，而博羅帖木兒更是一路追殺，雙方陷入混戰當中。
趙禹率衆經由海路安然返回南方，卻在歸途上遇到前往中土的波斯明教一行人。趙禹將波斯明教一行引到應天，並且察知到如今波斯明教的惡劣形勢。波斯明教中人到了應天之後，便開始煽動中土明教弟子加入他們，卻發現中土明教的教義已經完全與波斯總教的教義相悖，而且中土明教的弟子們對他們也缺少尊敬。正當他們心灰意懶之際，卻發現了多年前派往中土的聖女黛綺絲。
趙禹回到王府後，察覺到小昭態度有些怪異，細問之下才知紫衫龍王竟然潛入應天，逼迫女兒盜取倚天劍。大怒之下，趙禹率衆前去抓捕紫衫龍王，恰撞見黛綺絲在波斯明教衆人圍攻下道出金毛獅王謝遜和屠龍刀已經落在她手中的消息，並且想以此來保住自己的性命。趙禹出手制止了波斯明教衆人，上前仔細詢問，才知先前楊不悔是在騙人。
驚詫之下，趙禹一面命人去迎回金毛獅王，一面派人出海尋找殷野王等人的下落。楊逍自責之下，欲自裁謝罪，被殷天正制止。而紀曉芙卻因疼惜女兒，私自將楊不悔放走。
楊不悔前往投奔張無忌，並且將這個消息告知。正派人士唯恐倚天劍屠龍刀全都落入趙禹手中，便與張士誠合謀封鎖海路，成功將謝遜截入手中，並且籌劃屠獅大會。張無忌營救義父不得，又被武當派同門所厭棄，無奈下與楊不悔再次來到應天，在楚王府門前長跪謝罪，希望趙禹能夠出手救回義父。
與此同時，一直沒有出手營救六派人士的少林竟與朱元璋合謀，刺殺劉福通，朱元璋成功掌握了河南紅巾軍。而徐壽輝也引狼入室，接納了陳友諒，被陳友諒篡奪了軍權。兩方兵合一處，進犯應天。一時間，應天四面楚歌，形勢危在旦夕。
趙禹故意放縱朱元璋大軍殺到應天城下，與此同時，早在西域時他安排在陳友諒身邊的五行旗秘營成員此時早已經掌握了陳友諒軍中大權，大軍經過鄱陽湖後，殺掉陳友諒，馳援應天。內外合擊，徹底擊潰了朱元璋大軍，而朱元璋也死在了亂軍之中。
憑此兵威，趙禹率領大軍兵犯蘇州，而方國珍也徹底投靠了趙禹。張士誠力不能敵，自縛出城投降，原本正在籌劃的屠獅大會也不了了之。謝遜成功被解救出來，而屠龍刀卻下落不明。各派武林人士仍然不肯順服，滅絕師太當衆宣佈了刀劍之中的秘密，於是各派人士紛紛出海，尋找屠龍刀的下落，寄望以此來打敗魔君。
平定江南之後，趙禹命徐達常遇春興兵北伐，而此時元廷大軍仍陷入混戰之中，根本無力抵抗。北伐大軍勢如破竹，一路殺入大都城中，傳承百年的大元國祚就此覆滅！
元帝等一干蒙古貴人們倉皇逃亡上都，徐達常遇春北伐大軍一路追擊。而在將近上都時，常遇春舊疾復發，性命危在旦夕，趙禹攜醫仙胡青牛奔赴上都，救下常遇春，同時擒獲未及逃遠的元帝，將之押回應天。
是年，趙禹正式在應天登基爲帝，國號大明。於此同時，王保保擁戴元廷太子登基爲帝，重建大元，一路往西而去。
新朝第二年，失蹤數年之久的殷野王等人終於回到中土，並且帶來一個震驚世人的消息。他們漂泊海外，一路往東行去，竟然發現一片豐饒廣袤的土地。那片土地地廣人稀，無比肥沃，同時生長着無數在中土不曾出現的物種。塊莖肥大的番薯，顆粒飽滿、形如珍珠黃玉的蕃米……
這個消息令新朝上下震盪無比，趙禹更是親自參與到進賢院對於新物種的研究中。爲了更清晰瞭解那塊新土地，趙禹命令殷野王等人將自己一路行進路程詳細記錄下來，刊行天下，鼓勵民間前去探索。對於財富土地的渴望，整個新朝掀起了遠航的熱潮，然而由於路程着實太過遙遠，茫茫大海中天災人禍不斷，無數人葬身在海洋中，然而也有一些運氣好到了極點的人終於到達海洋的彼岸，那塊富饒無比的廣闊大陸，並且收集那些罕見物種，返回中土，獲得驚人的封賞厚賜！
新的物種研發進度喜人，許多農作物已經成功在中土種植下來。而這其中，尤以元朝廢帝這位魯班天子的研究最爲驚人。他竟藉助新大陸帶回的一種樹膠設計出不須人力划動，只憑借沸水熱氣推動便能自動行駛的龍舟！
元帝將此奇物進獻朝廷，趙禹大喜過望，冊封元帝爲王，準其世代傳承，非謀國之逆不得廢除。有此榜樣，整個大明新朝掀起格物致知的狂熱浪潮！
正當一切欣欣向榮時，陰霾卻在漸漸逼近。新大陸的據點上突然出現紅皮膚土著人，那些人驍勇善戰，甫一接觸便給了大明子民迎頭痛擊，損失慘重，只有一些身負武功之輩存活下來，並且將消息傳遞回來。趙禹大怒，欲要興兵討伐卻被羣臣勸阻，無奈下只能號召民間江湖人士前往新大陸。爲了緩和正道武林與新朝的矛盾，張三丰百歲高齡自告奮勇，率領一干武林高手出海遠洋。趙禹親自送行，並冊封張三丰爲護國法師，許武當派世代傳承。
隨着往來中土與新大陸的人越來越多，江南卻突然爆發瘟疫，無數人因此身亡。趙禹緊急召集天下名醫商討救治之法，終於在五毒教藍教主和醫仙胡青牛的幫助下，尋找到醫治惡疾的良策，將瘟疫完全清除。
大明開國二十一年，明皇趙禹壯年駕崩，太子趙方即位爲帝。新朝伊始，國舅王保保自縛歸朝，願舉西元一國爲藩籬，請求大明出兵救助危在旦夕的西元。新皇徵召西域胡虜壯士，組建遠征軍，討伐竊據察合臺汗位的帖木兒王，並於花剌字模國徹底擊潰帖木兒。由是，西域南洋萬國來朝，共尊明皇爲新成吉思汗！