嘉魚縣這一戰只不過是個小插曲罷了，在解決了這個李萬山的官軍水軍之後，肖天健的船隊便基本上沒有再遇到什麼有效的阻礙，開始加速朝着漢陽駛去。
可是往往好事多磨，欲速則不達，偏偏就在肖天健兵抵漢陽的時候，卻發生了一件事，引起了肖天健的注意，同時也影響到了刑天軍對武昌府的進攻計劃。
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也就在肖天健率部和劉耀本會師的時候，各部刑天軍之中，都出現了疫情，許多北方過來的兵將，忽然間開始鬧肚子，許多人拉的是一塌糊塗，不但是肖天健率領的這些人馬，就連已經打下漢陽的劉耀本和羅立等部的人馬也出現了類似的情況。
起初情況還不是很嚴重，最開始在他們剛剛打下襄陽的時候，便已經零零星星的有這種情況出現了，只是沒有引起各部軍將們的足夠重視罷了，這種小事也沒有反映到肖天健這裡，可是到了這段時間，情況卻越來越嚴重了起來，各部之中都出現了大量的非戰鬥減員。
肖天健剛開始聽說的時候，起初也沒有引起重視，但是當大軍抵達漢陽的時候，肖天健發現的時候情況已經很不樂觀了，船上下來的不少兵將，甚至是被擡着下船的，就連一向都龍精虎猛的司徒亮，到了這個時候，都有點脫形了，軟塌塌的被人架着才下了船，於是他趕忙詢問了醫官之後，這才知道事情的嚴重性。
原來這種情況的出現，主要原因是許多中原過來的兵將多是因爲水土不服造成的，因爲南下之後，同時因爲飲食的結構發生改變，吃慣了北方飯的這些兵將們，猛的到了水產衆多的長江流域之後，一方面主食改成了大米，另一方面面對着隨手可得的魚鮮，先是由吃不慣，到後來大快朵頤，加上就地取生水飲用，使得腸胃猛然間承受不了，結果造成了腹瀉。
同時也因爲南方這段時間正是夏季，溫度很高，將士們隨身攜帶的水囊和水壺中的水時間一長，就會變質，喝下去不鬧肚子纔怪，再加上還有湖廣一帶因爲河流、湖泊衆多，夏季的蚊蟲也更厲害一些，一些軍中甚至於出現了瘧疾的情況，而這個時代瘧疾是非常厲害的傳染病，這個時代對於瘧疾可沒有什麼特效藥，而且具有很強的傳染性，一旦得上，就很不好治癒，反覆的發作。
在瞭解了這種情況之後，肖天健於是急忙下令暫停渡江攻打武昌的行動，下令軍中不論任何人，以後在喝水的時候，都不得直接取用江水，而是要必須燒開之後放涼飲用，並且將軍中在各地虜獲的大批茶葉，分發下去，供將士們泡茶飲用，以此來調解腸胃，避免抑或是減少水土不服所造成的腹瀉情況的發生。
另外各營在休息的時候，儘可能的找一些蒿草之類的東西點燃，以此來驅蚊，減少蚊蟲的叮咬，對於軍營之中的野戰茅廁，也加強了管理，嚴禁任何人亂拉亂尿，逮住就是重罰，再從附近採來大量的生石灰，在營中鋪撒，以此來進行消毒。
同時令各部去儘可能的蒐羅一些名醫入軍，加強軍中醫官的數量，在軍中爲得病的兵將診治，同時派人到周邊採辦蒐集藥材，以供軍中使用，對於那些得了瘧疾的兵將，則挑揀出來，單獨找一個地方進行隔離治療，如此一來纔算是控制住了軍中疫情的蔓延，好在雖然發現的有點晚，但是採取的行動卻十分果斷及時，這場疫情才得以迅速的被控制住，要不然的話，對刑天軍來說，打擊還真就不小。
但是這麼一來，也耽擱了肖天健十天的時間，使得進攻武昌的時間爲此拖延到了九月之後才正式發動。
不過相對於帶來的好處卻是羅立所部在武昌外圍的肅清行動卻取得了更多的進展，在肖天健率領大批戰船從長江順流而下，抵達漢陽之後，刑天軍的水軍實力徹底的壓倒了武昌的官軍水軍，逼迫着武昌的官軍不得不退守武昌城，許多戰船被遺棄在了江面上，成了刑天軍的戰利品。
同時在大批戰船來援之後，使得刑天軍諸部在江面上也掌握住了控制權，順江而下的大批刑天軍戰船，迅速的掐斷了武昌在長江上和下游之間的聯繫，使得羅立比較輕鬆的便攻取了武昌下游的黃州，並且在水軍的幫助之下，渡江一舉攻取了鄂州城，不但從水路上切斷了武昌和下游的聯繫，即便是在陸路上，刑天軍也開始威脅到了武昌的東面。
而這些天之中，武昌府的官軍卻可以說是毫無作爲，根本沒有采取任何阻止刑天軍的行動，以楚王新軍爲主力的守軍，基本上全軍縮回到了武昌城中，而兵力要遠少於楚王新軍的官軍，則因爲兵餉不濟，更是毫無鬥志，也都撤入武昌城中，甚至於有一部分官兵，乾脆就趁夜逃離了武昌，抑或是脫了身上的軍服，遠走他鄉另謀生路，抑或是乾脆直接投靠了刑天軍，將武昌城中的情況盡數賣給了刑天軍。
可以說在肖天健完成對武昌的進攻部署之前，刑天軍已經是對武昌的守禦情況瞭如指掌了，而且基本上沒有任何人會對刑天軍能否取下武昌表示懷疑。
九月初十，肖天健正式下達了攻打武昌府的命令，大批在江北岸的刑天軍部衆們立即聞令開始趕赴江邊登船，近千條各式船隻，滿滿的裝載着刑天軍兵將們，在長江寬闊的江面上形成了千帆競渡的場面。
僅僅是兩天時間，水營便將近三萬刑天軍兵將們運至了長江南岸，並且幾乎不費吹灰之力，便將城外試圖攔截刑天軍的少量官軍肅清，並將武昌城給徹徹底底的包圍在了其中。
而這個時候，宋一鶴的奏疏也送至了京師之中，擺在了崇禎的案頭上，崇禎看罷了這份奏疏，居然連生氣的力氣都沒有了，時局到了這個時候，可以說是已經徹底的糜爛透頂了，從各地送來的奏疏之中，愣是連一個好點的消息都沒有，整個山西南部丟了，北部朔州一帶賊勢日漸增大，宣大兵馬對其無可奈何！並且賊兵業已大批出現在陝北邊鎮一帶，守邊官軍因爲缺餉叛投賊軍者衆多！
河南全部盡歸刑天軍所佔，李自成復振佔據了漢中，張獻忠谷城復起又被刑天軍兼併，左良玉丟了荊州府，兵敗身死、全軍盡沒，嶽州丟了、長沙也丟了、隨州沒了，德安府也被刑天軍攻克！
孫傳庭在彰德府未能寸進，山東劉良左的兵馬在考城兵敗，現如今武昌估摸着也要丟了，還能有多少壞消息呢？
這麼多壞消息集中到崇禎的案頭，讓崇禎已經不知道如何辦是好了！眼下還有誰能控制住刑天軍呢？他呆呆的坐在龍椅上，看着案頭的這些充滿了壞消息的奏疏。
逮問丁啓睿？算了吧！把丁啓睿抓起來殺了，又能如何？又派誰去對付刑天軍呢？好歹丁啓睿說的明白，賊勢日大，湖廣已經不可救，現如今關鍵的還是守住南直隸和浙江等地，如此一來，還能支撐一些時日，不至於使得京師斷掉南方轉輸京師的糧食，這一點雖然崇禎不願意承認，但是也不得不接受這個事實，湖廣隨重，但是也重不過南直隸，刑天賊的目標其實很明確，就是要先拿下湖廣，再進兵南直隸，一旦南直隸也丟的話，那麼他這個大明王朝也就算是徹徹底底的完了，所以丁啓睿和南直隸的諸官說的也不錯，眼下南方官軍已然不是刑天軍的對手了，現如今如果將南直隸的兵馬也盡數投入到湖廣戰場上的話，一旦兵敗，南直隸則也危矣。
那麼逮問宋一鶴？笑話！宋一鶴現在已經孤城困守在了武昌府之中，好好歹歹的還在盡心竭力的爲他朱家守土，武昌府丟失在即，即便是逮問了宋一鶴，又有何用？那樣的話武昌估摸着丟的更快一點！
宋一鶴彈劾邵捷春，但是邵捷春也送入京師奏疏，陳明瞭四川眼下的情況，闖賊李自成在漢中復振，兵力再次恢復到了數萬人馬，大有在漢中盤踞不去，並且向南覬覦四川的跡象，邵捷春在四川，光是對付李自成，就忙活的要死了，支援湖廣，呵呵！換成他親自去，估摸着也沒多少好辦法！
楊嗣昌一死，崇禎發現身邊少了一個得力的助手，陳新甲雖然接替楊嗣昌入京，但是此人顯然沒有楊嗣昌好用，現如今崇禎又有點懷念死了的楊嗣昌了，如果不是他當初生氣，年初的時候把楊嗣昌趕到湖廣去的話，楊嗣昌估摸着也不會死的這麼早，估摸着還能幫他出謀劃策一番。
現如今崇禎仔細想了一下才發現，朝廷現如今能用的精兵，恐怕也只有北方關寧各部的兵馬了！可是現如今關外建奴年初剛剛出關，這段時間便又開始蠢蠢欲動，似乎有對寧遠用兵的想法，寧遠都督同知金國鳳已經派人送加急奏疏入京，陳請朝廷發援軍增援寧遠。
一旦這個時候關外建奴再次揮師入寇的話，那麼他大明豈不是就要完了嗎？崇禎心煩意亂的站起身在大殿中來回走動，腦海中浮現出了一個個的念頭，怎麼辦？到底該怎麼辦？難不成就這麼坐視着他的大明朝着覆滅的深淵滑去嗎？
這個時候崇禎腦海中忽然間浮現出了當初的一個念頭“和議！”