天元二年的中旬，整個南方接連雨水不斷，再加上福建兩廣一帶的地形複雜，關隘衆多，雖然大中軍集結了不少的兵力，但是在這樣的氣候之下，對於擅長使用熱兵器作戰的大中軍來說，雨季給大中軍制造出了很大的麻煩。
另外由於地形的限制，也造成了大中軍後勤保障的困難，所以整個南方的戰事情況在最初大中軍取得了一定的成果之後，便暫時性的陷入到了膠着狀態。
不過這對於肖天健來說，也並不是非常着急，因爲他也很清楚解決掉鄭家和永曆小朝廷這件事，並不是一朝一夕便可以解決的，南方作戰有一定的特殊性，雖然不見得要打成持久戰，但是想要幾個月的時間之中，便將整個南方諸省都平定下來，也不是件容易的事情。
更何況這一次在福建用兵，最主要的目的並不是徹底消滅鄭家在福建的勢力，主要目的還是給鄭家施壓，所以在石冉和劉耀本打下福寧州，進而又控制了整個建寧府之後，福建方面的戰事便暫緩了下來。
而且海上這段時間因爲風浪很大，海軍的行動也隨即跟着暫停了下來，不過這幾個月的軍事行動，還是給鄭家集團造成了很大的壓力，並且給予了他們很大的打擊。
許多鄭軍被迫倒戈投降了大中軍，就連海軍方面，也招降了一批原來從屬於鄭家的一些海盜，獲得了上百條各式船隻，招降了兩三千鄭家的部衆以及小股海盜，整體局勢對於大中軍十分有利。
如果不是這段時間雨水太多，嚴重影響到了軍事行動的話，以石冉和劉耀本的實力，打下福州府也並不是非常困難的事情。
至於盤踞在兩廣一帶的永曆朝廷，這段時間在羅汝才所部的攻擊之下，日子也過的相當艱難，永曆帝在手下諸臣的慫恿之下，生怕大中軍自韶州長驅直入打到廣州城下，於是慌忙之間便逃往了廣西南寧避難。
但是看似簡單的這件事，卻在廣東引起的巨震，本來廣東官兵還打算跟着永曆幹一番事業，即便是韶州大敗之後，但是卻並未放棄，而是摩拳擦掌的想要在廣州府一帶再和大中軍分一個高下。
但是沒成想就在官兵們準備和大中軍死磕的時候，永曆帝卻帶着一衆當官的棄了廣州府，逃往了廣西南寧，這一下對於廣東的明軍兵將們來說，打擊非常之大。
永曆此舉無疑等於是放棄了整個廣東，所以在得知永曆帝逃往了南寧之後，廣東守軍當即便士氣大跌，而那些原本還想效忠於大明的官民，到了這會兒明白了過來，大明已經不足爲他們的依靠了，故此在永曆逃離廣州之後，永曆朝在整個廣東可謂是民心大失。
雖然大中軍因爲各種原因，在控制了南雄和韶州之後，停止了繼續朝廣州府攻進，但是廣東的明軍兵將還是有不少人開始主動和大中軍聯絡，只待談妥條件之後，便投降大中朝了。
永曆此舉不單單是丟掉了廣東人的人心，同樣對於鄭家來說，心理上的打擊也很大，本來鄭家還可以背靠廣東，和大中朝爲敵，但是永曆突然間放棄廣州府逃往南寧，讓他們背後頓時也空門大開。
一旦進入廣東的大中軍攻下廣州府，那麼對於他鄭家來說，便幾乎是滅頂之災，使得他鄭家頓時陷入到腹背受敵的狀態之下，所以永曆逃離廣州府，不單單影響到了廣東軍民的士氣，同樣也嚴重影響到了福建的鄭氏集團的生存。
於是鄭家在六月之後，更加頻繁的開始和大中朝聯繫，商談有關他們投順大中朝的事情。
肖天健這一次乾脆直接在朝中吏部之下選派了一個能說善辯的官員，名叫張天成，曾經也是明朝舊吏，曾在河南任官，後來比較早投降了刑天軍，因爲能力不錯，一直幹到了吏部侍郎之職。
這一次鄭家要求和談，單有前期派去的錢謙益顯然不太夠用，於是肖天健變將這個張天成作爲大中朝的談判使節在七月間派往了福建泉州，作爲大中朝的全權代表和鄭芝龍進行最後的談判。
雖然隨着南方戰事的順利開展，內地的情況也逐步的平定下來，各地都呈現出了一片欣欣向榮的景象，但是肖天健這個皇帝卻忙的是不可開交，因爲百廢待興，各地呈報上來的奏疏多如牛毛，這個時候肖天健才體會到了當皇帝的不易，要想當一個好皇帝，做一個明君，必須要起早貪黑的批閱各種各樣的奏章，還要關注着各地的政務、軍事，肖天健不敢大意，忙的是不亦樂乎，可是即便如此，還是不能處理完各種政務。
就連他每日早晨起牀習武的習慣，這個時候也開始因爲過度的繁忙而荒疏了下來，幸好他的老婆不多，要不然的話用不了多久，恐怕他就堅持不住了。
而且最讓肖天健不爽的還不是這些事情，他的專業學的是機械，他在立國之初，便想要大力發展大中朝的工業，但是當了這個皇帝之後，他卻發現，他幾乎沒有一點時間來搞他的專業，有心想要抽點時間設計出一些機牀，作爲發展工業化的基礎，但是時間卻一點也抽不出來，甚至於連陪陪老婆孩子的時間他都沒有。
這讓肖天健感到很是不如意，於是琢磨了一陣之後，便決定暫時效仿大明設立內閣大學士的方法，來讓一些大臣來幫助他處理政務，他當皇帝可不是爲了大權獨攬，把自己累的像驢一般，他還有許多事情要做，如果整日間全部都被埋在這些亂糟糟的奏章之中的話，就不是他的本意了。
另外他還要關注着各地的軍事情況，軍隊在這個時候也需要不斷的進行調整，原來的幾個鎮軍，到現在隨着大中朝掌控了越來越多的地盤之後，已經不太適應了。
每個鎮軍現在所轄的區域實在是太大，除了主帥軍權太大之外，也有些顧忌不過來，所以肖天健變有心想要在分出幾個鎮軍，像後世的幾大軍區那樣，來負責各地的軍事。
可是因爲政務太忙，肖天健卻無力抽出足夠的時間來做這等事情，於是考慮再三之後，他決定成立一個內閣，設立內閣大臣，作爲給他幫忙的手段。
大明的內閣大學士制度其實是有一定的可取之處的，說實在的，大明朝的皇帝勤政的根本沒有幾個，除了最初的朱元璋、朱棣和後來的崇禎之外，其餘的皇帝基本上都不太過問政事，吃喝玩樂倒是都很在行，萬曆皇帝更是罷朝近三十年，幾乎根本不理朝政，但是正因爲內閣大學士撐着大明的門面，皇帝不管事但是政務卻照常進行，也沒有因爲皇帝不理朝政而導致大明垮臺。
所以某種程度上這種制度，還是有一定的好處，起碼可以讓皇帝抽出身，來做些其他事情，更何況他搞出這個內閣大臣的制度，也不是說就不理朝政了，重要的事情他還是會盯緊的，而且早朝也不會廢掉，更多的實物性的事務，完全可以交給內閣大臣來處理，這樣的話他便可以抽身出來。
於是肖天健便在七月間將盧象升從北京調回了南京，雖說大中朝定都北京的事情已經確定，但是肖天健也留出了兩年的緩衝期，目前大中朝的政治中心還是在南京，而且北方在建奴山海關大敗退回關外之後，再加上有羅立、李定國等大將駐守北方，短時間之內，不管是建奴還是蒙古人都不敢再輕易犯邊，而且盧象升在這一年時間裡，也將順天府的事務處理的差不多了，留着他在北京也是浪費，故此肖天健乾脆便將盧象升調回了南京城。
通過和諸臣商議之後，肖天健在大中朝組閣，建立起了一個內閣大臣制度，盧象升充任第一任內閣總理大臣，至於諸部的尚書，則全部入閣充作協理大臣，另外肖天健還令孫傳庭也進入到了內閣之中，作爲一個協理大臣，幫助盧象升來做事。
這些大臣們的行政能力都是相當強的，上面再加上有肖天健來掌舵，有盧象升這個公心甚重之人來主持內閣，肖天健沒有什麼不放心的。
於是在八月的時候，內閣便開始了運轉，各種繁瑣的政務開始移交到了內閣之中進行處理，一般的事情內閣大臣商議之後，便可以以內閣的名義批覆下去執行，一些大事特別是軍務方面的事情，則在內閣之中議定以後，呈交給肖天健來最後拍板，如此一來大量的行政事務便轉到了內閣之中進行處理，大大的減輕了肖天健的負擔，將他從繁重的政務之中給解放了出來。
這令肖天健大大的喘了一口氣，對於這次組建內閣大臣的事情，朝中諸臣基本上沒有提出什麼反對意見，畢竟大明之前也有內閣大學士來幫助皇帝主持政務，現在肖天健推行內閣制度，也不算是出奇，而且肖大皇帝願意將一部分權力下放到他們這些重臣手中進行處理，這也是他們樂見其成的事情，雖然他們都是大中朝的大臣，但是也不想所有的大權就這麼一直都被肖天健控制着，現如今肖天健主動提出來，讓內閣大臣們來處理一些政務，對於他們來說自然是好消息，誰要是提反對意見的話，那就真是昏頭了。
盧象升非常感激肖天健對他的這種信任，他很清楚這個內閣總理大臣的分量，說白了他現在已經是一人之下萬人之上了，這個內閣總理大臣也基本上算是宰相了，不過和宰相不同的是，內閣處理政務的時候，總理大臣也要聽協理大臣們的意見，有時候需要一起商量之後才能決定，而且對於內閣的成員，總理大臣也沒有任免的權力，這樣一來也就避免了總理大臣一人獨斷專行.
至於協理大臣，權力也比起以往的各部尚書有所增大，一些事情協理大臣便可以自行處理，而且各自分管一塊，相互之間既有配合又有牽制，對於這樣的做法，協理大臣自然也很是高興。
不過最重要的是許多政務通過內閣大臣，便可以處理，這樣一下就把肖天健這個皇帝給從政務堆之中解放了出來，使得肖天健總算是可以喘一口氣了。
但是肖天健也並未就此放鬆下來，剛剛將繁瑣的政務移交給內閣處理之後的他，便一頭扎入到了另一項事務之中。
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