肖天健在處理過了傳教士的事情之後，五月間下旨暫停福建的軍事進攻，但是卻令羅汝纔在湖廣南部對廣西開始動兵。
羅汝才這幾個月間，奉命抽調出了四川和湖廣的一批人馬，一方面接管了已經宣佈投順大中朝的貴州，配合前去赴任的行政官員對貴州實行統管，另一方面則在湖廣南部的郴州、永州兩地調兵，並且在湖廣南部招募編練新軍，集結起了四萬餘兵馬，到了五月間的時候，這些兵馬已經結束了訓練，做好了出兵的準備。
於是肖天健便下旨，令羅汝才率軍，開始對兩廣用兵，郴州一路人馬出郴州攻入廣東省，對韶州和南雄等地發動了進攻，而永州一路人馬，則將兵鋒指向了桂林，如此一來，永曆朝便緊張了起來，不得不調集兵力朝桂林和韶州府行動，想要阻擋住大中軍對兩廣的進攻。
何奈時下永曆朝的明軍無論是裝備還是士氣都很差，根本就不是已經接近金現代化軍隊的大中軍的對手，在羅汝才動手之後不久，大中軍便在韶州大敗了明軍一場，一舉擊垮殲滅了明軍近兩萬人馬，五月底便攻佔了韶州府城，打通了前往廣州的通道。
而另一路從永州出發的人馬，也很快在桂林一帶擊破了明軍的阻擊，兵鋒直抵桂林城下，桂林守將馬方眼看不敵，當即率部投降了大中軍，如此一來桂林也被大中軍攻佔，永曆朝一下便被打蒙了，永曆帝生怕大中軍一鼓作氣殺到廣州，於是便在大臣的慫恿下棄了廣州府，逃往了南寧。
如此一來永曆朝的明軍更是士氣大衰，無心繼續跟大中朝死磕了，僅僅兩個月時間，大中軍便控制了南雄等地，兵鋒直指廣州府。
同時桂林方面的大中軍在肅清了周邊明軍的抵抗之後，再次揮師南下，開始對平樂府和柳州府用兵。
但是由於天氣炎熱，大中軍的一些來自北方的老兵，在進入氣候炎熱的南方之後，開始出現大面積的水土不服的情況，病倒的兵將數量很多，這對於大中軍的進攻來說，也造成了很大的影響，大批病患兵將不得不被後送養病，使得接下來的軍事行動開始緩慢了下來。
不過幸好羅汝纔在動兵之前，從湖廣南部招募了不少的新兵，這些人比較適應南方的氣候和水土，倒是保存了戰鬥力，否則的話這次行動很難再有所突破，不過因爲雨季的到來，還是使得大中軍在兩廣的行動在進入六月中旬之後，暫時不得不停止了下來。
肖天健看罷了戰報之後，同意了羅汝才暫時停止進攻的請求，畢竟南方受到的兵禍比較少，大中朝想要一朝一夕便將永曆朝給滅掉，也不是太可能的事情，對於嚴重依賴火器的大中軍來說，想要在南方雨季之中繼續大規模的行動，這樣會造成大中軍大量的傷亡，所以暫時停止行動，也是無奈的事情。
於是在進入六月底之後，南方持續了三個月時間的軍事行動暫時停止了下來，戰事情況又一次進入到了僵持階段。
而肖天健在這個期間，也在南京迎來了一個很重要的“客人”，五月間西北軍將他們俘虜的李自成，從陝西押送到了南京城中。
隨行一起前來的還有投順肖天健的田見秀，田見秀在抓住了李自成之後，便將李自成交給了大中軍，閻重喜本來的意思是乾脆就地就在漢中府，將李自成給殺了拉倒，省的李自成的餘黨再想辦法營救他。
但是這件事閻重喜沒有敢私自做決定，而是派人請示了肖天健，肖天健回覆的聖旨是將李自成押赴南京受審，所以這一來一回便耽擱了不少時間，閻重喜在得到了聖旨之後，這纔將李自成從西安府起運，押赴到了南京，等到了南京的時候，便已經是五月間的事情了。
李自成的被俘，使得他搭建起來的草臺子大順政權徹底瓦解，作爲這個時代的一個梟雄，肖天健不知出於什麼想法，想要最終見一下這個梟雄，這纔在他的旨意下，促成了將李自成押赴到南京城受審。
田見秀也是隨同押送人員一同抵達的南京城，對此肖天健親自在宮中召見了田見秀，並且封田見秀爲漢中侯，並且依照當初對李自成的懸賞，如約對其賞銀萬兩，令其在兵部行走，讓田見秀大爲感激，連連謝恩，這樣的賞賜，對於田見秀來說，已經是他最初沒有敢想的事情，可見的肖天健對田見秀是相當的禮遇了，至於在兵部行走，雖然不算是什麼實權的差事，但是田見秀也知道，他這個作爲投奔過來的人，是無法和那些跟着肖天健打天下的軍將們相比的，能撈取到這樣的好處，對他來說已經足夠了，而且只要他以後好好辦差，也不見得沒有出頭之日，於是田見秀千恩萬謝之後，退出了皇宮。
李自成入南京之後，便被押入了大中朝刑部大牢之中，被嚴密的看管了起來，按照大中朝時下的制度，李自成將會被移交到大理寺進行審判。
李自成身負沉重的腳鐐枯坐於牢房之中，關押他的牢房條件並沒有像他起初想象的那麼陰森可怖，而且這一路上行來，除了沒有自由之外，沿途押送他的那些大中軍兵將也沒有刻意的虐待於他，正常的吃喝基本上保證了他的需要，即便是到了南京城，也沒有讓他坐囚車帶枷遊街示衆，而是低調的被大中朝的司獄接管過來，裝入了一輛大車運送到了刑部大牢之中。
李自成此時早已是萬念俱灰，心知已經無法倖免，當初被田見秀率人抓住的時候，他也曾經想過要避免被辱，乾脆自殺拉倒，但是大中軍對他的看管甚嚴，幾次自殺企圖都被看管他的人員發現制止，使得李自成數次自殺未遂。
李自成被移送到西安府之後，發現大中軍並未太過爲難於他，雖然膳食上比較粗糙，但是也沒有刻意的餓着他，故此幾次自殺未遂之後，李自成也就不再試圖自殺了，只是靜候着對他最後的處置。
他很清楚像他這樣的人，大中朝是絕不會留下他的性命的，他被殺只是一個時間的問題，而且很可能像當年他舅舅高迎祥那樣，被大明朝千刀萬剮，但是這對於李自成來說，已經沒有什麼迴旋的餘地了。
假如在大中朝立國之後，他便宣佈投順大中朝的話，估計着肖天健還能給他留下性命，但是現在他已經不指望肖天健還能讓他活下去了。
這些日子，李自成一直在回顧自己的一生，他從最初的一個驛卒，到後來叱詫疆場的義軍首領，再到大順皇帝，當然他這個皇帝的水分比較大，但是好歹也曾經擁有過部衆數十萬，可是短短半年多時間，他的一切便在大中軍的兵鋒之下灰飛煙滅，一切都成爲了過去式。
他這麼多年來，一直在想，他到底比肖天健差在什麼地方，可是這個問題也困擾了他很多年，他一直沒有想通，他起兵造反的時候，肖天健這個人還不知道在什麼地方，等他領兵打隴州的時候，肖天健也不過只是一個擁兵不足千人的小頭目罷了。
可是偏偏他在名氣遠大於肖天健的時候，肖天健卻忽然間便崛起於各路義軍之中，一手打造出了一支彪悍無匹的兵馬，愣是在短短的幾年時間之中，便硬將龐大無匹的大明王朝生生掀翻，控制了大半個中國。
李自成枯坐於牢房裡面，最終還是沒有想通這個問題，他到底是哪兒不如肖天健，肖天健能取天下，可是他卻從頭至尾都不過只是一個流寇。
正在李自成坐在牢中想着這些問題的時候，聽到了牢房外面有人叫道：“恭迎聖上駕到！……”
李自成聽到之後，心中突突猛跳了幾下，擡起了頭，朝着牢房外面望去，昏暗的牢房外面，這個時候忽然亮起了好幾個燈籠，將牢房內外照的通亮，使得已經習慣了這種昏暗環境的李自成的眼睛有點適應不過來，於是閉上眼然後再次睜開，努力的朝着監牢外面望去。
這個時候他看到了一個身材高大的男人，身穿着一件黃色的龍袍出現在了牢房之外，這個時候能穿這樣的龍袍之人，李自成自然知道他的身份了。
“都免禮吧！近衛留下，其他人先退出去，不要打攪朕說話！”門外的黃袍男子朗聲說道。
只聽得獄卒們連忙答應之後，立即便魚貫退出了牢房，有人嘩啦一聲打開了牢房上的鐵索，咣噹一聲推開了牢門。
李自成本來想要站起來，但是想了一下之後，再一次坐回到了凳子上，擡起頭朝着走入牢房的這些人望去。
幾個身形彪悍的侍衛立即先走入牢房，一個個按着腰間的腰刀的刀柄，虎視眈眈的盯着李自成，接着那個身穿黃袍的男子跟着走入到了並不算狹窄的牢房之中。
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