洪荒之初，天地間出現了一位神奇的女子女媧，女媧造人，功德無量，被世人尊爲大神，此後水神共工與火神祝融爲爭天下，於不周山大戰，共工大敗，於是大怒，頭撞不周山，不周山就此塌陷，女媧不忍眼看民不聊生，遂尋五彩石煉石補青天，更是功德無量。
然而，萬年之後，天地間出現一妖魔蚩尤，爲禍人間，女媧大神不忍民間疾苦，遂派遣炎帝與黃帝下界除妖，炎黃二人來到凡間，與蚩尤展開了史無前例的大戰，蚩尤退守北方。
炎帝在北方鞏固了自己的勢力，蚩尤見其勢力磅礴，於是暗中將自己的妹妹安排在炎黃二人之間，有一次，黃帝應約前去炎帝大帳商談消滅蚩尤的大事，兩人約好了三個月後聯合起來將蚩尤徹底消滅。
在離開炎帝大帳後，黃帝見帳外有一女子，長得貌美如花，遂向炎帝問及此人的身家來歷，炎帝本來並未注意帳中有此女子，於是未說明，黃帝生疑：“莫不是炎帝故意隱瞞？”
沒想到此女子竟然造成了月後的扳泉之戰，黃帝與炎帝在扳泉之戰中大戰，遠在北方的蚩尤大喜道：“哈哈哈，這炎黃二人竟然想聯手將我擊敗，幸好我早有安排，否則兩月之後就是我的死期。”
炎黃二人大戰之中，炎帝大敗，從此離開了人見，隱於世間，苦研醫術，從此不再管人間大戰之事，現在的他終於明白了爲什麼黃帝會與自己大戰，原因處於那名女子，大戰之後，黃帝將那名女子接到自己的帳中營地住了下來。
第二年，黃帝整軍待發，想要將蚩尤一舉殲滅，然而，讓人意外的事情發生了，黃帝大敗，原是設計想要將蚩尤大軍全數伏擊，怎想蚩尤似乎早就知道了黃帝的計謀，反設埋伏使黃帝大軍大敗而逃。
黃帝大怒，將軍中大將召集起來，嚴查重辦，認爲這次大戰是軍中大將泄漏了機密，才使得蚩尤知道了自己的計謀，殺了其中幾名先前的炎帝手中大將之後與再次用計大戰蚩尤，奈何又一次被蚩尤大敗，黃帝起疑，以爲又是誰泄露了機密，於是再次將手下原屬於炎帝的大將逐一誅殺。
這一天，軍中士兵突然全數中了奇怪的病，無法再戰，而蚩尤與自己相約了半年後再戰，黃帝大急，心想：“自己身經百戰，連炎帝這樣的大敵都能打敗，怎麼今日難道要敗在蚩尤手中嗎？這可是他的最後一戰，關係這民間的生死存亡。”
突然軍中士兵前來稟報，說是有個懂得醫術的人前來拜侯，黃帝大喜，將此人引入帳中，見此人乃和自己一起下凡的炎帝相似，大驚道：“炎帝，怎麼是你，你不是回上界了嗎？怎麼還留在人間，難道你還想找機會報仇？”
“不，我不是炎帝，當初的炎帝已經死去，現在站在這裡的是神農，我，神農，昨日我夜觀天像，知你軍中士兵搜換了一種疾病，所以前來助你度過此劫？”神農笑道。
神農，就是當年隱士研醫的炎帝，在這幾年中，炎帝醫術大成，知事當年那名女子才導致黃帝大敗，怒殺軍中大將，近日夜觀天象，知道黃帝大軍中今日會有大劫，然女兒此劫也是出自那名來歷不明的女子。
黃帝疑惑，但是也未將這些是放在心裡，神農來到軍中士兵處，仔細看了看這些士兵的病情，搖頭苦笑道：“黃帝，你這軍中所有士兵都是中瞭如今天地間最厲害的蠱毒瘟，也可把它叫做是瘟疫，此蠱極其厲害，一旦有一人染上，就會不斷的的傳染給別人，所以你這軍中所有的士兵纔會在一夜之間全部染上此病。”
“那有什麼辦法可以解此毒否？”黃帝聽後大驚，他自然也是知道有此蠱，卻爲想到會發生在自己的大軍之中。
“黃帝聽我一言，軍中有人故意下的蠱，還望黃帝你能找出此人，我現在就入藥山找尋草藥，解你這大軍之劫，不過一切還要看你自己，此人不除，大軍永無寧日。”神農說完離開了大軍，來到藥山採集草藥。
瘟疫還在不斷的蔓延，神農爲了找尋能解毒的草藥，然以自己的身體試藥，中途多次因中毒而昏厥，但是他並沒有放棄，直到有一天，他回到了黃帝大軍中，此時的黃帝仍然是愁眉緊鎖。
神農回來，將自己這寫天來，找到的解毒草藥配置成藥，分與大軍服用，大軍第二天全數好了起來，黃帝大喜，忙向神農道謝，神農笑道：“軍中有一女，蚩尤之妹，還望黃帝你能將此人除去，否則此戰也是必敗。”
黃帝大驚，忙問事何人，只聽炎帝說道：“此女乃是當年炎帝大帳外你遇到的那名女子，黃帝，還望你爲了大局着想，速將此人除去。”
黃帝大怒：“神農，你不要一位久了我的大軍我就會相信你這些，我與此女子乃是結髮夫妻，你莫要胡言，亂我軍心。”
“事已至此，我不便多說，決定權在於你。”說完神農正要離開大帳，黃帝大笑道：“原來你真的是炎帝，當年之事只有炎帝與我二人知道，你救我大軍我感謝你，不過你爲了當年之事，欲要離間我夫妻二人，我不能放你。”
“哈哈哈哈，我早知今日難逃你大軍，所以病沒有準備離開，不過，你妻子現在應該已經死去，從此，你不會在失敗了，既然禍害已除，我也死而無怨了。”神農大笑道。
“不過我這裡有我這些年來辛苦研製的醫術，我可將這些留給你，還望你好生保存，這些對你們以後會有幫助的，哈哈哈，其實不用你殺我，我已經是快死之人了，當日我嘗百草治瘟疫之時中毒太深，今天想來也是我壽終之日。”神農說完倒在了帳中。
從身體照片那個飛出一個元神，瞬間消失在天地間，黃帝最終知道了自己的妻子背叛自己的事情，想起神農臨終前的話，忙命令手下尋找神農轉世，想要彌補自己的遺憾，可惜。