接下來一個最重要的事，就是封賞功臣。
施琅、張家玉、李定國、李成棟皆被封爲四等侯，李元胤被封爲四等忠毅伯，陳仲武、施肇璉、施肇序等被升爲三等伯，相應的，陳仲武升官了，他老爹陳際泰也被升爲二等伯。
左路軍中，馬寶因攻佔吉安有功，爵位失而復得。劉文秀、艾能奇皆被升爲一等伯。
右路軍，孟文傑、杜永和、孫忠明皆封伯。
中路軍雖無十分顯赫的戰功，但南昌和贛州力保不失，爲各軍機動殲敵贏得了時間，也算功勞不小。
所以，除了升賞張家玉之外，又賞了李德泗一個四等伯。金聲桓被升爲一等伯，王得仁因丟失九江，有功有過，不作升賞。
其它將佐再無封爵之賞，但官職都相應地往上提了一提。
當然，當兵的賞銀是必不可少的。
朱由榔在這方面一點也不小氣，給三路軍和水師的賞銀是各五十萬兩，另撥五十萬兩給金聲桓，算是抵償因爲戰爭沒有收下來的賦稅，以便於讓他迅速安定和恢復江西的形勢。
除了武將之外，文臣的官也都升了。
吳炳和陳子壯皆被封爲武英殿大學士，其餘各位大學士都升爲文淵閣大學士。
王夫之被封爲禮部侍郎，東閣大學士，掌翰林院，國子監祭酒一職由顧炎武兼任，李顒被封爲右春坊大學士，詹事府少詹事，歸莊升爲翰林院侍講學士，《大明週報》總編一職仍由他兼任。
顧炎武作爲“男秘”，是朱由榔須臾不可離開的。雖已有楊愛爲“女秘”，文才也是沒說的，因爲朱由榔對她另派了差事，所以，顧炎武仍是原差留任。
好在因爲人才太少，翰林院、詹事府都還只是個空架子，先任命首長，日後再添充就是。
其他文臣，也都有升賞。最值得一提的，是這麼幾個人。
王化澄調任廣東任廣東巡撫，金堡升任廣西巡撫。
李顒離任，山地軍作爲最精銳的一支部隊，段興還挑不起大梁，朱由榔把就把焦璉調過去當了山地軍元帥，總兵銜。
焦璉是朱由榔最信任的人之一，別看官職不高，但每每被朱由榔委以腹心護衛之重任。
……
在李顒任職這件事上，朝堂上下也是吵成了一團。
明朝向來文貴武賤，朱由榔即位之後，已經改了這種觀念，但仍是有人用老思維看待這件事。
他們認爲，李顒以武改文，而且還被委以教導皇子之重任，是恩賞太過。最爲關鍵的一點，李顒傷雖經葉紫帆的調治，已經痊癒，但卻是留下跛疾，行走時需要柱拐。
大明向來有一個規矩，有殘疾者不可入仕。
在議這件事的時候，瞿式耜因掌吏部，所以提了一個建議，那就是可以以武職賞爵，讓李顒致休。
黃宗羲當即表示反對：“瞿大人，李大人雖是武職出仕，但他是文人出身，‘關中三李’之名誰未聽聞？再說了，他入武職，也是迫於無奈，並非他本意，當初被而農薦來時，也是想入文職的。所以，不當以武職賞爵，令其致仕。”
“太沖所言極是，臣附議。李中孚此人文才卓著，品性端直，出使清營一事，更令他名滿天下。如此人物，若令其致仕，太可惜了。”陳邦彥附和道。
“太沖，你忘了祖制了？若出仕爲官，‘身言書判’缺一不可。李中孚的氣節着實令人佩服，若是身體無殘，授他個大不士也不爲過。可惜，被火鏊烙壞了雙足，若入朝爲官，豈不是有礙觀瞻？”吳炳出言反駁黃宗羲。
“吳大人，‘身言書判’那是科舉時對士子的要求。李大人並非天殘，而是因國而殘，豈能以科舉標準去衡量於他？”黃宗羲辯白道。
黃宗羲說完這番話，把朱由榔聽得是連連點頭，吳炳等人也無話可說了。
李顒如此高潔之士，朱由榔若因人家有殘而不用，那真是會被後世笑話有眼無珠了。
“李顒因國致殘，正氣凜然，若是棄之不用，後世會說我等君臣心胸太窄。李顒雖有足疾，但口能言、手可書，朕不但要用，而且還要重用。皇子們都漸漸長大了，詹事府卻還沒有成立。朕看，就讓李顒任詹事府詹事吧。朕不但會用他的事蹟教育百姓仕子，作養浩然正氣，還要讓他親自教導皇子成才。”朱由榔止住了臣子們之間的爭論，把此事算是定下來了。
通過這件事，臣子們深深感受到了皇上對於祖制的藐視。合自己心意的，他就用；不合自己心意的，他就改。
身言書判，豈分天殘不天殘？
不過，有了因國致殘這一條，也算避免後世將這條祖制給改了。
……
李顒的事算是就這樣定了，朱由榔又想到了自己的正牌子老丈人。
他是伯爵，總不能見了李定國、施琅他們給他們見禮吧？再說了，偏老丈人都升了，他這正牌子老丈人怎麼也得升上一升。
於是，他又下了一道恩旨，封王文韜爲四等安樂侯。
爵位封的有些多，不過，這是開國之時特有的現象，等天下和平了，再想以軍功封爵，可就難了。
朱由榔雖然不是開國之君，按理上說是守成。但，老祖宗只給他留下了一個血統，大片土地丟失，只給他留下肇慶一隅。經過近四年的努力，他已經收復江南大片失地，假以時日，全面實現大明之中興並不是很遙遠的夢。所以，雖名爲守成，則實同於開國。
好在朱由榔的爵位並不封地，只是工資多一點，地位高一點，名聲好一點，口惠而實不至，朱由榔倒樂得爲之。