“這是蘇哈托派來的人員與我們達成的秘密協定。”瀋陽將雙方會談紀要遞給吳銘，“基本達成了我們的目的，這是蘇加諾的特使所承諾的條件，制止反華騷亂，同意蘇門答臘人自己的選擇，但要求我們退出加裡曼丹島的印尼領土。”
“相比較，還是蘇哈托比較大方。”吳銘仔細翻看着文件，冷笑道：“不僅承諾制止反華暴亂，賠償華人損失，還同意蘇門答臘和加裡曼丹的問題由那裡的人民自主選擇，而我們只要不插手，不偏向，蘇哈托認爲他們有能力控制印尼的局勢，並且將與馬來亞友好和平相處。”
“那我們就與蘇哈托合作吧，把印尼的華人、華僑接到加裡曼丹島，驅逐那裡的印尼居民。”趙笑眉說道：“等到蘇哈托集團掌握了政權，要是他不聽話，光憑這份秘密協定就可以讓他滾下臺。”
“我看可以。”吳銘點頭贊同道：“命令登陸爪哇島的部隊暫時停止行動，靜觀其變，告訴蘇哈托，這份協定必須要他和納蘇蒂安的親筆簽字認可，而且印尼華人的遷移要馬上開始。否則我們就動用武力，在這個時候，英、美的注意力都集中在朝鮮，我們的態度就將決定印尼的政權落在誰的手中，不多索取好處實在是說不過去。”
1950年9月15日，印尼右翼與左翼雖然劍拔弩張，但爲了不進一步激怒馬來亞軍隊，都採取了相應行動，制止反華暴亂，鎮壓暴亂分子。s華人、華僑開始向沿海城市集中，等待馬來亞船隻的到來。雖然馬來亞已經與蘇哈托集團達成了協議，但這種秘密協定是不能見光的，馬來亞撤出華人、華僑。除了簽訂協議的雙方，別人只知道這些華人、華僑是前往南加裡曼丹島暫避災難的，進一步的事情便不得而知了。
9月20日。與馬來亞達成秘密協議的蘇哈托底氣十足，宣佈取締印尼共、人民青年團、全印尼中央職工會和印尼婦女運動協會等組織和其他一些左翼團體。隨後指揮軍隊大開殺戒，在兩個月內，印尼左翼團體受到嚴重摧殘，其主要領導人艾地等全部被殺。據不完全統計，先後有幾十萬人慘遭殺戮，約三十多萬人被逮捕監禁。與此同時，軍人集團一方面逼壓蘇加諾總統逐步讓權，一方面不斷通過媒體誣衊中國支持“九卅運動”、干涉印尼內政。陸軍的《戰鬥報》含沙射影地說：“難道九卅運動僅出自翁東地想法。而沒有作爲幕後主使者的國內或國外的政治活動家地參與謀劃嗎?難道九卅運動的反革命冒險僅靠他們各自的物質力量，而沒有國內或國外廣大階層在物質和精神上的支持和幫助嗎?”
當時，中國認爲“九卅事件”是印尼國內階級矛盾發展的結果。過去“納沙貢”的表面合作掩蓋了革命與反革命的界限，此次事件後，革命和反革命的力量迅速分化，雙方的陣線日趨明朗。左派已由合法地、和平的鬥爭被迫轉爲地下的、武裝的鬥爭，這有利於印尼革命力量的進一步發展。但中國出於政治考慮。對事件的公開態度則是儘量客觀，電臺、報刊暫不報道印尼政局變化。當時中國定的方針是：堅決支持印尼人民地革命鬥爭，集中打擊和孤立右派，縮小中間派的欺騙作用並促其分化，對右派的攻擊給予堅決回擊。
然而，印尼的局勢卻急轉直下，蘇哈托及軍方集團以武力殘酷鎮壓了左翼集團，1950年10月15日，蘇加諾在軍人挾持下組成新內閣，並授權蘇哈托代行總統職權。蘇加諾完全陷於無權地位。兩國關係日益惡化。各種來往陸續中斷。
1950年10月30日，印尼國會通過決議，表示印尼政府可“根據情況發展，就印尼和中國之間的關係採取堅決措施，必要時斷絕外交關係”。
11月5日，印尼外交部分別照會中國駐印尼使館和外交部，宣佈印尼政府決定關閉印尼駐華使館，要求中國保證其使館人員安全撤離中國。同時，要求中國自1950年11月10日起，關閉駐印尼大使館、駐雅加達總領事館以及駐棉蘭、馬辰和望加錫領事館。上述機構的全體中國人員在最短時間內離開印尼領土。
11月8日，中國政府發表聲明，中國和印尼兩國關係的中斷，責任完全在印尼方面，由此產生的一切後果。必須完全由印尼現政府承擔。
11月10日。在印尼華人、華僑轉移順利的情況下，馬來亞軍隊開始徐徐後退。解除了對雅加達的威脅，但還駐於烏戎庫隆，起着威懾作用。第二次馬、印戰爭結束，馬來亞軍隊全部佔領了加裡曼丹島，並且將印尼華人遷至該島，爲下一步民衆大選決定加裡曼丹島地歸屬打下了基礎。
這場印尼政亂相比於朝鮮戰場的突然變化，明顯沒被國際上所重視，雖然英美等國對印尼的右翼勢力掌權表示出了歡迎，但是中國的參戰使得他們的注意力完全集中在了朝鮮半島上。
1950年9月15日，麥克阿瑟登上旗艦麥金利山號親自督戰，在美英兩國三百多艘軍艦和五百多架飛機掩護下，美軍第十軍團成功登陸仁川，從朝鮮軍隊後方突襲，切斷朝鮮半島的蜂腰部一線，，迅速奪回了仁川港和附近島嶼。9月22日，撤退到釜山環形防禦圈的聯合國軍乘勢反擊，9月27日仁川登陸部隊與釜山部隊水原附近會合，一日之後重奪漢城。
美國原先將朝鮮軍隊趕回三八線以北的計劃因戰事進展極其順利而有所改變。麥克阿瑟將軍要求乘勢追擊，將共產主義逐出整個朝鮮半島。9月27日，美國參謀長聯席會議與總統杜魯門都同意了麥克阿瑟的建議，但是總統要求麥克阿瑟只有在中國和蘇聯不會參戰的情況下才可攻擊朝鮮。次日美軍部隊就進逼三八線，10月1日韓國第一批部隊終於進入朝鮮作戰。