墓被盜經過
1028年，在她死後十九年，她的“萬年吉地”被軍閥孫殿英炸開，不但屍骨盡遭暴露、羞辱，隨葬的奇珍異寶也被洗劫一空。慈禧遺體被拋出棺外，嘴裡的寶珠被摳走。
盜案發生後，溥儀派載澤、耆齡、寶熙等人到東陵對慈禧的遺體進行了重新安葬。載澤等人鑽進地宮，見慈禧遺體趴在棺蓋上，頭朝北，腳朝南，左手反搭在後背上。在地宮裡已暴屍40多天，遺體上出現了許多斑點，長滿了白毛。
載澤等人見內棺尚完好，可以繼續使用，於是命旗婦用一塊黃綢子將慈禧遺體蓋上，將一件黃緞褥鋪在遺體一側，然後慢慢翻轉屍身，正好將遺體仰臥在黃緞褥上。只見慈禧面色灰白，兩眼深陷無珠，顴骨高隆，嘴脣有傷痕。衆人幫扶着，用如意板將慈禧遺體擡入棺內，如意板未撤出。遺體上蓋上一件黃緞被，把從地宮裡拾到的慈禧生前剪下的指甲和掉的牙用黃綢子包好，放在被上。載澤又將當年得到的慈禧遺物——一件黃緞袍、一件坎肩蓋在被上，蓋上棺蓋，用漆封上棺口，重殮完畢。[9]
三次入棺
第一次入棺是1908年死後第二天慈禧被殮入棺，1928年遭盜墓屍體被暴露在外，載澤等重新殮葬。第三次入棺是1984年文物局清理內棺搬出屍體。
1984年1月4日，國家文物局派來了幾名專家，與清東陵文物保管所組成了一個清理慈禧內棺10人小組。第二天，清理小組依次揭取了被上的兩件衣服，發現了包着慈禧指甲和牙齒的小黃包。當將黃緞捲走後，慈禧的遺骸呈現在眼前，她的臉部及上身用黃綢包裹着，下身穿着褲子，褲子上繡滿了“壽”字，一隻腳上穿着襪子。遺體仰身直臥着，頭微微左偏，右手放在腹部，左臂自然地垂於身體左側，兩眼深陷成洞，腰間扎着一條絲帶。遺體仍是完整一體的，全長153釐米。
清理小組用她身底下的如意板將遺體從棺中擡出，放在地宮的地面上。在棺內噴灑了防腐消毒藥液後，又將慈禧的遺體擡入棺內。這是她死後第三次被擡入這口棺中。然後將被、小黃包及兩件衣服完全按原樣、原位置放回。一切都恢復了原狀後，又往棺內噴灑了一遍藥液，蓋上棺蓋，封好棺蓋口，木工們將殘破的外槨修好後，套在了棺外。
如今，慈禧的遺體仍完整地躺在棺木內，保留着1928年第二次入殮時的原樣。