於是朱顯波決定在馬六甲設總督府，遠洋艦隊總指揮穆友前爲總督。袁承志、姚啓聖爲副手共同治理馬六甲城兼負責馬六甲海域的巡防。南海艦隊駐點搬往馬尼拉，戚宏亮之前所轄的四艘戰艦和兩艘運兵船載着朱顯波、李華梅、戚宏亮和全體戰地醫療隊員和特戰隊員回廣州。
這一趟朱顯波出來時間也不短了，再說馬六甲戰事已經平息，是時候回京主持內政。在朱顯波看來只要大明不主動開戰，未來幾年應該可以和平的發展下國內經濟。
一路上君臣幾人有說有笑，幾個臣子也是努力的想讓朱顯波忘卻鍾雪之死。而朱顯波的費盡心思討好海盜從良的張蕾。朱顯波知道人死不能復生，何況朝思暮想的張蕾回到了自己身邊。如果自己再整日拉長着臉，這女人只怕又要跑了。
趁着人少的時候朱顯波就問起了張蕾未來的打算：“你回京後準備做些什麼？是繼續做你的將軍，還是隨我回宮啊？”
“你想我怎麼樣？”
“我當然想你跟我回宮啊，朱丹和周濤兩人生活得就很好。小孩都半個大人了，尤其是朝陽個頭和你差不多。不衝我，就衝朱丹和周濤還有那些孩子們你也要回宮去啊。”朱顯波想用溫馨的家庭來打動張蕾。
誰知張蕾根本不領情，“我既不想當將軍又不想回宮當娘娘。這樣吧，我先隨你回京，看完孩子們。我就去杭州，我搞服裝去。這明朝人的服裝太彆扭了。我去弄點杭派女裝去，到時候行銷全世界賺得錢比你那些商隊還要多。”
“這樣啊，隨你吧。只要你高興就好！";朱顯波心裡說不出有多麼的失落，但還是言不由衷的說出了那句套話。
“哎呀，不高興啦。我習慣了自由的生活。不行你也可以搬到杭州來啊。”
“。。。。。。”
所謂郎有情，妾無意，多說無意啊。朱顯波心想只有好好珍惜張蕾去杭州之前的這段日子。將來等她去了杭州，自己想去見到倒是不難，但是總不能爲了她拋棄整個朝廷和大明江山吧。再說就算自己做個癡情漢，張蕾也不一定領情，說不定那天膩歪了又跑了。
兩人雖然對於張蕾將來的規劃意見相左，但是畢竟有好長時間沒在一起了，情人見面倒也少不了纏綿。就這樣經過四天的海上顛簸朱顯波一行人來到了廣州。兩廣佈政使和廣州總兵早已擺好龍門陣迎接大明皇帝凱旋。
朱顯波回到自己的地盤倒也不客氣，同時向各位屬下隆重介紹了巾幗英雄張蕾。然後給這些特戰隊員和陸地醫療隊放假，通知他們十天後再次集合前往杭州集結。辦完慶功宴，朱顯波一行在廣州停留三天後準備從水路前往杭州視察。
正當船隊準備起航時，廣州總兵再次火急火燎的趕到碼頭截下朱顯波：“啓稟皇上，祖大壽來報！”
“什麼事情？”
“非常緊急，請上皇移駕議事廳！”
於是朱顯波、戚宏亮連同送行的廣東大小官員有折回岸上。
“就在這裡說吧！”朱顯波知道祖大壽是個穩重的封疆大吏，沒事不會把奏摺送到廣州來，應該是朝廷那些人架不住了。肯定發生了什麼大事。
“朝廷八百里加急送來了祖大壽的奏章。祖大壽在奏章上說日本東北發生暴動，伊達政宗先是派人騷擾港口，卻暗地裡糾集部隊佔領了江戶。我大明江戶城守城將士傷亡慘重，現已棄城逃回大阪。祖大壽請求朝廷派兵鎮壓！”
“什麼？奏章拿來！”
廣州總兵急忙提上奏章。
朱顯波打開一看，是祖大壽的筆記，上書：“罪臣祖大壽萬死稟告吾皇，日本東北各部趁我大明南征馬六甲，北海艦隊離港巡邏之際，攻陷多處海港，並糾集各地匪徒四處騷擾。以伊達政宗爲首的日本軍閥死灰復燃，現已攻下江戶。大明守城將士死兩千，傷五千餘人。臣擔心九州、四國各地軍閥東山再起。因此懇請吾皇速派兵支援。援軍到後臣必親率大軍剿滅餘黨。。。。”
後面一大串的什麼罪臣之類的。朱顯波沒再看下去，能攻下江戶，說明日本已經集結了不少叛軍。朱顯波知道情況不妙。自己率隊出征的事情，大明朝廷那些內臣也是很久以後才知道。那些東洋鬼子居然也瞭解，兵趁火打劫，看來祖大壽的清剿工作沒到位，或者說大明的仁治失敗。
朱顯波看完奏章，順手遞給戚宏亮。“看來還是有人不把戚大人當回事啊。”
“皇上，微臣以爲這次應該給他們一點教訓。”
“傳令東海艦隊前往大阪待命。姚啓聖火速回京！同時傳令劉立洋準備2萬步槍兵。南海艦隊和東海艦隊的補給艦以及廣州這兩艘運兵船即可前往天津港！“
“臣等遵命！”
“戚大人，我們火速回京吧！”如果朱顯波和葡萄牙人談判時發火是爲了顯示大明的威嚴的話。小日本的早飯真的徹底的激怒了這頭獅子。在將能帶兵打仗的將領在腦海了過了一遍之後立刻點了姚啓聖就說明了一切。那個和李自成一樣殺人不眨眼的魔王，又要被委以重任了。
隨行的官員也不便再說什麼，但求祖大壽命硬，不會有事，還有就是造反的勢力在援軍到達之前不要攻陷京都和大阪。
十天後，朱顯波出現在了太和殿，這個離開龍椅近兩個月的皇帝又回來了。羣臣們沒有心思追根刨底的問皇上爲什麼借南巡出征，眼下要面對的是日本人的造反。雖然日本乃彈丸之地，但每年從日本運回大明的白銀有五百萬之多。而且目前大明在日本光駐軍就有五萬，還有五六十萬移民。
一旦處理不好，讓造反派得勢，幾萬將士沒命不說，只怕那幾十萬移民也要遭殃。如此以來大明向三北的移民政策只怕就此動搖。
“啓稟皇上，兵部已經抽調2萬步槍，2萬步兵前往天津港待命。軍糧和武器彈藥都已發放到位！”兵部尚書劉立洋立刻彙報了朝廷的準備情況。
“皇上，日本造反成勢我大明需派一上將協助祖大壽平反。微臣推薦中央將軍唐寧波！”首輔徐光啓倒是會選人。這個唐寧波確實也是個人才，但和戚宏亮同榜的他一直只是在京師大營爲大明訓練新兵，並沒有建功立業的機會。這次正好可以一老一少搭配。
但出征的人選，朱顯波在廣州已經定好。其實不用朱顯波吩咐，姚啓聖也知道怎麼做。但這個唐寧波就不一樣，名將之後，只怕到時候有點婦人之仁。
“徐愛卿所提不錯。唐寧波確實是員戰將。不過朕這次想用姚啓聖，他已經在前往天津港的路上，不日即可到達。”
“姚啓聖！！！”朝廷好多人發出了一聲感嘆。
“沒錯，姚啓聖，不是朕任人唯親。葉爾羌戰役你們也看到了他的才華。另外派姚啓聖去也是爲了日本的長治久安。這件事不用再議了，還有其他事情嗎？";
於是幾個大臣紛紛把這兩個月來的一些大事奏上，還好有徐光啓和周濤，基本無積壓的。看起來政務院秉承了前幾任的內閣制度倒也是運作十分順暢，這樣朱顯波就有心思準備日本平叛的事宜了。
回京的第四天朱顯波就帶着劉立波、戚宏亮趕往天津。姚啓聖已經從馬六甲趕了回來。對於朱顯波的徵召姚啓聖顯得躊躇滿志。