制服了各番王之後，事情並沒有到此瞭解。朱祁鈺安排了上千侍衛專門負責“照顧”這些王爺，隨後，就開始動手做第二件事情，派陳懋，羅國棟，衛平分頭出發，將江北所有番王的軍隊收歸朝廷。而當時，大部分又實力的番王都在江北。隨後，又明南方各省總兵，收歸其他番王的軍隊！
完成了這一步之後，朱祁鈺才稍微安心了一點，這時候，他纔開始爲自己的新政府忙碌了起來！而朱祁鈺做的第一件事情，不是組建新朝廷，也不是改組司法機構，而是建立議會，而他首先建立的就是象徵性的，或者說具有過渡性質的上議院。
上議院是貴族議院，幾百年來，除了部分戰亂時期之外，都沒有變過，而這也是當時朱祁鈺立下的規矩！第一界上議院額定議員人數爲一百零一人，其中皇族，也就是各地番王五十人，另外，再從公卿列侯中選出五十一人組成。說白了，這是朱祁鈺給那些被削去了權利的番王，以及準備要對付的列侯的一份禮物，也算是穩住他們的一種辦法吧！
當時，上議院的職權還是很大的，這相當於以往的內閣（當然，不是新組建的內閣）。上議院有權要求覈查政府預算，支出。並且有權調查官員，提出對官員進行彈劾，如果得到大多數議員的支持，那麼就能彈劾政府官員。且，上院只要有五位議員聯名提出奏章，就能提交皇帝親自過目，向皇帝提出治國，修政，以及行政等方面的意見與建議！另外，每年，上議院將組織一次對地方政府的審查，如果發現問題，可以直接轉交司法機構審查，中央政府無權過問！如有國家大事，上議院議員帶表（由此產生了後來的議長）有權參與政府決策。
這些權力讓那些失去了大權的王爺，以及貴族得到了滿足。當然，實際上，他們最主要的還是監督權，並無實際行政權，且要想彈劾官員，還必須要得到皇帝的批准！說白了，在朱祁鈺這個鐵腕皇帝手裡，上議院的權力只是好看不好用的東西而已。不過，朱祁鈺也需要上議院，有了上議院的監督，也更能夠約束官員的行爲！
成立上議院的決議很快就得到了通過，畢竟番王，貴族的影響是不小的，而且當時朝中的很多大臣，以及軍隊裡的大部分高級將領都是貴族，皇帝給了貴族新的權力，他們自然很是高興了！
組建上議院花的力氣不大，可接下來，朱祁鈺要做的事情，就受到了很多人的反對，甚至連一些原本支持朱祁鈺推行新政的大臣都在懷疑，朱祁鈺這麼做，就是在削弱官員的統治權，如果官員手上的權力不夠大，還怎麼治理天下？這就是成立單獨的行政機構，將官員行政大權與司法大權完全分離！
其實，當初朱元璋設立監察院，並且在地方設立提刑司的目的，也就是要將行政權與司法權分離。不過，朱元璋做得並不徹底。在他的政府裡，行政權遠遠高於司法權。比如，在取消了中書省之後，吏部成爲了最重要的衙門，而吏部的職責是管理天下文官的任免，升遷等等事務。說白了，吏部的官員就是管理天下百官的，因此吏部官員也有“天官”之稱！這樣一來，行政與司法兩權仍然沒有分離，因爲司法官員也都由吏部任免，這怎麼分離？在這種情況下，各部官員，乃至監察院，大理寺等以司法爲主的部門的官員也都相互勾結，結黨營私，朱元璋當年苦心建立的政治制度，幾十年不到，就失效了。這也正是他沒有將行政與司法權完全分開造成的！
這次，朱祁鈺做得很徹底。要完全將行政與司法權分開，最直接，也是最重要的辦法就是提高司法部門的地位。以往，監察院的最高官員也就是四品，而大理寺卿也是四品，比起各部尚書，侍郎都差得很遠。讓四品官員去調查二品官員，這本身就不現實！另外，司法機構中，執法，檢察，審查三權並沒有分開，因此司法程序並不完善。最重要的是，執法大權掌握在政府官員手裡，也就是行政官員手裡，就算是審查與檢察這兩關能夠做好，執法不到位，那也是白搭！
朱祁鈺將監察院改爲了檢察院，並且將檢察院主檢察長提升爲正二品官員，由權調查政府一切官員。另外，將大理寺改組爲最高法院，主掌審查權，任何重大案件都必須經大理寺審覈，才能最終定案。而大理寺卿也被提升爲正二品，極大的提高了司法機構的權威！
最重要的是，朱祁鈺將執法權從地方行政官員手裡奪了下來，單獨成立執法部門，即警察總局！最初的警察人選其實就是從錦衣衛裡挑出來的。另外還在政府中專門設立了警察部（後改名公安部）。這就讓執法這一層成爲了司法與行政兩大機構中的一個過渡部門，執法官員既是行政官員，也是司法官員，其雙重身份，決定了其重要性！
成立了最高法院（下直屬各省，府，縣地方法院），最高檢察院（下直屬各省，府，縣地方檢察院），警察部之後，朱祁鈺就已經將行政與司法完全分開了。而這對當時的朝廷官員（也就是後來的行政官員）來說，絕不見得是件好事。畢竟，多年以來，司法權都在他們的掌握之中，是他們用來對付百姓的武器。現在，這把武器被朱祁鈺奪走了，反而將矛頭對準了他們，這些官員能安心嗎？
可以說，改組行政部門是麻煩最大的事情。在朱祁鈺之前，大明的行政權主要集中在了以吏部爲首的中央六部手裡，其中，戶部總管天下戶籍，田土，資源等。禮部總管禮儀，祭祀，以及外交。兵部總管軍隊事務。工部總管軍器製造，防洪防汛，道路建設等。刑部總管司法等。
現在將司法大權分了出去，且皇帝一手掌握了兵權，而商人也獲得了更大的權利。因此，兵部，公佈，刑部這三部已經名存實亡了！另外，吏部作爲總管官員人事安排的部門，在朱祁鈺的新政府中是沒有任何地位的（這也是爲了防止像王直這樣的人出現），禮部更是沒有任何的價值。中央六部的職權其實已經被削弱了很多！正是在這一基礎上，朱祁鈺再次分化各部門的權力，解散了六部，成立了十五個新的部門！
這十五部是，內務部，外交部，經濟部，國防部，工業部，農牧部，商貿部，戶籍部，水利橋樑部，警察部，帝國安全部（秘密警察部門），教育文化部，科技部，醫療衛生部，以及稅務部。雖然，以現在的眼光來看，這十五個部門還不完善，其中很多部門負責了多方面的事務。後來不到一百年，中央政府的部門就已經擴大到了二十二個部！不過，在當時看來，朱祁鈺這麼明確的細分中央政府的權力，這絕對是破天荒的事情！
當然，讓很多人感到驚訝的事情還有。在設立了這十五部之後，朱祁鈺還再次打破了太祖皇帝定下的規矩，從新設立丞相，只不過，這時候已經不叫丞相了，而改稱爲內閣總理大臣！而這內閣總理大臣一般只兼任某一部的部長，很多時候甚至是單獨的職務，不過，其權力遠超過了以往的丞相。內閣總理大臣只向皇帝本人負責（後來形式上只向皇帝負責，實際上則是向下議院負責），且各部正副部長都由其選拔，然後提交皇帝審查，如無反對，則直接任免！
而朱祁鈺選擇的第一任內閣總理大臣就是于謙！在當時看來，于謙自然是一人之下，萬人之上的大人物了。不過，朱祁鈺另外還給於謙設置了一道障礙。這就是內閣，既然有內閣總理大臣，那就得有新的內閣吧！
新的內閣就是由十五部正副共三十名部長，外加內閣總理大臣組成。這三十一人（有的時候不足三十一人）都可以向皇帝提交行政意見，制定國家政策，並且向朱祁鈺負責！可以說，內閣本身就是一個小朝廷，規模比以往的朝廷小了很多，將各部其他官員排除在了朝廷之外，且只行使行政權，而不涉足立法與司法權！
朱祁鈺確定了這套政治制度之後，皇權並沒有被削弱，反而被加強了許多！不過，只也只是對朱祁鈺一人而言，對那些沒有朱祁鈺這種鐵腕手段的皇帝而言，是沒有辦法控制住這臺政治機器的！現在，朱祁鈺完全掌握了行政大權，各部大臣都是他的心腹手下。而立法方面，雖然組建下議院的計劃被推遲了（主要是選舉辦法無法確定），大上議院因爲超過半數的都是朱祁鈺封的公侯，自然也在朱祁鈺的控制之中。司法方面，朱祁鈺在新的檢察院，大理寺都安置了忠於自己的部下，且這兩個部門的官員地位都提高了很多，他們都直接向朱祁鈺負責。也就是說，司法權其實也落到了朱祁鈺的手裡！
就算比起明太祖朱元璋來說，朱祁鈺此時掌握的權力也大大超過了他！當初，朱元璋還要受到丞相李善長，胡惟庸的制肘，且那些他設置的言官對他也很是不客氣。而現在，朱祁鈺已經完全掌握了大明的所有權力，沒有人再能跟他作對！恐怕，朱元璋在九天之上，見到朱祁鈺將他建立的大明搞成這個樣子，不知道是笑，還是哭！
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