司隸校尉的一項主要職責，就是糾察首都地區各種違法亂紀的行爲，司馬炎把這個官職交給劉毅，絕對是給他最大的鼓勵。事實上，劉毅一點兒都沒讓司馬炎失望，他一上任，就開始向不法的權貴們宣戰，像何曾、羊琇這樣的頂級人物，都逃不過他的彈劾，許多中低級官員，知道難逃制裁，乾脆主動辭職逃走了。更牛的是，連皇太子司馬衷，劉毅也照搞不誤。有一次，司馬衷進入皇宮東掖門，沒有按照規定靜音，一路鳴鑼開道就闖了進來，劉毅知道以後，立刻跑了過去，硬是把司馬衷的車駕給攔了下來，直到劉毅告到司馬炎那裡，司馬炎下詔赦免了司馬衷的罪過，這位太子爺纔算進了皇宮。就這樣，原本在洛陽城裡囂張跋扈的各路神仙，被劉毅徹底鎮住，從此連大氣都不敢喘，洛陽城裡，再也沒有什麼強買強賣、招搖過市、橫行不法的事情發生了。
在擔任司隸校尉六年之後，劉毅升任尚書左僕射（國務院副總理）。就在他上任不久的284年1月4日，武庫（中央軍械庫）的水井裡，突然發現了兩條體型很大的蛇形不明生物，當時人們一致斷定那時傳說中的青龍。這龍從來都是神龍見首不見尾，凡夫俗子一輩子都見不到一回的，這會突然在首都出現，自然是爆炸性新聞，連司馬炎被去仔細看了個究竟。司馬炎和大臣們一致認爲，青龍出現在首都，一定是上天顯靈，對自己政績的認可。
就在大家要舉行儀式慶祝的時候，劉毅給司馬炎寫了封信，說龍不在天上出現，反而困在井裡，不是好兆頭，而且以前也沒有因爲看見龍而慶祝的先例。司馬炎本來興沖沖的，被劉毅這麼一說，也就覺得沒什麼意思了，取消了本來應該是大肆歌功頌德的慶功宴。
可是劉毅這一封信，又給早就看他不順眼的人抓住了把柄。正巧，過了幾天，首都上空突然陰雲密佈，同在國務院的一位處長劉漢，立刻拉了一幫人向司馬炎反映，說青龍出現本來是西晉王朝千秋萬世的象徵，劉毅偏說不是好兆頭，詛咒國家領袖、宣揚反動言論，惹得老天爺不高興，所以最近才愁雲慘淡，應該立刻把劉毅殺頭，給老天爺謝罪。好在司馬炎瞭解劉毅，也不是太相信非要殺了劉毅天氣才能好轉，就沒有聽從。
過了段時間，剛剛好轉不久的天氣又是陰雲密佈，劉毅也給司馬炎寫了封信說：“陰天愁雲不散的原因，正是因爲奸佞的馬屁精圍繞在皇帝身邊不肯散去，該殺卻不殺。”
這就是劉毅，嫉惡如仇、直言不諱。只要是他認爲不對的事情，他就要說，只要是他認爲不正經的人，他就要管。
如果各位覺得劉毅只是一位敢於直言的忠臣，那您就小看他了。和以往只知道懲奸除惡的那些忠臣不一樣，劉毅看到了西晉王朝之所以這麼腐朽糜爛的核心原因，他明白了西晉之前、乃至西晉之後許許多多所謂的忠臣都沒能明白的一個道理：人只是制度的產物，罪惡的制度，是所有罪惡之源。西晉的罪惡之源，正是實行了半個多世紀、保證士族升官發財特權、強烈排斥其它階層的官員選舉制度——九品中正制。
這個時候的劉毅，已經是將近七十歲的高齡，他把自己的所有智慧和經歷，都濃縮成了一封信交給司馬炎，信的內容，就是請求司馬炎廢除九品中正制：
“現在的中正，以及評選人才的九個等級，早已經失去當初設立的本意，實際上早已經是想要就高、想低就低，全看中正搞不高興。別人的前途榮辱，全部掌握在他們手裡，權力好像皇帝，權勢更超過國家。從公家的角度講，中正隨意評價人才，不用擔心爲失職負責，而從私人的角度講，中正揭發被人的隱私，也絲毫沒有顧及。其實這麼做，只是用盡心機去追求自己的私利，清廉謙讓的美德消失，爭鬥拆臺的風氣盛行，我個人認爲，這簡直是國家的恥辱。
中正的設立，對國家至少造成八種傷害：
第一，九品中正制評價的品級高低，全看當事人的背景大小，是非黑白，只看當事人的官位高低。同一個人，在幾天之內，評價就會完全不同，最終的結果就是，上品無寒門、下品無士族。
第二，設立省級的大中正，本來應該尊重當地人的意見，可是現在由政府直接任命，使得當地人一片怨恨，甚至讓朝廷高官之間也互相仇恨。
第三，原來訂立的九個品級，本來是認爲人們的才幹和品德各有差別，而年齡資歷也有高低而已，想不到鬧到今天，優劣高低，正好顛倒。
第四，皇上您制定法律對善惡進行獎懲，可是唯獨沒有給負責選拔官員的中正制定規矩。於是，中正就肆無忌憚，在選拔官員的時候想怎麼樣就怎麼樣。受到不公待遇的人白白受屈，卻上告無門，只能忍辱終生。
第五，一省一市的人才，多到成千上萬，有的搬家，有的在別處謀生，中正們連他們的面都沒有見過，又怎麼能瞭解他們到底有什麼才能呢？可是，中正們無論知道不知道，仍然是給人下評語。這樣一來，誇一個人的話都是來自官員口中，損一個人的話全來自街頭巷尾。中正全靠自己的判斷當然瞭解太少，聽小道兒上的傳言又不靠譜，這就更談不上公平了。
第六，政府選拔人才，主要是爲了讓他們治理百姓。可是今天的實際情形是，輕視真抓實幹，重視高談闊論，助長浮華虛無的社會風氣，廢除以事實作爲根據的考察規則。努力做事的官員，反而被中止評爲下等，混事兒的官員，卻被評爲上等。
第七，人和人不同，所以處理事情的方法也不一樣。如今這些一概不論，只用品級選人，品級高的人能力不高，能力高的品級又不高，於是品級和實際能力根本就不一致。
第八，現在的九品分級，列爲下品的，並不能說他就不行，列爲上品的，也並不能說他就行，其實只是按照中正的心意，喜歡的就評爲上品，不喜歡就評爲下品，一味培植私人勢力。於是，人們都把份內工作都拋到腦後，全心全意去鑽營關係。
由此看來，選拔官員的人雖然叫“中正”，其實卻是又歪又斜，對人們有九等評價，對國家卻有八種傷害。從古至今，最大的失策，莫過於實行九品中正。所以我認爲，應該廢除罪惡的九品中正制，重新制定一套完整的制度。”