藏軍不支，轉以十三世的名義，通過南京政府要求青、康方面停戰。1933年4月10日，在青藏交界的巴大塘和談，青海以馬訓爲代表，藏方以塗旦公吉、昂汪老追、索康汪塗次旦爲代表，簽訂《青藏和約》，規定於1月內雙方撤兵，青海方面所俘藏方官兵全部交歸藏方。並規定雙方各負保持商民之責，不得收留和袒護對方逃來的壞人。對於尕旦、青科、當頭等寺院的教權也作了明確規定。至此，一場爭戰始告結束。
玉樹之戰，對於打擊英帝魔爪和西藏分裂勢力起了一定作用，青海方面爲直，功績應該予以肯定，也可看做馬麒宣言抗英的繼續，它提高了“青馬”在國人心目中的地位。戰後，馬麟要求南京政府補充軍事消耗，後由西安綏靖公署主任楊虎城撥來步槍2000支、子彈20萬發、無線電臺5架和軍費40萬元。所以，這次戰爭，使“青馬”名利兼收。
六、被侄擠倒
南京政府爲統一政令，對“青馬”採取籠絡態度，但扶植哪一個，馬麟還是馬步芳，則需視具體情況而定。1933年朱紹良任甘肅省政府主席兼綏靖公署主任。朱到任後，與馬麟結爲金蘭之交。次年元月，朱紹良在“開發西北、建設西北”口號下，發起組織西北建設促進會，以朱紹良、馬鴻逵、馬麟、胡宗南等30多人爲委員。同年4月，考試院院長戴傳賢率水利專家王應瑜、德國陸地測量總局顧問巴爾格到西寧視察農業，對馬麟、馬步芳積極拉攏。4月15日戴抵西寧，15日馬步芳自寧夏拒孫殿英勝利返回，戴竟親往迎接。17日，西寧召開歡迎會，戴在講話中聲稱自己來青海是回老家，認兄弟，語甚甜蜜。戴還給馬麟叔侄書贈橫幅及禮品，極盡撫慰之能事。同年5月9日，全國經濟委員會常務委員宋子文又在西寧停留5天之久，會晤馬麟叔侄，參觀東關清真大寺、謁馬麒之墓。並許以馬氏一筆開發經費，馬麟也呈送一份《青海建設計劃》。同年10月，當蔣抵蘭州時，召見馬麟，對此計劃表示贊同。上述數事，足以說明，蔣意在利用“青馬”，但馬麟拙於結交，馬步芳巧於逢迎，遂使以後情況大有差異。
1936年春，馬步芳勾結閻錫山，以煙土訂購一批槍械，不意在運輸途中被軍政部察覺沒收。何應欽、陳誠向蔣介石報告馬步芳有野心，蔣決定武力解決，以除後患。並曾準備部署川軍，以進攻陝甘寧邊區爲掩護，相機消滅馬步芳。後因日本帝國主義加緊侵華步伐，民族危機深重，不得不打消此議。馬步芳情知自己處境，積極鑽營南京內線。適吳忠信出任新疆省政府主席，吳的小妻停留於蘭州。馬步芳看準機會，立即將設於蘭州的青海辦事處騰出，將房屋粉飾一新，接吳的小妻居住，派定專人謹慎侍候。此舉大得吳之歡心，吳即極力向蔣陳述馬步芳對中央如何忠誠，使蔣爲之諒解，轉而加以籠絡。
馬麟於1937年4月從麥加回國，到上海後，囑令青海駐京辦事處轉電馬步芳，要求匯來路費兩萬元。孰料此時馬步芳正全力阻止馬麟返回青海，在省政府紀念週上對各機關人員公開抨擊馬麟。不言而喻，兩萬元路費必定杳然無音。馬麟見蔣後，返回河州，住癿藏家中，等待馬步芳來邀請。馬步芳非但未來邀請，反而以各廳廳長名義，來電索要10個月欠薪；繼而又派財政廳長魏敷滋到癿藏，阻擋馬麟去青海，明言如肯辭職，任何條件都可接受。但魏窺測馬麟官意正濃，毫無退出之念，未敢深談，返回西寧。不久，馬麟到了西寧，馬步芳只得忍氣吞聲給馬麟辦交代，馬麟接職視事，叔侄之間的矛盾日益尖銳，此後戲劇性節目，遂一幕幕演出。開場戲是索薪。同年7月，馬步芳密令各中小學教職人員100餘人，到馬麟住宅要求發給所欠薪資。馬麟派其子馬步榮接見，教職人員要求面見馬麟，馬步榮不允，雙方爭執不下，馬步榮掏出步槍，擊傷教員李育才，使事態擴大。馬步芳事後對各校長稱讚說：“你們做得好，應該。”次日魏敷滋出面調停，許諾發兩個月薪資，此事暫告結束。後來，馬麟派副官拉運皮毛至小北門，馬步芳暗示稅卡卡長強行阻攔徵稅，副官拒不納稅，直至吵鬧打架，終被擋回。又一次，馬步芳派其親信夜間潛入馬麟住宅，偷盜財物，警察不敢追究。馬步芳反而說風涼話：“當個主席，連自己的家都管不住，還管什麼省政府！”但這些，不過是馬步芳小試牛刀，真正厲害的還在後頭。
白崇禧於1937年任副參謀總長之後，準備來西寧視察。馬步芳事先風聞，就大做文章，派其親信馬紹武，攜黃金和猞猁、虎、豹皮等貴重物品，向白奉獻，當面陳述馬麟年老昏庸，不能任事；馬步芳年輕有爲，應該取而代之一類的話。白崇禧帶着這些先入爲主的偏見，於1938年2月25日，以檢閱軍隊爲名，由馬鴻賓陪同來到青海。馬步芳和省府其他要員到機場迎接，並令部隊、機關、學校和街道民衆，自省政府至樂家灣機場，列隊夾道歡迎。馬麟則未去接，已經失了一着。當晚，白崇禧在馬步芳軍隊密談，商定：改組省政府，馬麟的人員一概不用；調馬麟爲國民政府委員；青海省黨政軍權統歸馬步芳。第二天，馬麟去拜見白崇禧，想以宗教關係討好，探問白一天做幾次禮拜，不料白毫不客氣地說：“我不做禮拜，你以後也不要做禮拜，以免耽誤政事。”真是話不投機半句多，對白大爲不滿。後來馬麟派馬步榮牽黑馬1匹，向白贈送，白說：“我從來不受任何人的禮物，我們是自己人，何必這樣。”又碰了一次釘子。而馬步芳派副官牽來駿馬30匹，白則連說“很好、很好”照收不誤，並給副官賞白洋200元。白於第4天飛返南京。3月2日，蔣介石來電雲：“青海省政府主席馬麟，秘書長馮國瑞，委員兼廳長魏敷滋、姚鈞、馬步榮、楊希堯，委員馬步青等，着免去本兼各職。任命馬步芳爲青海省政府委員兼主席，任命委員陳顯榮兼秘書長，羅經猷兼民政廳長，馬丕烈兼財政廳長，馬驥兼建設廳長，馬紹武兼教育廳長。”馬步芳把這個電報，加印後張貼通衢。並於當天派馬驥向各廳收繳印信，宣佈各廳配備人員。馬麟此時已束手無策，只好辦理移交手續，帶秘書王啓奎、副官王登雲返回癿藏，結束了他在青海的統治。
七、鄉里稱霸
百足之蟲，死而不僵。馬麟失勢於青海，卻回到河州稱霸稱王，縱情享樂。馬麟由於一生大事聚斂，最爲富有，民國17年，他在癿藏即存有12窯白銀。此後多年，當更大有增益。有財有勢，故得爲所欲爲。舉其著者，有以下數事。
1．大興土木
早在1933年，馬麟就在癿藏動工修建花園，以二三百人，修建5年之久。此次歸來，尚不滿足，又以低價強購附近大量良田，鳩工庀材，修建成周圍5華里的“鳳林園”。其中建築，有新、舊式的平房、樓房，有假石山、映月池，有溫室、花亭。還有客房院、廚房院、庫房院、車馬院，有果園、菜園、動物園。住室和客房陳設有名貴瓷器、玉器、銀器和古董，有從雲南購回的大理石牀和桌椅，從上海購回的檀木傢俱，從海外購回的象牙擺設。花園裡的百草花卉，水池中的金魚，動物園中的虎豹，更是應有盡有。當時人們估計總造價在1000萬元以上。花園建成後，甘、青兩省一些官僚、地主、士紳和回、藏民族上層人物，紛紛前來獻禮祝賀。其中安西縣長所送隕石，最爲馬麟賞識。
除了“鳳林園”，馬麟在臨夏地區還有房屋5處，共計54院，房屋1500多間，有兩條街道的鋪面2880間，還有水磨14盤，油坊3座，油廠2處。
2．殘酷剝削
馬海晏家族原無多少土地。自其效忠清室後，逐漸購置一些土地。馬麒兄弟統治青海後，始大量購置。馬麟退居之後，更大肆掠奪。最後，馬麟擁有耕地22100餘畝，森林3000多畝，還有兩個牧場，擁有牲畜1300多頭。這些土地的得來，全是依賴蠻橫卑劣的手段。一是造假契。如購買大寺灘土地時，將原契的南界3裡偷改爲30裡，購買金場寺土地時，將南北地界相距5裡改爲20裡。二是敲詐。馬麟看中金場寺的土地，即與該寺活佛結爲兄弟，送禮結好，該活佛忘乎所以，即將寺裡土地先賣給90多畝，後又贈送450多畝。對大寺灘的土地，先利誘有關人員做主簽寫賣契，後又逼寺主就範。三是藉端誘購。馬麟發現吹麻灘後溝村有一塊書有“借地藏身”字樣的石碑，即唆使漢民告狀，向在該地耕種的回民索要土地。使一些回民氣憤，認爲“與其白白退給漢民，還不如賣給主席”。於是馬麟乘機廉價將這塊土地收歸己有。四是強換肥地。馬麟在小關低價收置一些荒地，強令癿藏一些農民將癿藏的肥地兌換給他。又富裕中農馬五十四的50多畝水川地與馬麟的土地相連，馬垂涎已久，遂令其“黑馬隊”20多人住在馬五十四家騷擾，馬五十四求情無效，最後只好忍氣吞聲，全家搬至小關荒灘，將這塊好地換給馬麟。
馬麟用巧取豪奪得來的土地，以出租和僱工耕種的方式，重利盤剝勞動人民。癿藏及其周圍的居民，70％～80％都是馬麟的佃戶。每畝耕地每年交糧食8升至2鬥（摺合64斤至160斤。而當時平均畝產僅350斤）。馬麟每年地租收糧達100多萬斤。佃戶除了交實物地租，每年需給馬麟作砍柴、修建、農活等勞役20至30個工日，個別達到40個工日。馬麟僱用長工80多人，他們除了繁重的農田勞動，還要兼飼養牲畜、趕車、經營花園、打雜活等勞動。而待遇十分菲薄，每年只有工資白洋20～25元，扣除1件羊皮襖、1雙絡蹄（土製牛皮鞋）和單衣、棉褲價款，實際至多隻得七八元。
3．把持教權
馬麟自1926年以後，即在臨夏地區推行伊斯蘭教的新教，和馬步青、馬步芳一起，力圖實現政教合一，擴大和鞏固其家族統治勢力。馬麟居住癿藏後，其勢力包括癿藏的一箇中心海乙寺、其他地區的76個一般海乙寺和80多個小寺。中心海乙寺的阿訇，由馬麟直接派放，其餘寺院的阿訇，由所在地學董、鄉老等先和中心海乙寺阿訇商量，提出名單，再由馬麟覈定派放。馬麟的這些做法，加重了教派之間的紛爭，使糾紛層出不窮，愈演愈烈，給回族人民和當地各族人民帶來許多災禍。
4．稱霸一方
馬麟在臨夏地區，不僅直接掌握教權，而且把持政權。其勢力所及地區，有韓家集、達子溝、臨潭、癿藏、小關、鍾嘴嶺、居集、前坪、果乾、摺子溝、胡樹加、主麻灘、張家川和大河家等地（後來，大河家又成爲馬全欽的勢力範圍）。這些地區的政治、經濟、文化，悉聽命於馬麟。他隨意改變行政區劃和地方名稱，隨意裁撤或委派保長、鄉長和區長。包攬民間的民事和刑事訴訟，即使地方法院判處了的案件，如果馬麟不同意，原判決就得宣告無效。所以人們打官司就得找“馬主席”，馬麟則交給他的管家、副官、師爺去處理。馬麟手下，還有所謂“十個大人”、“五大兄弟”爲爪牙，給馬麟辦理民事訴訟、催糧要款、修建房屋、強購土地、辦理交往應酬等。縣長和專員必須對他俯首聽命。臨夏地區各縣的前後縣長，每年必須向馬麟送禮納賄，特別是新到任之際，必送重禮，否則有禍患臨頭。1943年，李學模被委爲臨夏專員，經向馬麟通款曲，由馬點頭擔保後，纔敢前來上任。
1945年1月26日，馬麟病卒於癿藏，終年七十有一。死後，遵照伊斯蘭教教規舉行葬禮，未發訃告，也無行狀、傳略行世。據馬步芳之表弟馬英（曾任西寧警察局督察長，1983年病故）談：馬麟“口喚（死）後，馬步芳自西寧到臨夏來參加葬禮，行至甘青交界的大力加牙壑，被馬麟家人阻止說：亡人臨終指名說，他死後不要你進門，你最好不要去”。馬步芳只好悻然而返。馬麟至死記恨前仇，叔侄結怨可謂深矣。
馬麟長子馬步榮，生於1912年，幼讀私塾，又在西寧上學，1927年在寧海軍任銀褐馬隊營長，曾隨馬步芳到寧夏與孫殿英作戰。後爲騎五軍副軍長，但未到職。隨馬麟回到癿藏。馬麟死後，與其弟分家，住在居集。1949年8月，蘭州解放後，他逃往積石山一個偏僻山村，解放軍到居集後，應召回家。此後，他接受教育改造，思想有所進步。1949年冬，居集一帶的叛匪包圍他的住宅，要他帶頭拿出槍支彈藥，他斷然拒絕：“人民政府的後頭我站哩，幾個土匪的後頭我不跟。”1953年，在抗美援朝中，他捐獻銀元1萬元。以後，皖北救災中，又捐獻銀元500元。“土改”後，政府安排他攜眷遷居臨夏市區，給以生活保障，並被推舉爲臨夏回族自治州政協委員。
馬麟次子馬步援，生於1916年。與其兄同在西寧上學。1931年與馬璘（玉清）之女結婚，久居癿藏。1936年隨馬麟出國朝覲。後任騎一師師長、騎五軍副官長，後因與騎五軍軍長馬呈祥不睦，1937年離職回鄉。1938年夏赴重慶國民黨軍事高教班受訓，1945年回家。1949年8月初臨夏解放前夕，逃亡國外，如今下落不明。