原來馬鴻逵多年與日諜、漢奸勾勾搭搭，態度曖昧。1931年“九一八”事變後，日本帝國主義派遣大批間諜潛入綏遠各盟旗、寧夏和甘肅酒泉、武威等地，搜取情報，製造民族矛盾，爲其侵佔大西北作準備。1935年在阿拉善旗的定遠營和額濟納旗的東廟設立特務機關，建立電臺，並在兩地開闢軍用機場，運送軍用物資的汽車、駱駝經常自綏遠百靈廟往來；並派兩個會華語的間諜持北平國民黨某機關發的旅行證來寧夏，馬派人在福慶樓宴請。同年夏，日本特務機關長江崎壽夫少將率間諜十幾人、漢奸四五十人，由百靈廟乘汽車到東廟；秋後又由百靈廟特務機關派出十餘人組成所謂經濟考察團，從綏遠乘汽車到寧夏，沿途測量地圖，拍攝照片，爲所欲爲。馬鴻逵本來關卡林立，戒備森嚴，但那都是對付老百姓和的，對此卻聽之任之，不加過問。而且馬鴻逵還在省府禮堂舉辦招待晚會，邀請到其私宅密談，助長了日諜兇焰。日諜以武力脅迫額旗旗長圖布森巴扎爾（稱圖王）從事間諜活動，其弟塔旺嘉布（稱塔王）則與日諜相勾結，將該旗保安隊交日諜驅使。日諜還散佈傅作義失敗、日佔領綏遠、駐酒泉的馬步康回軍要殺蒙民等謠言，近在咫尺的馬鴻逵對此不聞不問。1936年春，日本關東特務頭子板垣到定遠營秘密活動，並化裝乘從定遠營回來的汽車進入寧夏省城，秘密會見馬鴻逵。馬爲掩人耳目，槍決了那個汽車司機。國民黨中央政府發覺日諜在阿旗的活動後，派鄭子獻爲駐阿旗軍事專員，鄭對阿旗施加壓力，引起阿旗統治者的反感，馬則指責鄭子獻不善於撫綏蒙民，向蔣介石提出“治邊建議書”，主張採用清朝籠絡蒙古王公、活佛，以蒙治蒙的政策。同年冬，國民黨政府命令寧夏省民政廳長李翰園和駐防寧夏的二十五師副師長杜聿明前往額旗，勸令日諜撤離。李、杜二人向阿旗旗長達理札雅要200條駱駝，欲取道沙漠到達東廟，日諜指使達理札雅拒絕。李、杜又轉道綏遠，欲轉從二里子河赴東廟，適西安事變發生，遂告中止。直到1937年3月，國民黨政府迫於人民要求，再催李翰園去額旗，馬鴻逵纔派5個隨員、汽車1輛，送李到蘭州。李取道酒泉入額旗，破獲日本的特務機關，擒獲全部日諜，解送蘭州。在阿旗的日本間諜，由於國民黨政府一再電令馬鴻逵促其出境，馬纔派其秘書長葉森赴定遠營與板垣交涉，儘管雙方爭執激烈，但日諜蠻橫拒絕，馬也沒有進一步措施，遂使這一問題僵持不下。馬鴻逵對待日諜也真夠客氣的了！
1937年五六月間，日本派遣以橫田中將爲首的日諜3人、回族奸細七八人，以駱駝100餘隻，滿馱航空汽油從磴口北邊的巴音冒堵，經過定遠營、古魯乃、馬鬃山去安西設立特務機關，任務是與德國希特勒派出的間諜飛機在安西聯絡，建立德、日航空聯絡站，企圖切斷中蘇國際交通，包圍中國，進攻蘇聯和蒙古。日諜所經過的地方，如巴音冒堵附近，馬鴻逵駐有300多人的武裝緝私隊，定遠營駐有1個步兵團，馬並未採取任何措施，卻打電報給正在千里外的東廟的李翰園，要李“相機處理”。李得信後，即去酒泉和駐軍馬步康商量，派部隊前往古魯乃，將橫田等全部截獲。但橫田一夥中有個回民阿訇，是馬步芳的親信，此人到酒泉後即失蹤，傳系被馬步康放走，李翰園要追查，馬步芳則大爲不滿，並指示馬步康阻撓李翰園活動。後經國民黨西北行營副主任賀耀組主持協商，議定：李翰園不追問此阿訇逃走一事；所有在古魯乃繳獲武器、駱駝、物資交給馬步芳部隊；所獲無線電臺、卡車、文件帶往蘭州；由西北行營派憲兵和車隊護送李翰園返回。原來馬步芳和馬鴻逵是一個樣，主持處理者也是和稀泥。有什麼真是非！
馬鴻逵的異母弟馬鴻炳，自1932年即離開部隊，寓居北平。“七七”事變後，日本特務機關積極物色與馬鴻逵有關係的人，馬鴻炳正中其選，立即照顧其生活，邀其出任僞職。此事被蔣介石偵悉，電馬鴻逵“最好把令弟從北平叫回寧夏”。未出一月，馬鴻炳即從北平到綏遠，又隨奸商駱駝隊回到寧夏。然而馬鴻炳卻牽了另一條線：幫其離開北平的是蔣輝若，此人是臨夏回民，曾在馬的第五混成旅任騎兵統領，後離開軍隊，落魄北平，投降日寇，任西北保商督辦，專門利用民族宗教關係，勾結甘、寧、青走私奸商販賣日貨、推銷煙土，往來於平、津、瀋陽之間。馬鴻逵以富寧公司和寧夏銀行的名義，與蔣輝若勾結，往來頻繁。事爲蔣介石偵知，曾電駐榆林的鄧寶珊密切注意，調查馬鴻逵勾結日寇板垣及串通漢奸走私的情況。1945年日寇投降後，蔣輝若投降傅作義，任包頭警備副司令，繼續與馬鴻逵勾搭，馬鴻逵先後派馬如龍、馬培清、馬全良與蔣輝若打交道，事爲傅作義所知，即將蔣扣押于歸綏，後來蔣死於獄中。
馬鴻逵如此多次與日諜、奸細糾纏不清，如此不明民族大義，還談得上什麼抗日！
4．封鎖邊區
與消極抗日相對照，馬鴻逵對陝甘寧邊區的封鎖卻是無所不用其極。
一是構築所謂“防共碉堡線”。早在1936年，馬鴻逵就在金積、靈武一帶構築了一批碉堡。1940年9月，蔣介石又命令馬鴻逵和駐固原的四十二軍軍長楊德亮構築“防共碉堡線”。馬鴻逵遂全面規劃，大興土木。以預旺堡（下馬關）、惠安堡、清水營、黑山岔、紅寺堡、金積、靈武等直接與陝甘寧邊區接壤地區爲第一線工程；以黑城鎮、楊家莊、同心縣、中寧縣、中衛縣等地區爲第二線工程。按工程量由各部隊分段包乾，限期3個月內竣工。工程所需木料、磚石等皆於所在地區就地徵用，於是驅趕百姓，拆毀民房，藉機敲詐勒索等情況，到處發生，老百姓敢怒不敢言。不到兩個月就全部完工。境內碉堡林立，戒備森嚴。1941年1月，西北長官公署派高參李毓華來驗收，得知僅金積、靈武兩縣就構築碉堡220餘座。
二是堅壁清野。在趕修“防共碉堡線”的同時，是實行並村，堅壁清野。馬在“訓令”中說：“清野爲剿匪急務，並堡乃固防要圖。……各縣居民堡寨，率多零星散亂，既不能聯絡相助，復恐保護難周，且易爲敵掩護，影響防備。非先並村清野，未雨綢繆，實不足以資保衛而利戎機。”即指定李崗、養和、宣和、恩和、棗園、吳忠等堡，寶丰、黃渠橋、石空、廣武、大寨子等地，平羅、中衛、中寧、金積、靈武等縣城爲居民集中點，附近村莊及零星居民，都要移居指定地點。但寧夏幾十萬百姓，僅僅這幾個指定點如何容納得下？事實上行不通。於是馬又補充規定：“如前述各點確實擁擠、無法容納時，可由各縣和駐軍長官負責選定足能保衛的適宜堡寨，酌量增加。但必須將所有居民、糧秣、牲畜、雜物一律搬入集中點，不得遺漏一人一物。”馬還唯恐各縣執行不力，又於每縣派2人爲清野委員，前往督辦，要求各地確實做到：1．在並居的堡寨周圍，必須深溝高壘；2．如有違抗不遵拒不遷入者，即燒燬其所有糧物；3．對遷移一空的村寨，一律焚燬。這樣一來，就在與邊區接壤地帶造成一個無人區，當地人民遭受了一場家破人亡的空前浩劫！
三是嚴密巡查。在所有要道、渡口派部隊或國民兵站崗，在重要據點設軍警督察處或軍警稽查所，搜查過往行人。在從北起鄂托克旗的新昭，南到同心縣的王家團莊南北長約千里的沿線，以兩旅騎兵之衆，逐段建立封鎖哨所，日夜巡邏，發現有運輸糧、布等日用品者，東西一律充公沒收，輕者毒打、坐班房，重者則入伍當兵或槍決。
5．特務活動
寧夏的特務活動十分猖獗。
前面說過馬鴻逵與軍統之間的矛盾鬥爭，那是另一回事，但在對付這一點上，雙方卻是一致的。所以，屬於國民黨中央各系統的特務組織，在寧夏不僅應有盡有，而且其魔掌更是無孔不入。
中統特務（即國民黨中央調查統計局）。其在寧夏的最早的組織是“肅反專員”，對外則用國民黨寧夏省黨部名義，首任“肅反專員”是沈德仁。當時寧夏青年白虹劍、袁金章、雷啓霖、孫儉等在北平上學，曾發表文章反對馬鴻賓任寧夏省主席，沈德仁即捏造他們爲嫌疑分子，向北平警察局告密，白虹劍因之被捕，幾遭殺害，袁金章則流落外地多年。馬鴻逵入主寧夏，沈德仁因事先反對過馬任主席，故先期遠颺，繼任“肅反專員”爲王含章。王制造大陸文化社案，逮捕員趙子明、李雲青、雷鼎三等，糾合馬鴻逵的軍法處，進行刑訊逼供，極其殘暴。並在鹽池、同心等縣組織黨務督導處特務機構，配合馬鴻逵，對付陝甘寧邊區。1938年後，中統各省機構公開，稱爲“調統室”，派來寧夏任主任的是馬效賢、任振華。馬、任等依附馬鴻逵，與馬的警憲特組織共同活動，在各地設有調查組、站、新聞檢查站等，爪牙遍及全省。1948年以“統計處”爲掩護，伸入寧夏省政府，各機關設“防奸保密小組”，各縣設彙報秘書。大肆迫害進步青年和人，派遣特務郭鉞配合馬鴻逵部進攻三邊，指揮定邊地方武裝惡霸張廷芝等人清鄉，殺害地下工作人員，蒐集情報，組織防共偵察網等，血債累累，作惡多端。中統特務在寧夏達199人之多，先後殺害人和進步人士20餘人，刺探邊區軍政情報1000餘件，查扣進步書籍300多種。
軍統特務（國民黨軍事委員會調查統計局）。第八戰區司令部第二處在額濟納、阿拉善兩旗委派專員，進行工作，名爲抗日防奸，實則破壞民主進步活動，迫害革命人士。1938年在銀川城內成立緝私處，王孔安任處長，後因與馬鴻逵發生矛盾，改爲隱蔽活動，其特務機關設在銀川市北部。抗戰勝利後，以盧博儒爲寧夏獨立電臺臺長兼組長，專門蒐集情報。解放前夕，盧奉令潛伏。解放後，盧竊取我軍情報，向臺灣軍統局報告4次，被我發覺，於1951年被鎮壓。
馬鴻逵的特務組織更爲龐大。機構遍於寧夏全境，重要關卡均設檢查所，共計30餘處，特務人數不下500人。重要特務頭子爲蘇連元、海濤、程福剛等。其特務組織系統，一是便衣偵探隊。約30人，陳俊升爲隊長，由馬鴻逵親自掌握，凌駕於一切警憲特之上，有權直接逮捕偵訊，行動詭秘，手段狡詐。二是寧夏省軍警聯合稽查處。先後以蘇連元、海濤、馬如龍、程福剛、張仲璋任處長，省級以下設分處，分處下設所，在全省各重要關卡設稽查所30多個，每所三至五人，特別在韋州、下馬關、樂利堡、磁窯子、石溝驛等接近陝甘寧邊區一線，設所最多，專門刺探邊區軍政情報。屬於此處的便衣隊長武登魁、憲兵連長尹向林、稽查分處處長高中第，牟空同、朱敦坤、徐安志、楊震武和稽查科長周冕、周朝興等，都是雙手沾滿人民鮮血的劊子手。三是十七集團軍總部參謀處諜報科。在各師均設有諜報機構，上下形成一個諜報系統。四是保安處及保安司令部所轄各分區警備司令部均有便衣組織，專事特務活動，僅金積、靈武一區即有數十人之多。1948年，國民黨中央通令各省成立警保處，馬即將省會警察局改爲警保處，以馬如龍爲處長，統轄各縣警察局、稽查所，警保處設有督察室、偵緝隊、保安隊，橫行全省。
馬鴻逵常說：“不怕千軍萬馬，只怕內患一人。”因此他如果發現屬下稍有離心傾向，即指爲不忠，甚至加以罪名，置於死地。1936年紅軍近迫韋州時，馬在調兵攻打紅軍的同時，也風聲鶴唳地擔心變生肘腋。命令蘇連元組織督察處，加緊血腥鎮壓。蘇查得金靈警備司令部參謀柏森寫給他朋友的一封信，其中有“我軍在韋州戰事失利”字樣，即和海濤、馬如龍、翦敦道等“分析”，“我軍”是指“紅軍”，寫信的一定是員。參謀柏森既是，總部參謀處一定不少，而李翰園既任用作參謀，李也必然是。於是由蘇連元親自向柏森逼供，株連軍政內部人員20餘人，馬鴻逵的家庭教師李雲青（女）也被捕。審訊逼供兩個月之久，也沒找到“李翰園是”的口供。但不久，李即由十五路軍參謀長改任省建設廳長，調離了要害職務。
但馬鴻逵特務組織的矛頭，主要是對準的。他曾指示特務們制定“預防奸黨竄擾綱要”，對人狠下毒手。抗戰開始，員孫殿才做了大量統戰工作，馬對此十分恐慌，抓不到孫殿才，即拘捕其家屬。與孫同時參加革命的王子華，於1940年回中寧探親，竟被其叔、特務王含章關押起來，在銀川監獄關押10年之久。樑大均、金靈、金濤等同志，也都遭到迫害或緝捕。還有不少革命者慘遭殺害。1938年，寧夏工委書記崔景嶽被中統特務逮捕，繼又根據搜得密件的線索，在平羅、寶丰、黃渠等地逮捕了杜琳等青年。1942年4月，崔景嶽同志被特務武登魁活埋於城隍廟後。1942年9月，寧夏郵電局支部書記毛華英，以化名向延安發了一封掛號信，被郵電檢查所發現，程福剛即派特務偵查，在城內西馬營等地發現毛華英等集合情況，即逮捕了郵局、電信局毛華英等9人，經過數月酷刑折磨，於1943年5月，根據馬鴻逵的命令，將毛華英、何小成、陳述夫、劉文等人殺害於銀川城隍廟後。1939年4月，馬鴻逵的忠實爪牙張濟美偵悉同心縣小學教師孟長有曾在“抗大”學習過，即將孟逮捕，孟在獄中不爲威逼利誘所動，被馬之特務活埋。張濟美還將曾在“抗大”學習過的進步青年汪生玉、王世統、姚懷璉等關押10年之久。1948年馬鴻逵侵佔三邊，將青年謝蘭英逮捕，解送寧夏審訊，後經馬決定，又將謝解回定邊處死。此外，馬鴻逵還殺害了許多無辜平民，如指使其便衣隊長陳俊升殘殺無辜青年李玉柱、張仁，郵差張某，拷打致死高中甫等。
6．利用宗教
馬鴻逵爲迎合蔣介石，提倡“回教非回族”的謬論。逢到回民聚禮，往往當衆宣傳，並將其所寫《西北迴漢問題之解剖》印刷成冊，到處傳播。但他卻不忘利用宗教，實現其政治野心。首先是抓宗教組織，拉攏宗教界人士。抗戰開始後，成立了一個“中國回教救國協會”，全國爲總會，白崇禧任理事長，各省（市）設分會，縣設支會，回民聚居的地方設坊會。1940年1月寧夏省分會成立，馬鴻逵爲理事長，秘書長先爲劉柏石，後爲張洪濤。開始一段，還在宣傳動員抗日救國方面做了一些工作，後來就逐漸變成馬的“”宣傳工具了。馬爲拉攏阿訇，把全省500坊清真寺分大中小三等，給各寺開學阿訇發津貼，每人每月2元、3元、5元不等，影響較大的中心地區的阿訇則另送10元、20元。還募化清真寺基金，給阿訇、滿拉置買田產，讓他們坐吃地租。又開辦阿訇講習所，學員最多時達千人左右，分高、初兩級，修業期限3年，畢業後派充各寺開學。但馬每月給的這點津貼對阿訇來說，實在是太少了，而且馬還規定津貼一定本人來省領取，有的跑上幾百里路，領這麼點錢。又花工夫，又賠路費，引起阿訇的不滿。“回協”開過兩次全省代表大會，每次都是馬鴻逵連任理事長，他的報告歸結爲兩點：一是抗日，一是防共；抗日是裝點門面，防共是實的。例如他曾說：“日本鬼子在哪裡呢，我們的近敵就是共軍嘛！”“蔣委員長不把寧夏十萬大軍調出抗日，留在後方幹什麼？”言外之意，就是爲了專門對付。馬還利用“回協”搞大規模的“”宣傳活動。1943年12月間，組織了以王子忠爲首的阿訇宣傳團，北至石咀山，南至同心城，歷時1月，在全省各個回民聚居區大肆宣傳“是伊斯蘭教的大敵”，捏造事實誣衊，叫嚷什麼與宗教不能並存，還印發《告回民同胞書》和許多“”標語。1946年4月間，又組織了一次阿訇宣傳團，省南一團仍以王子忠爲首，省北一團以李誠忠爲首，內容與上次大致相同，不外“”的陳詞濫調。1948年10月間，在國民黨軍隊東北、華北節節敗潰之際，馬鴻逵把全省比較大的清真寺教長召到他的“將軍第”，提出把全省近3000名年輕阿訇、滿拉武裝起來，500坊清真寺每寺發槍5支，必要時再增發，練兵自衛。馬說：“護教愛國是一回事。”要求各坊阿訇領導回民與解放軍決一死戰。但多數教長不同意，沒有成爲事實。