在矩陣中生活的一名年輕的網絡黑客尼奧發現，看似正常的現實世界實際上似乎被某種力量控制着，尼奧便在網絡上調查此事。而在現實中生活的人類反抗組織的船長墨菲斯，也一直在矩陣中尋找傳說的救世主，就這樣在人類反抗組織成員崔妮蒂的指引下，兩人見面了，尼奧也在莫菲斯的指引下，回到了真正的現實中，逃離了矩陣,這才瞭解到，原來他一直活在虛擬世界當中，真正的歷史是，在20XX年，人類發明了AI，然後機械人叛變，與人類爆發戰爭，人類節節敗退，迫不得已的情況下，把整個天空佈滿了烏雲，以切斷機械人的能源(太陽能)，誰知機械人又開發出了新的能源---生物能源，就是利用基因工程，人工製造人類，然後把他們接上矩陣，讓他們在虛擬世界中生存，以獲得多餘的能量，尼奧就是其中一個。尼奧知道後，也加入了人類反抗組織，在莫菲斯訓練下，漸漸成爲了一名厲害的“黑客”，並漸漸展露出，與其他黑客的不同之處，讓莫菲斯也更加肯定他就是救世主，就在這個時候，人類反抗組織出現了叛徒，莫菲斯被捕，尼奧救出了莫菲斯，但在逃跑過程中，被矩陣的“殺毒軟件”特工殺死，結果反而讓尼奧得到了新的力量，並復活了，真正的成爲了救世主，並把在矩陣無所不能的特工殺死了（刪除了）。
當尼奧即將帶領錫安基地的人民，打響對機器世界的反擊戰，並將以勝利者的姿態結束這場戰鬥，還人類以自由之身的時候，可母體會那麼甘心被摧毀嗎？就在這時。母體系統決定“先下手爲強”，派遣了爲數250000的電子烏賊大軍，開始進攻錫安基地，微弱的基地防守力量根本不足以對抗如此強大的機甲兵團，看來人類最後的香火也岌岌可危；當然。墨菲斯他們的飛船上有各種各樣的資料，自然少不了中國那幾本名爲《左傳》《史記》之類古籍的電子版本，尼奧他們一下便想到了“圍魏救趙”的良招，決定再次潛入母體，從內部破壞它，最後達到消滅機甲兵團的目的。同時。尼奧也想再和“先知”談一談，以便更多地瞭解自己的神聖使命。
可是，“母體取經”的道路註定是兇險多端的：在尋找母體系統內唯一知道系統弱點的“制鑰者”的過程中，尼奧、墨菲斯和翠尼蒂遇到了前所未有的困難：敵人的能力升級了，數量更是增多了，尼奧的超能力受到致命的挑戰。墨菲斯和翠尼蒂對尼奧救世主的信心也受到無情事實的打擊。究竟尼奧他們能不能完成任務後從母體內部全身而退？錫安基地的命運如何？
面對如潮的電子烏賊，人類城市危在旦夕，墨菲斯和崔妮蒂等欲與入侵者決一死戰。此時，“救世主”尼奧的身體和思想卻意外分離，後者再度陷入到“母體”中。墨菲斯和崔妮蒂也不得不回到“母體”和守護天使一起尋找他。
錫安的局勢越來越危險，機器的攻擊卻絲毫沒有因爲人類的反抗而減弱。此時，被叛徒射瞎雙眼的尼奧。依然想通過希望去實現預言。這時，特工史密斯控制了先知，並變得越來越強大，威脅到了整個‘母體‘的穩定。在返回錫安的途中，飛船遭到電子烏賊的突襲，崔妮蒂死了，重傷的尼奧來到機器城市。
在和機器的談判中，機器答應爲了人類和機器的共同利益，尼奧去消滅史密斯，而機器不再摧毀錫安。人類迎來新的和平。
可惜他們不知道。或者說不願意知道，他們生活的錫安同樣是在母體之內，爲的只是給他們一個所謂的虛假的希望而已！
瞭解了這個世界的來歷，申若愚再次仔細的尋找了一番那個傳說中的最後的淨土錫安，最後卻是一無所獲。在掃描了整個地球冒着差點被母體發現的危險之後，申若愚證實了一件事情，那就是電影中所出現的所謂現實世界錫安也確實同樣是母體的另一層虛擬世界，因爲他並沒有發現任何人類生存的跡象！
在讚歎了一番母體對人類的瞭解以及它的智慧之後，申若愚對盤古吞噬了母體的程序之後甦醒過來的希望也大了很多，可以說這時申若愚見到的除了盤古之外最爲聰明的智能程序了！既然專用的無線遊戲倉接入設備也已經做好，申若愚自然不會錯過這個娛樂的機會，畢竟這個世界最大BOSS機械大帝也就是前天網反正也跑不出地球，他多的是時間去找他的麻煩，反正當他來到這個世界的時候，母體的命運就已經註定了！
既然如此，那還不如進入到母體內部去領略一下百分百虛擬的真實魅力，等到自己不耐煩或者生氣的時候再以一個全新的面貌出現在母體面前，那麼到時候想必它的想法一定會很特別吧？
想做就做，爲了安全起見，申若愚安排機器人在地下三公里的地方建立了一個由精金做成的小型基地，然後又將小型基地放入到了一艘未改裝的宇宙飛船內部，然後他才安心的躺進了那個無線接入的遊戲倉，然後愜意的閉上了眼睛等待着無數的線路和營養液慢慢地淹沒了他的身體。
隨着一陣電子音，即使是遠超這個時代的智腦也不得不小心翼翼地在這個世界的虛擬端口和無線網絡上尋找着漏洞和可趁之機，因爲對方雖然沒有那麼強大的硬件支持，但是在程序和智能上卻佔了上風，而此時申若愚的命令是在不驚動母體的情況下讓他進入到虛擬世界內，因此連盤古一號在內的幾臺智腦也不得不聯合起來，在網絡中尋找着任何一絲可趁之機。然後留下一個後門以供申若愚以後出入方便！
好在這個世界還有着許多發現真相的人類不時地在攻擊着母體的程序，因此盤古一號聯合其他幾臺智腦模擬了一次攻擊，然後趁着母體反擊的時候小心的在程序內建立了一個隱藏的後門程序，總算是將申若愚有驚無險的送進了母體內部。
在一陣類似於他穿越時同樣的眩暈感之後，申若愚緩緩地睜開了自己的眼睛。他發現自己已經出現在了一個極爲繁華的街道後面的小巷之內，申若愚好奇的看了看自己身上那炫酷的黑色風衣以及高幫皮靴，然後有如同一個孩子一般好奇的觀察着周圍的一切，最後他走出了陰暗的小巷，頓時一陣溫暖的陽光照射在他身上，四周熙熙攘攘的人羣和不遠處繁忙的車輛。這一切都是那麼的真實和協調，不過除了一件事情！
申若愚握了握自己的拳頭，然後又閉上眼睛嘗試着運行了一下自己的元能，最後他有些無奈的搖了搖頭，他的力量雖然還是很大，但是卻比現實世界中要小了不知道多少倍。現在充其量也就是達到了人類的身體極限而已，而元能更是無法具現到這具軀體之上，至於什麼內力魔法靈力什麼的更是消失的無影無蹤，好在他最爲依仗的精神力量倒是還在，而且他發現在閉上眼睛使用精神力觀察四周的時候，他竟然能十分輕易的看到這個世界的空間壁壘，那彷彿是由無數綠色的數字和符號組成的空間在他眼中是那麼的清晰。而通過這些綠色的符文和數字他對於使用的已經深入骨髓的瞬間移動更是瞭解的透徹了一些，閉着眼睛伸出一隻手輕輕的撥弄了一下其中一個綠色數字，忽然周圍的那些符號和數字全部亂了起來，同時他所觸碰的那個數字所代表的含義也突然出現在他的腦海之中，這時候他才知道這些綠色的符文和數字就是母體構成這個世界的程序，同時也是這個世界的規則和秩序！
也許是因爲這個世界並不是真實的世界，申若愚很輕鬆的就憑藉着他那強大無比的精神力看透了這個世界的規則，這一刻他感覺自己就是這個世界的神，他可以任意的修改和吞噬每一條規則，在他那強大的精神力之下。這些規則就像是一個個誘人的美女，就這樣赤果果的呈現在他的面前，甚至他感覺如果他願意的話他可以很輕易的就將這個世界的空間給撕個粉碎，也可以輕易地創造出一個世界，而這時候他才知道掌握了規則之後竟然會是這樣的強大。這已經脫離了大多數人對於力量的瞭解，再也不是一些或簡單或複雜的數字和數據就能表達清楚的了，如果遇到了這樣的敵人，即使是申若愚所掌握的時間異能也只不過是可以勉強自保而已！
但是也同樣因爲這並不是一個真實的世界，所以雖然申若愚對於規則的理解和具體情況都加深了許多，但是這個世界的規則對於出去以後回到現實世界的他幫助並不會太大，只是提前讓他了解了一下掌握規則的道路和強大。
睜開眼睛，他滿足的微笑起來，這次進入這個虛擬世界只是單單他剛纔所瞭解得東西就值回票價了，看着周圍那因爲他無意中觸碰了程序而變得有些模糊的景緻，和錯亂的場景，他趕忙一個瞬移離開了原地出現在了城市的另一頭，而此時母體也發現了申若愚所造成的破壞，在檢查無果之下，母體也只能暫時將這一塊程序進行了回檔，下一秒鐘之後，原本申若愚所造成的破壞就再次恢復了原狀，一切都好像沒有發生一樣，只是那原本應該申若愚出現的地方卻已是空無一人了。