在雌雄異花的一些植物中，科爾路特瞭解到，讓雄花帶有殘跡雌蕊的物種和自然帶有十分發達雌蕊的雌雄同花的物種與之雜交，那殘跡雌蕊在雜種後代中就極大地增大了；這明確地表明殘跡雌蕊與完全雌蕊在性質上差不多是類似的。某種動物的每一部分或許是在完全狀態中的，但它們在某種意義上則或許是殘跡的，原因在於它們是無用的，比如一般蠑螈即水蠑螈的蝌蚪，同劉易斯先生所說的一般：“有鰓，在水中棲息；可是山嶸螈在高山上棲息，也產出完全發育的幼體，該動物從來不在水中棲息，但是倘若我們剖開其懷胎的雌體，我們便發現其體內的蝌蚪長有精緻的羽狀鰓；倘若把其置於水中，它們可以如水蠑螈的蝌蚪那般游泳。明顯的，此種水生的機制無關於此種動物的未來生活，且也並非對於胚胎條件的適應；它必定和祖先的適應有關，只是重演了其祖先發育中的某一階段而已。”
具有兩種功能的器官，對於其中的一種功能，甚至是相對重要的那種功能，也許變成殘跡或徹底不發育，但對於另一種功能卻全部有效。比方說，在植物裡，雌蕊的功能在於讓花粉管到達於子房的胚珠。雌蕊有着一個柱頭，被花柱所支持；可是在一些聚合花科的植物中，必定沒法受精的雄性小花有着一個殘跡的雌蕊，因爲其頂部無柱頭；可是，其花柱仍舊非常發達，而且以普通的方式被有細毛，用來刷下四周的、鄰接的花葯裡的花粉。除此之外，一種器官對於固有的功能或許變爲殘跡的，而被用於不一樣的目的。在一些魚類中，鰾對於漂浮的固有機能彷彿變爲殘跡的了，可是它轉變成原始的呼吸器官或肺，還可以舉出非常多類似的事實。
有用的器官，不論它們多麼不發達，也不能認爲是殘跡的，除了我們可以設想它們曾經曾更充分發達過以外，或許它們是在某種初生的狀態中，正朝更加發達的方向前進。可是，殘跡器官或者毫無用處，比如從未穿過牙齦的牙齒，或者是基本上無用，比如只能用作風篷的駝鳥翅膀。由於該狀態的器官在曾經較不發達的時候，甚至比如今的用處還少，因而它們從前決不會是依據變異與自然選擇而產生的，自然選擇的作用只是存留有用的變異。它們是經由遺傳的力量局部被保存下來的，和事物的從前狀態有關。儘管這樣，要區分殘跡器官與初生器官通常是不容易的，因爲我們只可以經由類推的方法去判斷某種器官是否還能進一步地發達，只有在其可以進一步發達的情況下，纔可以叫做初生的。
該狀態的器官一般是很稀少的：因爲有着如此器官的生物往往會被有着更加完美的相同器官的後繼者所排擠，所以它們早就滅絕了。企鵝的翅膀有相當大的用處，可做鰭用；因而它或許代表翅膀的初生狀態：這並非說我覺得這是事實；它更有可能是某一縮小了的器官，爲適應新的機能所以產生了變異。可是，幾維鳥的翅膀是完全沒用的，而且的確是殘跡的。歐文覺得肺魚的簡單的絲狀肢是“於高級脊椎動物中，達到充足機能發育的器官的起點”；可是依照最近京特博士提出的觀念，它們也許是通過繼續存在的鰭軸組成的，這鰭軸長有不發達的鰭條或側枝。鴨嘴獸的乳腺如比起黃牛的，能夠稱爲是初生狀態的。若干蔓足類的卵帶已沒法作爲卵的附着物，非常不發達，這些便是初生狀態的鰓。
相同物種的每一個體中，在發育程度上與別的一些方面殘跡器官相當容易發生變異。在密切類似的物種中，有時相同器官縮小的程度也存在非常大的差異。相同科的雌蛾的翅膀狀態強有力地證明了後者。殘跡器官也許全部萎縮掉，這意味着一些器官在某些動物或植物中，已徹底不存在，儘管我們原希望按照類推能找到它們，且在畸形個體中確實偶然能夠見到它們。比方說玄蔘科的大部分植物，其第五條雄蕊已徹底萎縮，然而我們能判定曾經第五條雄蕊存在過，由於能在此科的非常多的物種中發現其殘跡物，而且有時該殘跡物會充分發育，同我們有時在一般的金魚草裡所見到的那般。當在相同綱的不同成員中找尋一切器官的同原作用時，最常見的是找到殘跡物，又或是爲了完全理解這些器官的關係，殘跡物的發現是最爲有益的。歐文所繪的馬、黃牛以及犀牛的腿骨圖充分地表現了此點。
這是一個具有重大影響的事實，也就是殘跡器官，像鯨魚與反芻類上顎的牙齒，一般見於胚胎，可後來又徹底消失了。我肯定，這也是一條常規的法則，即殘跡器官，如運用相鄰器官來比較，則在胚胎中要大於在成體裡：因而此種器官初期的殘跡狀態是不太明顯的，甚至在任何程度上都不可以說是殘跡的。因而，成體的殘跡器官一般被說成是還存留在胚胎的狀態。
在上面我已舉出了關於殘跡器官的某些重要事實。當細心考慮這些事實時，不管什麼人都會感到驚喜：因爲它告訴我們大部分局部與器官巧妙地和某種功能相適應的相同推理能力，也一樣明瞭地告訴我們這些殘跡的或萎縮的器官是缺損的，毫無用處的。在博物學著作裡，通常把殘跡器官說成是“爲了對稱的理由”或者是爲了要“完成自然的設計”而被創造出來的。
可這並非一種說明，而僅僅是事實的複述，本身就存有矛盾：比方說王蛇有後肢及骨盤的殘跡物，倘若說這些骨的保存是爲了“完成自然的設計”，那麼就如同魏斯曼教授所提問的，何以另外的蛇不保存這些骨，甚至於它們缺乏這些骨的殘跡？倘若相信衛星“爲了對稱的緣故”循着橢圓形軌道繞着行星運行，由於行星是這般繞着太陽運行的，則對於如此闡明的天文學者，將有何感想呢？有一位著名的生理學者假定殘跡器官是用於排除過剩的或不利於系統的物質的，他依據該假定來說明殘跡器官的存在；可是我們可以假定那微小的——它一般代表雄花中的雌蕊且只通過細胞組織構成——有如此的作用嗎？我們可以假定今後絕對不存在的、殘跡的牙齒移走像磷酸鈣這等珍貴的物質能夠有利於快速生長的牛胚胎嗎？當人的指頭被截斷時，我們明白在斷指上會有殘缺的指甲，倘若我判斷這些指甲的缺損是爲了排除角狀物質而發育的，那麼就應該認爲海牛的鰭上的殘跡指甲也是爲了一樣的理由而發育的。