隨後，九鬼嘉隆率船隊主動推進，接連擊沉數十艘毛利戰船。毛利水軍毫無應敵之策，只能眼睜睜的看着自己的戰船一艘接一艘的被打掉。村上武吉和兒玉就英只得下令撤軍。
至此，第二次木津川口之戰以織田水軍取得壓倒性勝利而告終。
這一戰使得大阪灣的制海權歸於織田信長，淡路島以西仍歸於毛利輝元。同時石山本願寺方面對毛利氏方面支援的希望徹底斷絕，本願寺士氣低落。
第二次木津川口之戰的勝利使得織田信長再次控制了大阪灣的制海權並確立了在石山合戰中的優勢，直接推動了織田家統一近畿。
九鬼嘉隆則從織田信長那裡獲得了攝津野田、福島一帶共七千石的領地的獎賞，使得總石數高達三萬五千石，被稱爲海賊大名。
同時，此戰是世界史上最早出現鐵甲船的戰鬥，具有劃時代意義。
這一年的正月，織田信長向攝津國的石山本願寺發出了攻擊的佈告，三月十五日下達了全軍出動的命令。
四月四日，織田信忠向石山本願寺發動了攻擊。雜賀衆在起初協助本願寺方參加防守，形勢開始逐漸出現不利的局面。
如今毛利水軍被擊敗，石山本願寺陷入孤立無援的形式。
到了天正七年正月攝津有岡城的鈴木孫一出城進入了攝津花熊城。
而在關東，二月一號，上杉景勝集結兵力，對御館城發動總攻。
此時的御館城實力最弱，儘管有猛將北條景廣英勇奮戰，但也是杯水車薪。
上杉景勝看得出只要北條景廣死了，再想拿下御館城就容易許多了，於是便讓手下荻田主馬出擊，北條景廣奮戰多時，與荻田主馬一騎討時，被長槍刺落下馬，當即戰死。
上杉景虎的軍隊因爲北條景廣的戰死，隨即崩潰，逃回御館城，御館城被上杉景勝這方團團包圍。
在這個時刻，上杉景虎召見了武田正信的使者，岡本秀夫。
岡本秀夫已經知道北條景廣戰死，御館城被圍困的事情。他出言道：“景虎大人，您可是有了決斷？”
上杉景虎出言道：“我可以投靠武田將軍殿下，但是直接拿去拿去越後一半，是不是太多了？”
岡本秀夫搖頭道：“景虎大人還沒有看清楚現狀嗎？您已經被景勝大人的大軍擊敗了，北條家的援軍到來之前，景虎大人唯一的希望就是本家啊。
一旦御館城被攻破，景虎大人就落入景勝大人手中，之後景勝大人也不會放任大人活着吧？景虎大人，到時候你就連另一半越後都沒了。”
岡本秀夫看着上杉景虎頗爲糾結的表情，繼續說道：：“景勝大人可比景虎大人果斷多了，爲了讓武田勝賴出兵，景勝大人可是毫不猶豫割地了啊。”
上杉景虎聽到這裡，眼睛一睜，瞪着岡本秀夫：“上杉景勝哪裡比得上我！是他太卑鄙了！哼，只要將軍殿下幫助我坐上上杉家家主之位，西越後就是將軍殿下的！”
岡本秀夫拿出武田正信已經寫好的盟書遞給上杉景虎，上杉景虎看了一眼之後毫不猶豫地簽下了自己的名字。
當晚，就有忍者帶着盟書離開御館城，在二月三號晚上，送到了武田正信的岸頭上。
得到上杉景虎的手書以及盟書，他立刻動員家中兵力五萬，征討越後。
又是春耕時期，武田勝賴也是倉促之下徵集軍隊，不過很多家臣武士，以及足輕農兵都不太想這個時候出去打仗，進度緩慢。
上杉景勝沒想到武田正信會出兵，而且支援的對象肯定不是自己，而且他也知道北條家和武田家不一定幫的上自己，在這樣的情況下，上杉景勝派出直江兼續前去找武田正信談判。
得知上杉景勝派人來談判，本多正信直接勸阻道：“殿下，上杉景勝的能力雖然比不上謙信公，但是能力也比上杉景虎要強上許多，收服上杉景勝只怕是養虎爲患。”
黑田孝高分析道：“如今，上杉景虎勢弱，我軍擊敗上杉景勝，就可以消滅另一半上杉家的勢力，留下一個空有殼子的上杉家，不復謙信公時期。”
按照兩個軍師的的說法，那就是不同意上杉景勝的投靠，而是乘着這個機會，將依附上杉景勝的上杉家家臣給消滅掉。
這樣，留存下來的上杉家在上杉景虎的帶領下，沒了上杉謙信和上杉景勝那樣大的威脅。
武田正信擔心拒絕上杉景勝的求和，恐怕會逼迫上杉景勝狗急跳牆，本多正信安慰道：“如今只有上杉景勝一家單獨對抗我軍，是打敗上杉景勝的最佳時刻。”
黑田孝高說道：“現在上杉景勝正在返回春日山城的路上，我軍應當迅速進攻拿下空虛的春日山城，或許就連上杉景虎也可消滅！”
武田正信怦然心動，於是下令大軍加速前進，前軍抵達春日山城，當晚就攻入春日山城內。
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還在回援路上的上杉景勝自知大勢已去，不過上杉景勝帶着一絲決然，率領上杉軍繼續前進。
武田正信知道情況後，讚歎一番上杉景勝，隨後帶領大軍與上杉景勝野戰。
上杉景勝擺出了車懸陣，武田正信也是一番驚疑，說道：“還好聽信了兩位軍師的建議，假以時日，上杉景勝怕是下一個上杉謙信，如今當如何？”
黑田孝高出言道：“殿下，就讓幾名猛將一起迎擊這車懸陣，只要擊破此陣，上杉家滅亡在即！”
於是武田正信調集島勝猛，前田慶次等等猛將，率領他五千近衛軍，以及一萬足輕爲主力，強攻車懸陣。
上杉景勝的車懸陣徒有其型，並不熟練，在激戰半天之後，上杉軍敗退。直江兼續勸誡上杉景勝，想要掩護上杉景勝撤退，至少可以去關東諸國，或者甲斐。
可惜，上杉景勝被武田幕府軍團團包圍，最後戰死。
至於上杉景虎並沒有得到東越後，武田正信只給了他三萬石領地。