朝倉景鏡已經看出了這羣人的本質，不過是烏合之衆，比起當初的朝倉義景又能好到哪去呢？他把使者遣返了，同時着急足輕守衛自己的居城。
隨後武田正信一萬三千人，與富田長繁召集的反叛大軍三萬五千人對峙，不過因爲武田正信拿下越前就實施了刀狩令，所以三萬五千人當中，有一般以上的人沒有甲具和武器，身上就是竹甲和竹槍。
武田正信讓三千精銳足輕爲核心，橫山信虎率領的五千足輕爲兩翼，對叛軍發動主動進攻。
富田長繁派出戶田與次爲大將，率領兩萬五千人與武田正信野戰。結果武田正信鐵炮和佛朗機炮直接一輪打垮，四千騎兵在平原上追殺，足輕們也瘋狂追擊，斬殺上萬人。
最終只有五千多殘兵逃進了一乘谷城之中，還有五千多人被俘虜，上萬人被斬殺了，逃進山林裡的少之又少。
躲在城裡的叛軍們瑟瑟發抖，在他們還來不及去選擇投降還是抵抗，佛朗機炮再次發威，接連炮轟一乘谷城。
不過一乘谷城的城垣十分堅固，武田正信帶來的佛朗機炮威力小，並沒有造成什麼實質性的傷害，但是佛朗機炮的炮聲嚇得對面的守軍頭都不敢露。
隨後橫山信虎帶領大軍突擊一乘谷城的外丸，不過一刻鐘，外丸就被攻克。
城裡的叛軍原本想要投降，結果武田軍紛紛殺死，在這樣的情況下，叛軍們拼死抵抗，叛軍看起來難對付一些了。
不過隨着武田正信宣佈，只追責武士以上的人，其他人無罪。這樣的條件傳播之後，叛軍士氣低落，富田長繁等人惶恐不安。
很多足輕動心了，一個膽子大的足輕喊道：“我們不可能打贏外的武田軍，我們連一件好一點的甲具或者武器都沒有，怎麼打的贏？
而且贏了也是那羣地主姥爺的，和我們沒有關係，反正追責的是那些武士們，和我們沒關係，我們沒必要爲他送命了。”
戶田與次剛好出現在附近，聽到那名士兵的話，他一下就慌了，直接拔刀斬殺那名士兵。
這讓周邊的足輕感覺到震懾與害怕。
不過戶田與次高估了自己，被殺死的那名足輕他有一個朋友，而那個朋友直接拿起手中的武器丟向戶田與次，隨後場面陷入混亂。
一場混亂引發了另一場混亂，緊接着一乘谷就亂了起來，殊不知一切都是武田正信麾下的忍者衆搗的鬼。
天一亮，武田正信的大軍就進入一乘谷內，參與反派的頭領全部被抓，很多人都是被叛軍的足輕們抓起來的。
比如富田長繁的人頭，內滕家家主的人頭，若狹國人衆的人頭等等。
武田正信平定了越前，但是越前的叛亂毀壞了很多東西，武田正信必須拿出精力來恢復越前的元氣。
三月，織田信長上洛並受任從三位、參議的官位。織田信長奏請正親町天皇表示欲收割蘭奢待（一種高級香料）。
據言，這是織田信長爲了讓各國知道他與正親町天皇之間有密切關係所採取的行動，天皇則也下了勅令允許之。
由此契機各國大名知道織田信長的實力爲朝廷所承認，尤其是從奧州派往信長處表示友好的使者也增加了。
武田正信對於織田信長天下人身份並不畏懼，反正他現在擁有佐渡、飛驒、越中、能登、加賀、越前、若狹和丹波共計八國兩百萬石。
比之織田信長的尾張、美濃、伊勢、近江、山城、大和、攝津、和泉和河內共計九國接近三百八十萬石。
織田信長的領地差不多是武田正信的兩倍了，而且還有死忠德川家康跟在織田信長後面，所以武田正信除了投機倒把之外，就等着本能寺之變了。
五月份，織田市懷孕，武田正信停下很多事情，回到武興城。
七月三號，對於本願寺號召天下一向宗徒對抗織田氏暴虐統治的檄文，信長也針鋒相對地頒發詔命，稱：“僧人本應潛心修行，追求學問，而如今本願寺卻耽於紅塵繁華，驕奢淫逸，更進一步介入世俗紛爭，違犯國法，據地築城反抗領主。這般惡行，我當以合法領主之身份嚴懲之！”
織田軍又是兵分三路：東面由織田勘九郎信忠爲主將，統率織田信包、津田秀成、森長可、池田恆興等將出市江口。
西路佐久間信盛、柴田勝家、稻葉一鐵、蜂屋賴隆等從鬆之木渡河出香取口。
中路由信長親自統帥，配下羽柴秀長、丹羽長秀、安藤守就、不破光治、佐佐成政、前田利家、河*秀隆等將領，指向早尾口。
一揆勢力在小木江村嚴密防禦，正當信長中軍，他們蒐集附近船隻，渡河向堤防上的織田軍展開猛攻，被羽柴秀長、丹羽長秀等將擊退，損失慘重。
戰鬥持續到七月十五日，志摩海賊出身的九鬼右馬允嘉隆，以及瀧川一益、伊藤三丞實信、水野監物信元等將駕駛着大批安宅船趕來增援，隨即北畠信雄、島田秀滿和林秀貞的水軍也浩浩蕩蕩殺至。
陸上織田軍趁勢發起進攻，從水陸兩線將整個長島團團包圍起來。此時一揆方所餘，只有長島、大鳥居、屋長島、筱橋、中江五砦而已。
織田信長父子將本陣前移到殿名，指揮諸將猛攻上述五砦。
八月二日，織田軍用大鐵炮打破了大鳥居的砦牆，據守砦中的一揆勢力提出投降請求，卻被信長一口回絕了。
“奸惡之徒必須殺盡，以償還他們多年來叛亂破壞的罪過！”他這樣喝罵道。
當夜，大鳥居中的一揆趁着風雨，攜家帶口蜂擁逃出，織田軍在後猛追，不管男女老幼，不管是否戰鬥人員，開始了殘酷的大屠殺。暴動羣衆被毫不留情地殺死一千餘人！
十二日，織田軍又攻克筱橋砦。但因爲前後猛攻月餘，自己也損失慘重，信長決定對剩下的三砦採取長期圍困策略，希圖將敵人拖垮和餓死。
包圍戰一直持續到九月底，長島砦一揆彈盡糧絕，過半躲入砦內躲避兵禍的百姓餓死，遂再度提出投降的請求。
有了上回攻擊大鳥砦的教訓，信長這次很爽快地就答應了對方的請求。
九月二十八日，一揆和家屬百姓紛紛打開砦門，乘坐小船前往織田軍陣歸降。
但等他們來到河中心，突然遭受到敵軍鐵炮攢射，隨即是大安宅船的撞擊，織田水軍的白刃相加。
可憐的百姓如稻草般成片倒下，鮮血把河川都染紅了。對於這種違背承諾的無恥舉動，百姓們憤怒如狂，有六七百人雖然身不披甲，手無寸鐵，仍然冒着槍林彈雨，猛撲到織田軍中，用拳頭和牙齒攻擊敵人。
面對面對這些走投無路，絲毫不知恐懼爲何物的百姓，織田軍卒面如土色，紛紛向後潰逃。
織田信長終於嚐到了背棄信約，殘酷鎮壓百姓的惡果，他的庶兄織田信廣、十弟津田秀成、叔父津田信次，以及叔父信光的三個兒子津田信成、信昌、仙千代，全都在此役中被暴怒的長島百姓殺死！
仇恨的怒火相互引燃，越燒越旺。得知這些噩耗的信長更爲怒發如狂，手段也更加殘忍。
攻破長島砦後，他率兵重重包圍了剩下的中江和屋長島兩砦，竟然放火將砦中百姓近兩萬人全部活活燒死！
困擾了織田信長多年的長島一向一揆被徹底殲滅，這也讓織田信長的惡名更加遠楊，人們又記起了這個被稱爲第六天魔王的佛敵。
一向宗的勢力遭到了重大的打擊，再也沒有一向宗信徒在背後牽扯織田信長的精力，接下來的日子，石山本願寺不得不直面織田信長的壓力。