魏長生連同墨筠秀降臨藥王谷，而滴血堂的三位太上長老已經駕馭天仙人皮等候，三大魔門齊齊攻殺向藥王谷。
天魔宮奸細出手，裡應外合之下，藥王谷大陣不多時就告破，一時間危在旦夕！
正當魏長生等人攻進核心，欲要奪取魔鼎之時，發現藥王谷谷主已經等在了那裡。
與此同時，春秋書院季夫子連同上清道長庚劍仙陳太宵出現於藥王谷內，藥王谷被破開的大陣同時恢復完畢，困住了魔門衆人，原來這是一步正道下的大棋，藥王谷在之前已經通過姜晨得知了一些消息，知道魔門要聲東擊西，設下了埋伏。
最後滴血堂三位太上長老連同天仙人皮盡數淪喪，墨筠秀激活無生老母一點真靈，迴歸真空家鄉，魏長生捨棄一件天魔宮重寶逃生。
而在天心島外，姜晨出手，重創了大光明神尊，大光明神尊直接逃跑，兩方戰力對比平衡被打破，魔門見事不可爲，抽身撤退，而那位天魔宮主原來是妖族六耳獼猴妖神變化而出，妖魔合流的事實被發現。
正魔二道對峙，魔門最後服軟，交出之所以大舉進攻的密辛——進入天庭遺蹟的方法。
正道和魔門一同進入天庭遺蹟，各有收穫，姜晨遇到大自在天子的隕落殘象，從他不甘的執念之中得到了一些東西、一些密辛，並藉此控制少許天庭殘餘的力量，將魔門衆人暫時困在天庭之中。
出來以後，正道衆人齊齊動手，犁庭掃穴滅掉了姒族，只剩姒族老祖帶着少許底蘊和重要子弟逃生，地仙都隕落了大半。
草原大單于突破天仙第三境，勾結魔門南下，北齊陷入戰火之中。
季夫子帶春秋書院門人馳援北齊，在北方大草原同時戰草原左賢王、魔門血海頭陀兩人，捨生取義，化三千里錦繡河山鎮壓。
陳太宵起上清道底蘊，以誅仙四劍的仙器級仿品佈下劍陣，震懾羣魔，姜晨突破天仙，大赤天主之名威震神州。
南荒妖族同時作亂，趙恆化天帝之身，封神榜現世，一舉鎮壓十萬妖族，妖神畢方隕落，妖族被迫撤退。
中原大勝。
時代再變，無生老母、大天魔尊等一一自自己預定的錨上甦醒，辰散人在姜晨的幫助下，邁入時間長河，成功晉升大羅、覺醒前世今生，原來是東華帝君呂祖的轉世身。
秦宇姜璃再現，姜家內部鎮壓的禍亂髮生，姜晨等人前去商議對策，姜晨誤入時光長河，化身“赤帝”，承接了人祖因果。
從過去歸來，他開始考慮打破系統控制，於迴歸的大能之間輾轉騰挪，最後抓住天帝重生的時機，連同呂祖、黎山老母、趙恆等，一舉打破控制。
趙氏皇族原來是天帝留下的手段，一族供奉玉皇大帝，都只是爲了爲了天帝的目的。
天帝雖然是三界之主、第一大羅，但這個位置成就了他，也限制了他，所以在衆聖登門，欲要毀掉天庭讓末劫降臨，謀求超脫機會之時，他答應了。
以他的能力，只要脫離天帝之位，就足以登臨混元層次，但他同時也不想放棄天帝的位格，於是化出玉皇大帝爲第二化身，想要讓玉皇大帝登臨天帝位，同時成爲混元和天帝。
但最後這一結局在趙恆和姜晨等人的努力下破產，玉皇大帝成爲象徵神祇沒有自我意識，猶如計算機一般管理三界，重生的天帝雖然擺脫了束縛，但也失去了第一大羅堪比混元的力量，在呂祖等人的對峙下選擇離開。
姜晨晉級金仙。
局勢愈發惡劣，各脈的上古大能逐漸復甦，欲要奪取末劫的中心——神州中原。
願意襄助人族的大神通者屈指可數，遠遠比不上敵手，危機之際，柳神降臨，姜晨赤帝化身自過去的歷史中走來，古今一體，爲神農氏、爲炎帝、爲大赤天主，登臨大羅。
藉着他激盪時空，人族大神通者回歸，第一批爲軒轅黃帝、燧人氏、祝融火正重黎、周文王、黑帝顓頊。（包棲氏雖然積累最深，在大羅之中能排進前三，但由於人祖上古消失，人族岌岌可危之際倉促突破，導致了失敗。）
戰爭白熱化，混元未歸，一個個沒有後臺的大神通者都開始嘗試登臨混元，以求末劫一線生機。
最後，以原始之後第一魔、統領當今魔道的天魔之祖大天魔尊突破混元失敗，在“名喚日月、暗還虛空”的劫數之中，以一句“生不道果成、死亦道果烹”爲自身百萬壽元的終結。
開天闢地的三清道尊搶去超脫先機，在末劫真正降臨前不再現世，得到了他們因果、註定能晉升混元的姜晨成爲了衆矢之的，一番決戰，姜晨身邊盡寥落，一位位弟子、親友爲了他獻出了生命，終於拖延出了足夠的時間，讓他晉級到了混元。
末劫終至，身死天庭的原始魔主捲土重來，原來他攻伐天庭所爲的只是讓自身徹底毀滅於歷史之中，等待末劫，而非之前衆人猜測的想要讓末劫提前降臨，但最後依舊是偷雞不成蝕把米，天機被三清道祖得到。
而神秘的人祖也終於出現，他竟然不需要天機，就能直接超脫，而姜晨所繼承的赤帝位，原來也是人祖的化身。
姜晨成爲第一混元，再開天地，傳道諸天，既是人皇、亦是道祖。