離開靈魂擺渡的世界後，王漢回到秦時明月的世界安排下今後的事情，便拿着天地之書尋了一個靈氣充裕，時間流速快的時間進行閉關，領悟天地之書中的天地生死法則和命運法則。
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時間匆匆流逝，轉眼間時間便過去了五千年。五千年的時間，黑暗王朝對奧特曼宇宙的進攻依舊還在繼續，但是卻已經接近尾聲。
五千年來，由黑暗王朝發起的戰爭波及了整個奧特曼宇宙世界，黑暗王朝的亡靈部隊不斷的輸送進奧特曼世界，又不斷的訓練出新的亡靈軍團，生產新的戰艦，組建出一支支新的亡靈艦隊，不斷增加着黑暗王朝在奧特曼世界的侵略力量。
面對黑暗王朝的侵略，奧特曼世界那些不願被黑暗王朝統治和支配的宇宙種族們也聯合組成了大大小小的反抗聯盟，如同雨後春筍一般不斷冒出，反抗着黑暗王朝的侵略。五千年來，這樣的聯盟一個個的形成，少則兩三個文明，多則幾十上百個，甚至數千個文明組成，但是他們的結果就是一個個的被黑暗王朝消滅，不留下任何反抗的活口。
這場戰爭，一打就是五千年，越來越激烈，死亡越來越多，並且還在繼續，整個奧特曼宇宙也被打得烏煙瘴氣。
戰爭遺留下的各種宇宙種族的屍體和亡靈的骸骨，巨大怪獸的殘肢在宇宙的虛空之中隨處可見，各種宇宙戰艦的殘骸和被炸燬的星球的碎片成爲了宇宙中新的垃圾。
有反抗者，也就有屈服者，面對黑暗王朝的強大力量，面對亡族滅種的下場，更多的宇宙種族選擇了屈服，接受黑暗王朝的奴役。還有投機者，在黑暗王朝的強大力量下，選擇了投靠，掛上了附庸於黑暗王朝的旗幟，共同侵略其他種族，以此來爲自己爭取種族存活並且變得更強大的機會。
但是如今，戰爭已經要接近尾聲了，三百年前，一個由七千個文明組成的最大的反抗聯盟因爲內部接連出現叛變種族，終於被黑暗王朝的亡靈部隊抓住了機會，集結了數千個大型的亡靈艦隊（大型艦隊，戰艦數量達到一萬艘戰艦。），以絕對的優勢圍剿消滅了這個聯盟的主力，並且圍點打援，重創甚至消滅了不少前來救援的反抗聯盟勢力，清剿了大量的反抗文明，之後反抗的勢頭便弱了許多。
宇宙的邊緣，某個未知的角落之中，黑暗王朝一個千膄戰艦組成的中型艦隊正在和一個小型的反抗聯盟激烈的交戰着，值得一提的是這個小型反抗聯盟的宇宙戰艦科技居然快趕上黑暗王朝亡靈部隊的戰艦程度了，更是有不少的宇宙怪獸，其中甚至還有兩個僥倖活下來的奧特曼，不過這些奧特曼在光之國毀滅後的五千年裡，早已黑化。
激光和脈衝，以及導彈不斷的在宇宙中飛過，大小不同的宇宙飛船和戰機在宇宙戰艦之間相互追逐，爆炸接連不斷的在宇宙中閃耀，隨着這個反抗聯盟的最後一艘宇宙飛船被擊毀，這裡的宇宙大戰終於落下帷幕。
黑暗王朝以幾乎損毀了一半戰艦的代價，終於消滅了這個小型的反抗聯盟。
戰鬥結束後，艦隊並沒有停歇，馬上便繼續向這個小型聯盟的總部趕去。在那裡，有着他們這場作戰任務的最終目標，也是奧特曼世界數個大型聯盟的陰謀所在，時空穿梭機。
如今戰爭態勢已經極度明顯，反抗勢力越來越少，不是被消滅，便是選擇了投降，成爲奴隸來獲取種族存活下去的機會。
各大聯盟也都預見到了黑暗王朝的勝利已經勢不可擋，黑暗將徹底充斥宇宙之中。
揹負了五千年的血海深仇不允許他們投降，反抗了數千年，以黑暗王朝戰爭中的作風，也不會真正的接受他們的投降，投降，他們只會成爲奴隸，永遠的奴隸。就在這個絕望的時候，卻有人提出來研究時空穿梭，回到過去，就將改變未來的計劃，他們最後只能寄希望於這個計劃，希望有人能夠回到過去，在光之國被毀滅之前，聯合所有的種族組成聯盟對抗黑暗王朝，爲了掩蓋消息，不讓黑暗王朝得到消息，破壞這個計劃，他們秘密創建了一個毫不起眼的小型反抗聯盟來做爲掩護。這個小型反抗聯盟的總部便是他們研究時空機器的地方。
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在未知名的某顆星球上，坐落着研究時空機器的小型反抗聯盟的總部。
“大地將軍，我們的主力艦隊已經被黑暗王朝的一箇中型艦隊消滅了。”小型聯盟的總部中，一名蛙型外星人對前面的黑暗奧特曼彙報道：“現在那支黑暗王朝的艦隊距離我們總部只有不到兩百光年，以他們的戰艦速度，預計還有十分鐘就會到達這裡。”
“救援什麼時候到達？”黑暗奧特曼，大地將軍問道。
“救援……”聞言，蛙型外星人惆悵的說道：“大地將軍，救援的艦隊距離我們還有三千光年，預計要兩天才能抵達。”
“還要兩天啊……”聞言，大地將軍苦澀的嘆息一聲，兩天時間實在是太長了，他不知道他們剩下的軍隊還能不能擋住黑暗王朝的中型艦隊兩天的攻擊，雖然是一個損失過半的黑暗王朝的中型艦隊，但是他們的主力已經被消滅了，剩下的殘餘兵力也許只能擋住一天，也許連一天都擋不住。而更讓他擔心的是，黑暗王朝會不會已經知道了他們的計劃。根本不會給他們機會。
思考了很久，大地將軍對蛙型外星人問道：“時空機器現在能夠把人傳送到過去嗎？”
“大地將軍，現在時空機器雖然已經能夠運轉，但是，但是還沒有做過實驗，還存在着不小的失敗機率，把人傳送到未知的時空或者時間都可能性非常大。”蛙型外星人聞言說道：“而且想要啓動，幾乎會耗盡現在總部的全部能源。而且可能只有一次機會，可能使用一次後，時空機器就會徹底損毀。”
“失敗的機率是多少？”大地將軍聞言，想了想補充道：“我說的是隻要能夠把人傳送到五千年以前的任何時間，哪怕是十萬年甚至更久遠的時間都算成功的情況下。失敗的機率是多少？”
“大地將軍，即使這樣，失敗的機率依舊有百分之九十以上。”蛙型外星人聞言，小心的說道：“大地將軍，我不建議冒這麼大的風險。”
“大地將軍。”一名橘紅色，長有六隻觸角，如同章魚般的外星人匆匆闖進了大地將軍的辦公室，焦急的說道：“大地將軍，援軍傳來消息，數支聯軍全部遭到了黑暗王朝的數個大型艦隊的聯合伏擊，損失慘重。同時偵查發現，數支黑暗王朝的大型艦隊正在向着我們包圍前來，最快的一支只有十五分鐘就會抵達，他們讓我們抓住這最後的時機，帶着時光機器和研究資料立刻撤離。”
“敵人果然知道了我們的計劃。”大地心中無奈的嘆息一聲，道：“傳令，馬上啓動時空機器，把挑選的戰士傳送走。另外，馬上讓科學家帶着研究資料和刻錄的資料立刻離開。其餘人，做好最後一戰的準備吧……。”