朝廷對地方掌控力度減弱，這種弱化的結果會體現在方方面面。
放在佛教和道教頭上，結果就是僧人和道士的數量增多，寺廟道觀不交稅的土地越來越多，一些大的寺廟道觀甚至擁有上萬畝土地，危害不小於地方上的士紳豪強。
這樣的行爲蔚然成風，這直接導致交稅的人越來越少。
明朝寺院和道觀的財產雖沒有前朝那麼多，但是數量也相當可觀。
瞭解到這樣的事實之後，蕭如薰非常反感這種現象，下決心要狠狠出拳整治他們。
蕭秦政權上臺執政之後，隆武元年二月，蕭如薰直接把象徵明皇室宗教色彩的萬壽宮變成了太上皇的居住地，將紫禁城內一切帶有宗教性質的東西全部趕出去了，並且定下規矩，不允許北京城內有宗教建築。
隆武元年三月，蕭如薰發佈了宗教政策。
他再次明確了道士與和尚出家需要朝廷給度牒才能被認同，而有權發放度牒的只有在京師內的戶部宗教管理司，地方上沒有權力發佈度牒，度牒是三年一給，有上限。
私度完全禁止，一旦發現，立刻將私度之人和進行私度之僧侶道士及其所屬寺院道觀一併取締，全部發配做苦力。
並且蕭如薰還派人在全國範圍內普查道觀私產和寺院私產，一併登記造冊，還對各地道觀和寺院的年份進行統計，對道觀主人和寺院方丈的身份和學識水平進行考覈。
以後三年一次，絕對不允許停止。
一系列的行動之後，隆武二年朝廷關閉道觀三十六座，寺院二十七座，隆武三年關閉道觀十六座，寺院四十八座，隆武四年關閉道觀二十一座，寺院十六座，隆武五年接着關閉道觀十七座，寺院二十九座。
理由都非常明確。
朝廷發放度牒之前，派專人到各地寺院和道觀裡考察寺院裡的和尚還有道觀裡的道士對於佛經的理解和道經的理解，看看學術水平怎麼樣，看看到底是不是真的一心向佛或者一心向道，是不是真的出家人。
這下子可算是查出大問題來了，一大批大字不識一個的假和尚假道士給差了出來，騙人血汗錢的也給查了出來。
本來蕭如薰的命令就是沒事也給我查出事兒來，結果現在倒好，根本不用冤枉人。
於是地方政府立刻對外宣佈，大肆宣揚，藉着土改的風潮搞批鬥，將他們的名聲徹底搞臭，於是地方百姓都極其惱火的支持政府取締寺院和道觀。
不僅如此，那些善於組織人手發動運動的地方基層官員們秉持中央思想，煽動人們崇敬寺廟道觀將之完全搗毀，凡是運動波及之處就不允許再次出現寺廟和道觀了。
接下來的事情也就不用說了，大量的寺院和道觀倒了血黴，給取締，所有財產充公，那些假道士假和尚立刻被髮配去做苦力，也不知道能不能活着回來，反正機會渺茫。
但是這還不夠。
假道士假和尚的確是有，但是持有前朝正規度牒的真和尚真道士也不少，蕭如薰對這種和國家爭奪人口與稅收的組織相當反感，一心一意想着極力打壓使之自然消滅，所以各種手段齊出。
什麼道觀的道長水平不夠，不懂道家道義，什麼寺院的方丈水平也不夠，根本不懂佛經，完全不懂佛，各種理由滿天飛，反正看到廣有私產的非著名佛寺道觀，想方設法的就給取締掉。
至於被取締的寺廟道觀裡面的那些真和尚真道士，蕭如薰果斷強迫他們還俗，終身不得再次出家，更不允許宣揚佛教和道教。
爲了讓他們事生產開始交稅，蕭如薰不准他們回原籍，全部安置到正在分配土地的地方。
還給強迫每人安排一個當地的孤女寡婦或者日本擄掠來的女人，給地給房子給農具給種子，讓他們融入當地農會之中。
對於蕭如薰如此這般的手段，有朝臣上表稱道教佛教存在上千年，如此激烈的取締，恐怕會讓天下臣民惶恐不安。
蕭如薰下旨，將上表的這名官員狠狠怒斥一頓，罰俸半年，以儆效尤。
他下旨佈告朝廷，說他對道教和佛教非常不滿不是因爲對其本身不滿，而是因爲他們不事生產。
整天搞些玄乎的東西糊弄人心，不少寺院和道觀居然還敢大肆購買土地，擴充私產，和朝廷爭奪稅收！
這些土地還是不用交稅的，寺院的和尚所得到的一切民脂民膏也不用交稅，明目張膽和朝廷爭奪土地人口與稅收，簡直不知死活。
朝廷掌握大義在手，動不動宣佈這個道士這個和尚是騙子，是騙人道士，是花和尚，騙人血汗錢，給他拉到周圍村莊城市裡去遊行示威，發動百姓批鬥，然後直接取締該處的寺院，將土地等財產全部收歸國有。
朝廷也不跟他們玩虛的，直接來狠的，重拳出擊，打擊佛教道教。
消息傳開之後，一大批並沒有什麼虔誠之心只想着吃飽喝足混日子的懶漢被嚇得紛紛逃離，不少寺廟道觀直接荒廢了，被當地政府輕鬆接受，變成政府管轄之內的倉庫。
這樣的做法大大限制了道士與和尚的生存環境。
短短三四年間，蕭秦政府強迫十數萬名道士和尚還俗，收繳土地四十餘萬畝，極大的打擊了佛教道教的經濟基礎。
不僅如此，江南江北佛教道教興盛之地，官府還很針對性的殺了八九百名爲非作歹騙色騙錢的假和尚假道士，將他們行騙的事蹟廣泛傳播。
編成兒歌，教孩子們傳唱。
編成故事，教給說書先生去說。
甚至還給一些地方著名的戲曲班子下達行政命令，限期編排出假和尚假道士騙財騙色騙的人們家破人亡的戲曲，大規模傳唱下去。
學校教科書之中，添加入相關的假道士假和尚行騙的故事，教給蒙童，讓他們學習，並且回家告訴父母。
這樣的做法大大的打擊了佛教和道教在民間的聲望，產生了相當長遠的影響。
隆武三年第一次度牒發放，總共才發了三百多張僧牒和一百多張道牒。
與此同時，對於一些歷史悠久名聲較好還對國家對百姓有所貢獻的大寺廟大道觀，如少林寺和重陽宮等，蕭如薰則採取了相對溫和的做法。
沒有強行取締，沒有發動羣衆去摧毀，而是對他們提出了交稅的要求。
香火錢按照一定比例交稅，土地按照每人二十畝地留給寺廟道觀，多餘的收歸國有，而寺廟道觀的土地需要和尋常百姓一樣交稅。
朝廷戶部的宗教管理司派駐官員進駐寺廟和道觀，對香火錢和僧衆生產以及道學佛法的學習進行監督。
總而言之，朝廷要管理你，要限制你，要查你的賬，收你的稅。
不準反抗，老老實實接受管理，否則皇帝陛下有一萬種方式弄死你們。