在具體的治國方面，朱元璋以元末“朝廷闇弱，威福下移”，綱紀敗壞，官吏驕恣，從而致使元朝傾覆，順帝北遷作爲教訓，立國後採取了“治亂世用重典”的原則。朱元璋始終認爲“胡元以寬而失，朕收中國，非猛不可”。以此思想作爲指導，如在刑名制定方面，明朝對“事關典禮及風俗教化”一類非直接侵犯君主政權的犯罪量刑輕於唐律，但對“盜賊”及“帑項錢糧”之類直接危及專制統治的重大犯罪量刑則重罪加重，法外用刑，狂誅濫罰，制定了族誅、斷手、刖足、閹割爲奴、挑筋去膝蓋等一系列法外刑。
洪武十五年（1382年），出於監控官員的需要，朱元璋將管轄皇帝禁衛軍的親軍都尉府改爲錦衣衛，並授以偵察、緝捕、審判、處罰罪犯等權力。錦衣衛是一個正式的軍事特務機構，由皇帝直接掌控。它有自己的法庭和監獄，俗稱“詔獄”，詔獄裡採取剝皮、抽腸、刺心等種種酷刑。
朱元璋還讓錦衣衛在朝廷上執行廷杖，有很多大臣慘死杖下。朱元璋派出大量名爲“檢校”的特務人員，暗中監視。但是到了晚年朱元璋逐步廢除了錦衣衛及其特權，以及一些比較殘酷的刑法。
朱元璋出身貧苦，受貪官污吏的敲詐勒索，又鑑於元朝的政治混亂，故以猛治國。即位後在全國掀起了“反貪官”運動，矛頭直指中央到地方的各級貪官污吏。
首先，對貪污六十兩銀子以上的官員格殺勿論。從地方縣、府到中央六部和中書省，只要是貪污，不管涉及到誰，決不心慈手軟，一查到底。其次，明初的中書省下屬吏、戶、禮、兵、刑、工六部中，由於大量留用元朝的舊官吏，以及一些造反起家的功臣。他們有恃無恐貪贓枉法。朱元璋對這些官員進行懲處。第三，朱元璋利用殘酷刑法處置貪官，採取“剝皮揎草”、挑筋、斷指、斷手、削膝蓋等酷刑。這種舉措震懾了一批官員，使他們行爲大爲收斂。第四，朱元璋對自己培養的官員決不姑息遷就。
爲了培養和提拔新力量，朱元璋專門成立了培養人才的國子監，爲沒有入仕的年輕讀書人提供升遷機會。他對這些新科進士和監生厚愛有加，還經常教育他們要盡忠至公，不爲私利所動。第五，朱元璋制定整肅貪污的綱領《大誥》和《醒貪簡要錄》。
《大誥》一書是他親自審訊和判決的一些貪污案例成果的記錄，書中還闡述他對貪官態度、辦案方法和處置手段等內容。朱元璋下令全國廣泛宣傳這本書；他還叫人節選抄錄貼在路邊顯眼處和涼亭內，讓官員讀後自律，讓百姓學後對付貪官。 第六，允許民間百姓上訪。明朝允許百姓扭送不法官吏。如果官吏在徵收稅糧以及攤派差役作弊曲法，百姓可以向上級官吏舉報，也可以直接扭送。
不僅如此，對於應當接訪而沒有接訪處理的上級官員，亦要依法處決。此外，朱元璋在午門外特設“鳴冤鼓”，民間百姓若有冤情在地方討不回公道，可上京擊鼓直接告御狀。
朱元璋當政三十一年，先後發起6次大規模肅貪，殺掉貪官污吏15萬人。他“殺盡貪官”運動貫穿始終未減弱，但貪官現象始終未根除，晚年只能發出“朝治而暮犯，暮治而晨亦如之；屍未移而人爲繼踵，治癒重而犯愈多。”哀嘆。
在軍事上，朱元璋廢除了管理全國軍事的大都督府，將其分爲中、左、前、後、右五軍都督府，並和兵部互相牽制。兵部有權頒發命令，但是不直接統率軍隊，都督府掌管軍隊的管理和訓練，但是沒有調遣軍隊的權力。這樣，軍權便集於皇帝之手。
朱元璋還確立了衛所制度，這是他模仿北魏隋唐的府兵制、又吸收元朝軍制的某些內容而制定的
洪武年間，朱元璋置亦集乃舊城、鎮番衛、寧夏衛、者者口守禦千戶所、東勝衛、開平衛、大寧都司、安東衛、吉林船廠。明軍巡邏着“北去不拘幾千裡”的遼闊疆域。朱元璋效仿元朝“朔方鐵騎紛如蟻”、“西北廣莫無一城，控弦百萬長橫行”的盛況，欲利用漠南養出肥美的牛羊及戰馬。爲此朱元璋推動北部衛所遊牧化，漠南民衆除了糧產區不許放牧外，漠南荒閒平地及山場，“聽其牧放樵採”。諸王敢有說是“自己草場山場者，其論非輕”，並叮囑諸王要長遠的牧養，要求軍戶有自己的牧羣。
朱元璋通過宗室的婚嫁，聯姻文武勳貴，企圖以血緣和裙帶關係來達到屏藩帝室的目的，如周誼、翁吉剌、鄧愈、擴廓帖木兒；常遇春、常升、藍玉、曹震等；傅友德、謝成、馮勝、王弼等；徐達、阿哈出、把都帖木兒等；徐輝祖、李景隆、耿炳文、沐晟、郭英、吳高、吳傑、張傑、胡觀、李堅、梅殷等。即朱元璋所稱的“中外配合”
元朝時期，中原漢文化在一定程度上受到蒙古及其他民族的影響和衝擊。朱元璋建立明朝後，制定《大明集禮》，力圖恢復漢族禮儀文化，並採取一系列去蒙古化的措施。服飾方面“復衣冠如唐制”，並制定了具有明朝特色、等級嚴格的冠服制度；禮儀方面革除胡跪，恢復漢族傳統的稽首、頓首、空首的跪拜方式，並按等級實行五拜、四拜、再拜之禮；姓名方面嚴禁胡姓，甚至連漢族複姓都遭池魚之殃 ；語言方面杜絕胡語，欽定《洪武正韻》；婚姻方面禁止收繼婚。通過復興漢文化，朱元璋成功驅除了蒙元的陰影，並建構了新政權的合法性
朱元璋從元朝滅亡中看到，除了統治者本身的素質以外，整個社會失於教化也是一個原因。因此，登基後，就採取措施，興建學校，選拔學官，並堅持把教育工作作爲衡量地方官政績的重要指標。
洪武三年（1370年），朱元璋下令設科取士，士人蔘與科舉考試必須通過三場的考試，不過寫法或偶或散，無定規。 文科考試內容主要侷限於四書五經，考試文體通用八股文，虛內容而重形式，因而明代科舉制又稱八股取士。
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