張邦昌雖然被金人冊立爲帝，但他自己也沒敢真把自己當皇帝，而是奉立宋高宗，後來還被封爲太傅、同安郡王、奉節度使，但不久後還是被賜死。金軍劫掠東京後並無力駐守，而是儘快退去。金軍退後宋廷就下步戰略發生了激烈爭吵，宗澤等要求還都東京，有些人要求遷都避入江南，其中勢力最大的汪伯彥、黃善潛都非常急切地要求高宗避入江南。李綱來到南宋行廷後被任爲尚書右僕射，要求積極抗金，推薦張所爲河北招撫使，傅亮爲河東經制副使，宗澤爲東京留守，重新佈置河北防線。宋代尚武風氣濃烈，習武的民間組織非常多，在宋廷崩潰之際，淪陷區人民以這些武術社團爲基礎，集結了紅巾軍、五馬寨等很多義軍，自發抵抗金軍。現在宋廷正式招撫他們，也有少數不服招撫，自立爲王，後來有些人成爲比金軍更大的威脅。河北招撫使司都統制王彥帶7000軍在太行山區進行遊擊戰，也聚集了不少義軍。王彥這支部隊很多人在臉上刺八個字“赤心報國，誓殺金賊”，以表抗金決心，被稱爲“八字軍”。宗澤將這些義軍都聚集在東京周圍，統一指揮。建炎元年年底，金國以張邦昌被賜死爲由，分三路南下。
當時斡離不已卒，金太祖第五子完顏訛裡朵（漢名宗輔）接替右副元帥，率東路軍攻山東，粘罕率中路軍攻河南，婁室率西路軍與西夏配合攻陝西。宋軍現在的防禦力比靖康之難時更弱，宋高宗不再遲疑，逃到揚州。金東、中兩路軍進展都不順利，尤其是宗澤鎮守東京，連敗金軍。中山府從宣和七年就被圍，支撐三年才糧盡破城。西路軍運氣最好，婁室進攻長安時恰逢地震，金軍擁入，天章閣直學士、京兆府路經略使唐重等宋臣死節。唐重追贈爲資政殿學士，諡恭愍。但婁室繼續進軍時，熙河經略使劉惟輔率軍來戰，陣斬金軍先鋒哈番，西路軍士氣大潰，倉皇逃離，可見陝西軍的戰鬥力完全不在鼎盛時期的金軍之下。抵住金軍攻勢後，宗澤奏請高宗還都東京，全面反攻，但在危險的戰略局勢下，高宗始終沒能回到前線。宗澤一年上書24封都沒有獲批，不由得憂憤成疾。宗澤死前一天長嘆：“出師未捷身先死，長使英雄淚滿襟。”杜甫這首感嘆諸葛亮的名句也正是對宗澤命運的寫照。第二天，風雨如晦，宗澤行將不免，家人和屬下哭問後事，宗澤沒有談一句家事，只是連呼三聲“過河！”滿懷遺憾地溘然長逝，贈觀文殿學士、通議大夫，諡忠簡。
宗澤卒後北京留守、河北東路制置使杜充繼爲樞密直學士、東京留守，但他對自發抗金的義士態度很差，聚集在宗澤身邊的義士大多離去。金國又窮追高宗，仍分三路南下。婁室仍攻陝西，他先招降府州的折可求，承諾將關中之地都作爲折家的世襲領地，於是折可求降金，河東一帶只剩下孤城晉寧軍（今陝西佳縣）。折家軍8世爲大宋守邊167年，一直忠心耿耿，立下戰功無數，到此時終於走到了盡頭。婁室讓折可求到晉寧軍招降，知軍徐徽言登城大罵，引弓射折可求。可求心中有愧，掉頭離去。婁室率金軍與徐徽言大戰，陝西軍又屢敗金軍，陣斬婁室之子。但婁室愈發急攻，城內水源已盡，徐徽言估計支持不住了，下令燒燬守城器具，與太原路兵馬都監孫昂並肩站在城門中，格殺不少金兵，又準備自剄殉國，被部屬救下，大批金兵衝入將其俘獲。婁室出示金太宗制書，許諾只要徐徽言投降，可將陝西封爲他的世襲領地。但徐徽言絲毫不爲所動，痛罵婁室後慨然就義。宋高宗得到徐徽言死訊非常悲痛，認爲他的忠義堪比唐朝忠臣顏真卿、段秀實，追贈爲彰化軍節度使，諡忠壯，連粘罕也痛罵婁室不應泄私憤而殺義士。
粘罕、訛裡朵的主力在濮州（即濮陽）城下會合，將濮州城團團圍困。將官姚端突出奇兵，直襲金中軍，粘罕幾乎被擒，赤足逃走，異常狼狽。受辱的粘罕大怒，率軍急攻，33天攻破城池，姚端率死士突圍而去，粘罕將全城軍民盡行屠殺。金軍又攻澶州，顯謨閣學士、知開德府王棣本來率軍民固守，但金軍謊稱王棣已經投降，城內人居然信以爲真，將王棣亂拳打死，城遂破。事情弄清楚后王棣被追贈爲資政殿學士，但可見當時宋朝軍民已經到了一種非常焦躁慌亂的狀態了。金軍又攻相州，徽猷閣直學士趙不試知不可守，問衆人請降如何？衆人泣而不答，於是趙不試向金軍請降，條件是不屠殺。金軍同意後，趙不試舉家自盡，既保全一城人民性命，也保全了自己的節義。面對金軍的強大攻勢，宋朝軍民絕大多數都選擇了誓死以抗，但是也有不恥之人。知濟南府劉豫早就準備投降，城內軍民不許，劉豫竟將驍將關勝殺害，跑到金營投降。這位關勝就是《水滸全傳》中梁山第五把交椅天勇星關勝的原型，由於其忠勇，被演義成關公的後代。而劉豫這種罕見的忠金姿態得到金人的讚賞，後來被扶植爲帝，建立僞齊。
在河北、山東、山西快速丟失後，杜充沒有足夠的兵力在平原上抵禦女真鐵騎，於是決開黃河口禦敵，整個中原大地陷入水深火熱之中。建炎三年（金天會七年，1129年）一月，粘罕攻破徐州，派先鋒完顏拔離速、烏林荅泰欲、耶律馬五率5000輕騎奇襲揚州行廷，宋高宗得報時金騎離揚州已不足百里。此時騎兵的機動優勢又極大體現出來，宋軍主力都還在徐州前線，根本來不及回救行廷，宋廷歷史上最慌亂的一刻出現了：高宗帶近臣乘船渡江快速逃往鎮江，御舟剛駛出瓜州渡口，就看見耶律馬五的輕騎已經趕到渡口！這一段故事在許多野史中被演義成“泥馬渡康王”的故事，格外驚險。高宗又從鎮江逃往杭州，中途許多重臣死於混亂之中，還有一些下落不明。金軍佔領揚州後大肆屠殺平民，造成了慘烈的“維揚之禍”，大家都認定是黃善潛、汪伯彥的逃跑政策所致，宋廷將二人罷免。拔離速的奇襲部隊退出揚州後，宋廷暫時恢復了正常，與陝西軍重新取得聯繫，以龍圖閣待制王庶爲陝西節制使，準備集結陝西軍與金軍對抗。然而此時又生意外，先期高宗派鼎州團練使苗傅、威州刺史劉正彥護送孟太后到杭州，有一支相對沒有受損的精兵。
苗傅認爲自己很有功勞，但高宗封賞不夠，於是與劉正彥舉行兵變，殺死宦官康履、籤書樞密院事王淵。苗傅又說高宗不應即位，要求他禪位於3歲的皇子，孟太后攝政，改元明受，史稱“苗劉兵變”。按宋朝的制度設計，是不應該出現這種情況的，大家一時都不知所措。關鍵時刻，吏部侍郎張浚立即反應，找到資政殿學士、同籤書樞密院事呂頤浩，要求他簽發軍令，平定叛亂。呂頤浩本來正在遲疑，有了張浚的強烈要求，下定決心調兵平叛。很快，御營前軍統制張俊（俊，不是浚）、御營平寇左將軍韓世忠以及檢校太保、奉節度使、殿前司都指揮使劉光世幾員大將接檄前來平叛。韓世忠率軍猛攻杭州，苗傅奮力抵禦，張俊、劉光世相繼支援都未能攻克。韓世忠下令：“現在是以死報國的時刻！士卒凡不面插數矢的都是沒有力戰，皆斬！”於是士卒無不奮勇。但這時苗軍又拿出神臂弓防禦，韓軍確實衝不上去。韓世忠怒目大呼，親自拔刀突前，苗軍終於潰敗。苗劉二人帶兩千精兵倉皇逃竄，韓世忠急忙找到高宗，高宗見到韓世忠激動得握手慟哭。高宗又詔韓世忠爲武勝軍節度使、御營左軍都統制、江浙制置使，立即追擊苗劉。
韓世忠在漁梁驛（今福建浦城）追及苗劉，持戈挺身在前，苗軍士卒望見紛紛道：“這是韓將軍！”紛紛驚潰。後來韓世忠抓住苗劉，均伏法，宋高宗復位。高宗復位後封賞功臣，首功之臣張浚進封中大夫、知樞密院事，年僅33歲，成爲寇準以來最年輕的宰執。呂頤浩進封同平章事兼御營使，成爲首相。韓世忠進封檢校少保、武勝昭慶軍節度使、御營左軍都統制，高宗手書“忠勇”軍旗，封其妻梁氏爲護國夫人。武將兼領兩鎮節度、妻同受封，韓世忠都開了先例。張俊進封鎮西軍節度使、御營右軍都統制。
“苗劉兵變”是一場非常意外的突發事變，按照宋朝的時代特徵，本不應該發生這樣的事情，但處理得也很快速乾脆。當一個規範的中央集權國家建立起完善的組織結構後，或許有人能趁混亂的時局作一把亂，但很快就會被當做誤差處理掉。宋廷趁機進行了大規模改制，搭建了更適時的班子結構，尤其是重新設置御營司，成爲皇帝親掌禁軍的機構。高麗、越南等藩屬國也找到了新的朝廷，重新遣使來朝，宋廷終於挺過了靖康之難這場重大的公共危機，漸漸走回正軌。而金國也扶植主動投降的劉豫爲帝，國號大齊，代理統管華北平原，自身也進行了一些改革，以適應統治中原其他民族的需要。靖康之難這場突襲暫告一段落，戰鬥，現在才真正開始。