另外就是成立了參謀總部，負責制定戰役計劃，處理戰爭中所發生的問題，軍政總部下達的作戰指令交由參謀總部討論是否可行，並提出最後的方案，軍政總部與參謀總部互相合作互相制約，使兩方的權力都不會無限的膨脹。內政方面也一樣，馬超把司法監察權也剝離出來，由田豐任一任的檢察總長，這個部門底下的人都是由平頭百姓中選出，各行各業的都有，還有特務和間諜，負責治下所有官員的檢查。馬超把這個部門的權力放大，直接可以向馬超問罪，常設五方監察使，加上馬超這個主公和檢察總長田豐及政務院總理管寧一共八票，只要半數以上通過，就可以對任何人問罪。
但是馬超很無恥的給自己要了個特權，他總管軍政大事，但是隻負責制定總的路線，剩下的事情全都丟給底下的管寧、賈詡等人處理，另外作爲一方的最高領導人，馬超享有豁免權，在任內不受法律的追究，但是下臺之後可以追究責任，但是有一定的限度，絕對不能處死，這是最高長官的特權。另外就是馬超每年有五次特赦之權，對某些犯有重罪和死罪的人進行特別赦免，但是隻有五次機會，而且每個人一生之中只允許特赦一次，不允許有第二次，這也大大限制的馬超的權力。
全都改完了之後，田豐立刻就向馬超發難了，當然這都是馬超指使的，指責馬超濫用私權，想舉治下之兵公報私仇，讓馬超公開向百姓道歉，馬超還真就這麼做了，寫了個告示張貼四門，向百姓道歉，這麼一來，他心裡一動，又想到了一個好東西，那就是報紙，因此馬超把田疇找來，把自己的想法跟他一說，田疇當時兩眼一亮，說主公說的這個報紙太有用了，這就是政府的喉舌呀！他就準備去辦報紙，馬超跟他說了，這個東西是我想出來的，得有我三成的股份！
現在馬超的敗政收入也從政府裡分出來了，他也拿餉吃飯了，所以就厚着臉皮向田疇要股份，田疇拒理力爭，說最多隻能給二成，馬超說二成八，田疇說二成半，兩個人討價還價了半天，最後還是給了馬超兩成，其實馬超就是通過這個和田疇尋個開心，交流一下感情，他並不缺錢，甄宓負責馬超的財政，每年給馬超持掙回來海量的錢，馬超每年都從家裡掏錢往國事上補。
現在銀川衆人都有新官稱了，像什麼總理、總長、總官，聽着很舒服，因此衆人一致舉手表決，給馬超也起了個新稱呼，叫大總管！馬超一聽差一點兒趴下，心說我怎麼聽着怎麼像個太監！他忙說不能這麼叫，可以叫總督、總裁、總統都行，但是絕對不能叫總管，特別是加個大字！因此以後跟馬超叫什麼的都有，但是沒人跟他叫大總管，都知道馬超忌諱這個，可就不知道他爲什麼忌諱這個。
把這些事情全都安排完了，賈詡來找馬超來了，說主公，現在傭兵公會已經成了勢了，如果不能很好的利用，恐怕將來會出大亂子。馬超一聽倒吸了一口涼氣，他把這個茬給忘了，他說文和你提醒的好！從現在開始，所有的傭兵都劃歸你的軍政總部負責，你有監察權，當然這是秘密的，以後傭兵工會的負責人都換成是軍統的人，讓馬東四人併入軍政總部，成立一個特別機構，一方面負責傭兵的管理，一方面負責對軍隊的監察，賈詡聽了點了點頭，說主公此計大妙，這樣一來在軍事上一明一暗，有些事情就好辦多了。
找了個機會，馬超把馬東四人找了來，他們如今也都兒女成羣了，馬超安排了一場晚宴，把自己的家小和馬東他們的家小全都聚在一起，馬超和四人團團圍坐，看着底下亂跑的孩子馬超感慨頗多，說咱們哥幾個當初相依爲命，如今也都成家立業了，在這亂世之中，實屬不易呀！馬東四人聽了也是眼中含淚，這些年走過來太不容易了。
馬超對馬東說了，現在你們也併入軍政總部了，以後就更加見不得光了，甚至有的時候還要和政府對着幹，以後咱們兄弟像這樣見面的機會就更少了，下次再聚在一起暢談恐怕就得等到掃平全國了。馬北笑道：“主人，咱們不能明着見面但是咱們可以偷偷的見嘛！”哥幾個聽了哈哈大笑，馬超笑罵道：“TMD，小北你也三十好幾個，怎麼一點兒長勁都沒有啊，沒看到我正煽情呢嘛，都不知道配合一下！”馬東等人聽了又是一陣大笑。
馬東看了看四下沒有人注意，低聲說道：“主人，影子部隊該如何處理呢，咱們不能經常見面了我在掌控他們恐怕會誤事的。”馬超想了想說道：“你們四個還是暗中和他們聯繫着，把影子部隊的事情全都交給聶隱吧！”馬東奇道：“爲什麼不交給主母們呢，她們……”馬超擺了擺手，說道：“你們要明白，這個世界上最偉大的是母愛，但是最可怕的也是母愛！”馬東四人神色微微一變，他們知道馬超顧慮的是什麼了，馬南點了點頭，說主人放心，我們會處理好的。
又過了幾天，時間到了九月中旬，曹衝在銀川也待了有快兩個月了，馬超這才把曹衝叫了來。曹衝這兩個月在銀川過的很滋潤，雖然名爲軟禁，實際上只是不讓他在衆人面前露面，其它的都不限制，曹節三姐妹也經常來看他，只是不敢讓他進馬超家，怕馬休、馬鐵一怒把他煮了。夏侯琳也來看過他兩次，曹衝只跟她們談家長，對於求她們跟馬超通容的話隻字不提，手下人都不明白，問曹衝說公子您怎麼不拜脫幾位小姐幫咱們說些好話啊，曹衝微微一笑，說你們不懂。
後面馬超回來之後對治下的改革處理讓曹衝佩服之致，心說父親啊父親，有了馬超恐怕在有生之年，你想一統天下的宏願是實現不了了，恐怕最後統一天下的會是馬超啊！他手下人不明白這些，得知馬超被田豐等人指責，還公開向百姓道歉都覺着馬超這是窩裡反了，急忙把消息發回去給曹操，曹衝暗暗冷笑不置可否，他明白，現在自己就是太聰明瞭，得裝着糊塗一點兒。
等到馬超招見自己，曹衝帶着衆隨從到了將軍府外，馬超命人把他手底下的人全都攔住，只放了曹衝一個人進去，等到進了屋之後，曹衝一看只有馬超一個人，屋裡擺着一桌酒席，馬超坐在那裡衝他招手，他微微一笑，過來給馬超行了一禮，說見過將軍。馬超跟曹衝說道：“倉舒，不要多禮，一旁坐下。”曹衝應了聲是，坐在馬超的對面，把酒壺拿起來給馬超滿了一杯也給自己倒上。
把酒壺放下，端起酒杯來衝着馬超道了聲請，馬超也端起來兩個人一飲而盡，馬超把酒杯放下也給曹衝滿了一杯，兩個人推杯換盞先喝了一氣酒，等到一壺酒喝完了，老管家丁福出來把酒兌滿了，馬超向他微一點頭道謝，老管家退出去了，馬超這纔看着曹衝，平靜的說道：“倉舒來我銀川就暗中派人宣傳令尊兇惡如虎，使我銀川百姓畏戰，我想並不只是怕兩家挑起戰端來吧？”
曹衝笑了一下，說果然瞞不過將軍。馬超舉起酒杯來衝着曹衝一示意，一飲而盡，曹衝也陪了一杯，馬超把酒杯放下，一邊挾菜一邊問道：“那不知倉舒是要某把你貶的一錢不值還是大加讚揚啊？”曹衝苦笑着說道：“貶的一錢不值太過露骨了，差不多就可以了。”馬超點了點頭，又喝了一口酒，把筷子放下，嘆了口氣，說道：“十年！我需要有十年的時間，因此十年之後，你才能取令尊而代之，我不想給自己豎立一個強大的敵人。”
聽馬超說的這麼直接，曹衝幽幽嘆了口氣，說十年之後恐怕天下再無人能與將軍抗衡了，衝代父職豈不是隻能向將軍投降了嗎？馬超正色說道：“馬超所謀，與你不同，我之所謀，非一人一姓之天下，雖然百姓不會理解也不能理解，但是我也要這麼做，現在也用不着他們理解，等到他們能理解的時候，我大漢百姓的足跡必將踏遍整個世界！除漢之外，再無他國！”曹衝看着神彩飛揚的馬超，他覺着自己永遠不會是此人的對手，爭勝之心又淡了一分，問道：“將軍要如何行事？”