明國軍隊的突然大舉入侵，震驚的不僅是江戶的幕府，還有京都的朝廷。
只是，年輕的後水尾天皇在得知明國軍隊打出的旗號竟然有“尊皇攘夷”之後，心中對明國軍隊的敵視一下就去了許多，爾後破天荒的召見了朝廷關白二條忠實，向其詢問明國朝廷的真實意圖。
“陛下，從明國的告示上來看，明國的敵人是德川家，而非天皇！”
二條忠實是京都朝廷對幕府最有成見的重臣，現今擔任的也是日本名義上最有權勢的職位“關白”，而這個職位也是其家族藤原氏千年以來一直壟斷的位置。當然，除了那個沒有姓名的豐臣。
“就是說，明國人是尊重我這個天皇的？他們不是想滅亡日本，而是想滅亡德川家？”後水尾精神大振。
“是的，陛下！”
對幕府和德川家十分痛恨的二條忠實給了天皇明確而滿意的答覆，他告訴天皇陛下，明國人公告了整個日本，一旦消滅了德川幕府，日本的政權仍將由日本的有識之士擔負起來。
那麼，大政就是必然奉還的。
關白也是必然重新擁有實權，而不是淪爲幕府的傀儡。
這些，明國人的菊機關已經通過某種途徑向京都釋放了。
雖然，二條清楚明國人在這個時候向京都朝廷釋放善意並沒有安好心，而是希望朝廷能和幕府對抗，從而有利於明國人的軍事行動。
但是，二條依舊接受明國人的“善意”，畢竟，明國的軍隊是不可能真正征服日本的，在擊敗幕府之後，明國人必然會將大政奉還。
到時，擁有天皇的朝廷纔是真正可以接手幕府遺產的存在，那些動搖的、觀望的強藩們沒有資格成爲第二個德川家康，更沒有資格成爲第二個豐臣秀吉。
因此，於公於私，二條都堅定的希望和明國合作。
天皇，是這個合作最大的砝碼。
現在，年輕的天皇陛下已經展了他的態度。這個，是至關重要的。
在躊躇了一那麼一番後，後水尾壓低了聲，道：“那麼，是不是可以？”
“臣明白陛下的意思，臣馬上派人去辦。”
有了天皇的默認，二條就有更大的信心去說服那些重臣們起來反對德川秀忠。
“陛下，薩摩島津家已經上書朝廷公開表示願意響應肥前有馬氏。”爲了堅定天皇剷除秀忠之心，二條將剛剛接到的一個好消息告訴了天皇。
“島津家也起來了？”
後水尾又驚又喜，薩摩可是強藩啊，如果島津家能夠表態擁護大政奉還，京都就將成爲日本真正的京都。
“幕府倒行逆施，人人得而誅之！臣請陛下密詔各藩共討秀忠！”趁熱打鐵的二條竟然想出了密詔一事。
年輕的天皇陛下卻遲疑了，他沒有就密詔之事探討，而是道：“那個人太可惡，朕很不喜歡他。”
如此，在給唯一可以信任的重臣留了這麼一句話後，後水尾起身離開了密室。
天皇陛下對德川家族的憎惡是毫無保留的，因爲德川家給了天皇太多的屈辱。
當年，後水尾的父親後陽成天皇之所以讓位，正是出於德川家康的意思。如果說朝廷需要幕府的金錢援助，不得不屈從幕府威勢下，那麼，德川秀忠對天皇的私事指手劃腳就更可惡了。
後水尾深愛着自己的女官，並生下一子一女，這件事情本是天皇的後宮之事，卻引起了德川秀忠強烈的不滿，要逼迫天皇迎娶他那才十一歲的女兒和子，這簡直是欺人太甚！
朕是絕不會成爲德川家的女婿！
後水尾暗暗發誓，如果不是城外雲集的幕府軍隊，他甚至都不願每天跟例行公事一般派人慰問要與明國軍隊決戰的德川秀忠。
隱忍，還需隱忍。
京都眼下仍處於秀忠的嚴密監視的把控之中，年輕的天皇縱有萬般的想法，他的重臣們縱有萬般的膽量，也不敢在這個時候露出他們真實的想法。
與明國人的決戰寄託的不但但是幕府的希望，更是天皇的希望。
陛下多麼的希望大政能夠奉還啊！
陛下是多麼的希望全日本的有識之士能和明國的軍隊一起“尊皇攘夷”啊。
無論是歷史，還是明國人告示，都表明明國對日本絕對沒有領土野心，他們的此次討伐只是單純的要消滅萬惡的幕府政權。
..........
薩摩藩公開上書反對幕府，深深的刺激到了德川秀忠。
爲搶得戰爭的主動權，趕在明國軍隊援軍到達之前消滅奈良一帶的明國軍隊，德川秀忠下令京都附近的幕府軍隊向奈良挺近，他要以一場大勝來奠定幕府不可動搖的地位。
14日，八萬餘幕府常備軍打着紅、白、青、黃、黑五種顏色的旗幟向奈良挺進。
消息不斷傳回京都，演變成紅彤彤、黑壓壓一片大軍行動的場面，對京都的朝廷產生着心理上的巨大震懾力。
到底是明國軍隊取勝，還是幕府會取勝，成了京都所有人心中最大的問號。
奈良一線的皇軍也接到了日軍總進攻的消息，兵力上，日軍佔據了很大優勢，日軍配備了大量的鐵槍、鐵炮，並且有騎兵作戰，而皇軍在奈良城駐防的僅僅是近衛師團的第一步兵聯隊和部分輜重、工程兵，總兵力不到五千。
大本營傳來了最新命令，魏公公手書“近衛師團一定要取得奈良城保衛戰的勝利！”
與此同時，大明皇軍從各個方向向奈良運動，雙方都在不斷的增兵。
18日，從臺灣啓程經琉球到來的援軍臺灣警備師團第三步兵聯隊，臺灣義勇皇協軍第一聯隊、由福建和浙江招募的兵勇，合計12000餘到達津市，旋即向奈良方向增援。
由魏公公的姐夫王有喜率領組成的“有喜支隊”也在大阪成功登陸，爲了粉粹日軍的抵抗之心，王有喜旅團長下令對大阪進行洗劫，造成了至少兩萬餘大阪百姓的無辜死亡。
大阪方向的明國軍隊嚴重威脅到了日軍側翼，爲了爭取時間，德川秀忠於24日下令攻擊奈良城。
城中皇軍雖兵力處於弱勢，但依託奈良城牆頑強抵抗，並且擁有優良於日軍的火器，致使幕府軍隊一直無法完成重大突破。
經數日苦戰，幕府軍隊仍無法攻破奈良。
戰火中，千年歷史的唐招提寺等古建築被毀壞。