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本來就不是暴君天使獸X·天人形態的對手，又無法與彩羽尼奧合體，阿卡迪獸·超究極體是在絕望中被消滅的。正因爲如此，它爆發出了最殘忍的戰鬥力。爲了保護作爲移動載具的神馬獸，暴君天使獸X·天人形態最後硬接了阿卡迪獸一擊神炬陣（God
torch）。閃耀最後光芒的分解之光甚至擊破了暴君天使獸X·天人形態的奇蹟之希望鎧甲，令他受創不輕。
“陛下體內的狀況不太好，被神矩陣（God
torch）破壞的部分引起了時空之力的躁動，其與聖邪之力的平衡已經被打破。”爲暴君天使獸X·天人形態檢查後，黛西皺眉道。
“也就是說網絡進化已經維持不下去了嗎？”暴君天使獸X·天人形態自語道。身爲一個掌握高級程序語言的研究者，他對自身的情況同樣瞭如指掌。網絡進化，將人類與數碼獸合體，進行矩陣級提升，本就不是能夠持久的進化方式。能夠堅持到現在，已經是陸峰和武之內素娜不斷協調努力的結果了。
“但是接觸進化之後，隨着力量的衰落，陛下的情況會更加糟糕，最壞的結果，甚至會出現數碼獸版的‘植物人’……”黛西噼裡啪啦操作着電腦，最後給出結論。
“真是個壞消息~”暴君天使獸X·天人形態自嘲道。忽然一道視線被他察覺！
不，不是視線，而是一種被鎖定的危險直覺！
擡頭仰望，暴君天使獸X·天人形態的目光似乎看破了天空……
日本大阪都，網絡管理局。山木滿雄興奮地點燃打火機，作爲與數碼VT公司合作的條件，他得到了啓動人類防禦計劃的權利。現在，正是這個歷史性的時刻！
“希潑諾絲就位，網絡大炮正在充能！”小野寺惠清麗的聲音傳來。
“人類防禦計劃第二階段預計將於三十分鐘後展開。”鳳麗花接着道。
二十分鐘，充能40%……
十分鐘，充能75%……
五分鐘，充能96%……
“時間到了~！”山木滿雄站起身來，“人類防禦計劃第二階段，啓動！”
“網路大炮充能完畢~！”小野寺惠重重按下發射鈕，“發射！！”
數字空間，網絡世界，十三根隱伏的紫色巨柱緩緩升起，將虛擬的網絡世界以平面的形態擡升起來，形成包裹地球的天上之天！
紫色巨柱還在上升，當網絡世界與數碼世界的頻率一致之時，紫色巨炮彷彿刺破了什麼東西，以光的速度，急速向上離去。
而對數碼世界而言，便是一道亮度極高的百米巨柱急速墜落，轟然落地，以無可匹敵的氣勢橫掃一切！
因爲網路大炮對數據資料的強大破壞能力，被紫色光柱掃過的區域寸草不生，被徹底洗成白地，只有飛揚的塵土在訴說網路大炮的暴虐……
一道網路大炮筆直地向着暴君國度而來，在紫色光柱穿透獨立空間外膜的瞬間，暴君天使獸X·天人形態周身浮現十二顆紫色數碼核，這些數碼核爆發出璀璨的力量，護住暴君國度。
“人類世界，一定發生了什麼事情……”黛西擔憂道。
“虛擬層的天空被擊碎了~！”暴君天使獸X·天人形態看到，數碼世界六層天的表層，虛擬層（VirtualLayer）的天空幾乎被完全破滅，透過藍色天幕，能很清晰地看到一顆巨大的籠罩着無數數據代碼的星球掛在高天——地球！
地球之外，有十三根紫色光柱射出，在數碼世界來回掃蕩！“人類……這是要滅絕數碼獸嗎！？”
弄明白了人類防禦計劃第二階段可能造成的後果，就連黑崎美樹也有些按捺不住：“連我都想狠狠揍一頓人類了~！”
美國，數碼VT公司。
托馬憤怒地給了彩羽尼奧一拳：“你這樣做會殺死多少數碼獸，你知道嗎？”
“我不知道，這也不是我做的~”彩羽尼奧揉着臉上的拳印針鋒相對：“這是山木滿雄做的，是日本的政府行爲，與我何干？”
“你以爲我會信嗎？”托馬臉色冷然，“你報復不了暴君天使獸X，所以就要報復整個數碼世界是嗎！”
“隨你怎麼想~”彩羽尼奧轉身推開門：“我不在乎！”
可惡~！托馬一拳砸在桌子上。
“托馬……”伽奧伽獸閃身出現在托馬身後。
“伽奧伽獸，我們離開吧……”
托馬與彩羽尼奧的合作是建立在讓人類的生活與生存變得更加美好的基礎之上，是爲了讓人類與數碼獸在未來能夠和諧相處。所以他接受了數碼獸雜合技術，開發數碼獸培育機，舉辦陽極馴獸師大賽，制訂人類防禦計劃……
但現在，事情開始偏離他的初衷，彩羽尼奧也變得偏激獨斷。會造成這種誤解，完全是因爲托馬並不知道彩羽尼奧最大的秘密——穿越平行空間！因爲無法登上最巔峰而產生毀滅一切的報復心理，這是一個被打落塵埃的天之驕子的歇斯底里！
托馬和伽奧伽獸離開了，失去阿卡迪獸的彩羽尼奧不承認自己的失敗，最後的自尊讓他沒有對托馬出手。公司裡，藤本秀人看着托馬離開，心中彷徨不定，他感覺這間公司越來越不能給他以溫暖的感覺了。
“麗，我該怎麼辦？”藤本秀人喃喃自語，他覺得自己或許應該去歐洲尋找彩羽麗。
人類防禦計劃第二階段，其實質是在地球外圍的數字空間構造名爲“網絡世界”的防禦圈。深入數碼世界的十三臺網路大炮不間斷地對數碼世界進行掃蕩。其戰略意義在於：進攻就是最好的防禦！
解除網絡進化的暴君天使獸X·混沌形態失去了幾乎所有的活動能力，這種情況下，保留數碼獸形態只剩下威懾作用。
網路大炮擊穿虛擬層天空帶來了一個彩羽尼奧意想不到的問題——極少數數碼獸會通過網絡大炮被捲入網絡世界，繼而獲得進入人類世界的機會！爲了修復網絡大炮給數碼世界造成的創傷，奈奈美強迫美樹原諾倫與黑日女神進行組合，成爲暴君國度的主機級人工智能。這樣她就有能力對虛擬層的天空進行修復。用伊芙限制美樹原諾倫，也能防止她獲得力量後背叛暴君國度。
即便如此，單純的天空仍然防不住網絡大炮，紫色光柱依然在數碼世界的大地上橫行，但其威力已經削弱到了極點。起碼，被外圍掃中不再會有致命的危險。究竟是網路大炮的威力更強，還是天空的防禦力更高，就是雙方不斷升級的過程。
最終在多爾芬與卡羅等一批科學家的研究下，在頑固獸的指導下，他們找到了一種將陸峰的精神從暴君天使獸X·混沌形態中剝離出來的方法。這就像當初瀕臨死亡的木村輝一一樣，是純粹的精神化身，但其進步之處在於，這個精神化身即使進入人類世界，也能借助物質離子化形成特異蛋白來構建身體。也就是所陸峰進入人類世界後所使用的身體本質上與數碼獸所只用的身體是一樣，是人形數碼獸，而非完全的人類。
之所以要這麼做，是因爲陸峰判斷數碼寶貝第三部的劇情很可能要開始了——掛在天上的那個綠色球體和紫色光柱實在是太顯眼了！陸峰不能確定第三部的故事被扭曲到了什麼程度，但大致上肯定是符合動畫劇情的。他不願借其他人之手去關注松田啓人的成長，穿越的事情更是秘密中的秘密。更何況，陸峰記得很清楚，之後的網絡管理局會有一個“殲滅計劃”，其與這次的網路大炮會有什麼關係也很難說——山木滿雄所獲得技術與對數碼獸的瞭解遠遠超過動畫中，區區朱雀獸能否阻止他真的很難說……
平野小學，是大阪教育大學的附屬小學，松田啓人就在這裡就讀五年級。因爲東京變成第三東京市，原先的澱橋小學自然不存在了。不過班主任淺沼奈美仍然是松田啓人的老師，原來的校長黑澤清二成了平野小學的副校長。鹽田博和、北川健太、加藤樹莉也都一一就位，這就是所謂的劇情慣性吧。
對了，還有李建良和牧野留姬。因爲牧野留美子的名氣，找到牧野留姬的住址很簡單。倒是李鎮宇一家遲遲沒有消息，讓陸峰糾結了好一會兒。
咚咚咚咚~~~·
放學的鐘聲響起。
陸峰和武之內素娜找到松田啓人的時候，基爾獸已經孵化出來。松田啓人在中心公園裡找了一個僻靜的橋洞作爲基爾獸的棲身之所。自從有了基爾獸，松田啓人放學後都是最快一個出學校，再也不和鹽田博和他們玩數碼寶貝卡牌了。
話說這種數碼寶貝鬥牌遊戲還是陸峰參與設計的。初中的時候，一個高富不帥的同學曾話費一個小時來教陸峰玩數碼寶貝卡牌，可惜他實在是朽木不可雕，寧願去玩遊戲王，不過基本規則還是記得的。