此時，離雷雲山脈不遠的某片荒原上，加門健太郎離開了比高獸的村子。
這時一個綠色的傢伙從草原裡冒了出來，被眼尖的加門健太郎看到。
“奧加獸！？”加門健太郎先是一愣，隨即狂喜：“你沒事！太好了~！！”
一人一獸衝向對方，抱在一起（大霧），高興得轉起圈來。
加門健太郎和妹妹萌醬都是第一批進入數碼世界的人類小孩，因爲小時候曾遇到火災，雖然被小狗救出，卻傷到了手肘，因此不喜歡小動物，性格變得非常內向。幾個月來一直生活在星月之城裡，不像妹妹萌醬早早加入執法隊。後來兩個數碼世界維度合併，他在中華街遇到奧加獸，兩人結下友誼。隨後在萌醬的幫助下加入夜之鴉。
這次隨夜之鴉小隊出戰與削除部隊戰鬥本來危險性應該不大的，卻因爲奧加獸桀驁的性格而在戰鬥中與隊伍走散。隨後這兩個路癡一頭撞進了削除部隊的大部隊裡。並且遇到強敵——黑騎士Knight和他的搭檔啄木鳥獸！
黑騎士Knight能使啄木鳥獸超進化爲八咫烏獸，並且它的胸口有着“鳥型”的數碼記憶體！
奧加獸完全不是其對手，被打傷重傷。就在這時候，身爲最古主角的加門健太郎終於爆發了主角氣運，強大的心靈力量使奧加獸進化爲蛋蛋獸。
原本這是一件好事，但發展過程卻完全超出了加門健太郎的控制。蛋蛋獸與八咫烏獸戰鬥到關鍵時刻，身上突然出現了封印——泰坦獸破封而出，從噩夢中醒來！
強大的泰坦獸摧毀了一切，削除部隊瞬間全滅，被無窮無盡的骷髏大軍淹沒。若不是八咫烏獸屬於特異體，又是飛行品種，恐怕黑騎士Knight在劇情還沒開始的時候就要折戟沉沙。
由怨恨中誕生的泰坦獸殺性極重，幸虧喚醒它的是加門健太郎的正義之心，泰坦獸保留了一些奧加獸的意識。但很快，朱庇特獸就察覺到了宿敵的氣息，於天空中降下。這激起了泰坦獸的憤怒，它無法忘記當年的仇怨。就此與朱庇特獸發生激戰。
打打停停，就進入了雷雲山脈，依靠山脈，兩人僵持在這裡。而加門健太郎追着泰坦獸一路前行，中途也受了傷，只能與奧加獸商定在比高獸的村子分手，他住在這裡養傷，直到奧加獸擺脫朱庇特獸。也許是因爲泰坦獸的威脅太大，這期間居然沒有削除部隊到附近來找麻煩，讓加門健太郎不禁鬆了口氣。
這段時間，加門健太郎和奧加獸一直雷雲山脈附近與朱庇特獸周旋。加門健太郎想要一勞永逸地擺脫朱庇特獸，卻找不到一點辦法。奧加獸於是說它見到了暴君天使獸X，這樣才能順利逃回來，讓加門健太郎陷入深思。
“現在奧林匹斯十二神應該都在找你吧。”加門健太郎思考道，“這樣我們還是非常危險！”
奧加獸搖頭不屑道：“奧林匹斯十二神都是一羣高傲地傢伙，朱庇特獸尤其如此，它纔不會傳訊給其他人呢！”
“但不管怎麼說，我們還是很危險。你維持究極體的時間太短，否則我們也不需要在這裡耽誤這麼長時間。”
“我們不能去找暴君陛下嗎？他一定會保護我們的吧！”奧加獸建議。
加門健太郎點點頭：“你有注意暴君陛下他們往哪裡去了嗎？”
奧加獸搖頭。
“……”加門健太郎只好轉而道：“那我們先往暴君國度走，距離這裡最近的應該是冰凍荒原。”
沒花多長時間，獅鷲獸就飛出了雷雲山脈，但泰坦獸的蹤跡卻一點也沒找到。漫無目的地飛了一圈後，只能放棄這種毫無效率地尋找。
“現在怎麼辦？”藤枝淑乃三女從獅鷲獸身上下來休息。
可惜數碼世界不是魔法世界，沒有尋路術這種技能。陸峰也沒什麼好辦法，只好決定去尋訪墨丘利獸等其他奧林匹斯十二神。
視線回到地球，在某個陰暗的角落裡，月光從天窗傾瀉下來，讓黑暗的閣樓裡有了些許陰冷的光輝。大羣的蝙蝠尖叫着呼嘯而至，被一隻修長的利爪拍散、
“你就是這麼歡迎老朋友的嗎？”許久未曾現身的新種惡魔獸帶着嗜血的笑容說道。
倒掉在鐵桿上的一排蝙蝠中忽然有一隻蝙蝠睜開了眼，放出血紅血紅的光。“朋友？你是在羞辱我嗎？你以爲你已經可以無所畏懼的站在我面前了嗎？”
對方冷漠的話語無法讓新種惡魔獸產生絲毫動搖。“噢~不用那麼生氣，貝利亞吸血魔獸！我只是充當一個傳話人罷了，你需要積蓄力量，不是嗎？損耗在我身上可不值得！”
“是什麼給了你底氣？”貝利亞吸血魔獸藉着這隻小蝙蝠的身體問道。
“阿戈斯獸！”新種惡魔獸優雅道，“它是一個很特別的傢伙，我覺得你和它合作之後可以非常有效的控制所有人類！獲得……無與倫比的力量！”
“哦？！”貝利亞吸血魔獸在思考權衡，“詳細說說~”
……
第二天，陽光照常遍灑大地。也就是在這一天，一個叫做龍野劍的少年第一次接觸了數碼獸對戰終端。他被好友透拉到街邊的遊藝廳裡參加網絡對戰，恰好被華原翔看到。
他們本是小時候的朋友，但此時的華原翔正因爲第一次任務即被加門健太郎擊敗而生着悶氣，於是誤以爲龍野劍是在用網絡對戰來泡女生，急需發泄的華原翔於是冷笑着走入了另一家遊藝廳……
在網絡遊戲的世界裡，龍野劍帶着他培育的暴龍獸在長着兔子耳朵實際上卻是個顯示屏的嚮導獸帶領下進入魔神城逛了起來，隨後遇到了一同進入遊戲的北島亞美，也發現了北島亞美的搭檔比滋獸胸前的Mu端子。
北島亞美認爲這可能是新手標誌之類的東西。這時旁邊出現了一個神秘人告訴他們，這個Mu端子表示這隻比滋獸是“變異種”、“特異體”。被嚇一跳的龍野劍以爲這是遊戲安排好的增強氣氛的環節就沒有在意。然後進入對戰擂臺。
所有的對戰擂臺都漂浮在空中，有上有下，相距數千米的距離。擂臺由一個圓盤形的戰鬥場地和兩塊觀衆席構成。龍野劍是一個學校足球隊的主力，也是一名非常優秀的馴獸師，暴龍獸在他的指揮下連連取得勝利。但就在此時，傳說中的黑客馴獸師出現了！網絡BBS上盛傳的黑客馴獸師黑騎士Knight，突然闖入競技場進行無視規則的對戰，敗者的數碼獸將變成數據垃圾！
來者正是華原翔，他的啄木鳥獸亦具有Mu端子，暴龍獸完全不是強大的變異種的對手，被打得奄奄一息。若不是龍野劍絞盡腦汁想出了各種戰術，恐怕連稍稍抵擋都辦不到。儘管如此，在啄木鳥獸那帶出殘像的高速千重喙（ThousandBeak）面前，暴龍獸也毫無反抗之力。最終被啄木鳥獸的螺旋爪（SpiralClaw）貫穿……
披着斗篷的神秘人眼見如此，終於認可了龍野劍的潛力，於關鍵時刻拋來一枚六邊形的標記——Mu端子，龍族數碼記憶體！
數碼記憶體的力量救下了暴龍獸的命，卻也暴露了神秘人的身份。它正是從光之城逃出來的妖精獸！一直被削除部隊追捕，爲了重建光之城，也爲了對抗覬覦數碼記憶體的魔王巴爾巴獸，它進入網絡遊戲的世界尋找新的被選召的孩子！
“是你！？妖精獸！”一身金色鎧甲遮住面容的黑騎士Knight驚呼，隨即命令啄木鳥獸發動攻擊——苦無雨！
這些苦無不僅有攻擊的作用，更能將華原翔編寫的病毒程序佈置在擂臺各處，一經發動，便能將整個擂臺分解成數據垃圾！
妖精獸無意與Knight僵持，它發動強制傳送Transfer將龍野劍和北島亞美帶入了數碼世界。
兩人的失蹤讓透嚇壞了，警察經過調查後，這件案子很快被轉到了網絡管理局山木滿雄手中。
“可惡~！這些數碼獸又在活動了嗎？”山木滿雄皺眉，心下陣陣憤然，“我的希波絲系統已經成熟，可是面對這些能夠在網絡世界自由來去的傢伙還是不行，必須建立強有力的防禦體系……”
在山木滿雄的苦思冥想下，他還真的找到了辦法，一年後，他聯合歐洲DATS與美國51區，將網絡世界的根基——13臺根服務器，改造成了強大的
這13臺根服務器中1臺爲主根服務器，12輔根服務器。其中9臺在美國，2臺在歐洲，1臺在日本。它們控制着全球互聯網域名體系和IP地址的管理，因此可對網絡世界進行全覆蓋式的防護，甚至網絡管理局以此爲跳板可對數碼世界進行一定程度的攻擊。
然而煩心的事情並沒有結束，山木滿雄很快又收到消息，那些受到嚴密監視的被選召的孩子又消失了！
呃～我爲什麼要說“又”呢？