在洞口因爲自愈能力消失的瞬間，何平通過了洞口，來到了第三層，進來的瞬間，何平依舊是按照慣例很快進入了警戒狀態，但這一次似乎沒有什麼必要，第三層很安靜，甚至連何平在第二層感知到的威脅感都沒有，也就是說，這裡真的沒有什麼危險，至少是暫時沒有什麼危險，而那個巨大生物，看樣子應該就只是第二層，這裡並不是它的管理範圍。
在黑暗視覺的幫助下，何平很輕鬆的就看到了周圍的狀態，這裡相比起第二層來，要更加有實驗室的樣子，和第一層非常的相似，只不過這裡並不是像第一層那樣分成了多個區域，而是非常完整的一個超大型實驗室，甚至第二層的大廳也比不上這裡，第二層至少還分成了三片區域，而這個第三層，則是第二層三個大廳的總和！
面積非常大，這只是一方面，另一方面，這裡的實驗設備非常的多非常的雜，既有在第一層第二層見過的比較高端的實驗設備，也有在樓上見到過的比較基礎的設備，當然，還有很多何平沒有在其他地方看到的新設備，整體上來看，新設備比較集中在整個超大型實驗室的中間區域，而其他何平已經見過的設備則大多數都在周圍。
這裡什麼都沒有嗎？似乎沒有什麼活物，也沒有之前見過的活體兵器，沒有能源的供給，似乎完全處於沉寂的狀態，難道說何平之前推斷的那個控制活體兵器的操縱者就在第三層，整個神樹集團的秘密以及生化危機和這個世界的秘密也都在第三層的事情都是錯誤的？何平貼在地面上感受了一下，發現第三層就是最下層了，除非第三層的地板厚到連何平的感知力也無法穿透。
第三層就是最下層，但現在看來似乎並沒有找到什麼東西，這讓何平有點疑惑，不過他此時所在的地方只是一個角落而已，其他地方的狀況他雖然能夠看得到，但不靠近一點的話。他的感知力就沒有多少效果了，於是何平並沒有降低自己的警戒等級，開始朝着實驗室的中間區域靠近。
沒走幾步，何平就發現了有點問題。之前在倖存者的營地當中，在掠奪者的營地當中，以及在城市當中，還有神樹集團的樓上和地下一層、二層當中，何平都發現。所有的需要通電或是連接的設備，所使用的都是普通的線纜，看來這個世界在受到魔神影響之前，應該也和主世界一樣，是一個多方面發展的世界，還沒有確定一個明確的發展方向，普通的線纜隨處可見，應該也是這個世界常用的方式。
但是，在逐漸接近中間區域，也就是有着不少何平之前沒有見過的設備的這片區域時。何平覺得有點不對勁，隨着繼續深入，何平終於發現，他之前就感受到的不對勁，來源於這些設備之間的連線，他發現，這些線纜和之前他所見過的有很大不同，之前見過的線纜，雖然和主世界的有點差異，但本質上是一樣的。可此時的線纜，卻從外表上就很不相同。
這些線纜看上去……竟然有點像剛纔在第二層的時候，見過的巨大生物的那些觸鬚，這讓何平很是好奇。他緩緩地伸出手，摸了摸那些奇怪的線纜，軟軟的，確實就像是在摸什麼生物體一樣，沒有普通線纜外皮特有的那種硬質感，何平又看了看四周。發現這裡既有普通的線纜，也有這樣的生物線纜，越是靠近中間區域，生物線纜的比例就越高，普通線纜的比例就越低。
何平沒有貿然去動彈那些生物線纜，而是看了看線纜的走向，他看到，所有的生物線纜雖然所連接的設備各有不同，但最終通往的方向卻都是一樣的，似乎這些生物線纜最終都會抵達這個超大型實驗室的最中間，那裡有什麼東西，通過這些生物線纜，和所有的設備連接在了一起。
所有的線索都指向了第三層的中間區域，何平不再耽誤，周圍都是些看不懂的實驗設備，雖說或許有點資料，但顯然，第三層最核心的應該就是位於實驗室中間區域的“某個東西”了，因此對於好奇心過於旺盛的何平來說，目前首要的目標，就是要先搞清楚在那裡究竟有什麼東西，竟然能夠同時連接這麼多的設備。
在黑暗視覺的幫助下，何平很快便看到了第三層最中間的“某個東西”，其實，最主要的原因還在於那裡的東西實在是太過顯眼，只要在這裡有一定視覺的人，無論如何都能夠看到那個東西，並且被那個東西所吸引，當然，何平此時看到的，只是那個東西最上面的一部分而已，並未看到全貌。
但即便是隻有一部分，也足以讓何平感到震撼了，只見那裡豎立着一個巨型的透明培養罐，高度足有五層樓，直徑也有十多米，而在罐體裡面，則是一個難以形容的生物體，因爲這個生物體完全看不出外形究竟是什麼樣子，看上去，似乎就是一大堆的血肉而已，但仔細看的話，卻又能夠看出一些臟器或是血管神經之類，總而言之，除了形容其爲龐大的一團生物之外，何平暫時想象不出其他的形容方式。
繼續前進，何平終於看到了全貌，在那個裝着龐大生物的罐體下面，是一個更大的基座，基座上，有着無數的接口和屏幕，還有着無數的輸入設備，而那無數的接口當中，大部分都已經插着之前見到的那種生物線纜，還有一些是空着的，看着眼前的這個包括龐大謎之生物在內的整個巨大之物，何平一時間無法做出任何的反應。
這究竟是什麼？何平目光都有點呆滯的將這個巨大之物看了一遍，這是什麼東西，當然不是他的生物水平能夠理解的，不過，巨大的培養罐，再加上下面的基座，以及基座的外形和狀態，還有那無數的接口和生物線纜，以及與之相連接的衆多實驗設備，一個猜測逐漸在何平的腦海裡成型。(。)