李世民功高蓋主，麾下長孫無忌、尉遲恭、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗(一說爲長孫無忌、尉遲恭、房玄齡、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知節、秦瓊、段志玄、屈突通、張士貴)等文臣武將如雲。
太子李建成開始猜忌提防李世民。
皇帝之下，太子第一，可以採取削職等各種措施封殺李世民。
秦王府幕僚屬官人人憂慮，個個恐懼，不知所措。
房玄齡和長孫無忌商量說:"現在仇怨已經造成，一旦禍患暗發，豈只是秦王府不可收拾，實際上社稷的存亡都成問題。不如勸說秦王採取與周公平定管叔、蔡叔相似的行動，以便安定皇室與國家。存亡樞機，形勢危急，就是現在了!"
長孫無忌說:"我有這一想法已經有很長時間了，只是不敢說出口。現在你說的這一席話，正好符合我的心願。請讓我代您稟告秦王。"
於是，長孫無忌進入內室告訴了李世民。
李世民把房玄齡召來商議此事，房玄齡說:"大王功蓋天地，應當繼承皇帝的大業。現在大王擔心危機發生，正是上天在幫助大王啊。希望大王不要疑惑不定了。"
於是，房玄齡與杜如晦共同勸說李世民誅殺李建成、李元吉。
與此同時，李建成、李元吉見秦王府將領驍勇善戰，採取利誘手段，暗中將一車金銀器物贈送給左二副護軍尉遲恭。
李建成親自寫了一封書信招引尉遲恭說:"希望得到您的屈駕眷顧，以便加深我們之間的布衣之交。"
尉遲恭立即把這件事稟報給了李世民。
李世民說:"明公對我的忠心就像山嶽那樣堅實牢靠，即使他贈送給您的金子堆積到了北斗星，我知道明公的忠心還是不會動搖的。他贈給您什麼，您就接受什麼，這又有什麼值得猜疑的呢!況且，這樣做能夠了解他的陰謀，難道不是一個上好的計策嗎!否則，禍事就將降臨到您頭上了。"
尉遲恭說:"我是編蓬爲戶、破甕作窗人家的小民，遇到隋朝末年戰亂不息、百姓流亡的時局，長期淪落在抗拒朝廷的境地裡，罪大惡極，死有餘辜。秦王賜給我再生的恩典，如今我又在秦王府註冊爲官，只應當以死報答秦王。我沒有爲太子殿下立過功，不敢憑空接受太子殿下如此豐厚的賞賜。倘若我私自與太子殿下交往，就是對秦王懷有二心，就是見利忘義的小人，殿下要這種人又有什麼用呢!"
李建成大怒，便與他斷絕了往來。
不久，李元吉指使勇士在夜間刺殺尉遲恭。
尉遲恭得知這一消息以後，將層層門戶敞開，同時設置防禦法陣，內緊外鬆。
自己安然躺着不動，刺客屢次來到他的院子，終究沒敢進屋。
於是，李元吉向高祖誣陷尉遲恭，把他關進奉詔命特設的監獄裡審問處治，準備將他殺掉，由於李世民再三請求保全他的生命，這才得以倖免。
李元吉又誣陷左一馬軍總管程知節，高祖將他外放爲康州刺史。
程知節對李世民說:"大王的輔佐之臣快走光了，大王自身又怎麼能夠長久呢!我誓死不離開京城，希望大王及早將定下計策。"李元吉又用金銀絲帛引誘右二護軍段志玄，段志玄不肯從命。李建成對李元吉說:"在秦王府有智謀才略的人物中，值得畏懼的只有房玄齡和杜如晦。"李建成與李元吉又向高祖誣陷他們二人，使他們遭到斥逐。
李世民的心腹只剩下長孫無忌還留在秦王府中，他與他的舅舅雍州治中高士廉、右候車騎將軍三水人侯君集以及尉遲恭等人，日以繼夜地勸說世民誅殺李建成和李元吉，李世民猶豫不決。此外李世民可能還曾向靈州大都督李靖、行軍總管李績問計。
軒轅經天演算天機，夢裡指點李世民。
軒轅經天說“六月初一丁巳日(626年6月29日)，太白金星將出現於天空正南方的午位， 這是"變天"的象徵，你可以便宜從事，成就大業”李世民認爲神仙託夢，肯定會成功。
於是，李世民收買在太子的東宮中擔任率更丞職位的王晊，成爲李世民在東宮的眼線。王晊悄悄告訴李世民:"太子對齊王說:'現在，你已經得到秦王驍勇的將領和精銳的士兵，擁有兵馬數萬之多了。我與秦王在昆明池爲你餞行，讓勇士在帳幕裡將秦王殺死，上奏父皇時就說他暴病身亡，父皇應該不會不相信。我自當讓人進言，逼父皇將國家大事交給我處理。尉遲恭等人已經落到了你的手中，應該將他們悉數坑殺，誰敢不服!'"
李世民將神仙託夢和王姓官員的話告訴了長孫無忌等人，長孫無忌等人勸李世民先發制人。
李世民嘆息道:"骨肉相殘，是古往今來的大罪惡。我當然知道禍事即將來臨，但我打算在禍事發生以後，再舉義討伐他們，這不也是可以的嗎!"
尉遲恭說:"既然有神仙託夢，說明大王是上天所授。禍事馬上就要發生，大王卻仍舊神態自若，毫不擔憂。即使大王把自己看輕，又怎麼對得起宗廟社稷呢!如果大王不肯採用我的主張，我就準備逃身荒野草澤，不能留在大王身邊，拱手任人宰割!"
長孫無忌說:"如果大王不肯聽從尉遲恭的主張，事情肯定要失敗了。尉遲恭等人肯定不會再追隨大王，我也應當跟着他們離開大王，不能夠再事奉大王了!"
李世民說:"神仙之夢，當不得真。"
尉遲恭說:"如今大王處理事情猶豫不定，這是不明智的;面臨危難，不能決斷，這是不果敢的。況且，大王平時畜養的八百多名大成真人，現在都已經進入宮中，他們穿好盔甲，手握兵器，起事的形勢已經形成，大王怎麼能夠制止得住呢!"
李世民徵求秦王府幕僚們的意見，大家都說:"齊王兇惡乖張，是終究不願意事奉自己的兄長的。近來聽說護軍薛實曾經對齊王說:'大王的名字，合起來可以成爲一個唐字，大王終究是要主宰大唐社稷。'齊王歡喜地說:'只要能夠除去秦王，奪取東宮太子之位就易如反掌了。'他與太子謀劃作亂還沒有成功，就已經有了奪取太子之位的心思。作亂的心思沒有滿足，又有什麼事情做不出來呢!假使這兩個人如願以償了，恐怕天下就不再歸大唐所有。以大王的賢能，捉拿這兩個人就如拾取地上的草芥一般容易，怎麼能夠爲了信守匹夫的節操，而忘了國家社稷的大事呢!"
李世民仍然沒有決斷，大家又問道:"大王認爲舜是什麼樣的人呢?"李世民答道:"是聖人。" 大家說:"假如舜帝在疏通水井的時候沒有躲過父親與弟弟在上面填土的毒手，便化爲井中的泥土了;假如他在塗飾糧倉的時候沒有逃過父親和弟弟在下面放火的毒手，便化爲糧倉上的灰燼了，怎麼還能夠讓自己恩澤遍及天下，法度流傳後世呢!所以，舜帝在遭到父親用小棒笞打的時候便忍受了，而在遭到大棍笞打的時候便逃走了，這大概是因爲舜帝心裡所想的是大事啊。"
這時閻立言奉軒轅經天之命前來占卜。閻立言口不能言，然而算無遺策，特意爲李世民算卦。天地交泰，上卦。
軒轅經天又連續幾晚託夢。
李世民命令長孫無忌秘密地將房玄齡等人召回，房玄齡等人不答應回秦王府，說道:"陛下敕書的旨意是不允許我們再事奉大王的。如果我們現在私下去謁見大王，肯定要因此獲罪而死，因此我們不敢接受大王的教令!"
李世民發怒，對尉遲恭說:"房玄齡、杜如晦難道要背叛我嗎!"
他摘下佩刀交給尉遲恭道:"明公前去察看一下情況，如果他們果真沒有回來的意思，可砍下他們頭回來見我。"
尉遲恭前去，與長孫無忌一起明示房玄齡等人說:"大王已經將行動的計劃決定下來了，衆位明公應該速去秦王府中共議大事。我們四個人不能在街道上同行。"於是命令房玄齡和杜如晦穿上道士的服裝，與長孫無忌一同進入秦王府，尉遲恭則經由別的道路也來到了秦王府。
六月初三己未日(626年7月1日)，太白金星再次在白天出現在天空正南方的午位。
軒轅經天再次託夢。
傅奕秘密上奏道:"金星出現在秦地的分野上，這是秦王應當擁有天下的徵兆。" 高祖將傅奕的密奏給秦王世民看。
於是這樣，李世民乘機秘密上奏父皇，告發李建成和李元吉與後宮的嬪妃淫亂，而且說:"兒臣絲毫沒有對不起皇兄和皇弟，現在他們卻打算殺死兒臣，這簡直就像要替王世充和竇建德報仇。如今我快要含冤而死，永遠地離開父皇，魂魄歸於黃泉，如果見到王世充諸賊，實在感到羞恥!" 高祖望着李世民，驚訝不已，回答道:"明天朕就審問此事，你應該及早前來參見朕。"
張婕妤暗中得知了李世民密奏的大意，急忙告訴李建成。李建成將李元吉召來商議此事，李元吉說:"我們應當管好東宮和齊王府中的士兵，託稱有病不去上朝，以便觀察形勢。"李建成道:"宮中的軍隊防備已很嚴密了，我與皇弟應當入朝參見，親自打聽消息。" 於是二人決定先入大內皇宮逼高祖表態。不料在宮城北門玄武門執行禁衛總領常何本是太子親信，卻被李世民策反，因此宮中衛隊已經倒向秦王，李建成和李元吉卻不知道，還以爲宮中都還是自己人。
武德九年六月初四庚申日(626年7月2日)，李世民率領長孫無忌、尉遲恭、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁泰、李孟嘗(一說爲長孫無忌、尉遲恭、房玄齡、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知節、秦瓊、段志玄、屈突通、張士貴)等人入朝，並在玄武門埋下伏兵。 李建成、李元吉二人不知底細，也一起入朝，騎馬奔向玄武門。此時，高祖已經將裴寂、蕭瑀、陳叔達、封德彝、裴矩等人召集前來，準備查驗這件事情了。
李建成、李元吉來到臨湖殿，察覺到了變化，立即掉轉馬頭，準備向東返回東宮和齊王府。
幾人見面，李元吉想先下手爲強，張弓搭箭射向李世民，但由於軒轅經天在暗中保護，爲李世民設置了人皇防禦法陣，箭沒有射中。
李世民經過軒轅經天神識提醒，立刻搭弓射向李建成，將他射死了。
尉遲恭帶領大成真人七十人相繼趕到。
一名大成真人用箭射中了李元吉，李元吉跌下馬來。
可就在此時，李世民的坐騎受到了驚嚇，帶着李世民奔入玄武門旁邊的樹林，李世民又被林中的樹枝掛住，從馬上摔下，倒在地上，一時爬不起來。
李元吉迅速趕到，奪過弓來，準備勒死李世民，幸好李世民有人皇防禦法陣保護。而且就在這時尉遲恭躍馬奔來大聲喝住了他。李元吉知道不是對手，趕緊放開李世民，想快步跑入武德殿尋求父皇庇護，但尉遲恭快馬追上他，放箭將他射死了。
太子李建成的部下、翊衛車騎將軍馮立得知建成身死，嘆息道:"難道能夠在太子生前蒙受恩惠而太子一死便逃避禍難嗎!" 於是，他與副護軍薛萬徹、屈直府左車騎謝叔方率領東宮和齊王府的精銳兵馬兩千人，急馳趕到玄武門，準備爲太子和齊王報仇。張公謹臂力過人，他獨自關閉了大門，擋住馮立等人，馮立等人無法進入。 雲麾將軍敬君弘掌管着宿衛軍，駐紮在玄武門。他挺身而起，準備出戰，與他親近的人阻止他說:"事情未見分曉，姑且慢慢觀察事態的發展變化，等到兵力彙集起來，結成陣列再出戰，也爲時不晚。" 敬君弘不聽從，便與中郎將呂世衡大聲呼喊着向敵陣衝去，結果全部戰死。把守玄武門的士兵與薛萬徹等人奮力交戰，持續了很長時間，薛萬徹擂鼓吶喊，準備進攻秦王府，將士們大爲恐懼。此時，尉遲恭提着建成和元吉的首級給薛萬徹等人看，東宮和齊王府的人馬頓失戰心，迅速潰散，薛萬徹與騎兵數十人則逃入終南山中。馮立殺死敬君弘後，對部下說:"這也可以略微報答太子殿下了。"於是，他丟掉兵器，落荒而逃。 至此，政變以秦王李世民的勝利而告終。
政變發生時高祖正在宮內的海池上划船，李世民讓尉遲恭入宮擔任警衛。尉遲恭身披鎧甲，手握長予，徑直來到高祖所在的船上。
高祖大驚，問道:"今日作亂的人是誰?愛卿到此做什麼?" 尉遲恭回答道:"秦王因爲太子和齊王作亂，起兵誅殺了他們。秦王殿下擔心驚動陛下，故派臣擔任警衛。"
高祖對裴寂等人說:"不料今天竟然會出現這種事情，你們認爲應當怎麼辦呢?" 蕭瑀和陳叔達說:"建成與元吉本來就沒有參與舉義兵反抗隋朝的謀略，又沒有爲天下立下功勞。他們嫉妒秦王功勞大，威望高，便一起策劃奸邪的陰謀。現在，秦王已經聲討並誅殺了他們，秦王功蓋宇宙，天下歸心，陛下如果能夠決定立他爲太子，將國家大事委託於他，就不會再生事端了。" 高祖說:"好!這正是我素來的心願啊。"當時，宿衛軍和秦王府的兵馬與東宮和齊王府的親信交戰還沒有停止，尉遲恭請求高祖頒佈親筆敕令，命令各軍一律接受秦王的處置，高祖聽從了他的建議。天策府司馬宇文士及從東上閣門出來宣佈敕令，衆人便這樣安定下來了。高祖又讓黃門侍郎裴寂前往東宮開導原李建成麾下的諸將士，將士們便都棄職而散。 於是，高祖召世民前來，撫慰他說:"近些日子以來，我幾乎產生了投杼的疑惑。"世民跪了下來，伏在高祖的胸前，號啕大哭良久。
李建成的兒子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、鉅鹿王李承義，李元吉的兒子樑郡王李承業、漁陽王李承鸞、普安王李承獎、江夏王李承裕、義陽王李承度等幼兒都被殘忍殺害，還在宗室的名冊上刪除他們的名字。
傳說李世民恐懼兄弟的鬼魂前來索命，於是派陽神境高手尉遲恭與秦瓊擔任門前守衛。
後面尉遲恭與秦瓊化出分身，變成畫像，掛在門口，日夜守候在門前。後世百姓不知化身之事，便拜尉遲恭與秦瓊爲門神，家家戶戶張貼。
原東宮和齊王府的女眷則全部沒入宮中，後來成爲李世民的後宮組成部分，其中較著名的是原來李元吉的妻子楊氏，李元吉死後被李世民納爲妾，但沒有正式封號，宮中呼爲"巢剌王妃"，是長孫皇后去世以後唯一一個生下子女的嬪妃。
秦王府諸將領準備將李建成和李元吉的一百多名親信全部誅殺，並將他們的家產沒收官府，尉遲恭再三爭辯說:"罪孽都是兩個元兇所犯，而他們已經伏誅了，倘若還要牽連他們的黨羽，就不是謀求安定的做法了!" 於是諸將領停止了追殺。當天，高祖頒佈詔書赦天下，叛逆的罪名只加給李建成和李元吉二人，對其餘的黨羽尤其是大成真人以上修士，一概不加追究。僧人、尼姑和男女道士都應當依照原先頒佈的詔令處理。國家的各項事務，都任憑秦王處置。
武德九年(626年)7月5日，高祖立秦王李世民爲皇太子，又頒佈詔書:"從今天起，軍隊和國家的各項事務，無論大小，全部委託太子處理和決定，然後再報告給朕。"
高祖頒佈傳位制書的第二天，即武德九年八月初九甲子日(626年9月4日)，太子李世民在東宮顯德殿即皇帝位，是爲唐太宗，並大赦天下，從此開始了他輝煌的皇帝生涯，即位第二年正月初一乙酉日(627年1月23日)改元貞觀。太宗在位期間文治昭昭，武功赫赫，史稱"貞觀之治"。
軒轅經天演算天機，認爲閻立言要證真仙，不如先證菩薩果，而且佛心在閻立言神識中，於是讓閻立言修行五蘊空禪，修證羅漢果。
李世民玄武門之變後，日夜受兄弟冤魂影響不得安睡。軒轅經天於是託夢於他，傳授他波若波羅密心經。
閻立言發願心證菩薩果，爲中土衆生求大乘佛法、傳大般若妙諦。
閻立言多次上書唐皇李世民，請求前往當年佛祖弘法之地，也是當時人世間的佛學研究中心與佛典彙集中心，天竺的那爛陀寺求法。
李世民受軒轅經天託夢，准許西行。
觀自在菩薩領佛旨下界爲閻立言剃度受戒，法號立言，賜他九環錫杖一支，紫金鉢盂一個，錦斕袈裟一件，指點西行而去。
閻立言帶着朱八界、龍嘯天西行求經，軒轅經天和守界道人暗中跟隨。