尋思一番後，諸葛亮當即道：“傳令，命駐紮在樊口的張飛，率領順平營以及所部軍士一萬，前往柴桑與鄧芝劉敏會合，命鄧芝爲副將，劉敏爲都尉，負責押運糧草，兩部會合，共舉兵兩萬出征。”
諸葛亮這道軍令，迅速的被鴻翎快使送出了夏口，隨後諸葛亮又拿起案几上的竹簡，展開道：“根據各方統計彙報，赤壁大戰後，我軍共收編了六萬餘曹軍，兩萬荊州水軍，共計八萬兵馬，另外還有兩萬多傷兵，荊州的原兩萬水軍，即日起分別加入錦帆左右兩軍，呂蒙升任江夏太守，仍兼錦帆水軍左都督。”
“甘寧擔任柴桑都尉，仍兼錦帆水軍右軍都督，任命文聘爲鎮江將軍，領柴桑都尉府司馬。”
諸葛亮對其餘衆將，也一一進行了封賞，在率軍返回江陵之前，諸葛亮除了讓呂蒙繼續鎮守江夏外，還升任了向郎爲江夏長史兼任夏口令，傅肜爲軍中司馬，並且還提拔了一部分呂蒙所部的軍官。
諸葛瑾升任章陵郡太守，仍兼新城令，魏延和徐盛兩部的飛虎飛豹軍，擴編爲八千人，徐庶歸建諸葛亮帳下，兵源由收編的曹軍新軍中補充。
隨後，諸葛亮領軍返回江陵，張頜率領三百士兵，押解着二喬和周瑜家眷，返回江陵聽用。
回到江陵，諸葛亮命陳楚率領一萬兵馬前往章陵郡，交由魏延和徐盛收編，另外又在剩餘的三萬兵馬中，擇其精壯，和分散在各部的陌刀軍士兵，重組了一支五千人的陌刀軍，任命劉封爲陌刀軍統軍將軍。
當初諸葛亮在江陵把親衛軍擴編爲神衛軍，人數增加至一萬五千人，剩餘的兩萬五千新編兵馬，諸葛亮又新編了一支神威軍，人數依舊爲一萬五千人，統軍大將定爲張頜。
黃忠所部的飛羽軍，增補一萬一千兵馬，編號改爲神策軍，黃忠爲統軍大將，兵員爲一萬五千人。
神衛軍統軍大將，諸葛亮任命了張飛擔任，不過張飛目前統兵前往攻打豫章西北各縣，只有等他返回之後，再行上任。
諸葛亮把自己當初三千親衛軍，從各部把原先打散收攏了兩千兵力，編爲神武軍，任命陳楚爲副將，原親衛軍的隊率李信和鄧憲二人爲別部司馬，諸葛亮親自擔任統軍大將。
同時諸葛亮把巴陵講武堂中一百五十名，成績優異，已經學習了三年以上的少年子弟，充入到了神武軍中，值得一提的是，已經年滿十二歲的鄧艾，這次也要求加入到了神武軍中。
本來諸葛亮的要求是十四歲以上，並且在講武堂學習了三年以上，成績優異者，方能加入神武軍的，鄧艾在講武堂學習已經五年，各項成績都十分優異，除了年齡不符外，幾乎樣樣都合格，所以在鄧艾的強烈要求下，諸葛亮隨即答應了鄧艾的請求，並且任命他做了自己帳下的衛隊隊率。
這些時日，賈詡在南郡統率各部，整理戶籍人口，共得五萬戶，人口二十六萬，加上收編的各部老弱殘兵四萬餘屯田軍戶，南郡人口達到三十萬餘人，可以說是名符其實的大郡，這還不包括在曹操手中的襄陽和當陽數縣。
諸葛亮在看完賈詡的文書後，又在江陵郡守府，召集衆官，對一些有功績的官員進行了提拔任用，並且決定把巴陵中樞機構，遷移到江陵城。
同時諸葛亮在六曹之上，設立了尚書閣，任命賈詡爲尚書令，任命徐庶爲尚書左丞，任命龐統爲尚書右丞，左右丞之下，則是左右侍郎，接下來就是六曹從事。
六曹從事分別是，吏曹從事楊儀，戶曹從事糜竺，兵曹從事蔣琬，禮曹從事習禎，工部從事嚴峻，刑曹從事由零陵長史劉巴接任；原兵曹郎中向寵兼任南郡東部都尉，尹默爲工曹郎中，兼任南郡主薄。
零陵長史由習禎從弟習祥接任，楊儀從弟楊顒接任巴陵令，諸葛亮這樣安排，就是要讓這些原來的荊襄大族，都分散到各地去，分散他們家族的實力，以免造成爲害一方的局面。
諸葛亮接着又讓廖化率領平越軍，順平營、順義營各部，返回交州駐守，歸建平蠻將軍呂岱帳下，三部兵馬原編制是一萬八千人，這幾次大戰中，損失了六千士兵，各部兵馬都未滿員。
諸葛亮本來就打算消弱地方駐軍，所以並未補充各部兵馬，而是讓廖化領軍回交州後，在當地征討越人的作戰中，擇精壯再行補充，同時提升廖化爲偏將軍，糜芳爲南海郡尉。
蠻人所部的順忠營，則繼續跟隨張飛，征戰豫章西部各縣的戰事之中。
至於趙雲和陳到二人，依舊爲驍騎軍將軍，赤壁大戰，雖然只繳獲了兩千匹戰馬，而驍騎軍卻同樣損失了兩千匹戰馬，而且還戰死了一千四百餘士兵。
所以諸葛亮這次也把驍騎軍的士兵，擴編至八千人，其中兩千人爲重裝騎兵，其餘六千爲弓騎，雖然騎兵兵源有了，但諸葛亮在新城的馬場，和軍中所有的馬匹，加起來也只有剛到八千匹。
這樣一來，騎兵每人多可以分配一馬，但這樣單人單馬的騎兵，無疑不能最大的發揮騎兵的威力，然而由於目前缺馬，諸葛亮也只能暫時這樣編制。
諸葛亮成立神武軍，神威軍、神策軍、神衛軍四軍，外加驍騎軍、陌刀軍、六軍共六萬餘兵力，而這六支軍隊，是作爲拱衛治所的常備軍，和作爲征討作戰的主要兵力。
今後的其餘各軍，除了錦帆左右水軍外，將會逐步消弱，最終淪爲城防營性質的地方屯田部隊，這樣做的目的，也是爲了避免地方各軍大將的專權，造成不可收拾的局面。
這六軍常駐江陵城，以後兵力會逐漸增加，裝備武器，都會逐步提升，諸葛亮預想是在三年之內，把這六軍的人數，增加至十二萬，打造一支真正精銳的百戰雄獅。
部隊整編完成，諸葛亮自是把政事交給了尚書閣各部官員管轄，他則和趙雲衆將，日夜留在江陵南郊的軍營，負責操演兵馬，整訓紀律。這日諸葛亮正在點將臺指揮軍陣，龐統帶着二人聯袂而來。
站在點將臺上的諸葛亮，遠遠的就認出了龐統左右的二人，當下他忙笑着上前，作揖拱手道：“德仲先生和季常賢弟遠來，還恕亮迎接來遲之罪。”
“哈哈……。”龐季、馬良二人與諸葛亮相視一眼，相互作揖大笑了起來。
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