孔融得濟無事，更加重視太史慈，說道，“你真是我的少友啊。”
事情過後，太史慈還啓其母，其母也說，“我很慶幸你得以報答孔北海啊!”
太史慈就把自己在遼東又娶一房女子，而且生的一個女兒的事，當母親說了。母親說，“應當把她們母女接到東萊住。”
太史慈說，“我七尺男兒，能爲了小家而不顧大家嗎？”
他母親一聽，也是這麼個理，就說，“你只管走你的，我讓你老舅到遼東把她們母女接回來。”
太史慈的母親，就讓自己的弟弟到遼東，把王氏母女接到北海。
…… ……
公元195年(興平二年)，揚州刺史劉繇（yáo）與太史慈同郡，自太史慈離開遼東回來後，未與之相見，於是太史慈亦渡江到曲阿相視劉繇。
太史慈還沒有到，孫策已攻至東阿。
有人勸劉繇可以任用太史慈爲大將，以拒孫策，劉繇卻說，“我若用子義，許子將必會笑我不識用人。”
因此只令太史慈偵視軍情。
…… ……
太史慈到達神亭的時候，獨與一騎小卒同遇上孫策。
當時孫策共有十三從騎，皆是黃蓋、韓當、宋謙等勇猛之士。
太史慈毫不畏懼上前相鬥，正與孫策對戰。
孫策刺倒太史慈的座下馬，更攬得太史慈繫於頸後的手戟，而太史慈亦搶得孫策的頭盔。直至兩家軍隊並至神亭，二人才罷戰解散。
其後太史慈守護劉繇敗奔豫章，遁走於蕪湖，逃入山中，而稱丹楊太守。
同時，孫策已經平定宣城以東一帶，惟涇縣以西有六縣尚未平服。
太史慈即進駐涇縣，屯兵立府，爲山越所附。
後孫策親自攻討涇縣，軍士活捉了太史慈。
太史慈被推到大帳裡，見孫策。
孫策一看是太史慈，慌忙走下來爲他解開綁繩，握着太史慈的手說，“尚記得神亭一戰嗎？如果你老哥當時把我生獲，你會怎樣處置我？”
太史慈說，“不可知也。”
孫策大笑，說道，“今後之路，我當與您共闖。”
即拜太史慈爲門下督，還吳後授以兵權，拜折衝中郎將。
後來劉繇死於豫章，其部下士衆萬餘人無人可附，孫策便命太史慈前往安撫兵衆，要是有可能，就收編過來。
左右皆說，“太史慈必北去而不還了。”
孫策卻深具信心地說，“子義他捨棄了我，還可以投奔誰呢？”
更替其餞行送別至昌門，臨行前把着太史慈的手腕問，“何時能夠回來？”
太史慈答道，“不過六十日。”
果然如期而返，並帶回劉繇舊部一萬多人。
…… ……
關於太史慈降孫策一節，《吳歷》有另一段文字記載：太史慈於神亭戰敗，爲孫策所執。孫策素聞其名，即時解縛請見，詢問進取之術。
太史慈答：“破軍之將，不足與論事。”
孫策說：“昔日韓信能定計於廣武，今策亦能向仁者詢求解惑之法，你又怎麼要推辭呢？”
太史慈便道：“揚州軍近日新破，士卒皆離心分散，難復再合聚。慈願出去宣示恩惠，以安其心並集其衆，但只恐不合尊意而已。”
孫策竟跪而答道：“這實是策本心所望。明日中，希望君能及時來還。”
諸將皆十分懷疑太史慈，獨孫策堅說；“太史子義是青州名士，向以信義爲先，他終不會欺騙我。”
明日，孫策大請諸將，預先設下酒食，將一根竹竿矗立在營中視察日影。
至日中，太史慈果然依約而回，孫策大喜，常與慈參論軍事。
二人自此形成莫逆，常常秉燭徹夜而談。
也就是在這個時候，太史慈把自己的同父異母的妹妹，嫁給了孫策。就是這個女人給孫策生了一個女兒，後來嫁給了顧邵；顧紹亡故後，又改嫁給陸遜。
…… ……
雖然裴世期認爲太史慈並非於神亭爲孫策所擒，因而懷疑《吳歷》中所記實爲謬誤，然而取其文字，敘述孫策知人、子義守信，未爲不美。
《江表傳》又記載：孫策問太史慈道，“聞知卿昔日爲郡太守劫州章，赴助於孔文舉(融)，請援於劉玄德(備)，都是有烈義的行爲，真是天下間的智士，但所託卻未得其人。射鉤斬袪，古人不嫌(管仲原是齊公子糾的屬下，曾引弓射中公子小白〈齊桓公〉的鉤帶，然而小白日後仍以管仲爲相；晉公子重耳〈晉文公〉曾出走奔翟，晉獻公遣寺人披追之，更斬下重耳的衣袖，然而重耳仍能容赦寺人披)。孤是卿的知己，卿千萬別憂慮會不如意啊。”
又說，“龍要高飛騰空，必先階其尺木(‘龍適與雷電俱在樹木之側，雷電去，龍隨而上，故謂從樹木之中昇天也。’《論衡校釋》)。”
當時有劉表從子劉磐，十分驍勇，數度作寇於艾、西安諸縣。
孫策於是分海昏、建昌作左右共六縣，並以太史慈爲建昌都尉，兼治海昏，並督諸將共拒劉磐。
劉磐自此絕跡不復爲寇。
也就在這個時候太史慈王氏的那個女兒夭亡。
太史慈把家遷到建昌，又納一小妾，未生育。
…… ……
太史慈的射術確是史上有名的。
他跟從孫策討伐麻保賊，有一賊於屯裡城樓上毀罵孫策軍，並以手挽着樓棼(城樓上的柱子)。
太史慈便引弓射之，箭矢貫穿賊人手腕，把他反到牢牢釘在樓棼上，圍外萬人齊聲稱好。
…… ……
曹操聞其威名，向太史慈寄了一封書信，以篋封之，內無多物，而放了少量當歸，寓意太史慈應當向其投誠，但，太史慈不爲其所動。
後來孫權統事，以太史慈能剋制劉磐，遂委以南方諸大事。
太史慈於建安十一年卒，享年四十歲。
孫權知道太子慈去世，十分悼惜。
太子慈的兒子太史亨嗣任，享字元復，歷尚書、吳郡太守。官至越騎校尉。