實際上，戰爭已經結束了，其後軍事行動就是勸降或者攻佔佔領區內的西班牙據點，呂宋島上的據點不少，最大的自然是馬尼拉的聖地亞哥城堡，但馬尼拉灣周邊不僅只有這麼一個據點，還有巴丹半島上的阿布凱城、甲米地造船廠的安東尼奧城堡、八打雁和黎牙實比。
當然，大部分的西班牙城堡防守人數都很少，除了聖地亞哥城堡，最強的阿布凱城也只有六百守軍，其中西班牙人只有不到百人，其餘城堡也都包括幾十個西班牙士兵在內的二百到四百的守軍。
宿務港外，皮龍登上了青龍號旗艦，他的手貪婪的撫摸着欄杆上那些華麗的雕塑，仔細看着這艘無敵的巨無霸，豔羨的模樣與劉姥姥進大觀園極爲相似，皮龍不住的讚歎，或許他心裡也暢想着日後自己也能擁有這樣一艘戰艦。
“閣下，請接收皮龍由衷的讚美，您取得了一場偉大的勝利！”皮龍雖然不知道馬尼拉灣發生了什麼，但是能把三艘巡航艦趕進宿務港，皮龍就知道社團肯定勝利了。
“是的，除了這三艘巡航艦和和樂港的一艘大帆船，西班牙人已經沒有什麼像樣的船隻了。”李明勳微笑接受皮龍的恭賀，他指了指遠處航行而來的快速艦隊，說道：“這個消息你很快就在李北極那裡得到驗證。”
李北極帶來的消息讓李明勳頗爲興奮，他原本以爲西蒙斯艦隊會全軍覆沒，但是沒想到只損失了兩艘主力艦，西蒙斯不僅毫髮無損，還抓到了拉斐爾。
皮龍聽後大爲興奮，揮舞着手臂說道：“太好了，既然馬尼拉艦隊主力盡沒，參與的主力艦又被你堵在港口，那豈不是說整個菲律賓都督區都變成了脫光衣服的女人，任由我們收拾了，哈哈！”
李明勳的迴應卻讓皮龍失望：“不，皮龍，我們不會聯合起來去打劫菲律賓都督區的村鎮城市，相反你艦隊之中的兩艘隸屬社團海軍的軍艦也要抽調回來。”
“爲什麼？”皮龍不敢相信，他感覺這是千載難逢的時機。
李明勳道：“我們陸地上的行動需要幫手，陸軍實力不夠，我需要武裝水手上岸，所以很抱歉。”
皮龍失望的離開了，他決定去尋找自己最親密的盟友加利德，一起合作打劫，只是加利德沒有像樣的船隻，行動也只能限制在蘇祿海一帶。
“閣下，您似乎想和他撇清關係？”李北極說道。
李明勳微微點頭：“確實如此，我們已經取勝，接下來就是完成對整個呂宋島的佔領，然後進行談判，我們的兵力不足，目前只能做到這一步了。”
事實正如李明勳所說，西班牙人在菲律賓經營了整整八十年，四代人的努力在菲律賓建立了相對穩固的統治，在整個菲律賓地區，西班牙人擁有七十到八十萬人的天主教信徒，即便其中多數是農奴或者親順部落，但已經形成了一股巨大的勢力，特別是在呂宋島這一西班牙人統治核心，至少有四十萬天主教徒，還有更多未開化的部落，想要完成對呂宋島的佔領和對島上所有百姓的統治，絕非容易的事情。
如果按照計劃，社團只在呂宋留有少數的兵力，儘可能少的投入資源，那麼最優先的辦法就是和西班牙人達成和平協議，讓其默認社團對呂宋島的統治，否則，僅僅是那些天主教神父整日攛掇天主教徒造反就得讓社團在呂宋留下上萬兵力，那呂宋島就要成爲包袱，而不是新的生存空間、利潤點。
李明勳拍拍李北極的肩膀，說道：“我把逆戟鯨、座頭鯨兩艘主力艦加強到你的快速艦隊，再給你四艘護衛艦，你的任務是封鎖宿務港，一艘船也不能出入，另外，沒有我的命令，不許進攻！”
“是，閣下，我明白了。”李北極當即說道，他笑了笑，指了指遠處燈火通明的宿務港，說道：“就算西班牙人把金子擺在沙灘上，我也不會讓士兵上岸去取的，我的任務是封鎖！”
李明勳欣慰的點點頭，這正是他欣賞李北極的地方，年輕而不失衝勁，但在關鍵問題上又能年少老成。
李明勳讓青龍號和領航鯨號押送兩艘戰利船前往馬尼拉，自己則乘坐速度更快的護衛艦返航，到了馬尼拉的時候，海陸兩軍已經控制了局面，陸軍包圍了聖地亞哥城堡控制了下城區，而海軍陸戰營圍住了阿布凱城、武裝水手則把聖安東尼奧堡圍的水泄不通，還控制了甲米地及周圍所有的土著村落，防止重要的造船工人逃離。
高鋒走到李明勳身邊，行禮之後把他帶到了馬尼拉下城區的一個小教堂，遠征軍指揮部和呂宋行政長官區的官署都暫時設立在這裡，教堂距離聖地亞哥城堡有一公里左右，中間有椰林掩映，倒也是很安全。
“戰果我們已經清點出來了，一共抓到了一千二百多個白人和梅斯蒂索人（混血），大部分人西班牙富人和官僚提前逃離了馬尼拉，去了宿務或者其他什麼地方，巴海率領騎兵隊和三百步卒去了八打雁，我們對敵人所有的城堡完成了包圍，但是沒有一個城堡投降。”高鋒說着，幾個士兵擡進來兩個箱子，打開之後裡面全部是各類文件，上面多數有總督或者教會的印章，高鋒說道：“陸軍進駐下城區的時候，一個華人送給我的，說這是您的朋友給您留下的。”
李明勳隨意打開看了一眼，他的西班牙文並不好，能聽懂但看不太懂，林謙卻是因爲被任命爲呂宋行政長官而下了苦功夫，看過之後說道：“這是委託書或者契約書，是各地的種植園和重要城鎮的產業，有這些東西，我們接手呂宋島上西班牙人的產業就事半功倍了，至少我們知道每個村鎮有什麼，種植園的面積，有多少農奴，這真是一份厚禮啊。”
李明勳笑了笑，他知道這是圖拉命人留下的，他拍拍林謙的手臂，說道：“好了，我的林長官，就依據這些東西，先接手馬尼拉周邊的村鎮吧，我會派遣士兵配合你的。”
高鋒眉頭微皺：“閣下，我們的兵力並不充足！”
李明勳笑了笑，問：“你認爲打下聖地亞哥城堡需要多久，三個月還是五個月？”
高鋒爲難起來：“聖地亞哥城堡裡至少還有八千人，其中一千五百人的士兵，許多平民也有武裝，火炮很多，而且去年的時候，馬尼拉地震震垮了城堡，剛剛進行了維修，很堅固，即便我的兩個步兵營全部進攻，短期內也難以拿下。”
李明勳笑了笑，說：“我是不會再增兵的，既然打不下就不要打了，你給我留下兩個步兵大隊和一個炮隊，我另行組織武裝水手、組建邦板牙營，加上我的護衛隊，足夠圍困聖地亞哥城堡了，裡率領其他部隊，再去西班牙人的倉庫調取一些重炮，先把阿布凱城和聖安東尼奧堡打下來，注意，聖安東尼奧堡中有許多重要的造船匠人和船舶工程師、設計師，儘可能的勸降。”
“那我呢？”西蒙斯有些慚愧的問道，畢竟在他的指揮下，海軍受創嚴重，如果當時西蒙斯選擇更穩重的策略，或許不會有什麼損失。
李明勳笑了笑，說道：“你的任務是黎牙實比和整個巴科半島，那裡也是富裕的地方，海軍和陸戰隊隨你調配吧。”
西蒙斯領命而去，高鋒隨機也去準備攻城的事情了，林謙問道：“您不是在聖地亞哥城堡之中有身份高貴的線人嗎，能否勸降呢？您知道，聖地亞哥城堡又被叫做馬尼拉王城，不能佔據它，很多本地的土著，特別是那些天主教土著會有二心的。”
“我的那個線人也是三心二意的人，至於勸降，我們的很多條件是裡面的西班牙人所不能答應的。”李明勳略帶爲難的說道。
林謙選擇了沉默，與西班牙人的戰鬥，最擺脫不過去的就是元老們與西班牙人的血仇，崇禎十二年的那場血腥大屠殺是元老們難以越過的坎兒，其實社團對西班牙俘虜還算仁慈，可以通過繳納贖金的方式贖身，但對於所有可能參與大屠殺的西班牙人都會被判刑，當然，沒有人在被俘之後願意承認自己屠殺過華人，但社團對大屠殺時所有在馬尼拉的西班牙人都會進行宣判，所有的軍官、官僚大多會判處死刑，即便是普通士兵，也會進行長達十年以上的勞動改造，與奴隸無異。
這次進攻呂宋，這個原則依舊會被踐行，想來，聖地亞哥城中有很多洗脫不了嫌疑的人，他們絕對不會選擇投降，更何況，在宗教、個人財產等問題上，社團的原則也很苛刻。
讓聖地亞哥城堡投降的辦法只有一個，那就是裡面的人絕望，絕望的人要求特別低，只需要保住性命即可，什麼宗教、財產、刑罰，都是可以接受的，而讓其絕望的方式很多，比如長時間的圍困，或者是都督區的拋棄。
李明勳更傾向於第二種絕望，其實他和城中的西班牙人都很清楚，四月份，新的菲律賓總督會趕到，那是談判的重要契機，那些西班牙人很清楚，新的總督帶不來救援他們的兵力，但是卻有資格與李明勳談判，或許聖地亞哥城堡支撐不到王國的援軍到來，但是足夠支撐到談判的結束。
在李明勳和林謙接管馬尼拉地區之後，炮聲響徹了馬尼拉灣，不僅是阿布凱城和甲米地，聖地亞哥城堡也一樣，陸軍繳獲了大量的西班牙的重炮，從二十四磅到十八磅的都有，而且有大量的火藥和炮彈，這些彈藥火器與社團兵工廠提供的並不一樣，不好混雜使用，索性用於對城市的炮擊。
聖地亞哥城堡每天都在炮擊中渡過，但是社團從未發動過真正的進攻，除了構築炮壘運送彈藥之外，陸軍最重要的就是通過挖掘之字形壕溝到城堡附近，用臼炮轟擊維修城堡的西班牙人。
隆武二年二月中旬，在得到了全部的赦免之後，聖安東尼奧堡投降，甲米地再無戰事，造船廠可以爲社團軍艦提供修理服務，五日後，黎牙實比投降，二月的最後一天，八打雁投降，只有阿布凱城爆發了慘烈的圍城戰，高鋒用十二門二十四磅重炮轟塌了阿布凱城的城牆，攻入其中，城中大部分人被殺死，成爲了社團在呂宋島最慘烈的一戰，這一戰持續到了三月的中旬。
而在二月初呂宋島大部分的種植園和莊園都接受了行政長官區的派遣官員，西班牙奴隸主已經逃走，種植園中的奴隸和莊園其他財產被社團派遣的官員接收，而對西班牙人聚集的村鎮，則是直接進攻，唯一例外的是偏遠地區的巴朗圭，社團僅僅派遣使者要求他們交出西班牙人委任的封君，便沒有其他動作，既沒有承認各個巴朗圭的相對獨立的自治地位，也沒有要求他們效忠或者提供賦稅，畢竟在社團的規劃中，這些巴朗圭都是種植園奴隸的主要來源地。
呂宋行政區在海陸兩軍的配合下，用兩個月的時間控制了呂宋島上所有的重要城市、城堡和村鎮，抓捕、驅逐了所有的西班牙人，而對摩洛人（土著天主教徒）和野蠻土著部落則採取放任自流的政策，等戰爭徹底結束再進行處置。
而只有兩種人得到了善待甚至重用，首先是馬尼拉本地的華人，大屠殺過去了七年，馬尼拉又有許多華人定居，只是人數增長太慢，畢竟出洋謀生的華人擁有臺灣這個最好的謀生地，馬尼拉只有不到兩千人的華人，他們迅速充斥了行政長官區的重要的行政崗位，而另外一種人則是華人混血，比如榮耀堡附近的乙峨羅地族人，他們就是曾經攻擊馬尼拉的大海盜，林鳳率領的華人後裔，林鳳失敗後，部分人逃往海外，而很多人逃進山林，與本地土著結合，形成了乙峨羅地族人，這些華人混血土著迅速成爲本地募兵的優先選擇。
這爲後來的呂宋社會階層的劃分奠定了基礎，華族、華族混血、土著、宗教土著便是未來呂宋由上而下的四大階層，分別承擔的不同的稅收和權力標準。這也給社團以及後來的聯邦對外拓殖構築了一個範本，在殖民時代一直被推行，並且影響深遠。
隆武元年三月中旬，一艘馬尼拉大帆船停泊在了三寶顏，船上下來一位身着華麗戎裝的青年男人，他只有三十多歲，得體的衣服配合華麗的假髮讓他看起來頗爲高貴，但臉上掛着的笑容有些玩世不恭。
“嗯，與美洲一樣，依舊是殖民地的氣息，血腥、硝煙、腐臭和奴隸身上的臭味，看來我們的菲律賓都督區正在沉淪，那好吧，在我的手中，這裡只有生絲的柔光和金幣碰撞的脆響！”男人微笑着對身邊的人說道。
“您肯定能如願，尊貴的法哈多總督，我們誠摯的希望，您能帶領菲律賓都督區走向新生！”一羣人躬身行禮，恭謹的說道。