可是孫元良在其回憶錄中卻厚顏無恥地寫道:“我既然在江邊找不着船，只好鑽隙向東面的山地撤退。我們從棲霞山龍譚車站間跨越鐵路，南向進入山區。土族同胞殷情地供給食物，熱心地帶路，並代我們找船，給了我們不少方便，也添了我們無數傷心!這樣，我便帶了我的司令部六百多官長兄弟，和一輩子的創痛與恥辱，從龍譚附近渡江，經泰興、淮陰、徐州、鄭州，於1938年3月下旬到了武漢。”
結果72軍包括88師羣龍無首，在潰退中很多官兵無法渡過長江，在南京城內被日軍俘虜，成爲日軍屠刀下的冤魂。可嘆一支精銳的德式虎賁，就這樣被葬送了。
此戰後廖耀湘等上呈報告要求追查責任，因此被撤職查辦，投監拘押四十二天 。
39年1月，以民生航運公司職員身份，取道**遊歷考察英、法、德、意等歐洲諸國。回國後重返軍界，任第二十八集團軍副總司令兼二十九軍軍長。
44年日軍發動“一號作戰”，國軍稱豫湘桂會戰。此間國軍除了在長衡作戰中還抵抗了一陣，基本就是一潰千里。日軍兵鋒甚至直指離陪都重慶近700公里的貴州獨山，一時重慶震動。而104聯隊孤軍深入，後援不繼;反之國軍增援部隊已經趕到，並佔有制空權。隨後日軍大肆燒殺搶掠，並破壞了獨山附近的所有設施、工廠和軍需物資，於44年12月4日黃昏主動後撤。
白崇禧在事後的總結中也承認日軍是主動撤退。
12月8日拂曉，孫元良卻宣稱率“克復”獨山，順便在滇緬路上截留了幾十輛商車。以此“功績”，孫元良獲得“青天白日”勳章。
45年5月，日本已經日薄西山，孫元良的29軍在局部大反攻的浪潮中，“奮勇”向前，一路克復河池、德勝、宜山(還得而復失了一次)、中渡、永福等地。抗戰勝利後，孫元良奉京滬衛戍司令湯恩伯之命出任常鎮地區警備司令，後任第三方面軍政治部主任。
爲擴充力量，孫把周佛海、劉明夏等人所轄僞軍殘餘甚至一部分日軍改編成衛戍部隊，擔當“剿匪”任務。同時借收繳敵僞財產之名，大肆搜刮。
1946年冬，孫元良調任重慶警備司令。任上嗜好跳舞，常與高級妓女出入舞廳。唯禁菸甚力。
其二、貪財好色，抗日戰爭中，孫元良在國難當頭之際，貪財好色，不僅將國防工事費貪入自己的腰包，還令人髮指地強行佔有了上海學生慰問團的漂亮女學生，其惡劣行徑，遭到了其他正直的國民黨軍官的鄙夷和不齒。
時任第八十八師軍械處主任兼南京通訊處主任的葛天回憶道:“1937年10月上旬我到上海，那天正好遇到上海學生代表在四行倉庫八十八師師部慰勞，這時孫元良看到一個女學生代表眉清目秀，就以花言巧語要該女生單獨在師部多玩一下，企圖強姦。這個情況被該師副師長馮聖法知道後，曾前往勸解無效。這時我到師部，馮要我再去一勸。我照馮意對孫勸說後，他竟說:‘英雄總是和美人聯繫在一起的，自古英雄都喜歡美人，尤其是我們在上海作戰有功，做這一點小事沒有什麼。’”
“在‘八一三’戰事發生後，上海人民同全國人民一樣，都是滿腔熱情，以自己的實際行動來擁護抗戰。有的直接參加戰鬥，有的節衣縮食集資慰勞軍隊，凡是軍隊需要的物品，應有盡有。孫元良曾派師少將參謀長張柏亭、上校師附張裕良和上海各團體接洽，將一部分慰勞物資變爲現金，孫元良就這樣從中漁利。還令該師軍需主任宋尚魯(宋希濂的親兄弟)把上海搶劫來的棉紗等偷運武漢出售，所得的錢交我轉其妻吳懿輝。”
如此寡廉鮮恥之徒怎堪再度領兵？
趙繼統慫恿幾位軍、師級將領聯合起來給孫元良小鞋穿，又在老蔣面前拉偏架。最終孫元良揹着戰敗喪師之責，加上國民黨高級將領間的排擠，他精神鬱悶，最後選擇了退役從商。
1949年，孫元良去往臺灣，據說後來旅居日本，開了一家名爲“天福園”的麪館。
12月24日擁兵40萬的華中“剿總”總司令白崇禧致電蔣介石，主張與**謀和。
李宗仁隨即宣佈和平主張，提出五項要求：（一）蔣總統下野；（二）釋放政治犯；（三）言論集會自由；（四）兩軍各自撤退三十里；（五）劃上海市爲自由市**，撤退駐軍，並任命各黨派人士組織上海市聯合**，**與**代表在上海進行和談。彼等並公開主張：“總統下野後，由李副總統繼承大任。”
12月25日李宗仁與華中綏靖主任程潛主張與中共和談，要求蔣介石下野。
12月25日中共權威人士開列頭等戰犯名單，共計43人：蔣介石、李宗仁、陳誠、白崇禧、何應欽、顧祝同、陳果夫、陳立夫、孔祥熙、宋子文、張羣、翁文灝、孫科、吳鐵城、王雲五、戴傅賢、吳鼎昌、熊式輝、張厲生、朱家驊、王世傑、顧維鈞、宋美齡、吳國楨、劉峙、程潛、薛嶽、衛立煌、餘漢謀、胡宗南、傅作義、閻錫山、周至柔、王叔銘、桂永清、杜聿明、湯恩伯、孫立人、馬鴻逵、馬步芳、陶希聖、曾琦、張君勵。
12月29日陳誠接任臺灣省主席，蔣經國任國民黨臺灣省黨部主任委員。
30日，白再發通電主和；河南省主席張軫，亦同日要求“總統毅然下野”。
49年元旦，蔣經國滿臉悲憤來找趙繼統，趙繼統寬慰她“以退爲進也不失爲良策”
“不是總統了還是黨總裁嗎”
“劃江而治的罪人要讓別人來當，待援華資金到位，又是新的一輪逐鹿中原”
蔣經國想讓趙繼統到臺灣幫他，趙繼統勸他“要以陳誠爲倚重”。