施琅雖是一員水師名將，而且淮軍水師軍官大部分都是原鄭家軍水師成員，可是淮軍水師的水兵，水戰的水平卻不如那些海盜。結果雙方在交戰中，淮軍的小船連連中彈，水師官兵傷亡不計其數。“我軍位於下游，敵軍順流而下，我軍不利啊。”李國棟道。
施琅笑道：“我軍逆水未必不利；敵軍順流而下，未必就有利。他們順流而下，一旦敗了，跑都沒地方跑。”
水戰打了一小會兒，叛軍水師在佔上風的情況下卻跑了。
“賊人佔優，爲何反跑了？”王全問道。
沒等施琅回答，李國棟就先回答了：“賊人原本就是偷偷摸摸的晚上來偷襲，可是偷襲卻失敗了，再不跑，等我們組織好了，他們想跑就跑不掉了。”
“大帥英明，就是這個道理。”施琅道。
次日天亮了之後，淮軍水師繼續逆流而上，直奔贛州方向殺去。
這裡距離贛州已經非常近了，沿途過去，爲了防止在半途中遭到叛軍偷襲，施琅令十多條巡邏小船和兩條蜈蚣快船在前探路，兩邊岸上，還有李國棟派去的夜不收負責偵察。
淮軍水師一路過去，羅明受的叛軍水師小動作不斷，叛軍在江中放漂雷，讓水雷順流而下，給淮軍水師製造麻煩。除了投下水雷之外，叛軍水師還每天晚上來偷襲，雖然都沒有得逞，可是也攪得淮軍水師官兵夜間無法安心入睡。同時，羅明受還讓高進庫出動精銳家丁，沿着贛江兩岸的山林一路搜索過去，企圖消滅淮軍的夜不收。
施琅不得不下令派遣小船清掃水雷，這就讓淮軍水師的進軍速度降低了不少。從萬安到贛州短短二百餘里路程，淮軍水師走了三天還沒到。
要打贛州，必須水師獲勝，才能利用贛江來運輸輜重物資，運輸攻城重炮。若是水師輸了，就別想攻下贛州。
李國棟的淮軍水師雖然有中西合璧式的大型戰艦，可是那些戰艦噸位大，吃水深，無法進入贛州附近，所以這次進入贛江的水師，只有一些蜈蚣快船、快蟹船、長舟、小舢板和輕型車船之類的小型戰艦。還有一些小船扛大炮的內河炮艦，那些船適合對岸攻擊，但不適合水戰，所以只有水戰打贏了以後，那些內河炮艦才能發揮作用。
淮軍水師終於抵達了贛州附近，同羅明受的叛軍水師展開了一場激戰。
事實上雙方水師實力相當，淮軍水師的大型西式戰艦無法進入贛州，能來的也就四一些小船和快船；對面的叛軍水師因爲要陸地運船的緣故，也只有小船和快船；戰船數量上淮軍水師佔優，水兵戰鬥力方面，叛軍水師佔優，雙方旗鼓相當。
淮軍水師雖是逆水，可是在施琅眼裡，逆水未必就是壞事。贛州一帶的贛江水流急，順流而下的叛軍水師很容易出現船速過快而導致陣型混亂的現象，而逆流而上的淮軍水師，在施琅的指揮下，始終保持整齊的隊形，緩緩的逆流而上，向叛軍水師接近。
反觀叛軍水師，叛軍水師將領羅明受雖然也是一員擅長水戰的將領，可是他是一名海盜，習慣了在海面上作戰，在這種水流踹急的江面上打仗，還是第一次。結果叛軍水師大小戰船衝出來的時候，一下沒有把握好陣型，有些船衝得太快了，有些船又慢了，導致陣型混亂，有不少船隻孤軍深入，衝入了淮軍水師陣型內，結果遭到了羣毆。
淮軍水師緩緩逆流而上，事實上這些蜈蚣快船、槳帆船和小舢板的航速可以更快的，只是施琅沒有下令全速航行，而是各船保持速度，維持住五點梅花陣的整齊陣型，一步步緩緩往上游推進。
順流而下的叛軍水師船隊中，有五條快船在順流而下的時候，衝得太快了，結果衝出了己方陣型，一頭鑽入了淮軍水師陣型內。
“打！給老子把闖進來的幾條船全收了！”施琅一聲令下。
“轟轟轟”江面上炮聲隆隆，叛軍的那五條船，就像是誤入狼羣的羔羊一般，一下遭到了羣狼的圍毆。
淮軍的小舢板上面沒有裝備火炮，只有鳥銃和弓箭，但那些蜈蚣快船、槳帆快船上面都有炮，而且是李國棟親自督造的精良火炮。羊入虎口的五艘叛軍戰船遭到淮軍猛烈的炮擊，一下就被打得船上木屑橫飛，血肉飛濺，操船的叛軍水兵紛紛慘叫着落水。
叛軍落單的五條船被打得基本上失去了反擊能力，淮軍的小舢板迅速靠近上去，小舢板上的水兵以鳥銃和弓箭射擊，清除了五條船上殘存的殘敵，隨後就跳上船，奪取了敵軍戰船。
“各船加速，火速通過敵軍陣型，搶佔上游！抄底擊沉敵軍後方大船！”見到了叛軍水師的陣型已經完全變形，各船在江面上拉開，變成了一字長龍陣，施琅果斷的命令親兵傳令下去。
淮軍水師各船猛然加速，一條條戰船上的水兵奮力划槳搖櫓，逆流而上的船隊竟然在江面上寄走如飛，船速快得船頭高高擡起，輕快的快船就像是懸浮在水面上的風箏，飛一樣穿梭過叛軍水師前面的戰船，向上遊疾馳而去。
“轟轟”叛軍水師開炮了，炮彈落在江面上，騰起了一道道沖天水柱，但雙方的船速都極快，叛軍水師射來的炮彈全部落空，落在江面上騰起了沖天水柱，無一命中。
淮軍水師保持嚴整的陣型衝了過去，很快就包抄到了叛軍水師背後，向叛軍水師後面那些體積龐大、速度慢、不夠靈活的大船發起攻擊。
施琅一眼就看到了羅明受的中軍帥船，立即讓親兵搖動小旗，發出旗語信號：“向賊軍帥船攻擊！集中炮火擊沉它！”
六艘蜈蚣快船、八艘槳帆快船和二十多條小舢板圍住了羅明受的中軍帥船，幾十條小船圍住一艘高大的叛軍大船，就像是一羣餓狼包圍住一頭龐大的水牛一般，盡情的撕咬。蜈蚣快船和槳帆快船以火炮提供火力掩護，小舢板趁機接近敵軍大船。
“快回來救主！”羅明受焦急的大喊大叫着。
親兵發出了旗語信號，企圖讓己方的戰船回來救援自己的旗艦。
可是叛軍水師的大小船隻都已經闖到下游去了，這時候想要調頭回來，逆流而上來救主，又談何容易？
羅明受的大船雖大，但在江面上並不靈活，江面上作戰，主要依靠人力划槳，風帆的作用較小。適合在海上作戰的風帆，這時候反而起不到太大的作用，而且淮軍水師還有最新式的海戰利器——鏈彈。
“轟轟轟”淮軍水師戰船噴出火舌，幾枚鏈彈從炮口飛出，炮彈出膛之後，兩個半塊的鐵球立即分開，中間有一條鐵鏈拴住兩半鐵球，向羅明受的中軍旗艦方向打着旋飛去。
鏈彈擊中了風帆，船帆一下就落了下去，大船的速度變得更慢了。
成羣結隊的小舢板紛紛涌了上前，接近了羅明受的大船。