鄭森道：“但大部分江南士子還是支持天子和武威伯的，崇禎得罪的不過是北方士子。北方士子管他們死活？他們先投闖賊再投建奴，就已經是我們大明的敵人了！”“長江口不好進啊，”鄭芝龍決定出兵了，但又感慨一聲，“若是崇明大營不在我軍手中，我軍恐怕進入長江口都會損失慘重。”
“請父親大人放心好了，崇明已在武威伯之手！”
崇明島目前還未形成中國第三大島，只是一連串沒有連在一起的沙洲。長江口正在劇烈的造陸運動，浮浮沉沉的沙洲，對於進入長江口的船隊來講是個巨大的威脅，所以沒有崇明水師大營的話，鄭芝龍也不敢讓他的水師進入長江口。
李國棟當然知道崇明水師大營的重要性，因此他在北上勤王的時候，就讓他的艦隊控制住了崇明。
既然崇明在淮軍水師手中，鄭芝龍也沒有什麼顧慮了，鄭家軍水師出兵，北上勤王。
農曆六月，正是東南風的季節，鄭家軍水師從福建金門啓程，以五節航速航行，一晝夜可以航行一百海里，摺合一百八十六公里，明朝的一里爲五百五十四米，一晝夜即可航行三百三十餘里，這樣的速度是任何一支陸師行軍速度都比不上的，從金門到長江口，只需要八日左右，鄭家軍水師船隊就能抵達長江口。
李國棟等了十日左右，終於等來了他期待已久的瓜洲長江大戰。
江面上，炮聲隆隆，硝煙瀰漫，鄭家軍水師船隊打出了勤王旗號，向趙之龍的明軍長江水師開炮了。
鄭家軍水師大福船衆多，以最常見的五百料大福船爲例，鄭家軍水師的大福船船艏一門三千斤紅夷大炮，兩舷各有兩門千斤佛郎機，船尾還有一門千斤佛郎機，除了火炮之外，大福船上還裝備了鳥銃、斑鳩腳銃、噴筒、弓箭、猛火油櫃和火藥罐等武器。除了大福船，還有水艍船、蜈蚣快船、小舢板等各種船隻。
鄭芝龍自己的座艦，則是一艘懸掛中式硬帆的西式船體戰艦，擁有兩層火炮甲板，四十多門大炮從炮門內伸出黑洞洞的炮口，向江面的明軍水師發去一發發炮彈。
在水師規模方面，鄭家軍水師是當之無愧的大明第一水師，規模遠超趙之龍的長江水師，戰事一開始，趙之龍的長江水師就處下風。
瓜洲江邊，崇禎等人站在臨時搭起的高臺上，遠眺江面這一場激戰。
“皇爺，鄭芝龍此戰必勝？我們終於可以過江了！”王承恩激動的看着江面的激戰。
隆隆炮聲中，江面騰起了一道道沖天水柱，這一場水戰看起來打得十分激烈，但真要擊沉一艘船卻並不容易，在顛簸的江面上，像大福船這類船頭只有一門火炮的戰船，以前裝滑膛炮那感人的命中率想要擊中一炮，是多麼不容易的事情。雙方以火炮對轟，看得熱鬧，打了半天卻只擊沉了幾條衝在前面的小舢板。
雙方的戰船彼此接近了，這纔是真正重頭戲的開場。
鄭芝龍水師擁有規模龐大，船隻數量多，船大、炮多、火器先進的優勢，但劣勢是逆流而上，趙之龍的水師從上游衝下來，可以用火攻船順流而下，向鄭家軍水師發起攻擊。
鄭家軍中軍，鄭芝龍那龐大的西式座艦上，鄭芝龍站在船尾舵樓上，讓親兵發出命令：“快船和舢板出擊，攔住趙逆火攻船！”
一條條蜈蚣快船和小舢板從水師大船之中衝出，迎着趙之龍的火攻船衝去。
趙之龍見狀，下令快船和小舢板殺出，企圖攔住鄭家軍的快船和小舢板，阻止鄭家軍破壞自己的火攻船。可是趙之龍畢竟是一名紈絝子弟，忻城伯世襲第七代子弟，整天吃喝玩樂，怎麼打仗的本事早就不會了，還要讓他指揮水師作戰，也真是難爲了他。
無論是數量上、火力上還是水兵訓練方面，趙之龍的水師都遠不是鄭家軍水師對手。雙方的蜈蚣快船和小舢板進入近戰之中，鄭家軍的快船以佛郎機炮和斑鳩腳銃轟擊對手，彈如雨下，打得明軍長江水師船上的官兵紛紛落水。鄭家軍的快船憑藉着數量上的優勢，同時對付趙之龍的快船和小舢板，打得趙之龍的水師狼狽逃竄。
鄭家軍小舢板殺向火攻船，小舢板上的鄭家軍水兵取出弓箭，什長打開火種罐，點燃了火把，水兵們拉開弓箭，什長以火把點燃火箭，水兵們手指一鬆，一支支火箭向趙之龍的火攻船飛去。
滿天飛蝗般的火箭落在火攻船上，轉瞬之間就燃起了熊熊烈火，操縱火攻船的明軍水兵只好跳上後面的小船，逃離起火的火攻船。
解決了趙之龍的火攻船後，鄭家軍水師主力戰船殺向了趙之龍水師的主力戰船，雙方在江面上展開了一場激戰，錯了，應該是是鄭家軍水師對趙之龍水師一邊倒的屠殺。
趙之龍損兵折將，大船幾乎全部丟乾淨了，就連他自己的中軍座艦，也中了多枚紅夷大炮的炮彈，打得船上士卒死傷慘重。慘敗的趙之龍帶着殘兵敗將和殘存的戰船，逃回了對岸鎮江岸邊。
“相爺，趙之龍敗了，已經無法阻止昏君崇禎渡江！”保國公朱國弼臉色凝重，匆匆忙忙的闖入了內閣，向首輔馬士英稟報。
“保國公，你們勳貴手裡還有多少兵？”馬士英問道。
朱國弼、趙之龍、徐久爵、劉孔昭再加上態度還不確定的常延齡，南京京營的軍隊尚有五萬大軍，再加上馬士英等人招募守城民壯，可以拼湊出一支十萬人的軍隊駐守南京。
事實上南京京營的兵已經是爛到無可救藥了，比京師大營的兵還要爛，都是屬於不堪一擊的那種類型，南京京營的兵，可以說每一個小兵都是實世襲勳貴子弟，指望他們能打仗，還不如多拜拜佛祖，多燒幾柱高香，說不定還能天降隕石砸死崇禎。
不過對於馬守應來講，有一點好處就是南京堅城固若金湯，以李國棟和鄭芝龍的十多萬聯軍想要攻破南京並非易事，李國棟的六萬大軍有一萬五千人是水師，扣除了輔兵和騎兵，真正能用來攻城的步兵只有兩萬；鄭芝龍的五萬大軍大部分都是水師，能登陸作戰的步兵只有一萬，以三萬人要攻打南京，恐怕很吃力。
更何況南京城內還有百萬百姓，只要馬士英他們把城內百姓也動員起來，那就有數十萬守城大軍了。
被弘光僞帝派遣去九江同清軍使者談判的黃澍、左懋第、馬紹愉和陳洪範等人已經到了九江，雙方談判進展順利，左良玉也答應了清軍使者陳名夏提出的要求：左家軍東進勤王，當然勤的是朱由崧這個王。
陳名夏道：“左將軍，李老二軍隊雖然精銳，但是兵少。南京城池堅固，李老二這點人根本就不可能攻克南京！只要他的軍隊陷在南京城下進退不得，你的八十萬大軍即可一舉殲滅這個逆賊！”