因爲撫卹一事，幾乎各鎮兵馬都有將領被查，朱慈烺趁機名正言順的從應龍軍當中抽調了一部分人安插各鎮，同時，朱慈烺還打算做一次全國性的軍制革新，已期真正徹底掌控全國兵馬。
此次參與徐州血戰後能回來的兵馬一共，連應龍軍士兵在內，一共六萬多人，除了幾千鄭家的泉州軍外，朱慈烺將另外六萬人全部收編併入應龍軍當中，這些人都是血戰餘生的精銳，併入應龍軍沒有辱沒他們，也沒有辱沒應龍軍，自此，應龍軍每個軍都恢復到了一萬人。
由於國庫空虛，應龍軍六個軍都暫編一萬人。
原先，大明軍隊以衛所爲主要制度，全國要地設立衛所，軍丁世代相繼，給養仰賴屯田，將兵閒時爲農，戰時爲兵，這樣很不好，雖然每年都能節省不少軍費開支，但也導致大明軍隊除了洪武和永樂兩代還頗有戰鬥力外，其後戰鬥力一代比一代弱，武備廢弛。
朱慈烺一直就對大明現有的軍制非常不滿，要不是前一年他剛登基，不僅要穩定朝綱，還要平定內亂和抵禦滿清等外敵，環境不允許，害怕改革產生的動盪會被敵軍所趁，所以他纔不得不一直忍着。
如今滿清元氣大傷，李自成形同喪家之犬，張獻忠被秦良玉死死的拖在四川，數年內大明都無內憂外患，這樣難得的良機，朱慈烺當即就下了心思，是時候進行軍制改革了。
隨即，除了四川以及河南這兩個特殊的地方暫時保持原狀外，朱慈烺打算下旨全面取消衛所制度，改爲募兵制，並設立常備軍，將常備軍和維護治安的各地守軍分開。
常備軍仍然命名爲常備軍，維護各地治安的守軍則叫做‘守備軍’，形同預備役。
常備軍貴在精而不再多，以應龍軍爲例，朱慈烺下旨設立十二個常備軍。火器精貴，所以除了第一到第六軍爲全火器配置的最精銳應龍軍，第七軍到第十二軍爲仍然用冷兵器的普通明軍。
每個軍滿編爲兩萬人，十二個常備軍若是全部滿編的話，爲二十四人，守備軍按照各縣府所需的安保配置，一共爲十八個軍，約三十六萬人，屆時，全國兵馬將達到六十萬。
不過因爲徐州之戰各地都被抽調了不少兵馬，血戰餘生的又都被留在了六個應龍軍內。改編之後，常備軍和守備軍都不會滿員，大約每個軍暫編一萬人，加在一起也就近三十萬人的樣子，待來年國庫充裕之後，各軍纔會慢慢滿配。
朱慈烺只在私下召見了李巖和錢不缺一次後，次日，由錢不缺把朱慈烺想法在朝堂上提出來。
立刻引起滿朝文武的震驚，一個個把目光投向錢不缺。
“嗯，不錯，錢不缺此想法甚合朕意，朕覺得可行！”
“皇上英明，聖明之光照耀大地，乃大明福音，臣拜服，臣代表所有百官支持皇上！”朱慈烺話音一落，錢不缺立刻表現出一副大喜過望的模樣道。
“臣---附議！”李巖也走了出來，表示支持。
這個時候，馬士英等人才從震驚當中反應過來，剛纔他們沒有聽錯，皇上這是打算募改祖制！
馬士英等人看都沒看提出來的錢不缺一眼，因爲錢不缺一直都是貪生怕死見風使陀的代表，滿朝文武都心照不宣的清楚，錢不缺不過是皇上在朝堂上的代言人，每次提出的任何東西，都必然是經過皇上示意的，所以他們直接面向朱慈烺。
“皇上，取消衛所等都涉及太祖皇帝定下的祖制，祖制不可違，老臣絕不同意！”馬士英老臉潮紅，是被氣的。
別看馬士英當上首輔之後一直很老實，對朱慈烺的許多舉措就算不明確表態支持，但也幾乎從不反對，跟一個擺設一般，但到底是一個老傢伙，在某些方面極爲刻板，這一次朱慈烺的打算觸及到了他的底線，所以他立刻出言阻止！
“首輔大人，你這是在質疑皇上的英明，不是臣子所爲啊！”錢不缺毫不猶豫的出言頂撞，***朱慈烺的決策。
從一開始錢不缺就很清楚自己的位置，過了這麼久，他早就知道了，皇上以前之所以不殺他，就是因爲他聽話和怕死，他錢不缺就是皇上在朝堂上的代言人，把皇上不方便說的話說出來，幫皇上試探朝臣的火力，做皇上的馬前卒。
對此，錢不缺沒有任何不適，反而覺得極爲光榮，錢不缺不怕得罪任何人，他認爲，身爲臣子，只有終於皇上纔是最有前途，只要把皇上哄高興了，抱緊皇上的大腿，任何人都不能把他怎麼樣。
“你不過是一個小小的御史，有什麼資格出言頂撞本首輔，以我看，定然是你唆使皇上，妄動祖制，是對歷代先祖的不敬，乃不忠不義之舉，微臣懇請皇上，將這奸逆賊子推出午門斬首示衆，以儆效尤！”馬士英當即指着錢不缺大罵，同時還憤怒莫名的也瞪了李巖一眼，覺得就是這兩個人私下唆使，才讓皇上出現這種要募改祖制的想法。
雖然馬士英等人都很清楚，這件事情必然是皇上自己要做的，不是李巖和錢不缺唆使的，但皇上是皇上，加上又不是皇上親口提出來的，他身爲臣子不可能直接質疑皇上，只能把火氣出在錢不缺和李巖身上。
李巖倒是沉默，沒有任何迴應，但支持的態度很堅定。
李巖本就是反賊出身，跟李自成的時候就以推翻大明爲主要目的，對大明的所謂祖制從心底裡就沒有任何感覺，他原先之所以放棄李自成，除了對李自成失望之外，便是因爲心服當今皇上，覺得當今皇上乃聖明之主，必然能重新平定天下，他很清楚皇上這番改革軍制，乃萬利之舉，必能提高大明軍隊的戰鬥力，哪怕粉身碎骨他也必然全力支持。