日本東京，海軍部大樓裡燈火通明，衆多的作戰和參謀人員像工蜂一樣，來來回回的傳遞着各種指令和電報。帝國海軍聯合艦隊的司令長官有地品之允海軍中將深色嚴峻的坐在辦公桌後，旁邊是正在彙報的參謀人員。
“還沒有臺灣派遣艦隊的消息嗎”有地品之允低聲問道。
“是的，還沒有，自從5天前艦隊從那霸港出發以後，就再也沒有收到艦隊的消息。”參謀肅然而立，簡短明確的回答着。
“陸軍那邊有消息嗎？”有地品之允繼續問着。
“剛剛已經電話和陸軍省確認過了，沒有消息。”
“已經派船去聯絡了嗎？”
“是的，琉球方面已經派出了搜索船隻，向臺灣海附近搜索了。”
“備車，我要去軍部。”有地品之允吩咐道。
日本登陸艦隊失蹤後的幾天，日本海軍和陸軍都沒有意識到這隻部隊可能出現意外，而是按照聯絡失敗而處理的，先後派出了3波船隻去臺灣海域尋找，不僅沒能聯絡上失蹤的登陸艦隊，派去尋找的船隻也毫無音訊了。
一直到6月14日，日本軍部才意識到事情不妙，這20多條船和8000多人可能出了意外。但是放眼全亞洲，除了英國人、法國人、德國人有幾艘像樣的軍艦以外，還有誰能夠全殲一隻擁有2條巡洋艦、3條驅逐艦的中型艦隊呢？日本海軍的人想破了腦袋也沒想出來，最後只能把責任歸咎於天氣。按照他們判斷，應該是有突然的颶風一類的惡略天氣，導致登陸艦隊偏離了航道或者觸礁一類的。
不過也不是沒有明白人，海軍省裡的幾位參謀聯繫到戰爭爆發初期臺灣海峽失蹤的那些商船，覺得在臺灣附近應該還有一支神秘的力量。但是這種說法一提出來就遭到海軍省裡大部分人的嘲笑。笑話啊，清國現在除了南洋水師還有幾條勉強叫做巡洋艦的老舊船隻和一些蚊炮艇，哪還有能全殲一隻中型艦隊的海上力量，如果說是英國人、法國人和德國人一起動手還差不多，但是基本沒有這種可能。
既然分析不出來，那就在等等吧，一直到1895年秋天，日本都沒有再派遣船隊去佔領臺灣。不是日本人不想派人，而是甲午戰爭以後，日本的聯合艦隊也損失不小，主力的船隻基本都帶傷，還有遼東半島需要佔領，不得把先把能用的船隻調派到渤海和黃海，臺灣就暫時顧不上了。到了1895年底，日本政府正式宣佈，登陸臺灣的艦隊，在琉球羣島的西邊遭遇了百年一見的颶風，包括第一任臺灣總督樺山資紀和親王北白川宮能久殿下在內的共計8000餘名陸海軍將士都玉碎了。
臺灣迎來了短暫的和平，不過這種和平並不平靜。首先是英法德政府都對宣佈獨立的臺灣新政府不予承認，其次，大清朝廷迫於日本人的壓力，派遣了李鴻章之子李經方爲特使，要不日來臺協商退兵交割事宜。
對於劉芾來說，大清朝派誰來他都不太關心，反正也是一個口販子，找人應付一下就完了。但是英法德都不予承認，就有些麻煩了，很多作戰原料和貨物，都不能從英法德的佔領地進口和出口了，對臺灣的軍工是個不小的打擊。不過還好，美國政府這次並沒有忙着不予承認，但是也沒有承認，只是不聲不響的在一旁貓着，這種結果應該是大衛在美國的遊說結果。
趁着還沒有完全禁運，劉芾把臺灣的白糖、樟腦等農作物減價大量出口給外國商人，把賺來的錢和在美國賣冰箱的錢都換成了臺灣缺少的戰略物資，源源不斷的從各國運往臺灣。另外，對從瓊州府往臺灣運送礦石的“海倫娜”航運公司的船隊，都派了潛艇護航，防止英國人或者法國人突然翻臉。
由於530海戰的消息被封鎖，臺灣的民衆並不知道日本登陸艦隊的滅亡，還以爲獨立後的政府與日本達成了什麼協議呢，反正是日本人沒來，這個功勞應該歸新政府。對於政府減價出口白糖和樟腦的做法也沒有太大抵制，畢竟新政府剛成立，誰都不承認，總得給別人點甜頭人家纔買賬吧，拿點白糖和樟腦賄賂賄賂洋人，拉個朋友也是好事。況且雖然價格低了，但是量很大，並不比以前各家各自出口虧太多。就算有幾個不願意的地主和商人，在看到幾家想偷偷出海找人走私的商人都再也見不到人了，也只能私下抱怨抱怨，不敢有啥出格的舉動。
劉芾一邊加強臺灣附近海域的巡邏，並加大各類物資儲備以應付將來可能發生的更大戰鬥。一邊在臺灣島內搞起了合作農莊試驗。頭一批試驗的基地就定在緊靠着基隆的宜蘭縣。
宜蘭在臺灣的東北角上，是個三面環山一片臨海的沖積平原。這裡受東北季風的影響，雨水豐富，河流衆多，是種植水稻的好地方。
宜蘭的人口不足15萬，主要是當地的平埔族和後來移居的漢人，由於近年來基隆大力開發建設，當地的不少青壯都跑到基隆做工，使得宜蘭的農業處於停滯狀態。
劉芾的計劃就是仿照後世農村合作社的方式，幾戶或者幾十戶人家，用簡單的機械代替畜力和人力，集中種植一大片土地，以提高糧食的產量，並減少勞動的強度。
首先就是土地問題，由於當地開發的較晚，土地兼併不是很嚴重，劉芾打算採用贖買的方式，爲沒有土地的農戶提供可以耕種的土地。具體方式就是由政府出錢，從地主手中按照市價購買土地，然後賣給沒有土地的農戶，並按照土地位置，組合成大小不同的合作社。
購買土地、機械和農藥種子的錢由政府提供貸款，貸款戶收穫後用糧食償還部分貸款，並在規定期限內把貸款還清，還清貸款以後土地和機械就歸合作社共同所有，而合作社的土地將不能自由買賣，只能由政府收購，不許私下交易。
這項政策不僅解決了土地兼併問題，還提高了生產效率和成本，解放了部分勞動力，團結了大部分比較貧窮的底層人民。只要是新政，就會有不同聲音，這項合作社制度得到了大部分窮人的歡迎，也得到了一部分中層收入者認可，但是受到一部分地主階級的反對。對於新政府來說，反對是可以的，劉芾也沒打算一呼百應，但是用實際行動來反對，就超出劉芾的承受能力了。解決這種矛盾的方法，劉芾也沒啥好主意，還是衝鋒隊上吧，殺一儆百是最簡單有效的方法。
除了試點合作社以外，劉芾還在臺北、基隆、宜蘭、新竹開設了免費九年制教育制度。所有學齡兒童都要入學讀書，費用由政府支付。
推行新政還產生了不少新的部門，比如農業部、教育部、銀行等。農業部由原宜蘭縣的縣官林漢生擔任第一任部長，這位清朝的縣官是當初大清洗的時候自願留在臺灣的，經過鑑別後又恢復了縣官的職務，因爲林漢生執政還算清廉，而且政務純熟，處理當地少數民族和漢人之間的矛盾處理的很好，被劉芾看中，上調至農業部。
教育部第一任部長是個洋人，湯姆.瓊斯，就是當初賣給劉芾縫紉機的三個美國大學生之一。在三年僱傭期結束以後，他沒有和同伴一起返回美國，而是繼續留在臺北小學任校長。這次被任命爲教育部長。
銀行的第一任行長是個女人，而且還是熟人，就是大衛的第二任妻子，海倫娜.阿瑪麗婭。這個德國貴族之女在跟着大衛跑遍了歐洲和美國後，就喜歡上了金融，幫着大衛處理了很多生意上的問題，這次劉芾向大衛詢問銀行的事情，他這個妻子就自告奮勇，用多接觸山德魯爲誘餌，說服了大衛向劉芾推薦了她。劉芾很感慨啊，人家這是託妻獻子啊。