搞生產、抓訓練、看演習、做推演、聽彙報、做決定，這些基本就是劉芾這幾個月的日常工作，一直持續到1894年夏天，從劉銘傳處傳來消息，朝廷要出兵朝鮮，好像朝鮮有叛亂。劉芾從自己的“金象大藥房”也得到情報，朝廷的運兵船已經啓程。
“開始了，應該就是朝鮮這次吧。怎麼是94年呢？旅遊地圖上不是說95年日本佔領了臺灣嗎？難道隔了一年日本人才來？”劉芾拿着那份旅遊地圖冊，翻看着他早已看了無數遍的語句，疑惑不解。
“在等等看，如果朝鮮開打，那就是這次了。”劉芾也不分析了，想也白想，能確定的就是甲午戰爭是從朝鮮開打的，只要打起來，那就沒錯了。
1894年7月，劉銘傳再次接到朝廷裡的電報，日本在朝鮮增兵了。老爺子現在是越來越相信劉芾了，日本人果然開始動手了。劉芾卻還是不敢動，因爲一動就是殺招，就沒有退路了，必須確定是開打了。
1894年7月底，劉銘傳連續收到北洋水師和朝廷的電報，日本在朝鮮附近海域偷襲了北洋的運兵船，還打沉了一艘英國船。這個消息對於劉芾來說，就很熟悉了，雖然年代記不清了，但是具體過程還是大概能記得。日本人打沉了清朝的運兵船和英國貨船，那戰爭就開始了。劉芾立刻和劉銘傳商談了半宿，決定立刻着手開始備戰，不管朝廷答應不答應，反正現在朝廷也顧不上臺灣了。
1894年7月31日，劉銘傳下令，在全臺實施戒嚴令，所有日本人和日本商社、日本船隻均限期5日內離開臺灣，過期將予以抓捕和沒收。並命令所有海港、炮臺、水師都進入備戰狀態。
當時在臺灣，尤其是中南部，有一些日本商社和日本人存在，他們主要是從事榨糖和樟腦生意，當然了，有沒有像“玄洋社”這樣的間諜機關，也不好說。不過這一個命令，從根子裡把日本勢力從臺灣剷除的乾乾淨淨，走的早的算是幸運，走的晚的，還有去當地官府裡鬧的，全部在命令到期後，被新軍士兵抓捕關押，財產予以沒收。
劉芾的水師也嚴陣以待，裝配了長波電臺的潛艇分批分撥的在臺灣東北海域巡邏，主要是琉球一帶，劉芾覺得，如果要登陸臺灣，估計會用琉球當中轉站。
1984年8月1日，朝廷的電報裡向日本正式宣戰了。當天，劉芾就下令封鎖了臺灣海峽和外海，只要見到日本船隻，立刻打沉，只有在確定不暴露的情況下，纔可以俘虜。
在隨後的一個多月裡，先是淮軍在朝鮮被打的節節敗退，北洋艦隊也和日本聯合艦隊如期而遇，歷史像秒錶一樣，走的絲毫不差。劉銘傳被淮軍失利、北洋艦隊受創避戰的消息給氣的不善，看完電報以後就舊病復發，臥牀不起。聞訊趕回來的劉芾，看着已經不能說話的劉銘傳，握着老爹那哆哆嗦嗦的手，心裡很不是滋味，劉銘傳那渾濁的眼神裡，明顯有埋怨和不甘的意思，這個爲了大清朝拼了一輩子命的老軍人，不忍心看着自己的朝廷被人打的水陸全敗。
劉芾是有心去幫忙，可是自己真沒有能跑那麼遠的船，潛艇這個玩意不適合滿海面找人打架去，魚雷快艇更是開都開不到黃海。這兩種兵器只能是藏在家門口，趁人不備，上去咬一口，而且這一口咬上就沒輕的。
雖然不能去黃海幫忙，但是臺灣海峽裡還是收穫不小，先後10多條日本貨船被突然打沉，船上的人員都被射殺。共有4條貨船被潛艇俘獲，船上的人員全部被關進礦井，至於能不能出來，那要看個人的身體素質和抵抗力了。
劉芾表彰了效率最高的017號艇，這個艇在艇長黃大勇的帶領下，擊沉7條日本貨輪，還跟蹤一條日本貨船走了半天，直到天完全黑了，四周圍看不到其他船隻，才上浮起來，用機槍俘虜了它。爲此，劉芾升任黃大勇爲第一潛艇大隊的副隊長。
也不能光說吃肉，不說捱揍，在這一個月的獵殺行動中，有2條潛艇由於*作不當，一條被貨船擦傷，一條直接擱淺在海峽裡了，要不是都裝備了長波電臺能呼救，估計早就被路過的船隻發現了。對於這兩艘失誤的艇長，劉芾也沒手軟，回爐從新訓練，考覈通過再上崗，反正潛艇正源源不斷的生產出來，不愁沒艇長，就愁沒船可開。
現在日本人好像也覺出來了，臺灣海峽裡基本看不到日本船隻。短時間內失蹤了這麼多船隻，不用琢磨，肯定和大清朝有關啊，但是日本人也沒功夫管這個事情，只能讓日本貨船先改道繞航。
戰爭從8月份的黃海海戰，到11月份遼東半島失陷，一直持續到1895年1月北洋艦隊在威海基地全軍覆沒，劉芾都一直在臺灣緊張的關注着，可是一直到了1895年3月雙方和談，也沒發現日本人要進攻臺灣。
劉銘傳的病情在4月份徹底爆發了，從朝廷發來的電報中，劉銘傳才知道，朝廷把臺灣賣了，割讓給日本了，當晚，劉銘傳看完電報，吐血而亡，這位晚晴洋務運動中的先行者，提頭上陣抗擊外擄的衝鋒者，被自己的國家給出賣了，而且連商量都沒打。
劉芾是事後才知道的消息，匆匆趕回巡撫衙門，辦完了喪事，就安排劉福放下手中的一切事情，坐船北上，去北京，把大公子和二公子接回臺灣來，順路再去安徽老家，把還在老家的劉銘傳的家人也一併接回來，就用奔喪的名義，所有帶不走的家產都不動，人夠能多快，就多快的回來，自己在臺灣先應付着朝廷，能應付多久就應付多久，實在應付不下去，那也就沒轍了。
4月25日，在當年劉銘傳率軍抗擊法國人的淡水港，劉芾和淮軍裡跟隨劉銘傳四處征戰的老部下們，把劉銘傳安葬在一個小山崗上，並且把這座山崗改名爲英雄墓園，今後所有在戰鬥中犧牲的臺灣新軍，都將在這裡被安葬。
辦完了劉銘傳的後事，劉芾利用手中掌握的幾萬新軍和“衝鋒隊”，對臺灣全境開始了大清洗。凡是朝廷派來的官員一律重新經過鑑別，願意繼續留在臺灣的，可以選擇留下，但是原職務不保證，聽候新的任命。不願意留在臺灣的，一律限期離開，所有家產田地帶不走的可以按照市價由劉芾收購。
4月30日，劉芾組建了新的臺灣軍政府，說服了原臺灣總兵於德貴擔任臺灣軍政府的總統，其實這就是一個掛名總統，有建議權，沒財權沒兵權沒人事權，還是給劉芾頂在前面當盾牌的。再以臺灣總統府和軍政府的名義，向清政府和各領事館發出通電，宣佈臺灣獨立。並把臺灣附近海域設爲戰爭狀態，一切來臺船隻只能在臺南的刺桐港進出，剩下的港口全部封閉，一切船隻不停警告，臺灣將按照敵對船隻處理，最後是宣佈和日本宣戰。
430宣言並沒有帶來什麼很大的波動，大清朝和各國駐清使節對於整個宣言都沒有什麼表示。大清朝廷估計還在爲了戰敗內部鬥爭呢，沒功夫搭理臺灣的什麼宣言，而且已經割讓給日本了，獨立不獨立的不關朝廷的事兒了；各國使節看到整個大清朝都失敗了，一個小島能有什麼能力繼續打下去，就當它是一些政客來博取眼球的手段吧，估計等日本兵船一登陸，也就煙消雲散了。
劉芾不關他們關注不關注，這個宣言主要是爲了島內的思想統一和以後的戰鬥目標而已，總不能什麼都不爲，就讓大家跟着你去打仗吧。